genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  74  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25478763--25479002	49	4.8	49	78	5	241	29	26	18	25	1.98
25478820--25479000	100	1.8	101	84	3	249	29	26	18	25	1.98
25495766--25495880	49	2.3	49	79	5	124	29	25	21	23	1.99
25498788--25498949	81	2.0	81	100	0	324	41	7	19	30	1.79
25528417--25528731	48	6.6	48	84	2	357	27	15	29	26	1.96
25528410--25528731	144	2.2	144	82	3	414	27	15	29	27	1.96
25533423--25533684	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
25540846--25541107	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
25547791--25547857	34	2.0	34	96	0	125	38	7	26	26	1.83
25548315--25548677	48	7.6	48	79	8	314	25	17	30	26	1.97
25548315--25548677	96	3.8	95	82	4	403	25	17	30	26	1.97
25548308--25548677	144	2.6	141	80	6	413	25	17	30	27	1.97
25553403--25553429	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
25558907--25558945	20	2.0	20	94	0	69	38	20	12	28	1.89
25564619--25564765	40	3.7	40	89	3	208	23	21	27	26	1.99
25575120--25575384	40	6.7	39	87	5	320	25	26	23	24	2.00
25583629--25583791	40	4.1	40	88	3	215	24	22	27	25	2.00
25587083--25587267	40	4.7	40	82	6	225	26	27	21	24	1.99
25587083--25587263	79	2.3	80	80	8	208	26	27	20	24	1.99
25590020--25590094	37	2.0	37	97	0	141	34	30	16	18	1.93
25601298--25601445	64	2.2	68	78	10	160	31	16	28	22	1.96
25601298--25601505	67	3.2	64	76	10	197	30	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25602506--25602535	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
25602906--25602940	17	2.1	17	100	0	70	25	0	22	51	1.48
25603811--25603997	6	30.8	6	74	16	163	49	14	16	19	1.80
25603790--25603997	30	7.1	30	79	12	218	49	14	16	19	1.80
25603811--25603997	85	2.2	85	95	0	329	49	14	16	19	1.80
25604499--25604581	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
25604780--25604975	27	7.3	27	85	2	214	27	20	17	34	1.95
25604782--25604975	54	3.6	54	83	4	239	27	20	17	35	1.95
25604980--25605307	27	12.2	27	83	3	392	40	7	22	29	1.82
25604980--25605307	81	4.1	81	85	5	448	40	7	22	29	1.82
25607075--25607110	17	2.1	17	100	0	72	27	5	22	44	1.75
25615016--25615131	40	2.9	40	85	3	155	22	21	27	28	1.99
25621375--25621577	109	1.9	109	94	2	363	32	17	21	28	1.96
25623080--25623245	40	4.2	40	90	2	246	22	21	28	27	1.99
25632014--25632049	19	1.9	18	88	5	54	22	25	41	11	1.86
25632761--25632926	43	3.8	42	75	15	158	31	25	19	23	1.98
25641894--25641937	18	2.6	17	80	20	56	34	4	25	36	1.76
25647084--25648148	40	26.6	40	98	0	2024	24	27	20	27	1.99
25654000--25654060	30	2.0	30	83	0	77	29	22	9	37	1.87
25655296--25655405	40	2.7	40	83	4	123	32	17	20	30	1.95
25655296--25655423	40	3.2	40	82	5	116	32	16	21	29	1.95
25655609--25655740	40	3.3	40	78	7	108	27	13	27	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25655127--25655740	314	2.0	312	85	2	829	32	12	19	35	1.89
25655670--25655788	41	2.9	41	80	8	102	26	15	26	31	1.96
25658903--25659016	27	4.3	27	85	1	140	39	21	7	31	1.82
25658903--25659016	54	2.1	54	93	1	194	39	21	7	31	1.82
25658919--25659115	27	7.3	27	83	2	173	38	20	10	30	1.86
25658919--25659154	81	2.9	81	78	2	224	36	21	10	31	1.87
25659136--25659411	27	10.3	27	89	1	385	34	21	20	23	1.96
25659838--25659902	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
25660061--25660162	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
25660310--25660409	31	3.2	31	86	0	137	20	19	14	47	1.83
25660322--25660418	6	15.8	6	72	16	65	20	18	14	46	1.84
25662085--25662127	22	2.0	22	95	0	77	46	2	9	41	1.48
25671446--25671652	53	3.8	54	77	4	211	20	24	18	36	1.94
25679294--25679344	25	2.0	25	85	7	68	27	21	21	29	1.99
25679388--25679422	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
25679383--25679422	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
25679382--25679434	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
25679468--25679537	25	2.8	25	93	0	122	25	28	22	22	1.99
25679468--25679562	50	1.9	50	82	8	122	27	26	23	23	2.00
25681861--25682013	53	2.8	55	79	2	166	17	25	19	37	1.94
25683933--25683970	7	5.4	7	93	0	58	28	0	50	21	1.49
25686952--25687032	31	2.6	31	76	5	65	60	17	4	17	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25687264--25687360	21	4.6	21	80	10	101	3	50	18	27	1.62
25687802--25687834	16	1.9	18	88	11	52	60	3	3	33	1.27
25692922--25693042	9	13.6	9	69	12	63	33	2	20	42	1.65
25692996--25693227	56	4.2	56	89	5	348	34	0	16	48	1.50
25692996--25693206	113	1.9	112	93	3	361	33	0	17	48	1.51
25693152--25693181	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
25693184--25693214	9	3.4	9	90	0	53	29	0	19	51	1.47
25693621--25693711	36	2.5	37	75	22	104	51	2	9	36	1.47
25695601--25695730	59	2.2	59	86	5	174	36	3	39	20	1.71
25695808--25696330	114	4.6	113	78	9	506	37	23	14	24	1.93
25697208--25697240	16	2.0	17	94	5	59	12	0	42	45	1.41
25697181--25697288	45	2.4	45	84	3	137	17	0	33	48	1.54
25697295--25697586	41	7.1	41	81	5	268	19	20	21	38	1.94
25697294--25697586	123	2.4	122	81	2	336	19	21	21	37	1.94
25710652--25710734	15	5.4	15	73	2	67	55	15	14	14	1.70
25718949--25719005	30	1.9	30	85	0	78	24	28	15	31	1.96
25718994--25719071	33	2.4	33	80	8	95	26	25	16	30	1.97
25718977--25719309	101	3.3	101	86	3	418	26	24	16	31	1.96
25728043--25728122	40	2.0	40	87	0	115	41	17	16	25	1.89
25732646--25732947	75	4.0	75	99	0	595	50	15	10	22	1.75
25738402--25738427	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
25744942--25745147	40	5.2	40	86	0	288	30	26	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25744942--25745147	80	2.6	80	91	0	333	30	26	21	21	1.99
25746667--25746692	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
25749504--25749542	13	3.0	13	84	0	51	20	35	25	17	1.95
25754270--25754569	150	2.0	150	99	0	591	36	16	23	24	1.95
25754788--25755045	40	6.5	40	88	3	326	22	24	27	24	2.00
25760500--25760647	75	2.0	75	94	0	260	28	18	22	30	1.98
25766120--25766309	79	2.4	80	89	2	276	23	23	26	26	2.00
25766082--25766332	40	6.3	40	80	12	206	24	23	26	25	2.00
25766120--25766332	79	2.7	79	84	6	263	23	23	26	26	2.00
25772341--25772383	22	2.0	22	95	0	77	48	25	13	11	1.77
25772792--25772914	41	3.0	41	91	2	194	26	29	22	21	1.99
25773172--25773539	27	13.7	27	80	5	291	31	9	19	40	1.83
25773210--25773270	28	2.2	27	91	2	95	32	4	19	42	1.73
25773302--25773495	107	1.8	108	85	3	275	30	8	19	41	1.81
25773172--25773539	80	4.6	81	76	6	284	31	9	19	40	1.83
25773292--25773539	107	2.3	107	76	8	263	29	8	20	41	1.82
25773536--25773612	27	2.9	27	84	0	100	29	20	15	33	1.94
25774845--25774959	43	2.7	41	80	12	126	26	26	20	26	1.99
25779535--25779893	46	7.7	46	69	18	208	29	28	19	22	1.98
25779589--25779847	47	5.6	47	72	12	228	28	28	19	22	1.98
25779542--25779900	93	3.9	93	89	0	540	28	28	19	22	1.98
25795322--25795553	99	2.3	98	83	5	279	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25795375--25795553	49	3.6	49	93	0	277	24	17	27	29	1.98
25798565--25798618	15	3.6	14	80	5	54	12	14	12	59	1.62
25798561--25798629	30	2.3	30	82	7	88	10	14	17	57	1.63
25800760--25800908	49	3.0	51	79	3	176	26	19	25	28	1.99
25803055--25803080	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
25808304--25808797	246	2.0	246	97	0	925	32	26	11	29	1.91
25811765--25811804	18	2.1	20	86	9	57	15	40	27	17	1.89
25811891--25811965	38	2.0	38	89	0	114	13	29	26	30	1.94
25818718--25818901	40	4.7	40	78	9	175	26	26	21	26	1.99
25818718--25818901	79	2.3	81	81	11	204	26	26	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235