genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7748855--7748956	51	2.0	51	94	3	179	19	36	28	15	1.93
7749231--7749336	53	2.0	53	94	3	187	27	30	28	14	1.95
7750398--7750505	43	2.5	43	89	0	162	26	13	24	35	1.93
7750820--7750935	60	1.9	59	92	1	196	20	12	16	50	1.78
7752698--7752828	68	1.9	68	100	0	262	37	20	16	25	1.93
7754950--7755008	30	2.0	30	100	0	118	37	20	18	23	1.94
7758509--7758577	36	1.9	36	96	0	129	33	18	18	28	1.95
7758858--7758955	49	2.0	49	95	0	178	19	27	23	29	1.98
7765156--7765215	30	2.0	30	83	6	77	28	25	6	40	1.80
7773315--7773382	33	2.1	33	100	0	136	36	30	8	23	1.85
7786111--7786366	80	3.2	80	93	3	412	23	22	27	25	2.00
7786111--7786340	40	5.8	40	96	1	401	23	22	28	26	1.99
7789148--7789185	20	1.9	20	94	0	67	34	36	10	18	1.85
7792860--7793079	46	4.7	46	82	6	232	27	20	29	22	1.99
7792857--7793076	92	2.4	91	81	8	266	27	20	28	23	1.99
7795651--7795710	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
7802696--7802747	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
7821742--7821959	40	5.5	40	94	1	350	24	25	24	25	2.00
7829125--7829409	40	7.2	40	92	2	441	26	27	23	23	2.00
7835783--7835841	27	2.2	27	81	0	73	30	20	16	32	1.95
7835790--7835852	27	2.3	27	83	5	74	28	20	23	26	1.99
7839795--7839842	24	2.0	24	100	0	96	25	25	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7844210--7844257	13	3.6	13	75	13	53	22	14	10	52	1.72
7856520--7856631	24	4.6	24	76	4	91	25	17	30	25	1.98
7864156--7864451	39	7.5	39	96	2	515	18	22	29	29	1.98
7866174--7866219	17	2.7	17	93	0	83	19	26	39	15	1.91
7866174--7866269	40	2.6	36	77	15	106	22	23	35	17	1.95
7866173--7866228	17	3.3	17	87	0	76	21	25	37	16	1.93
7869060--7869111	25	2.0	25	85	3	68	21	9	9	59	1.57
7869068--7869117	26	1.9	26	84	8	66	18	10	16	56	1.67
7873889--7874109	46	4.8	46	79	8	225	23	28	20	28	1.99
7873889--7874109	94	2.4	95	79	8	240	23	28	20	28	1.99
7885296--7885445	64	2.2	66	81	8	169	33	16	28	21	1.95
7885320--7885503	64	2.8	64	79	8	203	30	16	29	22	1.96
7895367--7895536	84	2.0	84	97	0	322	27	17	20	34	1.95
7896515--7896592	39	2.0	39	97	0	147	30	24	12	32	1.93
7899437--7899463	11	2.5	11	100	0	54	55	14	0	29	1.40
7921484--7921529	19	2.4	19	92	0	74	45	6	21	26	1.76
7941245--7941422	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
7941246--7941401	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
7941242--7941422	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
7949340--7949517	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
7949341--7949496	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
7949337--7949517	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7950434--7950621	94	2.0	94	97	0	358	33	16	17	32	1.92
7976576--7976639	31	2.1	31	87	0	92	23	23	15	37	1.93
7976848--7976955	25	4.4	25	91	3	175	32	21	19	26	1.97
7977003--7977049	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
7985203--7985558	178	2.0	176	93	4	617	33	13	21	31	1.92
7985512--7985644	47	2.8	47	87	0	185	31	9	32	26	1.89
7985762--7985840	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
7987745--7987818	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
7989369--7989439	36	2.0	36	97	0	133	25	28	28	18	1.98
7992418--7992595	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
7992419--7992574	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
7992415--7992595	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
7996671--7996927	39	6.5	39	95	1	444	19	22	29	28	1.98
8000549--8000589	21	2.0	21	95	0	73	39	2	17	41	1.62
8001236--8001312	39	2.0	39	92	0	127	25	27	27	19	1.99
8008585--8008768	44	4.2	44	91	3	257	23	20	24	31	1.98
8011661--8011687	12	2.2	12	100	0	54	66	7	7	18	1.40
8017285--8017382	37	2.6	37	70	20	96	19	15	30	34	1.93
8019961--8019985	13	1.9	13	100	0	50	16	12	16	56	1.68
8020689--8020812	46	2.7	46	83	5	151	27	19	30	22	1.98
8027685--8027821	55	2.5	55	82	4	143	24	30	25	19	1.98
8034389--8034430	17	2.5	17	92	3	68	54	0	4	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8035761--8035892	69	1.9	70	92	1	221	32	12	17	37	1.87
8036039--8036190	39	3.9	39	85	1	196	19	23	27	28	1.98
8036037--8036222	39	4.7	39	84	2	192	20	23	26	30	1.98
8045743--8045790	25	1.9	25	91	0	78	45	18	20	14	1.85
8047622--8047726	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
8049728--8049963	40	5.9	40	91	0	373	23	23	28	23	1.99
8057236--8057340	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
8063621--8063652	16	2.0	16	93	0	55	50	18	21	9	1.75
8063870--8063987	28	4.1	27	82	5	119	29	10	33	27	1.89
8067109--8067175	20	3.3	20	91	0	107	35	11	20	31	1.89
8067225--8067319	24	4.0	24	82	6	113	28	17	21	32	1.96
8068276--8068358	40	2.1	40	97	0	157	34	21	16	26	1.95
8072299--8072357	16	3.7	16	86	8	75	54	15	18	11	1.71
8072572--8072656	29	3.0	29	91	1	127	23	18	31	25	1.97
8074351--8074383	16	2.1	16	94	0	57	48	24	18	9	1.76
8074600--8074700	28	3.6	28	82	2	130	25	9	35	28	1.88
8074600--8074720	28	4.3	27	79	9	125	27	11	33	27	1.91
8075893--8075973	40	2.0	40	97	0	153	37	23	13	25	1.92
8090527--8090609	30	2.7	31	90	3	134	21	26	20	31	1.98
8090830--8090898	25	2.8	25	93	0	111	24	23	26	26	2.00
8094695--8094734	21	2.0	20	85	5	53	22	27	10	40	1.86
8098399--8098483	30	2.8	31	85	3	120	21	27	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8102555--8102594	21	2.0	20	85	5	53	22	27	10	40	1.86
8106276--8106360	30	2.8	31	85	3	120	21	27	20	31	1.97
8107801--8107890	7	12.4	7	85	4	117	43	38	0	17	1.50
8110712--8110966	55	4.8	52	76	10	198	22	24	16	36	1.94
8114710--8114848	45	3.1	44	75	14	122	35	16	23	24	1.94
8114739--8114848	22	4.9	21	75	13	85	35	18	22	23	1.96
8120869--8121140	39	7.0	39	97	0	508	23	30	25	20	1.99
8126087--8126199	29	4.0	29	81	6	124	26	13	29	30	1.94
8126100--8126208	58	1.9	58	90	1	175	25	14	29	30	1.95
8130340--8130391	16	3.3	16	83	2	70	48	23	19	9	1.78
8130341--8130399	24	2.5	24	88	0	82	49	20	20	10	1.77
8130341--8130399	16	3.7	16	79	0	64	49	20	20	10	1.77
8130518--8130551	17	1.9	18	88	5	52	11	23	44	20	1.84
8130610--8130724	29	4.0	28	77	4	113	26	15	28	28	1.96
8132267--8132300	13	2.6	13	100	0	68	14	29	32	23	1.94
8136258--8136352	41	2.3	41	87	0	127	31	26	22	20	1.98
8147062--8147243	67	2.8	64	76	7	188	29	16	30	23	1.96
8151198--8151300	40	2.6	40	84	0	134	23	27	14	34	1.94
8153400--8153740	27	12.6	27	86	1	432	34	18	20	26	1.96
8154421--8154501	27	2.7	31	70	20	91	20	23	20	34	1.97
8156458--8156754	27	11.0	27	86	0	398	36	19	19	24	1.95
8157378--8157518	67	2.0	67	82	5	165	19	29	21	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8159565--8159641	39	2.1	37	81	13	88	58	2	14	24	1.49
8164132--8164418	47	6.1	47	88	0	414	32	10	29	27	1.90
8164159--8164234	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
8164238--8164309	22	3.0	25	66	25	73	33	11	26	29	1.91
8164131--8164418	141	2.0	140	94	0	504	31	10	29	28	1.90
8164300--8164375	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
8164623--8164767	37	3.9	37	93	0	236	22	18	33	25	1.97
8166104--8166347	122	2.0	122	99	0	479	33	12	25	28	1.92
8172266--8172363	49	2.0	49	97	0	187	25	5	34	34	1.78
8174494--8175405	46	19.8	46	96	1	1677	30	28	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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