genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18899379--18899591	52	4.1	52	82	3	277	38	23	10	26	1.88
18899386--18899590	103	2.0	104	89	2	315	39	22	11	26	1.88
18903214--18903282	35	2.0	35	97	0	129	31	30	8	28	1.87
18905077--18906690	325	5.0	324	95	0	2824	30	14	17	37	1.89
18920569--18920615	24	2.0	24	83	8	60	36	0	8	55	1.31
18921569--18921617	18	2.7	19	72	15	50	38	12	0	48	1.41
18921921--18921975	19	2.8	20	84	10	62	40	0	9	50	1.34
18926535--18926712	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18926556--18926711	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18934597--18934774	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
18934597--18934774	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
18942601--18942778	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18942622--18942777	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18945092--18945121	15	2.0	15	100	0	60	26	6	20	46	1.75
18946675--18946889	48	4.5	48	100	0	430	20	31	19	28	1.97
18954375--18954590	46	4.6	45	82	7	236	22	29	20	27	1.98
18954420--18954592	94	1.9	92	86	7	251	21	30	21	27	1.98
18962006--18962222	46	4.6	46	76	13	169	24	29	18	28	1.98
18967116--18967219	47	2.2	48	87	1	147	28	19	27	24	1.98
18967116--18967239	48	2.6	47	84	3	160	27	19	29	23	1.98
18967277--18967370	42	2.2	42	83	3	109	28	15	27	27	1.97
18972032--18972097	34	1.9	34	96	0	123	34	3	22	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18972283--18972310	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
18981545--18981818	137	2.0	137	99	0	539	30	15	20	33	1.94
18993092--18993188	30	3.2	30	73	2	97	29	15	25	28	1.96
19004658--19004682	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
19006417--19006591	48	3.7	48	79	9	196	30	20	26	23	1.98
19006417--19006737	94	3.3	94	80	5	331	29	19	26	24	1.98
19006417--19006737	49	6.7	49	79	7	259	29	19	26	24	1.98
19010381--19010432	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
19011878--19011951	25	3.0	25	84	4	96	22	22	18	35	1.96
19015936--19015983	25	1.9	25	83	8	62	16	20	20	41	1.90
19028162--19028197	18	2.0	18	100	0	72	33	16	0	50	1.46
19033624--19033801	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19033645--19033800	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19044527--19044580	25	2.2	26	90	6	85	25	20	20	33	1.97
19044630--19044670	21	2.0	21	95	0	73	31	19	14	34	1.92
19049586--19049711	67	1.9	67	96	0	234	34	21	23	20	1.96
19050085--19050156	25	2.9	25	93	0	126	25	22	26	26	2.00
19050205--19050245	21	2.0	21	95	0	73	31	21	12	34	1.91
19050202--19050262	21	2.9	21	85	0	68	32	19	13	34	1.90
19054186--19054226	17	2.4	18	84	8	50	63	0	34	2	1.08
19059754--19059821	26	2.6	25	80	13	66	17	20	22	39	1.92
19059873--19059932	24	2.4	25	86	5	95	15	20	20	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19065662--19065828	42	4.0	42	85	3	219	22	16	29	31	1.96
19065893--19065959	32	2.1	32	94	0	116	32	4	31	31	1.78
19068678--19068796	46	2.6	46	88	5	186	24	31	10	34	1.88
19068770--19069054	47	6.1	47	89	0	410	25	27	12	35	1.91
19068860--19068982	22	5.3	22	64	27	67	25	28	13	32	1.94
19072402--19072558	28	5.5	28	71	7	120	31	28	17	22	1.97
19072429--19072530	29	3.6	29	75	7	100	30	29	16	23	1.96
19072402--19072562	57	2.8	57	86	1	216	31	29	17	22	1.96
19072596--19073648	40	26.3	40	97	0	1815	32	26	18	22	1.97
19074730--19074768	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
19087865--19088042	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
19087866--19088021	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
19087862--19088042	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
19093221--19093335	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
19093246--19093335	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
19093441--19093505	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
19096015--19096133	46	2.6	46	91	0	202	25	31	9	34	1.87
19096107--19096532	47	9.1	47	89	0	611	25	27	11	35	1.90
19096107--19096532	141	3.0	141	91	0	674	25	27	11	35	1.90
19096338--19096460	22	5.3	22	64	27	67	26	28	11	33	1.91
19100950--19101103	43	3.7	43	78	5	161	31	29	18	20	1.97
19104121--19104785	40	16.6	40	94	0	1107	24	27	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19115966--19116097	55	2.4	56	81	7	146	23	26	25	25	2.00
19116961--19117126	47	3.6	46	76	8	149	27	31	18	22	1.97
19125894--19126008	40	2.9	40	96	0	203	27	26	22	22	1.99
19133786--19133879	34	2.8	33	79	10	102	25	23	21	29	1.99
19135293--19135439	71	2.1	71	94	0	258	41	19	12	27	1.86
19135844--19135904	32	1.9	31	83	3	77	75	9	4	9	1.18
19135894--19135927	17	2.0	17	88	0	50	70	0	5	23	1.09
19135981--19136051	30	2.4	29	85	2	97	16	25	35	22	1.95
19136375--19136453	12	6.3	12	73	13	52	22	12	2	62	1.43
19136366--19136448	39	2.2	38	82	10	98	20	13	2	63	1.40
19140921--19141091	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
19140913--19141088	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
19141511--19141570	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
19162093--19162270	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19162114--19162269	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19181081--19181184	38	2.7	37	82	2	109	31	12	19	36	1.89
19181160--19181239	38	2.1	38	83	0	97	23	8	28	38	1.85
19190240--19190294	23	2.4	23	82	8	69	70	0	7	21	1.11
19192293--19192418	55	2.3	55	83	2	155	16	26	30	25	1.97
19193510--19193601	46	2.0	46	95	0	166	25	14	18	42	1.87
19198004--19198084	25	3.2	25	85	0	72	32	17	27	23	1.97
19198079--19198292	25	8.6	24	69	18	75	36	21	22	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19198134--19198285	26	6.0	26	71	13	86	35	21	23	19	1.96
19201807--19201858	25	2.0	26	85	3	70	63	3	13	19	1.44
19204484--19204686	107	1.9	107	90	0	325	29	19	21	30	1.97
19205580--19205620	14	2.7	15	81	11	57	80	2	0	17	0.82
19207553--19207584	15	2.1	15	100	0	64	46	21	0	31	1.52
19208052--19208115	28	2.2	28	88	2	92	29	15	15	39	1.89
19208062--19208118	28	2.0	28	96	0	105	33	12	14	40	1.83
19209154--19209232	41	1.9	41	94	0	140	34	6	16	43	1.73
19219556--19219612	26	2.1	28	81	18	68	54	14	5	26	1.61
19234066--19234160	50	1.9	50	84	0	127	40	25	11	23	1.88
19234060--19234228	25	6.8	25	71	10	105	37	22	14	24	1.92
19237214--19237252	18	2.2	17	86	13	53	28	0	2	69	1.02
19237214--19237252	17	2.2	18	86	13	55	28	0	2	69	1.02
19237282--19237330	23	2.2	22	82	10	64	57	2	0	40	1.10
19241924--19241979	28	2.0	28	96	0	103	28	23	19	28	1.98
19243856--19244033	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19243877--19244032	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19250094--19250204	46	2.4	46	100	0	222	21	19	27	30	1.98
19264419--19264591	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
19264416--19264586	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
19267120--19267334	48	4.5	48	79	6	213	19	16	27	36	1.93
19267114--19267344	96	2.4	95	77	8	252	19	16	27	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19268918--19268946	14	2.1	14	100	0	58	31	0	20	48	1.50
19271874--19271910	19	1.9	19	88	0	56	78	2	8	10	1.06
19273402--19273452	4	12.5	4	80	12	59	27	0	3	68	1.07
19273388--19273445	29	2.0	29	100	0	116	31	0	6	62	1.22
19279060--19279084	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
19280862--19280949	40	2.2	40	83	0	104	31	21	19	27	1.97
19282051--19282116	28	2.4	28	81	0	78	43	30	4	21	1.72
19282149--19282236	15	5.9	14	73	15	63	46	31	1	20	1.58
19282773--19283074	148	2.0	148	82	6	362	28	17	19	35	1.94
19283286--19283336	19	2.6	20	87	3	77	25	39	0	35	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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