genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132781--2133178	45	8.6	45	69	11	180	31	20	21	26	1.98
2132759--2133125	142	2.6	142	81	6	413	31	21	21	25	1.98
2134716--2134776	28	2.2	28	80	5	72	27	6	6	59	1.48
2134863--2134913	24	2.2	23	86	10	68	29	13	3	52	1.58
2136188--2136243	28	2.0	28	92	0	94	44	19	10	25	1.83
2137484--2137528	21	2.1	21	87	0	63	20	11	35	33	1.88
2137498--2137557	21	2.9	21	82	5	68	18	11	36	33	1.87
2137517--2137565	21	2.6	18	76	17	53	16	10	40	32	1.82
2138386--2138541	85	1.8	85	83	5	208	51	19	7	21	1.71
2138500--2138671	63	2.6	66	84	7	235	47	24	6	21	1.75
2141306--2141436	39	3.4	39	91	0	217	23	26	19	29	1.98
2143707--2143750	10	4.6	9	88	11	61	20	2	0	77	0.88
2143709--2143751	5	8.6	5	80	19	54	18	2	0	79	0.85
2145542--2145593	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
2148082--2148219	63	2.2	62	88	2	206	47	21	8	23	1.78
2148534--2148567	6	5.7	6	100	0	68	67	14	0	17	1.23
2148528--2148589	18	3.4	18	78	8	72	59	12	6	20	1.55
2148593--2148623	16	1.9	16	93	0	53	51	16	6	25	1.68
2154640--2154727	44	2.0	44	100	0	176	31	20	15	31	1.94
2159834--2159878	22	2.0	23	86	4	65	26	2	0	71	0.98
2160054--2160095	18	2.3	18	84	8	59	50	2	0	47	1.14
2162654--2162759	43	2.5	43	96	0	194	31	33	26	9	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2162757--2162859	38	2.7	38	90	0	152	29	26	22	22	1.99
2164183--2164249	23	2.9	23	97	2	125	47	38	4	8	1.55
2165682--2165725	23	2.0	23	86	8	65	0	34	4	61	1.16
2169348--2169450	48	2.1	48	82	3	118	17	29	22	31	1.97
2171045--2171145	38	2.7	38	85	0	121	33	25	18	21	1.97
2176431--2176496	33	2.0	33	96	0	123	34	9	6	50	1.59
2176990--2177045	22	2.5	22	97	0	103	46	12	3	37	1.59
2177427--2177461	18	1.9	18	100	0	70	28	14	40	17	1.88
2178424--2178464	18	2.2	18	86	4	55	26	0	0	73	0.84
2180911--2180981	34	2.1	34	100	0	142	39	8	8	43	1.65
2187529--2187599	34	2.1	34	100	0	142	39	8	8	43	1.65
2193259--2193346	42	2.1	42	97	0	167	18	6	15	59	1.58
2205776--2205856	37	2.2	37	88	2	119	40	14	14	29	1.86
2208456--2208526	35	2.0	35	100	0	142	46	22	5	25	1.73
2216019--2216051	15	2.2	15	94	0	57	24	30	12	33	1.91
2221494--2221531	15	2.4	16	86	4	51	42	10	0	47	1.38
2221494--2221532	16	2.5	15	87	4	51	41	10	0	48	1.37
2228702--2228763	25	2.5	25	84	5	81	32	20	27	19	1.97
2228721--2228771	25	2.0	25	88	0	75	39	19	27	13	1.90
2231612--2231764	60	2.5	60	82	13	181	30	24	17	27	1.97
2233907--2233956	21	2.6	18	84	12	64	2	30	0	68	1.01
2233903--2233966	9	7.3	9	71	18	55	1	32	0	65	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233907--2233967	19	3.0	20	77	13	63	1	31	0	67	1.01
2236233--2236332	46	2.2	46	85	3	130	29	17	28	26	1.97
2241814--2241860	24	2.0	24	83	8	60	59	4	0	36	1.17
2241811--2241860	11	4.2	12	75	9	50	60	4	0	36	1.16
2242646--2242702	29	1.9	30	82	3	71	19	31	33	15	1.93
2244695--2244725	15	2.1	15	93	0	53	32	19	16	32	1.94
2245027--2245073	21	2.3	21	92	3	78	29	31	23	14	1.95
2244981--2245114	67	2.0	67	95	0	241	29	29	22	17	1.97
2245552--2245612	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
2251626--2251667	17	2.5	17	84	7	50	45	11	7	35	1.69
2254447--2254487	21	1.9	21	85	14	57	60	9	4	24	1.47
2255710--2255735	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
2259408--2259448	22	1.9	22	85	5	57	60	0	7	31	1.24
2259425--2259589	9	17.1	9	67	18	50	56	0	4	38	1.20
2259425--2259623	20	10.3	19	72	15	133	58	0	5	36	1.20
2259466--2259498	13	2.6	13	90	4	50	60	0	6	33	1.21
2259478--2259548	29	2.4	29	77	13	76	59	0	2	38	1.12
2259407--2259625	98	2.2	98	79	11	245	58	0	5	36	1.21
2259509--2259623	19	5.9	19	78	10	99	60	0	5	33	1.19
2259672--2259741	21	3.5	19	74	16	61	40	4	2	52	1.36
2259675--2259736	21	3.0	20	81	15	74	38	4	3	53	1.39
2259693--2259731	18	2.0	20	90	9	64	38	5	2	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259647--2259753	20	5.3	20	73	17	71	37	5	3	53	1.43
2259744--2259795	19	2.8	19	74	8	54	28	7	0	63	1.22
2261217--2261314	51	1.9	52	85	6	137	44	3	19	32	1.66
2266767--2266862	47	2.0	47	97	0	183	40	11	22	25	1.87
2267621--2268408	3	259.0	3	67	13	185	59	4	8	27	1.46
2267683--2267734	23	2.3	23	86	0	68	59	1	7	30	1.36
2267773--2267837	34	1.9	34	84	6	87	61	7	6	24	1.46
2267370--2268410	505	2.1	505	99	0	2046	58	4	9	27	1.50
2268188--2268239	23	2.3	23	86	0	68	59	1	7	30	1.36
2268278--2268342	34	1.9	34	84	6	87	61	7	6	24	1.46
2273725--2273751	14	1.9	14	100	0	54	3	14	0	81	0.82
2273773--2273811	9	4.2	9	83	6	51	10	10	2	76	1.10
2276699--2276757	26	2.3	26	82	5	77	42	11	20	25	1.86
2276835--2276958	65	1.9	65	91	0	203	37	20	16	25	1.94
2277460--2277520	30	2.0	30	81	12	72	19	19	0	60	1.36
2285156--2285215	30	2.0	30	83	6	77	18	15	0	66	1.25
2298435--2298480	18	2.6	18	85	0	65	19	26	26	28	1.99
2305555--2305638	43	2.0	43	90	0	132	23	25	28	22	1.99
2313147--2313320	87	2.0	87	96	0	321	36	20	20	22	1.95
2322545--2322581	2	18.5	2	94	0	65	51	45	2	0	1.15
2323929--2323995	22	3.3	22	66	23	65	44	2	22	29	1.67
2323920--2324003	38	2.2	38	95	0	150	46	2	21	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328586--2328630	16	2.9	15	83	9	54	42	0	0	57	0.98
2330043--2330161	51	2.3	53	89	4	179	17	21	21	40	1.92
2337962--2338105	50	2.9	50	88	5	211	29	25	13	31	1.93
2338129--2338320	52	3.7	52	86	6	241	22	23	15	38	1.93
2338129--2338321	28	7.3	27	82	11	224	22	23	15	37	1.93
2338141--2338328	80	2.4	80	90	3	285	22	23	15	38	1.93
2340701--2340733	12	2.8	12	90	4	50	12	15	9	63	1.51
2346808--2346924	60	2.0	60	88	6	175	37	12	11	38	1.79
2347126--2347252	62	2.1	60	89	5	193	35	11	18	33	1.88
2358794--2358826	14	2.4	14	94	0	57	33	15	15	36	1.88
2363560--2363594	17	2.1	17	88	0	52	54	14	20	11	1.70
2364518--2364543	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2372292--2372325	15	2.3	15	89	0	50	35	0	2	61	1.11
2379099--2379312	30	7.1	30	94	0	356	43	6	23	26	1.77
2383883--2384786	30	30.1	30	99	0	1763	43	6	23	26	1.78
2385329--2385444	42	2.8	42	81	5	144	41	12	25	20	1.88
2385358--2385421	21	3.0	21	79	0	83	42	10	23	23	1.86
2388305--2388349	20	2.2	20	96	0	81	60	6	4	28	1.42
2398039--2398076	10	3.8	10	96	0	67	23	10	0	65	1.23
2398031--2398079	20	2.7	17	77	17	53	22	10	2	65	1.34
2404794--2404838	23	2.0	23	82	8	56	26	2	2	68	1.12
2407372--2407434	28	2.2	29	77	11	67	36	0	3	60	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414091--2414150	31	1.9	31	100	0	120	36	11	16	35	1.85
2418740--2418781	21	2.0	21	86	9	59	40	11	9	38	1.75
2419134--2419189	29	1.9	29	82	7	69	33	10	17	37	1.85
2420156--2420306	81	1.8	81	87	2	221	35	21	7	35	1.82
2421691--2421762	29	2.5	28	82	6	99	45	23	9	20	1.81
2438976--2439012	14	2.6	15	83	12	51	56	2	0	40	1.13
2438967--2439009	22	2.0	22	81	9	52	60	2	0	37	1.10
2439585--2439614	15	2.1	15	93	6	53	20	0	3	76	0.92
2447102--2447132	16	1.9	16	100	0	62	0	3	77	19	0.90
2448848--2448906	29	2.0	29	83	6	75	32	15	13	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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