genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62944429--62944824	82	4.8	80	82	5	425	29	27	15	27	1.96
62944429--62944824	109	3.6	109	96	0	713	29	27	15	27	1.96
62946402--62946573	40	4.3	40	87	2	195	26	28	22	22	1.99
62946885--62946963	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62956758--62956829	26	2.8	26	95	2	128	30	23	19	26	1.98
62956879--62956926	20	2.4	20	86	6	71	37	18	8	35	1.81
62956879--62956926	9	4.7	11	75	17	50	37	18	8	35	1.81
62956961--62957008	25	1.9	25	86	0	69	27	18	22	31	1.97
62958316--62958340	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
62964140--62964244	44	2.4	43	80	10	117	30	25	19	24	1.98
62975278--62975336	27	2.3	25	82	5	64	22	22	20	35	1.96
62986898--62986940	23	1.9	23	81	13	54	13	0	25	60	1.34
62993388--62993549	81	2.0	81	97	0	306	23	22	16	38	1.93
63003499--63003738	109	2.2	109	93	0	426	18	25	28	27	1.98
63003671--63003778	42	2.6	42	92	0	171	22	29	29	18	1.97
63005194--63005371	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
63005215--63005370	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
63011307--63011484	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
63011328--63011483	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
63021444--63021475	17	1.9	16	93	6	55	28	12	28	31	1.93
63022272--63022375	50	2.1	50	98	0	199	31	7	20	40	1.80
63022276--63022352	23	3.2	23	64	25	59	31	7	20	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63024676--63024722	10	4.9	10	79	10	53	29	17	38	14	1.89
63024676--63024723	19	2.5	19	89	0	69	29	16	37	16	1.91
63024797--63024904	28	3.8	29	77	10	98	29	13	31	25	1.94
63032091--63032134	16	2.8	16	82	6	54	52	15	20	11	1.74
63032090--63032142	24	2.3	23	80	6	61	52	16	18	11	1.73
63032357--63032471	29	4.0	29	75	5	108	29	13	30	26	1.94
63033505--63033539	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
63037315--63037417	42	2.5	42	90	3	154	30	26	15	28	1.96
63043174--63043208	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
63043174--63043224	24	2.1	24	85	0	66	52	15	19	11	1.73
63043440--63043554	29	4.0	29	75	5	108	27	13	31	26	1.94
63045335--63045359	11	2.3	11	100	0	50	32	28	0	40	1.57
63048549--63048573	11	2.3	11	100	0	50	32	28	0	40	1.57
63050371--63050524	42	3.6	42	83	5	168	30	25	16	27	1.96
63056594--63056714	44	2.8	44	86	6	149	23	14	25	36	1.93
63059345--63059404	10	6.0	10	88	3	86	21	8	0	70	1.14
63060079--63060111	17	1.9	17	93	0	57	24	12	3	60	1.46
63065399--63065583	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
63065380--63065583	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
63079182--63079248	17	3.6	19	67	23	52	17	5	1	74	1.09
63079171--63079218	23	2.0	24	84	11	64	16	8	0	75	1.04
63082717--63082768	10	5.1	10	83	2	59	25	5	0	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63083677--63083709	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
63095583--63095748	83	2.0	83	98	0	323	21	25	19	33	1.97
63095944--63096100	79	2.0	78	100	0	305	21	21	24	31	1.98
63097182--63097219	13	2.9	13	100	0	76	15	7	0	76	1.01
63097187--63097229	11	3.7	11	87	6	50	11	4	2	81	0.93
63097182--63097243	25	2.4	27	82	12	78	12	6	1	79	1.00
63097185--63097243	13	4.6	13	81	10	68	10	5	1	83	0.88
63102367--63102419	26	2.0	26	100	0	106	28	11	0	60	1.31
63106391--63106973	100	5.8	100	98	0	1049	29	24	18	27	1.98
63109258--63109286	15	1.9	15	100	0	58	62	13	13	10	1.55
63112293--63112433	51	2.8	49	81	4	174	29	26	19	25	1.98
63113082--63113138	30	1.9	30	85	7	80	28	24	5	42	1.76
63119468--63119548	24	3.4	24	78	13	78	34	14	19	30	1.92
63119539--63119599	23	2.7	22	70	12	52	34	19	18	27	1.95
63123050--63123301	39	6.5	39	91	0	380	30	29	21	18	1.97
63123385--63123455	28	2.5	28	83	0	88	29	26	11	32	1.91
63129791--63129838	24	2.0	24	95	0	87	45	6	20	27	1.75
63138367--63138459	35	2.7	35	86	3	116	29	17	16	37	1.91
63143881--63143963	30	2.8	30	88	3	123	43	31	10	14	1.80
63145638--63145869	48	4.8	48	76	4	209	28	19	29	21	1.98
63145638--63145869	96	2.4	96	86	2	315	28	19	29	21	1.98
63145538--63145869	144	2.3	143	80	2	353	28	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63148574--63148723	55	2.8	54	78	3	167	22	26	16	35	1.95
63151149--63151292	24	6.0	23	87	4	162	28	20	20	29	1.98
63151169--63151292	24	5.2	24	93	0	203	29	20	20	30	1.97
63151342--63151408	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
63151342--63151397	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
63155601--63155638	13	2.9	13	77	14	51	34	0	0	65	0.93
63158201--63158353	77	2.0	77	92	0	252	31	20	16	30	1.95
63161374--63161405	16	2.0	16	100	0	64	43	12	25	18	1.85
63183800--63183824	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
63189114--63189190	37	2.1	37	95	0	136	35	9	25	29	1.87
63198069--63198120	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
63199479--63199693	46	4.6	46	76	11	154	22	29	19	28	1.98
63206332--63206382	15	3.4	15	70	20	52	31	41	21	5	1.77
63206323--63206391	30	2.3	30	94	0	120	23	36	24	15	1.94
63207089--63207318	46	5.0	47	77	12	210	22	29	20	28	1.98
63213968--63214020	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
63222175--63222214	20	2.0	21	90	5	64	30	7	5	57	1.48
63258728--63258778	24	2.1	24	100	0	102	39	3	15	41	1.66
63267637--63267665	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
63268231--63268280	25	2.0	25	100	0	100	28	12	40	20	1.87
63269435--63269472	16	2.4	16	86	0	58	55	15	21	7	1.66
63270085--63270130	20	2.3	21	75	14	53	26	19	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63270121--63270261	60	2.3	60	83	8	162	28	19	25	26	1.98
63271168--63271375	55	3.9	54	82	8	226	36	17	23	22	1.95
63271478--63271511	16	2.1	16	88	5	50	41	2	20	35	1.68
63278205--63278471	48	5.6	48	72	12	192	28	26	18	26	1.98
63288828--63289867	48	21.8	48	93	2	1727	32	26	18	22	1.97
63292931--63293065	55	2.4	56	92	2	236	31	24	16	27	1.96
63293679--63293709	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
63294225--63294253	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
63296138--63296171	16	2.1	16	88	0	50	35	14	0	50	1.44
63296590--63296663	34	2.2	34	90	2	114	21	40	17	20	1.91
63300486--63300548	31	2.0	31	84	6	83	44	7	11	36	1.69
63302557--63302611	27	2.0	27	96	0	101	52	9	23	14	1.70
63302993--63303040	20	2.4	20	82	0	60	14	22	25	37	1.92
63309243--63309601	46	7.8	46	98	0	675	30	28	20	20	1.98
63311502--63311541	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
63313355--63313401	20	2.3	20	92	0	85	36	19	21	23	1.95
63315461--63315638	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
63315462--63315617	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
63315458--63315638	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
63317654--63317682	13	2.2	13	100	0	58	20	17	24	37	1.93
63317856--63317910	20	2.7	20	80	2	56	29	25	16	29	1.97
63318612--63318770	30	5.3	29	74	8	140	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63318626--63318770	60	2.4	60	97	0	272	30	26	15	26	1.96
63320407--63320447	12	3.6	11	87	12	57	70	7	2	19	1.22
63320407--63320448	11	3.6	11	87	6	57	71	7	2	19	1.20
63320417--63320450	13	2.6	13	90	0	59	70	5	2	20	1.21
63324077--63324254	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63324078--63324233	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63324074--63324254	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63329428--63329474	20	2.3	21	85	3	60	36	19	25	19	1.95
63331018--63331060	21	2.1	20	83	12	52	27	4	13	53	1.60
63332681--63332706	3	8.7	3	100	0	52	0	34	65	0	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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