genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68808996--68809028	16	2.0	17	94	5	59	69	0	30	0	0.88
68815315--68815799	105	4.6	104	83	3	535	30	17	16	35	1.93
68815782--68815817	18	2.0	18	100	0	72	33	16	11	38	1.84
68815800--68816275	104	4.6	104	84	1	585	30	18	14	36	1.90
68815810--68816312	208	2.4	208	90	2	787	30	18	14	37	1.90
68815800--68816340	104	5.2	103	81	1	571	30	18	14	36	1.90
68821621--68821655	13	2.7	13	100	0	70	31	37	31	0	1.58
68822893--68822931	19	2.1	19	100	0	78	33	20	15	30	1.94
68829545--68829624	42	1.9	42	86	0	115	37	16	18	27	1.92
68829547--68829695	42	3.6	41	76	5	111	32	17	22	27	1.96
68838762--68838914	42	3.6	42	75	5	128	29	15	24	30	1.96
68841805--68841941	42	3.2	43	76	13	131	33	21	16	27	1.95
68843064--68843174	55	2.0	55	89	0	168	45	13	5	36	1.67
68851616--68851700	43	2.0	43	95	0	152	31	3	24	40	1.72
68851910--68852100	47	4.1	47	92	0	283	32	9	29	27	1.89
68851953--68852031	25	3.3	25	65	22	69	32	10	27	29	1.89
68851927--68852146	94	2.3	94	83	3	264	33	10	29	26	1.90
68855220--68855344	46	2.7	46	83	0	160	22	20	26	30	1.98
68858155--68858210	15	3.7	15	83	7	78	14	16	10	58	1.62
68860561--68860688	46	2.8	46	83	2	159	20	21	28	29	1.98
68862406--68862444	8	4.9	8	87	0	60	43	25	23	7	1.80
68862401--68862453	16	3.4	15	87	10	79	49	24	20	5	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68862663--68862777	29	4.0	28	84	2	122	27	14	28	28	1.95
68865302--68865366	31	2.1	32	85	5	89	29	26	15	29	1.96
68865605--68865680	24	3.1	24	92	1	116	27	19	19	32	1.96
68865753--68865800	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
68889357--68889439	27	3.1	27	73	0	76	24	19	22	33	1.97
68889434--68889574	27	5.2	27	79	11	92	26	12	19	41	1.86
68889451--68889573	54	2.3	54	87	5	169	26	12	20	41	1.87
68899060--68899120	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
68905537--68905620	43	2.0	43	88	4	125	28	27	17	26	1.98
68908536--68908617	34	2.4	34	84	8	87	24	21	25	28	1.99
68910850--68910932	30	2.7	30	78	10	89	32	16	25	25	1.96
68910850--68910927	31	2.6	30	81	2	93	32	17	25	24	1.97
68913826--68913943	43	2.7	43	79	10	116	33	27	14	25	1.94
68914528--68914556	15	1.9	15	100	0	58	62	13	0	24	1.32
68920889--68920933	22	2.0	24	82	8	58	33	6	26	33	1.83
68920898--68920945	24	2.0	23	84	11	62	33	10	25	31	1.89
68930649--68930886	49	4.8	49	86	2	305	28	27	17	25	1.98
68930649--68930893	99	2.5	100	85	2	332	28	28	17	25	1.98
68933037--68933136	44	2.3	42	85	8	130	25	18	24	33	1.97
68938274--68938477	53	3.8	54	77	1	203	38	19	23	18	1.93
68939913--68940023	27	4.1	27	85	5	136	36	21	24	17	1.94
68947338--68947548	55	3.9	54	79	6	203	23	24	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68947339--68947541	108	1.9	110	84	4	277	23	24	18	33	1.97
68951957--68952006	25	2.0	25	84	0	64	32	20	18	30	1.96
68952054--68952109	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
68952043--68952109	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
68952160--68952239	24	3.2	25	75	15	76	32	17	23	26	1.97
68952424--68952484	31	2.0	31	90	0	95	34	18	24	22	1.96
68957857--68957955	39	2.4	41	80	14	116	53	6	4	36	1.45
68966303--68966345	5	7.8	5	85	14	50	79	4	0	16	0.90
68966303--68966345	12	3.8	11	82	11	52	79	4	0	16	0.90
68966303--68966345	18	2.5	17	88	7	61	79	4	0	16	0.90
68969386--68970199	2	407.0	2	100	0	1628	50	50	0	0	1.00
68976780--68977249	49	9.7	49	98	1	896	30	30	7	31	1.85
68977470--68977561	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
68977451--68977611	40	4.1	40	79	10	170	24	27	22	25	2.00
68980821--68981824	47	21.3	47	87	0	1393	26	28	10	33	1.89
68980842--68981818	94	10.4	94	97	0	1787	26	29	10	33	1.90
68986164--68986207	19	2.2	19	84	8	52	18	13	4	63	1.46
68991977--68992036	17	3.4	18	90	6	97	8	20	1	70	1.22
68995667--68995701	18	1.9	18	88	0	52	31	34	25	8	1.86
68998352--68998389	19	2.0	19	85	10	51	23	39	0	36	1.55
69011508--69011827	157	2.0	157	95	0	577	31	13	26	28	1.94
69018527--69019065	47	11.5	47	96	0	945	32	8	30	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69019184--69019262	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
69021711--69021754	20	2.2	20	100	0	88	27	4	34	34	1.77
69022739--69022820	30	2.7	30	92	3	130	28	26	14	30	1.95
69023040--69023135	25	3.8	25	84	4	122	25	21	23	29	1.99
69023040--69023135	50	1.9	50	87	4	140	25	21	23	29	1.99
69023338--69023492	27	5.8	28	81	7	151	23	20	20	34	1.96
69023326--69023503	54	3.3	54	76	6	173	26	18	21	33	1.96
69023499--69023602	27	3.9	27	84	0	127	46	7	17	28	1.75
69023499--69023602	54	1.9	54	90	0	163	46	7	17	28	1.75
69025878--69025960	31	2.7	31	92	3	134	26	25	16	31	1.97
69026181--69026250	25	2.8	25	91	0	104	22	22	25	28	1.99
69026453--69026746	27	11.0	27	82	1	331	25	19	19	36	1.94
69026462--69026746	133	2.1	134	83	4	360	25	19	18	36	1.95
69026739--69026913	27	6.6	27	84	2	176	29	8	21	41	1.81
69026816--69026928	54	2.1	54	84	1	145	32	7	22	38	1.81
69026917--69027170	27	9.5	27	84	4	345	43	8	21	26	1.81
69028475--69028572	43	2.3	42	85	7	135	20	31	27	20	1.97
69032279--69032387	46	2.4	44	80	10	105	26	20	28	24	1.99
69034067--69034233	27	6.3	27	75	6	126	28	16	25	29	1.97
69034071--69034221	54	2.8	54	76	7	162	29	17	23	29	1.97
69038104--69038139	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
69038178--69038271	43	2.2	41	78	10	100	30	23	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69044202--69044272	34	2.1	35	89	2	108	36	21	5	36	1.77
69049229--69049270	21	2.0	22	90	4	68	45	2	7	45	1.44
69054650--69054747	5	18.2	5	76	19	83	19	4	1	75	1.02
69054653--69054694	9	4.3	9	83	16	57	19	2	0	78	0.86
69054650--69054747	17	6.0	16	74	18	87	19	4	1	75	1.02
69054650--69054742	41	2.4	37	83	16	111	19	4	1	75	1.03
69054662--69054747	6	14.3	6	75	9	68	18	4	1	75	1.04
69079187--69079231	17	2.6	17	78	0	63	48	0	0	51	1.00
69081771--69081895	46	2.7	46	97	0	232	27	28	24	20	1.99
69087276--69087321	24	2.0	23	82	4	56	28	19	10	41	1.85
69090725--69090807	5	15.4	5	74	20	62	18	4	1	75	1.04
69090725--69090817	25	3.7	25	77	12	93	17	5	1	76	1.03
69090719--69090797	6	13.0	6	75	12	72	16	3	1	78	0.96
69090719--69090817	49	2.0	49	82	7	121	17	5	1	76	1.01
69090719--69090807	12	7.9	11	79	13	76	17	4	1	76	1.02
69093727--69093751	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
69100071--69100301	40	5.8	40	89	2	322	24	28	23	23	2.00
69105576--69105605	15	2.0	15	93	0	51	33	56	0	10	1.32
69115789--69115822	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
69122678--69122930	68	3.8	65	78	10	223	24	28	16	29	1.97
69123394--69123454	30	2.0	30	83	0	77	29	22	4	42	1.75
69127609--69127705	31	3.2	31	88	7	153	25	23	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69127912--69127971	26	2.4	25	86	10	86	28	21	20	30	1.98
69127925--69127985	26	2.3	26	91	0	95	29	21	26	22	1.99
69128129--69128176	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
69130502--69130679	27	6.6	27	81	5	189	30	28	14	26	1.95
69130522--69130678	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
69136384--69137567	47	25.5	47	91	4	1689	31	9	32	26	1.89
69136448--69136568	22	5.2	22	63	18	66	29	9	33	26	1.89
69136469--69136546	25	3.2	25	65	17	74	28	5	34	32	1.79
69136481--69136556	25	3.2	25	64	17	70	30	7	34	27	1.85
69137272--69137332	31	2.0	31	87	6	88	34	1	32	31	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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