genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62577832--62577919	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
62580286--62580461	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
62580283--62580453	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
62582801--62582854	22	2.5	22	75	3	56	12	31	35	20	1.90
62583497--62583585	45	2.0	45	97	0	169	33	32	15	17	1.92
62589771--62589898	46	2.7	47	87	8	165	23	28	20	28	1.99
62595773--62595806	13	2.7	12	83	16	50	58	0	8	32	1.29
62595776--62595806	14	2.3	14	94	5	55	64	0	9	25	1.24
62596098--62596137	20	2.0	20	95	0	71	42	5	10	42	1.60
62599328--62599370	23	1.9	22	81	13	52	48	0	9	41	1.35
62601648--62601679	15	2.1	15	94	0	55	62	0	0	37	0.95
62602088--62602129	21	2.0	22	85	4	59	57	0	0	42	0.99
62607733--62607846	55	2.1	55	93	3	194	38	20	7	33	1.81
62609272--62609461	95	2.0	95	96	0	353	27	18	21	32	1.97
62622217--62622245	14	2.1	14	100	0	58	34	13	24	27	1.93
62633908--62633939	13	2.5	13	100	0	64	78	0	21	0	0.76
62634347--62634382	18	1.9	19	94	5	65	41	0	16	41	1.48
62640290--62640448	68	2.3	68	80	10	171	37	18	18	25	1.94
62640300--62640424	45	2.8	45	82	9	123	36	19	18	25	1.94
62640300--62640457	23	7.0	23	72	11	121	36	18	18	25	1.95
62648195--62648340	67	2.2	67	89	0	229	30	25	21	23	1.99
62649450--62649607	23	7.0	22	72	15	108	35	21	19	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62649448--62649607	45	3.5	43	77	10	142	35	21	20	23	1.96
62652072--62652107	18	2.0	18	94	0	63	25	30	16	27	1.97
62654526--62654587	27	2.3	27	94	0	106	4	17	12	64	1.44
62656642--62656755	39	2.9	39	90	0	174	23	21	28	27	1.99
62657961--62658398	219	2.0	219	96	0	806	32	26	18	22	1.97
62662886--62662981	24	4.0	24	90	4	140	27	21	21	29	1.99
62663031--62663097	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
62663031--62663086	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
62663134--62663181	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
62671336--62671466	24	5.5	24	93	1	219	24	19	23	32	1.98
62671515--62671572	20	2.9	20	92	0	98	34	18	12	34	1.88
62675658--62675771	39	2.9	39	89	0	174	23	20	29	26	1.99
62681724--62681777	17	3.2	17	84	10	74	27	16	11	44	1.82
62681870--62681896	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
62684857--62684882	13	2.0	13	100	0	52	7	23	38	30	1.83
62686216--62686303	34	2.6	33	80	8	88	25	21	23	29	1.99
62694076--62694151	34	2.3	33	86	6	100	30	25	19	25	1.98
62700784--62700949	46	3.6	46	72	8	156	23	19	27	30	1.98
62712475--62712737	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
62720428--62720690	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
62725091--62725129	18	2.2	18	95	0	69	20	28	7	43	1.79
62733727--62733996	48	5.6	48	74	3	240	30	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62733724--62733995	96	2.8	96	85	1	386	29	19	24	26	1.98
62736431--62736599	43	4.0	42	77	8	171	26	15	23	34	1.95
62736432--62736560	44	3.0	41	79	8	159	24	16	24	34	1.95
62743843--62744015	43	4.0	43	76	12	185	24	16	26	32	1.96
62751737--62752535	129	6.2	129	100	0	1598	24	21	22	31	1.98
62753481--62753564	39	2.2	39	91	0	132	10	21	46	21	1.81
62774443--62774475	12	2.8	12	95	0	57	24	21	9	45	1.80
62776866--62777134	48	5.6	48	78	5	301	28	17	27	26	1.97
62776856--62777134	96	2.9	96	91	0	441	28	17	27	26	1.97
62778112--62778157	13	3.7	12	85	8	56	26	28	39	6	1.81
62783843--62784020	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
62783864--62784019	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62789655--62790036	132	2.9	129	81	6	396	35	18	18	27	1.94
62802024--62802121	42	2.3	42	84	10	121	26	15	19	38	1.91
62802185--62802280	43	2.2	44	81	9	126	22	20	18	37	1.94
62812460--62812779	47	6.7	48	71	12	205	22	30	18	28	1.98
62819756--62819873	43	2.7	43	88	0	137	26	29	19	24	1.98
62826413--62826522	40	2.7	41	75	9	111	27	17	25	30	1.97
62826489--62826593	44	2.4	45	82	9	119	27	15	22	34	1.94
62836482--62836709	46	5.0	46	85	3	289	40	15	23	20	1.91
62845508--62845759	43	5.9	44	75	6	205	42	20	15	21	1.89
62848899--62848928	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62852599--62852654	30	1.9	28	85	7	76	17	42	21	17	1.89
62853602--62854061	46	9.8	46	74	12	305	23	29	18	28	1.98
62853602--62854061	94	4.9	94	79	5	468	23	29	18	28	1.98
62855410--62855517	44	2.4	45	80	4	121	30	19	19	30	1.96
62856450--62856726	48	5.8	48	82	0	284	31	24	17	26	1.97
62856450--62856726	144	1.9	144	84	0	374	31	24	17	26	1.97
62857662--62857803	42	3.1	44	62	25	105	37	20	7	33	1.81
62857658--62857840	92	2.0	91	100	0	357	36	21	7	33	1.82
62858116--62858161	2	23.0	2	100	0	92	50	50	0	0	1.00
62858384--62858547	81	2.0	81	97	0	310	37	16	15	30	1.90
62861297--62861475	27	6.6	27	83	3	207	26	15	27	30	1.96
62861299--62861454	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62861295--62861475	82	2.2	81	82	2	229	27	14	27	30	1.95
62861817--62862456	319	2.0	320	98	0	1228	22	17	23	36	1.94
62864479--62864506	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
62873469--62873644	46	3.8	46	75	12	189	22	20	28	28	1.98
62873466--62873636	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	28	1.99
62881854--62881885	16	2.0	16	93	0	55	40	25	25	9	1.85
62882102--62882190	29	3.1	29	80	13	96	25	14	32	26	1.95
62884115--62884275	47	3.4	47	88	0	250	27	30	8	34	1.86
62884452--62888917	46	96.9	46	98	0	8360	26	26	10	36	1.89
62898374--62898410	16	2.3	16	90	0	56	56	16	13	13	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62898625--62898704	29	2.8	29	88	1	117	23	15	32	28	1.95
62909312--62909368	25	2.3	24	82	11	71	29	26	22	21	1.99
62909362--62909418	25	2.3	25	100	0	114	31	15	26	26	1.96
62912442--62912573	27	4.9	27	91	0	201	30	22	6	40	1.80
62912442--62912598	54	2.9	54	87	0	206	31	22	7	38	1.81
62912415--62912609	27	7.2	27	85	0	147	33	23	7	35	1.82
62912496--62912711	54	4.0	53	79	5	159	37	19	8	33	1.83
62912412--62912609	81	2.4	81	76	0	207	34	23	7	35	1.82
62912564--62912711	27	5.6	27	82	3	174	41	18	9	29	1.82
62912719--62913108	27	14.5	27	88	0	514	34	19	22	23	1.97
62912645--62913109	81	5.8	81	84	1	524	35	20	20	24	1.96
62913535--62913599	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
62913765--62913859	27	3.5	27	84	8	104	20	22	20	37	1.94
62913996--62914137	6	22.8	6	67	17	67	21	16	12	49	1.79
62913996--62914137	31	4.5	31	87	0	176	21	16	12	49	1.79
62913996--62914137	62	2.3	62	87	1	194	21	16	12	49	1.79
62922369--62922572	40	5.1	40	83	2	241	23	25	27	24	2.00
62922365--62922572	80	2.6	80	90	3	312	24	24	27	24	2.00
62925833--62926001	47	3.6	47	91	0	275	36	13	24	26	1.92
62925980--62926109	55	2.4	53	84	6	172	35	17	26	20	1.95
62925980--62926146	53	3.1	54	81	6	185	37	15	26	20	1.92
62928654--62928683	13	2.3	13	94	0	51	3	33	36	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62931917--62931950	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
62934072--62934195	26	4.8	26	87	3	171	29	23	19	27	1.98
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62934253--62934298	5	9.6	5	77	17	53	39	21	4	34	1.73
62934262--62934300	20	2.0	20	90	10	62	35	20	7	35	1.81
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62939304--62939577	47	5.7	47	90	2	388	28	30	9	32	1.88
62939304--62939577	96	2.9	94	89	4	388	28	30	9	32	1.88
62943755--62943918	82	2.0	82	92	2	276	33	22	19	24	1.97
62944429--62944824	27	14.6	27	83	4	438	29	27	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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