genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26899214--26899239	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
26901816--26901912	43	2.3	43	81	1	115	27	16	25	29	1.97
26905627--26905689	27	2.3	27	83	2	72	30	30	11	28	1.91
26907761--26907831	25	2.8	25	84	2	88	25	23	22	28	2.00
26908052--26908134	30	2.7	31	90	3	134	31	20	26	21	1.98
26908052--26908129	31	2.6	30	93	2	129	30	21	26	20	1.98
26919619--26919744	46	2.7	46	77	9	130	28	19	28	23	1.98
26922235--26923131	54	16.6	54	98	0	1706	36	22	24	16	1.94
26925717--26925919	39	5.2	39	89	0	289	33	19	24	23	1.97
26927892--26927947	26	2.2	26	93	6	96	37	23	7	32	1.82
26929318--26929371	26	2.1	26	89	0	81	20	31	7	40	1.80
26933111--26934009	54	16.6	54	98	0	1710	33	22	25	18	1.96
26935605--26936440	52	16.1	52	99	0	1638	33	24	7	34	1.84
26939004--26939099	34	2.9	33	78	10	106	23	20	26	29	1.99
26940154--26940225	34	2.1	35	84	7	94	44	11	25	19	1.83
26942129--26942300	46	3.7	46	75	10	161	30	27	19	22	1.98
26942136--26942307	93	1.8	93	89	0	272	29	27	20	22	1.99
26942180--26942323	46	3.1	45	69	16	116	30	25	19	24	1.98
26944228--26944268	20	2.0	20	90	0	64	7	26	17	48	1.73
26947492--26947641	32	4.8	32	88	0	214	39	20	18	22	1.93
26950185--26950251	35	1.9	35	84	0	89	49	16	1	32	1.55
26954259--26954516	40	6.5	41	80	9	216	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26954259--26954481	40	5.6	40	86	3	236	24	20	27	27	1.99
26954333--26954516	79	2.3	80	80	3	203	26	20	27	26	1.99
26966269--26967134	46	18.8	46	96	2	1596	21	19	28	30	1.98
26982801--26982925	46	2.7	46	88	0	187	30	18	28	23	1.97
26983296--26983394	45	2.2	45	83	1	128	38	19	18	24	1.93
26983566--26983668	44	2.3	43	81	4	125	28	19	27	25	1.99
26983589--26983899	143	2.2	143	85	1	408	30	18	23	28	1.97
26983632--26983939	143	2.2	143	83	1	393	30	18	21	28	1.97
26985714--26985767	28	1.9	28	88	0	81	20	7	1	70	1.21
26999040--26999073	16	2.1	17	88	5	52	38	5	20	35	1.77
27000130--27000403	151	1.8	151	82	1	352	24	24	27	24	2.00
27012897--27013119	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	2.00
27017680--27017954	49	5.5	49	83	3	370	29	25	19	25	1.98
27017667--27017959	100	2.9	100	98	0	559	28	25	19	25	1.99
27018109--27018143	5	7.0	5	90	0	52	77	2	0	20	0.90
27019487--27019556	18	3.8	18	82	1	86	28	5	2	62	1.32
27029468--27029644	45	4.0	43	80	11	182	24	15	27	32	1.95
27030458--27030707	6	41.0	6	72	16	176	48	14	17	20	1.81
27030465--27030703	85	2.8	85	90	1	370	48	14	17	20	1.81
27030524--27030704	25	6.8	25	76	11	125	47	14	18	19	1.83
27030844--27030901	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
27031204--27031286	27	3.1	26	86	5	103	37	22	20	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27031487--27031672	54	3.5	53	83	5	223	26	19	17	35	1.95
27031486--27031679	27	7.2	26	83	4	192	27	19	18	35	1.94
27033553--27033702	40	3.8	39	84	4	167	21	27	25	26	1.99
27041743--27041859	40	2.9	41	87	3	175	23	28	24	23	2.00
27041750--27041891	40	3.6	40	85	2	162	23	28	24	23	2.00
27048964--27049148	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
27048945--27049148	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
27055808--27055955	74	2.0	74	93	0	251	25	26	19	28	1.99
27057002--27057187	40	4.7	40	83	4	214	26	27	20	24	1.99
27059965--27059997	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
27060483--27060691	45	4.7	45	85	2	262	28	27	20	23	1.99
27072267--27072304	14	2.8	14	96	4	69	44	5	15	34	1.69
27075634--27076591	46	20.8	46	96	2	1746	30	28	19	21	1.98
27077013--27077072	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
27081705--27081857	46	3.3	45	70	12	121	29	29	18	22	1.98
27081739--27082000	47	5.6	46	70	12	194	30	28	17	22	1.97
27081691--27082000	93	3.3	93	88	0	460	30	28	18	22	1.97
27084202--27084294	46	2.0	45	93	2	141	37	19	10	32	1.86
27105163--27105312	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
27105135--27105312	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
27105136--27105291	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
27113173--27113322	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27113145--27113322	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
27113146--27113301	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
27118127--27118151	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
27126868--27126943	37	2.1	37	97	0	143	32	6	18	42	1.76
27131965--27131996	13	2.5	13	100	0	64	31	31	31	6	1.82
27132591--27132741	43	3.5	43	80	4	162	31	16	21	31	1.95
27135414--27135608	96	2.0	96	94	2	338	29	12	24	33	1.92
27141803--27141930	43	3.0	42	78	13	136	32	25	17	25	1.97
27142222--27142460	43	5.6	43	84	1	223	31	26	16	25	1.97
27142222--27142421	43	4.7	43	86	0	233	29	26	19	25	1.98
27142592--27142660	35	2.0	35	82	5	86	56	4	2	36	1.34
27149555--27149656	29	3.5	29	76	12	102	36	45	0	18	1.50
27149582--27149656	22	3.5	21	76	16	73	37	44	0	18	1.50
27149581--27149655	7	10.4	7	76	8	62	37	44	0	18	1.50
27154427--27154486	30	2.0	30	90	0	93	30	26	8	35	1.86
27159541--27159692	43	3.5	43	83	12	179	32	26	18	23	1.97
27162152--27162184	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
27165755--27166050	75	4.0	75	98	0	558	26	11	36	25	1.90
27166911--27166958	22	2.2	22	88	0	69	10	29	27	33	1.90
27167394--27167440	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
27168858--27168969	27	4.2	26	83	7	134	14	25	23	37	1.92
27168858--27168969	54	2.1	54	88	3	163	14	25	23	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27173093--27173139	24	2.0	24	91	8	78	36	4	38	21	1.73
27174110--27174139	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
27174559--27174667	27	4.0	26	82	10	121	16	24	21	37	1.93
27174559--27174667	54	2.0	54	84	7	141	16	24	21	37	1.93
27180552--27180777	25	9.1	25	77	4	188	35	21	16	26	1.94
27180552--27180789	50	4.8	50	78	2	228	35	21	15	27	1.94
27183608--27183785	27	6.6	27	79	3	115	29	29	15	25	1.96
27183935--27184030	27	3.6	27	85	2	122	26	28	17	28	1.98
27183690--27184177	246	2.0	246	100	0	976	28	28	14	29	1.95
27187827--27187883	30	1.9	29	89	3	87	17	35	31	15	1.92
27200235--27200455	46	4.7	47	76	10	179	23	28	19	28	1.98
27202659--27202756	40	2.5	40	86	5	128	25	22	28	23	1.99
27206766--27206839	27	2.7	27	80	0	94	32	28	13	25	1.94
27214708--27214734	14	1.9	14	100	0	54	74	0	7	18	1.05
27215657--27216087	45	9.4	45	69	14	258	28	20	19	31	1.97
27215839--27216087	131	1.9	132	83	4	324	28	22	18	30	1.97
27221399--27221485	31	2.8	31	89	0	138	27	19	27	25	1.99
27221507--27221717	47	4.6	46	82	7	198	29	15	26	29	1.96
27221646--27221760	42	2.7	42	88	6	162	31	14	26	27	1.95
27223824--27223931	26	4.2	26	89	0	171	33	5	24	37	1.79
27224052--27224087	12	3.0	12	95	0	63	52	0	47	0	1.00
27225568--27225762	27	7.2	27	80	12	231	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27225565--27225762	54	3.7	54	95	1	335	18	24	22	34	1.96
27230999--27231046	24	2.0	24	83	0	60	14	20	16	47	1.82
27231182--27231235	19	2.8	20	88	5	76	48	5	18	27	1.70
27235060--27235109	26	2.0	26	84	7	68	58	2	10	30	1.42
27235194--27235264	25	3.0	24	80	11	85	57	1	4	36	1.27
27235223--27235264	20	2.0	21	90	4	68	59	2	2	35	1.23
27238012--27238073	22	2.7	22	80	9	63	46	4	1	46	1.33
27238756--27238810	20	2.8	20	80	2	67	30	1	14	52	1.52
27242015--27242048	18	1.9	17	88	5	50	8	8	14	67	1.41
27243382--27243462	28	2.9	28	90	0	126	20	44	18	16	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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