genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25028045--25028086	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
25030271--25030330	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
25075982--25076049	30	2.3	30	87	5	93	41	0	7	51	1.30
25086823--25087045	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
25086823--25087045	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
25086823--25087078	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
25088989--25089123	67	2.0	67	100	0	270	31	23	10	34	1.89
25093652--25094019	109	3.4	108	84	3	470	23	27	12	36	1.91
25093713--25094019	51	5.7	51	68	12	168	24	28	12	35	1.91
25094411--25094509	27	3.7	27	90	2	137	23	10	32	34	1.88
25108713--25108737	12	2.1	12	100	0	50	0	32	40	28	1.57
25119135--25119400	47	5.7	46	74	12	195	24	28	17	28	1.97
25121651--25121819	47	3.6	47	80	13	206	24	30	18	26	1.98
25121649--25121870	93	2.4	93	87	7	299	23	29	19	27	1.98
25121649--25121870	47	4.8	46	75	17	190	23	29	19	27	1.98
25124088--25124275	57	3.3	56	74	8	166	31	15	25	27	1.96
25124088--25124298	28	7.5	27	66	10	75	31	16	25	27	1.96
25124324--25124388	28	2.3	28	82	12	80	26	16	23	33	1.96
25126701--25126743	20	2.2	19	83	4	50	18	23	0	58	1.40
25136128--25136186	31	1.9	31	89	0	91	38	8	5	47	1.56
25140955--25141198	120	2.0	119	85	3	330	25	23	14	36	1.93
25146619--25146671	23	2.3	23	93	3	90	45	9	26	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25152888--25152936	23	2.1	23	100	0	98	32	14	16	36	1.89
25166603--25166627	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
25187076--25187161	45	1.9	45	92	0	145	40	13	23	22	1.89
25187076--25187192	45	2.6	45	82	5	121	44	11	22	21	1.84
25189537--25189710	40	4.4	40	94	2	289	24	22	27	25	2.00
25200029--25200070	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
25203746--25203817	34	2.1	34	97	0	135	40	12	16	30	1.86
25220132--25220299	85	2.0	86	88	3	250	27	27	17	27	1.97
25220120--25220310	43	4.5	42	79	6	190	28	27	16	27	1.97
25220120--25220310	85	2.2	85	81	5	215	28	27	16	27	1.97
25221018--25221115	46	2.1	46	92	0	160	44	16	4	34	1.66
25221112--25221165	24	2.3	23	87	3	72	35	22	11	31	1.89
25221060--25221208	70	2.1	69	88	2	226	38	20	7	34	1.80
25221136--25221460	46	7.1	46	78	6	304	37	21	5	35	1.77
25221040--25221422	91	4.2	91	75	8	321	38	20	5	34	1.77
25221046--25221444	23	17.4	22	74	10	266	37	21	6	35	1.78
25221896--25221979	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
25222132--25222175	13	3.2	13	81	9	52	70	4	22	2	1.17
25222346--25222379	17	2.0	17	94	0	59	23	5	20	50	1.70
25223099--25223214	40	2.9	39	87	3	151	40	10	15	33	1.81
25225022--25225240	33	6.7	33	78	7	142	32	22	12	32	1.92
25225011--25225259	98	2.5	97	80	6	225	30	22	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25225086--25225256	33	5.2	33	76	8	154	29	23	11	35	1.90
25225064--25225253	65	2.9	65	76	6	188	31	23	12	33	1.91
25225947--25225994	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
25232301--25232384	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
25232593--25232623	14	2.1	15	94	5	55	67	0	32	0	0.91
25233483--25233599	40	2.9	40	85	3	146	37	9	15	37	1.80
25233499--25233623	40	3.1	40	82	4	128	34	9	17	38	1.83
25235198--25235344	45	3.2	45	64	11	111	41	23	4	29	1.75
25235197--25235378	91	2.0	91	90	4	287	40	22	4	31	1.75
25235316--25235632	69	4.6	69	77	7	320	39	21	5	33	1.77
25235244--25235626	206	1.9	206	93	0	658	38	22	5	32	1.78
25235240--25235632	23	17.2	23	72	9	284	39	21	5	33	1.77
25237522--25237560	21	2.0	18	85	14	51	43	10	10	35	1.73
25239207--25239419	40	5.3	40	82	1	239	23	21	16	38	1.93
25239207--25239412	80	2.6	80	84	1	270	24	22	16	37	1.93
25239427--25239454	13	2.2	13	100	0	56	50	21	14	14	1.78
25253315--25253532	111	2.0	110	79	2	240	30	13	20	35	1.91
25254117--25254161	20	2.2	20	84	0	54	42	0	17	40	1.50
25256862--25257034	41	4.2	41	88	1	224	36	24	17	20	1.94
25257055--25257161	54	2.0	54	81	3	126	49	29	0	20	1.49
25260135--25260186	24	2.2	24	92	0	86	17	34	40	7	1.78
25260143--25260192	24	2.1	24	92	0	82	16	38	40	6	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25268472--25268603	49	2.7	49	79	6	142	21	24	23	31	1.98
25268662--25268787	46	2.8	45	84	8	166	23	29	19	27	1.98
25273911--25274048	48	2.8	49	80	4	154	23	24	23	28	2.00
25273911--25274052	49	2.9	49	82	2	169	23	24	23	28	1.99
25286236--25286433	91	2.2	92	83	0	254	45	18	19	16	1.85
25286884--25286923	10	4.0	10	81	12	55	57	2	0	40	1.12
25286889--25286929	20	2.0	20	95	0	73	56	2	0	41	1.13
25293740--25293767	14	2.0	14	100	0	56	64	14	0	21	1.29
25294065--25294103	14	2.7	14	84	4	51	64	2	0	33	1.08
25298657--25298716	26	2.3	26	82	5	68	31	11	11	45	1.77
25299787--25299826	21	1.9	21	84	0	53	20	15	2	62	1.43
25300265--25300328	33	1.9	33	96	0	119	34	18	7	39	1.80
25308555--25308721	48	3.4	47	84	6	192	27	28	17	26	1.98
25319204--25319231	14	2.0	14	100	0	56	28	21	0	50	1.49
25321121--25321146	3	8.7	3	100	0	52	30	69	0	0	0.89
25328241--25328282	22	1.9	22	85	0	57	50	9	4	35	1.56
25334026--25334067	22	1.9	22	90	0	66	50	11	4	33	1.60
25335928--25336152	49	4.5	50	74	6	206	25	17	27	29	1.98
25335920--25336202	150	1.9	150	83	4	365	26	17	27	28	1.98
25340092--25340126	17	1.9	19	88	11	56	54	5	14	25	1.62
25341171--25341344	49	3.5	49	78	4	206	24	16	29	29	1.97
25341160--25341344	99	1.9	99	93	0	316	24	16	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25345771--25345845	22	3.4	22	84	1	87	26	21	18	33	1.96
25348134--25348492	27	13.1	27	82	8	343	28	24	13	33	1.93
25348137--25348491	54	6.5	54	83	6	392	29	25	13	32	1.93
25348137--25348491	81	4.3	81	83	8	430	29	25	13	32	1.93
25360499--25360640	46	3.1	46	100	0	284	21	19	27	30	1.98
25367277--25367467	27	7.1	27	78	8	176	40	20	8	30	1.82
25367284--25367467	54	3.4	54	82	5	212	41	19	8	31	1.80
25367286--25367467	81	2.2	81	80	5	208	41	19	8	30	1.80
25367421--25367500	26	3.0	26	88	3	106	40	13	13	32	1.84
25371788--25371896	43	2.6	42	76	4	112	26	20	24	28	1.99
25377810--25377912	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
25378053--25378298	98	2.5	98	90	1	379	32	26	5	34	1.80
25378053--25378296	48	5.0	48	87	2	335	32	27	5	34	1.80
25388645--25388715	34	2.1	35	81	7	83	25	21	23	29	1.99
25399631--25399691	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25403804--25403864	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25406453--25406481	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
25407365--25407431	14	4.7	14	87	3	98	38	16	5	38	1.73
25414066--25414098	16	2.1	16	88	11	50	48	6	42	3	1.43
25431868--25431898	16	2.0	15	93	6	53	51	19	19	9	1.74
25432115--25432175	29	2.1	28	90	3	95	31	14	24	29	1.95
25432122--25432238	29	4.0	29	80	0	117	33	13	24	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25444529--25444559	7	4.4	7	91	0	53	29	0	51	19	1.47
25446555--25446686	40	3.3	40	91	0	210	31	16	21	31	1.95
25446555--25446727	80	2.1	81	86	3	233	30	16	23	29	1.96
25451066--25451108	18	2.4	18	88	3	61	76	0	6	16	0.99
25451066--25451118	17	3.1	17	83	5	61	75	0	5	18	0.99
25458549--25458631	42	2.0	42	83	7	105	34	25	18	21	1.96
25458518--25458676	43	3.7	43	76	9	146	30	25	19	23	1.98
25462733--25462844	27	4.2	26	82	7	98	17	24	21	36	1.95
25462932--25464576	822	2.0	822	99	0	3263	26	17	20	35	1.95
25475279--25475389	27	4.1	26	76	12	107	18	23	20	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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