genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75578538--75578578	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
75580484--75580517	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
75582442--75582513	36	2.0	36	91	0	117	33	25	13	27	1.94
75585255--75585297	21	2.0	22	90	4	70	16	4	34	44	1.68
75586236--75586291	22	2.5	22	77	11	60	53	8	7	30	1.59
75589664--75589702	4	10.0	4	83	5	53	69	0	5	25	1.09
75589664--75589702	15	2.5	16	91	4	62	69	0	5	25	1.09
75591006--75591357	45	7.9	45	81	2	352	29	22	15	32	1.94
75591006--75591397	90	4.3	89	82	6	389	29	24	15	31	1.95
75591006--75591357	135	2.6	133	81	3	391	29	22	15	32	1.94
75598447--75598787	169	2.0	169	97	0	646	20	20	17	41	1.91
75604248--75604273	11	2.4	11	100	0	52	88	11	0	0	0.52
75605324--75605373	20	2.3	22	86	10	68	58	0	0	42	0.98
75608629--75608670	20	2.1	20	90	0	66	69	0	0	30	0.89
75608633--75608683	27	1.9	26	88	4	75	74	0	0	25	0.82
75609005--75609038	15	2.1	17	89	10	54	44	0	2	52	1.16
75611269--75611427	33	4.8	33	67	14	101	28	22	15	33	1.94
75616235--75616281	15	3.1	15	81	3	58	36	14	0	48	1.44
75616241--75616294	15	3.4	16	80	10	58	31	18	1	48	1.59
75617952--75618142	50	3.7	50	83	6	204	21	28	23	26	1.99
75618487--75618544	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
75619826--75619864	19	2.0	20	90	5	62	33	28	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75622581--75622635	26	2.1	26	83	10	67	41	21	9	27	1.83
75624479--75624546	16	4.2	16	92	0	118	26	0	33	39	1.57
75624527--75624617	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
75624762--75624816	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
75624768--75624816	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
75624669--75624977	156	2.0	156	98	0	591	43	3	6	47	1.44
75624938--75624972	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
75626930--75627039	33	3.3	33	80	11	136	32	8	16	42	1.77
75626986--75627547	51	11.0	51	99	0	1117	29	7	17	45	1.77
75627614--75627794	86	2.1	86	98	1	355	47	7	4	40	1.52
75630682--75630772	42	2.2	42	98	2	175	18	20	10	49	1.78
75630860--75630944	3	28.3	3	92	0	143	32	37	0	29	1.58
75630951--75630982	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
75635066--75635122	19	3.1	19	82	7	64	57	8	0	33	1.29
75638528--75638557	11	2.6	12	89	10	53	10	10	10	70	1.36
75646044--75646081	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
75652456--75652484	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
75652568--75652624	27	2.1	27	93	0	96	24	5	22	47	1.72
75652572--75652625	9	6.0	9	80	0	63	24	3	24	48	1.67
75659344--75659383	19	2.2	18	86	4	53	30	32	2	35	1.71
75659444--75659489	22	2.1	22	83	0	56	36	4	0	58	1.18
75669134--75669275	33	4.3	33	99	0	275	42	16	5	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75670240--75670274	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75670060--75670531	120	3.9	120	99	0	926	43	2	5	48	1.38
75670360--75670394	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75670480--75670514	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75670679--75670769	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
75670750--75670818	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
75670750--75670818	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
75672865--75673164	16	19.6	16	65	25	75	32	1	17	49	1.53
75672839--75673010	60	3.0	58	86	12	234	31	0	15	52	1.47
75672881--75673046	44	3.6	44	82	12	215	32	0	15	51	1.47
75672885--75673046	51	3.3	51	79	13	212	32	0	14	52	1.47
75672962--75673034	21	3.4	21	75	14	76	32	0	15	52	1.43
75673033--75673170	9	16.0	9	67	17	78	32	2	19	45	1.62
75673020--75673107	41	2.1	41	87	0	122	34	2	20	43	1.64
75673079--75673144	34	1.9	34	87	0	96	31	3	18	46	1.64
75673020--75673170	25	6.2	24	70	19	91	32	1	19	45	1.62
75673166--75673194	12	2.4	12	100	0	58	41	0	10	48	1.37
75673586--75674023	153	3.0	151	85	7	596	31	8	6	53	1.57
75674137--75674365	122	1.9	120	83	8	302	47	5	6	41	1.51
75674389--75674449	17	3.5	17	86	4	86	42	0	13	44	1.43
75674353--75674496	39	3.8	37	79	12	132	41	1	12	44	1.51
75674361--75674449	18	4.8	18	77	14	92	40	0	13	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75687935--75687988	29	1.9	29	85	7	76	33	12	7	46	1.70
75689574--75689612	15	2.6	15	83	0	51	43	2	2	51	1.29
75689697--75689750	22	2.5	22	96	0	99	50	3	0	46	1.19
75689757--75689817	26	2.5	24	82	12	79	57	0	1	40	1.08
75692961--75692999	20	1.9	20	89	5	60	25	20	5	48	1.70
75695145--75695209	6	10.7	6	70	9	51	18	4	3	73	1.13
75695145--75695187	18	2.4	18	84	7	61	23	0	4	72	1.04
75696443--75696497	27	2.0	27	100	0	110	30	10	29	29	1.91
75698355--75698412	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
75698624--75698655	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
75698750--75698991	50	4.7	50	86	3	313	26	23	29	20	1.99
75698750--75698999	100	2.4	103	88	5	371	25	23	29	21	1.99
75705849--75705881	17	1.9	17	100	0	66	48	21	6	24	1.72
75706211--75706250	20	2.1	19	90	4	62	45	27	2	25	1.66
75707120--75707146	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
75707895--75707981	44	2.0	44	90	0	138	52	18	14	13	1.74
75710273--75710334	3	20.3	3	75	15	56	32	1	4	61	1.27
75710268--75710334	14	4.9	14	71	22	52	31	2	5	59	1.36
75710275--75710334	22	3.0	19	77	22	61	31	1	5	61	1.27
75712572--75712670	44	2.2	44	92	0	162	33	10	35	21	1.87
75713151--75713198	24	2.0	24	95	0	87	33	31	18	16	1.94
75713742--75713798	7	8.0	7	78	3	51	45	36	0	17	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75714274--75714724	229	2.0	227	84	3	584	25	24	19	31	1.98
75714107--75714740	114	5.5	114	72	7	369	27	23	18	29	1.98
75714656--75714794	75	1.9	75	84	0	188	28	21	16	33	1.95
75714641--75714814	75	2.3	75	77	5	181	25	22	17	33	1.96
75714726--75714938	113	1.9	114	82	4	270	26	22	16	35	1.95
75716597--75716650	22	2.4	23	87	3	74	48	1	3	46	1.30
75716710--75716776	16	3.8	17	71	19	57	41	4	5	47	1.48
75716695--75716878	93	2.0	93	95	0	332	39	4	7	48	1.53
75716920--75716965	22	2.1	21	84	11	58	56	4	2	36	1.31
75717954--75718030	40	1.9	39	81	2	91	45	14	16	23	1.84
75718227--75718314	41	2.2	40	87	8	124	11	11	29	47	1.74
75719009--75719037	15	1.9	15	100	0	58	13	0	48	37	1.43
75719024--75720449	375	3.8	375	94	2	2362	30	5	21	43	1.74
75721441--75721497	28	2.1	28	83	3	71	61	7	3	28	1.39
75721454--75721508	28	2.0	28	92	0	92	54	7	3	34	1.46
75722199--75722283	42	2.0	42	100	0	170	45	7	23	23	1.77
75723350--75723379	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
75723557--75723632	37	2.0	38	87	5	109	35	18	14	31	1.91
75724061--75724136	38	2.0	39	85	12	104	39	3	5	51	1.43
75724101--75724216	55	2.1	55	98	0	223	36	6	10	47	1.62
75724397--75724813	9	46.7	9	69	18	164	46	17	2	33	1.62
75724371--75724445	32	2.3	32	88	4	105	45	16	4	34	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75724490--75724630	34	3.9	38	75	14	129	47	19	1	31	1.58
75724609--75724708	34	2.9	34	89	0	146	49	21	0	30	1.50
75724504--75724661	43	3.6	42	69	18	124	47	19	1	31	1.58
75724690--75724739	22	2.4	22	83	6	68	50	10	2	38	1.48
75727261--75728771	755	2.0	755	100	0	3022	30	16	19	33	1.94
75731506--75731669	66	2.5	66	85	4	206	38	18	29	14	1.89
75731650--75731690	21	2.0	21	85	0	55	34	14	46	4	1.66
75731798--75731835	19	2.0	19	94	0	67	28	10	2	57	1.45
75732030--75732131	43	2.3	43	81	1	114	32	18	27	21	1.97
75732128--75732420	43	6.8	43	84	6	297	26	18	27	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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