genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20367549--20367578	14	2.1	14	100	0	60	26	0	33	40	1.57
20370056--20370101	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
20375785--20375832	24	2.0	24	84	8	62	31	0	22	45	1.53
20381648--20381825	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
20381669--20381824	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
20389712--20389889	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
20389733--20389888	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
20415504--20415577	36	2.1	36	100	0	148	50	16	13	20	1.78
20418805--20418844	21	1.9	21	89	0	62	55	0	17	27	1.43
20419888--20420046	40	4.0	39	89	3	212	27	27	22	22	1.99
20422497--20422521	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
20428856--20429022	42	4.0	42	86	0	226	23	17	28	30	1.97
20429092--20429154	32	2.0	32	87	0	90	34	7	26	30	1.85
20432836--20432875	19	2.0	20	90	4	64	42	12	10	35	1.76
20432941--20433081	51	2.8	51	84	2	196	31	20	17	29	1.96
20436391--20436568	46	3.8	46	75	11	157	30	27	19	21	1.98
20436400--20436570	93	1.8	93	86	2	245	30	28	19	22	1.98
20439299--20439367	15	4.7	15	77	8	70	57	17	14	10	1.63
20439299--20439367	30	2.3	30	82	7	88	57	17	14	10	1.63
20454747--20454784	20	1.9	19	85	15	51	47	2	0	50	1.15
20458596--20458625	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
20459774--20459807	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20462179--20462215	16	2.3	16	100	0	74	37	13	13	35	1.84
20473190--20473250	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
20481303--20481505	61	3.4	61	95	2	358	34	17	7	40	1.77
20485744--20485769	11	2.4	11	100	0	52	50	0	7	42	1.31
20486090--20486305	40	5.4	40	82	1	200	36	19	20	23	1.95
20486224--20486301	20	3.9	20	74	0	57	35	16	20	26	1.94
20489850--20489991	40	3.6	40	89	2	198	21	28	23	27	1.99
20499699--20499870	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
20499699--20499870	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
20499726--20499903	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
20504162--20504239	41	1.9	41	94	0	138	43	15	16	24	1.86
20512205--20512436	27	8.4	28	83	4	231	27	14	28	30	1.95
20512230--20512436	27	7.6	27	85	3	236	27	14	28	29	1.95
20512230--20512436	82	2.5	81	81	3	270	27	14	28	29	1.95
20520319--20520496	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
20520320--20520470	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
20523852--20523907	21	2.7	21	91	0	94	19	44	14	21	1.86
20532251--20532356	42	2.5	43	76	1	115	30	17	19	32	1.96
20532197--20532368	43	4.0	43	69	10	127	28	15	22	33	1.95
20533948--20534000	22	2.4	22	93	0	88	16	26	35	20	1.94
20538625--20538767	40	3.6	40	83	5	155	26	27	21	23	1.99
20543421--20543445	13	1.9	13	100	0	50	4	40	24	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20554311--20554895	292	2.0	292	99	0	1152	19	24	12	43	1.86
20556163--20556217	27	2.0	27	82	0	65	23	34	18	23	1.96
20556297--20556337	17	2.4	17	91	0	64	17	4	0	78	0.93
20564170--20564298	43	3.0	43	79	9	156	28	27	18	24	1.98
20570510--20570565	28	2.0	29	92	3	96	25	10	23	41	1.86
20579307--20579350	22	2.0	22	90	0	70	34	11	25	29	1.91
20583639--20583789	43	3.5	42	79	8	162	26	21	25	26	1.99
20583638--20583796	85	1.9	85	85	2	221	25	20	25	27	1.99
20585158--20585228	24	2.9	24	89	2	115	36	5	36	21	1.77
20585381--20585455	24	3.1	24	90	1	123	38	5	36	20	1.75
20587077--20587157	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
20587241--20587318	39	2.0	39	89	0	120	14	15	38	32	1.87
20593287--20593361	24	3.1	24	90	1	123	36	5	38	20	1.75
20593471--20593520	20	2.4	21	74	12	59	4	30	0	66	1.10
20596148--20596201	27	2.0	27	85	0	72	48	12	0	38	1.42
20601486--20601755	48	5.8	48	78	6	231	27	23	21	27	1.99
20601605--20601721	43	2.7	43	93	0	189	28	24	20	26	1.99
20609287--20609436	48	3.1	48	83	1	185	26	24	22	26	2.00
20615538--20615580	22	2.0	22	90	0	68	20	11	9	58	1.61
20615755--20615795	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
20615796--20615828	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
20621537--20621586	25	2.0	25	96	0	91	34	16	2	48	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20629442--20629510	25	2.7	25	82	8	77	26	21	27	24	1.99
20631567--20631667	45	2.2	45	85	0	130	24	15	16	42	1.88
20634875--20635215	26	13.5	26	69	14	151	59	3	6	30	1.39
20634875--20634992	54	2.2	52	82	4	139	60	3	5	30	1.37
20637763--20637875	54	2.1	54	96	0	208	30	16	13	39	1.87
20639732--20639788	21	2.6	21	86	5	69	68	1	0	29	1.00
20639919--20639996	39	2.0	39	97	0	147	7	62	2	26	1.35
20657579--20657758	28	6.6	27	91	3	279	30	28	12	27	1.93
20657579--20657758	55	3.3	55	94	1	299	30	28	12	27	1.93
20657579--20657758	83	2.2	82	92	1	297	30	28	12	27	1.93
20664139--20664217	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20664336--20664700	49	7.6	49	94	2	625	29	29	8	32	1.86
20667380--20667520	38	3.7	38	83	3	122	42	21	17	17	1.89
20667421--20667538	38	3.1	38	88	0	164	41	22	20	15	1.89
20673753--20673965	46	4.6	46	77	11	191	28	18	29	23	1.98
20673753--20674015	46	5.7	46	76	7	167	26	18	30	24	1.98
20673750--20674055	136	2.2	140	81	6	356	26	17	30	25	1.98
20682933--20682958	12	2.2	12	100	0	52	15	11	15	57	1.65
20683714--20683873	46	3.5	46	72	13	157	27	20	26	25	1.99
20683660--20683916	93	2.8	92	83	8	295	26	20	28	24	1.99
20690506--20690531	12	2.2	12	100	0	52	15	11	15	57	1.65
20697130--20697180	26	2.0	26	84	7	68	39	23	13	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20697140--20697192	26	2.0	27	82	10	65	37	24	13	24	1.91
20705131--20705541	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
20705660--20705738	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
20710375--20710415	20	2.0	20	90	0	64	17	26	34	21	1.95
20719377--20719552	46	3.8	46	78	7	212	21	21	28	28	1.98
20719373--20719545	93	1.9	93	96	0	319	21	21	29	27	1.98
20722067--20722179	54	2.1	54	96	0	208	30	16	13	39	1.87
20724001--20724057	21	2.6	21	83	5	60	64	3	1	29	1.20
20724075--20724113	9	4.4	9	83	6	53	66	0	0	33	0.92
20725471--20725641	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
20725463--20725638	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
20731571--20731640	33	2.1	33	94	0	122	30	25	14	30	1.95
20751613--20751795	40	4.6	40	93	1	278	25	27	23	22	2.00
20751613--20751795	79	2.3	80	90	0	278	25	27	23	22	2.00
20751613--20751835	40	5.6	38	80	8	189	26	28	22	22	1.99
20755114--20755213	46	2.2	46	94	0	173	37	16	12	35	1.85
20762189--20762228	21	2.0	21	85	9	57	27	5	10	57	1.52
20763604--20763782	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
20765962--20766184	47	4.7	47	91	1	331	32	8	30	27	1.88
20766009--20766087	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
20766303--20766381	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
20769464--20769490	13	2.1	13	100	0	54	33	14	29	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20772638--20772703	28	2.3	29	86	2	98	27	13	28	30	1.94
20772643--20772751	28	3.9	28	75	7	87	28	14	30	26	1.95
20781182--20781283	43	2.4	43	80	11	129	31	22	19	26	1.98
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20803203--20803278	23	3.3	22	77	14	66	39	17	13	30	1.87
20806144--20806205	15	4.0	16	83	10	76	59	14	14	11	1.61
20811246--20811297	27	1.9	27	84	7	70	28	21	21	28	1.98
20815228--20815326	47	2.1	47	98	0	189	33	8	29	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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