genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22302454--22302630	43	4.1	43	82	1	203	33	23	16	25	1.96
22306555--22306727	51	3.5	49	79	8	188	30	23	19	26	1.98
22306540--22306731	49	3.9	49	78	7	181	30	23	19	26	1.98
22306546--22306731	101	1.9	100	89	1	291	30	23	19	25	1.98
22308632--22308718	42	2.1	42	93	0	147	27	28	24	19	1.98
22309733--22309818	23	3.8	23	69	4	68	34	20	19	24	1.96
22314036--22314256	9	25.3	9	73	14	130	35	0	17	46	1.54
22314049--22314256	36	5.5	36	73	21	149	35	0	16	46	1.54
22314040--22314203	45	3.7	45	83	8	237	35	1	17	46	1.56
22314136--22314255	59	2.0	59	90	6	186	34	0	18	47	1.49
22315986--22316025	19	2.1	19	85	0	53	32	0	42	25	1.55
22316135--22316378	122	2.0	123	86	2	339	31	17	16	34	1.93
22316937--22316979	7	6.1	7	86	0	50	41	39	0	18	1.51
22316937--22316979	21	2.0	21	86	0	59	41	39	0	18	1.51
22317113--22317145	12	2.6	13	85	4	50	33	51	0	15	1.43
22317149--22317210	22	2.9	22	80	7	65	53	30	1	14	1.51
22317247--22317285	15	2.7	15	84	4	53	48	28	5	17	1.68
22317349--22317460	41	2.8	41	85	4	140	17	24	19	38	1.93
22327520--22327988	104	4.5	104	85	1	528	30	19	21	28	1.97
22327471--22327988	208	2.5	207	82	3	583	31	18	21	29	1.97
22329586--22329752	43	3.9	43	80	6	196	31	25	14	28	1.95
22332325--22332518	43	4.6	43	84	4	250	30	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22332325--22332513	85	2.2	86	85	2	247	30	28	19	22	1.98
22332568--22332611	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
22337212--22337263	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
22337500--22337534	18	2.0	17	94	5	61	51	0	0	48	1.00
22337419--22337690	144	1.9	147	93	3	478	46	3	2	47	1.34
22337644--22337678	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22338197--22338226	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
22342369--22342393	7	3.6	7	100	0	50	32	44	0	24	1.54
22342369--22342464	21	4.5	21	65	10	50	34	38	1	26	1.63
22342476--22342515	21	1.9	21	89	0	62	40	42	2	15	1.60
22342503--22342607	7	14.7	7	72	11	70	46	30	1	20	1.62
22342503--22342607	22	4.9	21	73	13	88	46	30	1	20	1.62
22342479--22342607	14	9.1	14	76	9	91	44	34	1	20	1.61
22342925--22343027	40	2.6	40	79	3	100	30	20	19	30	1.97
22343030--22343230	100	2.0	100	100	0	402	31	17	18	31	1.95
22343180--22343296	40	2.9	40	80	2	128	28	22	21	28	1.99
22347803--22348023	40	5.6	40	78	5	225	24	25	24	25	2.00
22367277--22367359	45	1.9	42	82	7	103	6	28	6	59	1.45
22379250--22379291	14	3.0	14	85	0	57	26	9	4	59	1.48
22379260--22379368	55	2.0	55	98	0	209	26	16	7	49	1.72
22391196--22391233	14	2.7	14	80	15	51	84	0	13	2	0.73
22391195--22391232	20	1.9	19	89	5	58	84	0	10	5	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22393479--22393654	46	3.8	46	81	4	219	20	21	30	28	1.98
22393475--22393646	93	1.8	93	93	0	299	20	21	30	27	1.98
22394984--22395284	87	3.5	84	84	10	378	27	16	19	36	1.93
22396550--22396591	10	4.3	10	81	6	50	78	11	9	0	0.96
22396550--22396591	18	2.3	18	84	12	50	78	11	9	0	0.96
22397599--22397640	14	3.0	14	92	0	66	26	7	4	61	1.42
22402330--22402375	22	2.1	22	84	11	60	23	6	6	63	1.43
22413111--22413159	16	3.0	17	77	17	50	34	0	4	61	1.15
22413459--22413491	17	1.9	17	93	0	57	33	0	9	57	1.30
22415649--22415885	127	1.9	127	86	1	341	37	24	12	24	1.90
22418073--22418469	176	2.3	176	88	1	600	29	21	18	29	1.97
22426385--22426451	32	2.1	33	85	2	91	13	26	16	43	1.85
22426882--22426951	33	2.2	31	80	11	88	35	25	17	21	1.95
22432398--22432520	43	3.1	43	65	29	128	31	9	8	50	1.65
22432381--22432529	74	2.0	74	98	0	289	30	8	9	51	1.65
22432511--22432547	20	1.9	18	89	10	56	29	0	5	64	1.15
22441675--22441706	12	2.7	12	100	0	64	9	37	21	31	1.85
22444903--22444963	28	2.2	29	83	13	85	47	4	6	40	1.51
22445262--22445301	21	1.9	21	85	10	55	47	10	7	35	1.65
22445360--22445460	3	33.7	3	71	16	59	62	5	1	29	1.30
22447527--22447670	71	2.0	70	87	1	207	29	16	20	33	1.95
22447656--22447689	14	2.4	14	90	0	50	20	17	2	58	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22447597--22447762	87	1.9	87	92	0	278	30	18	18	33	1.94
22447668--22447851	73	2.5	73	80	4	208	30	17	17	33	1.94
22447668--22447868	75	2.7	73	79	3	233	29	16	20	33	1.94
22447817--22447977	55	2.9	55	88	0	234	29	13	16	40	1.86
22449429--22449459	16	1.9	16	93	0	53	0	58	0	41	0.98
22450540--22450576	20	1.9	18	89	10	56	29	0	5	64	1.15
22451777--22451832	12	4.4	13	77	11	62	60	8	0	30	1.27
22451777--22451812	14	2.7	14	91	8	58	66	5	0	27	1.13
22452002--22452029	13	2.2	13	100	0	56	46	0	21	32	1.52
22454031--22454117	44	2.0	43	93	2	147	47	13	10	28	1.76
22455133--22455193	27	2.3	27	82	0	77	44	24	4	26	1.74
22460191--22460222	6	5.3	6	100	0	64	0	65	0	34	0.93
22460449--22460475	9	3.0	9	100	0	54	0	0	11	88	0.50
22469646--22470030	85	4.5	86	90	2	584	20	26	23	29	1.99
22469759--22469890	41	3.1	41	62	21	101	18	27	25	28	1.98
22470056--22470200	44	3.3	43	72	12	143	26	15	20	37	1.92
22469642--22470292	85	7.6	87	82	7	351	22	22	22	32	1.98
22470100--22470244	44	3.3	42	70	15	116	24	17	20	37	1.94
22470336--22470422	44	2.0	44	82	8	106	19	22	22	34	1.97
22470331--22470785	179	2.6	178	88	3	691	23	21	22	32	1.98
22472062--22472122	18	3.6	16	73	16	52	0	18	1	80	0.80
22472040--22472099	24	2.6	23	84	5	68	0	20	3	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22472050--22472121	37	1.9	38	83	8	94	0	19	1	79	0.81
22472076--22472116	17	2.6	16	81	11	57	0	21	0	78	0.76
22478477--22478537	18	3.6	16	73	16	52	0	18	1	80	0.80
22478455--22478514	24	2.6	23	84	5	68	0	20	3	76	0.92
22478465--22478536	37	1.9	38	83	8	94	0	19	1	79	0.81
22478491--22478531	17	2.6	16	81	11	57	0	21	0	78	0.76
22482729--22482972	126	1.9	126	96	0	452	38	15	17	28	1.91
22483073--22483122	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
22483432--22483462	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
22483434--22483470	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
22483445--22483578	60	2.2	63	84	9	170	63	5	4	26	1.35
22483857--22483892	18	2.0	18	88	0	54	16	2	58	22	1.51
22483871--22483945	39	1.9	39	94	0	132	17	1	54	26	1.51
22483914--22483976	29	2.2	29	88	5	92	19	1	47	31	1.59
22493556--22493592	16	2.4	16	90	4	58	62	0	0	37	0.96
22494937--22494993	26	2.1	27	90	3	89	47	8	19	24	1.77
22502761--22502956	98	2.0	98	95	0	356	44	6	21	26	1.77
22517764--22517798	18	1.9	18	94	0	61	48	0	14	37	1.44
22520935--22520982	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
22521206--22521290	41	2.1	41	93	0	143	23	28	4	43	1.74
22523351--22523375	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
22523806--22523848	21	2.0	21	100	0	86	44	0	18	37	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22523810--22523855	21	2.2	21	92	0	74	43	2	19	34	1.63
22529913--22529953	21	2.0	21	85	9	57	41	2	2	53	1.27
22530736--22530930	94	2.1	94	83	5	243	44	3	7	44	1.48
22531059--22531126	33	2.0	34	82	2	84	45	0	1	52	1.09
22531475--22531502	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
22548470--22548511	17	2.7	15	80	20	50	69	4	2	23	1.20
22548667--22548705	12	3.2	12	85	0	60	76	0	7	15	0.99
22548667--22548710	18	2.4	18	92	3	70	75	0	6	18	1.02
22548667--22548710	6	7.2	6	86	2	52	75	0	6	18	1.02
22548809--22548847	20	2.0	20	85	10	53	64	2	2	30	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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