genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59380386--59380442	23	2.4	23	82	8	71	29	22	22	24	1.99
59380404--59380466	23	2.7	24	82	7	67	38	22	20	19	1.94
59380447--59380501	26	2.2	26	83	6	69	36	20	18	25	1.94
59383837--59383870	16	2.1	16	89	10	52	29	17	0	52	1.45
59389103--59389336	23	10.2	23	83	5	276	23	19	24	32	1.98
59389092--59389326	46	5.1	46	88	6	307	23	20	24	31	1.98
59389092--59389336	69	3.6	69	83	4	314	23	19	24	32	1.98
59395468--59395710	23	10.6	23	82	5	294	22	20	26	30	1.98
59395457--59395692	46	5.1	46	91	2	375	22	21	26	30	1.99
59395457--59395710	69	3.7	69	84	6	343	22	20	26	31	1.98
59397044--59397218	40	4.4	40	87	5	225	23	28	23	24	1.99
59405356--59405452	40	2.5	40	88	5	144	23	28	23	23	1.99
59410642--59410732	41	2.2	42	88	4	130	23	31	26	18	1.97
59411384--59411454	24	3.0	24	93	0	115	36	1	36	25	1.65
59412866--59412977	27	4.1	27	79	7	120	16	23	22	37	1.94
59412867--59412973	54	2.0	54	85	3	144	17	22	21	38	1.93
59417426--59417529	52	2.0	51	81	1	118	16	22	32	28	1.95
59419453--59419499	22	2.2	22	88	3	69	21	36	27	14	1.93
59422520--59422599	24	3.3	24	82	1	97	23	26	22	27	2.00
59447625--59447695	16	4.4	16	87	0	106	36	8	28	26	1.86
59447677--59447770	44	2.1	44	86	7	127	34	5	24	36	1.78
59447876--59447997	58	2.1	58	87	3	174	51	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59451607--59451640	18	1.9	18	88	5	52	20	5	26	47	1.73
59451752--59451793	20	2.1	20	100	0	84	30	4	0	64	1.14
59469433--59469607	46	3.8	46	76	13	187	29	28	20	21	1.98
59469440--59469611	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
59469484--59469627	46	3.1	44	73	15	123	29	27	19	22	1.98
59474639--59474665	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
59487614--59487651	6	6.5	6	93	6	69	0	15	0	84	0.63
59487648--59487695	12	3.8	12	74	15	51	14	2	12	70	1.25
59489518--59489605	30	2.9	30	88	3	124	20	32	26	20	1.97
59490216--59490268	26	2.0	26	100	0	106	41	15	15	28	1.87
59491891--59491948	26	2.2	27	85	11	77	41	10	13	34	1.79
59502147--59502412	46	5.7	46	73	13	149	27	20	28	23	1.99
59502143--59502270	47	2.8	43	77	18	125	25	21	28	24	1.99
59505066--59505300	39	6.0	38	86	3	245	30	28	21	18	1.97
59505075--59505301	78	2.9	78	84	4	289	30	27	22	19	1.98
59505633--59505852	110	2.0	110	99	0	431	23	22	8	45	1.79
59518514--59518691	27	6.6	27	81	3	205	26	15	28	29	1.96
59518511--59518691	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
59525215--59525390	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
59533573--59533638	17	3.8	17	77	18	64	21	9	4	65	1.39
59533877--59533931	24	2.3	24	96	0	101	18	12	9	60	1.58
59535303--59535354	6	8.5	6	82	6	61	13	3	3	78	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59536231--59536317	27	3.2	27	71	9	95	17	10	13	58	1.62
59536245--59536336	24	3.5	24	67	23	69	16	8	14	60	1.57
59536228--59536338	55	2.0	55	98	0	213	16	9	16	57	1.64
59545256--59545719	27	17.2	27	84	3	594	27	22	10	40	1.86
59545256--59545719	108	4.3	108	92	2	682	27	22	10	40	1.86
59545724--59545892	27	6.3	27	85	0	212	35	19	19	25	1.95
59546091--59546173	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
59546261--59546319	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
59546484--59546558	27	2.8	27	82	6	73	20	22	20	37	1.94
59546675--59546804	6	21.3	6	69	17	81	20	16	14	48	1.81
59546681--59546748	19	3.6	19	92	5	104	22	17	14	45	1.85
59546719--59546804	30	2.9	30	86	6	113	19	15	13	51	1.77
59546792--59546825	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
59548617--59548669	25	2.1	25	92	0	88	41	15	20	22	1.89
59550358--59550465	53	2.0	53	80	0	117	28	18	11	41	1.85
59560805--59560881	38	2.0	38	94	0	136	37	10	27	24	1.88
59564260--59564311	25	2.1	25	85	3	70	25	19	21	34	1.96
59564515--59564871	27	13.3	27	82	3	326	26	18	18	37	1.93
59564516--59564836	54	5.9	55	86	4	377	25	19	18	37	1.94
59564516--59564844	81	4.1	80	84	3	392	25	19	17	37	1.93
59564829--59564896	27	2.5	27	92	0	109	29	8	22	39	1.84
59567557--59567634	33	2.4	33	79	12	88	30	19	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59567697--59567805	45	2.4	45	90	0	164	38	17	22	21	1.93
59567789--59567993	46	4.5	45	90	2	284	44	12	21	21	1.85
59567965--59568020	29	1.9	29	88	0	85	48	8	25	17	1.76
59570689--59570747	31	1.9	31	86	6	84	50	1	16	30	1.55
59570987--59571031	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
59572444--59572846	200	2.0	200	98	0	770	35	8	20	35	1.84
59572970--59573093	45	2.8	45	85	4	162	38	15	22	23	1.92
59573065--59573222	46	3.4	47	89	5	243	44	13	22	18	1.86
59573193--59573249	29	2.0	29	89	0	87	49	7	22	21	1.73
59580060--59580092	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
59580880--59580910	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
59581159--59581223	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
59581329--59581408	27	2.9	27	79	7	90	21	26	21	31	1.98
59582479--59582512	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
59587894--59587926	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
59588993--59589057	28	2.3	28	86	0	85	30	27	10	30	1.91
59589163--59589252	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
59589163--59589252	27	3.2	28	79	7	103	20	24	23	32	1.98
59589173--59589263	27	3.2	28	79	4	85	21	26	19	31	1.98
59589163--59589277	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
59598956--59599065	29	3.9	29	82	7	118	27	30	15	27	1.96
59601757--59601865	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59602014--59602121	56	1.9	56	87	7	157	34	24	3	37	1.73
59602123--59602363	47	5.1	47	91	0	356	26	29	10	32	1.90
59602216--59602334	22	5.1	22	65	25	66	25	29	12	32	1.92
59607559--59607666	29	3.8	29	81	6	121	28	27	14	28	1.96
59607556--59607664	58	1.9	58	90	1	175	28	28	14	28	1.95
59607746--59607781	19	1.9	19	88	5	56	16	38	19	25	1.92
59611109--59611262	77	2.0	77	97	0	290	33	9	16	40	1.81
59612144--59612241	39	2.5	40	88	1	135	24	23	29	22	1.99
59612144--59612292	40	3.8	39	83	4	165	23	22	28	25	1.99
59613918--59614047	65	2.0	65	98	0	251	31	15	22	30	1.95
59616799--59617586	429	1.8	421	85	9	1063	34	14	22	29	1.93
59619655--59619955	47	6.4	47	91	0	476	32	8	30	28	1.87
59620074--59620152	37	2.1	37	86	4	106	25	18	29	26	1.98
59622767--59622991	40	5.6	40	85	2	290	25	24	26	23	2.00
59628937--59629015	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
59629187--59630202	47	21.6	47	99	0	1944	29	28	6	35	1.82
59631942--59632951	132	7.7	132	94	0	1741	30	19	24	25	1.98
59632461--59632909	44	10.2	44	63	8	124	29	19	25	25	1.98
59634717--59634771	25	2.2	24	87	3	74	80	5	1	12	0.97
59634809--59634880	27	2.6	27	82	10	83	72	1	11	15	1.19
59635843--59635916	12	6.2	12	73	17	55	62	1	24	12	1.38
59637226--59637280	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59639946--59640322	188	2.0	188	97	0	709	26	25	16	31	1.97
59641000--59641448	44	10.2	44	63	8	162	30	20	24	24	1.98
59641482--59641566	44	1.9	44	85	4	118	28	16	24	30	1.96
59640957--59641484	132	4.0	132	95	0	930	30	19	25	24	1.98
59641769--59641832	19	3.3	19	82	8	83	39	9	14	37	1.78
59641770--59641845	21	3.7	21	85	3	102	40	10	11	36	1.76
59641837--59641881	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
59642302--59642341	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
59642286--59642340	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
59642288--59642339	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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