genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5672835--5672859	12	2.1	12	100	0	50	36	32	8	24	1.84
5672933--5673414	177	2.7	178	86	1	635	30	18	23	27	1.98
5672933--5673428	178	2.8	176	85	3	636	31	18	23	27	1.97
5674657--5674697	20	2.0	21	85	9	57	17	2	4	75	1.08
5679453--5679774	50	6.7	50	78	8	260	24	29	18	26	1.98
5679543--5679720	95	1.9	96	84	5	245	24	27	20	26	1.99
5679454--5679780	145	2.3	148	80	6	366	25	29	18	26	1.98
5685362--5685511	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
5685386--5685569	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
5692371--5692408	19	2.0	20	89	5	60	28	23	10	36	1.88
5695426--5695535	41	2.7	40	80	9	132	23	20	20	35	1.96
5698376--5698537	46	3.5	45	82	11	161	24	30	19	26	1.98
5698412--5698537	46	2.7	45	85	8	164	23	32	19	24	1.97
5700201--5700245	21	2.0	21	83	12	54	22	17	6	53	1.67
5702844--5702936	29	3.2	29	80	8	109	43	18	17	21	1.89
5702890--5702999	29	3.8	30	77	14	88	41	19	12	26	1.87
5708044--5708088	21	2.2	21	88	11	67	33	2	22	42	1.66
5715726--5715764	21	1.9	20	94	5	69	33	0	20	46	1.51
5715726--5715772	21	2.3	21	85	10	62	34	2	19	44	1.62
5716317--5716442	41	2.8	44	82	9	141	22	16	24	36	1.94
5718291--5718338	24	2.0	25	87	4	71	20	29	2	47	1.61
5721098--5721179	40	2.0	40	100	0	164	46	2	18	32	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5722202--5722521	50	6.6	50	74	10	238	30	19	27	22	1.98
5722242--5722521	95	2.9	98	80	7	286	30	18	27	22	1.98
5722247--5722577	145	2.3	146	81	6	368	29	20	27	22	1.99
5722242--5722574	98	3.4	96	79	6	280	29	19	28	22	1.98
5724914--5724974	27	2.3	27	82	8	79	31	14	3	50	1.59
5732556--5732728	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
5732553--5732723	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
5732953--5732990	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
5742101--5742130	14	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
5742125--5742161	7	4.9	8	86	6	51	24	0	2	72	0.97
5742136--5742161	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
5742111--5742167	30	1.9	30	85	0	78	29	0	5	64	1.15
5742537--5742666	66	2.0	66	85	0	179	23	0	29	46	1.57
5743258--5743316	16	3.8	17	74	17	58	18	0	35	45	1.50
5743337--5743371	18	1.9	18	88	0	52	17	0	22	60	1.37
5743386--5743499	41	2.8	40	80	5	129	24	22	19	33	1.97
5748154--5748192	19	2.0	21	90	10	64	48	5	41	5	1.47
5750269--5750383	27	4.3	26	82	5	122	37	22	23	16	1.94
5750269--5750383	54	2.1	54	87	3	160	37	22	23	16	1.94
5751483--5751644	26	6.2	26	96	1	263	36	24	4	33	1.77
5756794--5756840	24	2.0	24	91	4	78	57	12	2	27	1.47
5760923--5760964	17	2.5	17	88	3	59	38	11	21	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5765320--5765372	27	2.0	27	88	0	79	28	15	26	30	1.96
5770622--5770681	31	1.9	31	100	0	120	36	3	10	50	1.53
5771242--5771281	11	3.6	11	80	12	55	52	5	22	20	1.65
5771840--5771938	42	2.4	40	90	6	162	68	4	22	5	1.26
5771852--5771938	42	2.1	41	97	2	165	66	4	22	5	1.32
5777369--5777509	49	2.9	49	75	0	129	27	24	18	29	1.98
5777527--5777647	46	2.6	45	80	8	136	25	28	18	27	1.98
5784433--5784466	17	1.9	18	94	5	61	0	2	14	82	0.79
5787166--5787487	118	2.7	118	90	1	493	31	13	13	41	1.84
5788959--5789008	15	3.0	15	76	23	55	58	10	0	32	1.31
5790262--5790302	19	2.2	19	86	4	57	26	19	0	53	1.45
5790277--5790362	43	2.0	43	88	8	131	23	22	1	53	1.53
5791506--5791544	19	2.1	19	90	0	60	38	5	5	51	1.46
5793211--5793241	5	6.2	5	92	0	53	35	0	22	41	1.54
5793625--5793658	10	3.4	10	87	0	50	50	14	32	2	1.58
5796108--5796183	38	2.0	38	100	0	152	39	0	26	34	1.57
5796579--5796703	56	2.2	57	82	1	144	42	1	20	36	1.62
5796594--5796736	57	2.5	56	85	3	171	41	1	19	37	1.60
5800790--5800867	39	2.0	39	94	0	138	38	0	23	38	1.55
5811937--5811993	21	2.6	22	80	5	62	64	0	7	28	1.19
5812019--5812054	8	4.4	8	92	3	54	47	0	0	52	1.00
5826244--5826302	19	3.1	19	80	4	66	32	1	3	62	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5826257--5826357	9	10.5	10	68	18	63	31	0	1	65	1.10
5826256--5826360	17	5.6	17	71	15	75	32	0	1	64	1.11
5826255--5826377	40	3.2	37	77	11	122	34	1	1	61	1.15
5828339--5828370	7	4.6	7	96	0	55	59	9	0	31	1.29
5828267--5828748	242	2.0	245	94	2	844	37	16	13	32	1.88
5831357--5831468	27	4.2	26	88	7	161	36	24	24	15	1.93
5831357--5831468	54	2.1	54	91	3	181	36	24	24	15	1.93
5833090--5833197	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
5837439--5837470	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
5840175--5840282	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
5844755--5844954	38	5.3	38	90	0	310	22	22	24	31	1.99
5844947--5845230	43	6.6	43	99	0	559	7	26	36	29	1.84
5848544--5848658	27	4.3	26	86	7	158	37	23	23	15	1.93
5848544--5848658	54	2.1	54	90	3	178	37	23	23	15	1.93
5851773--5851867	48	2.0	48	93	4	165	30	11	11	46	1.76
5857408--5858260	426	2.0	427	96	0	1555	32	14	20	32	1.93
5863757--5863783	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
5880288--5880343	23	2.5	22	88	5	94	25	25	16	33	1.95
5881913--5882034	43	2.8	43	85	4	149	23	18	25	32	1.97
5885450--5885530	42	1.9	42	100	0	162	34	12	16	37	1.86
5894815--5894868	27	2.0	27	100	0	108	33	3	22	40	1.71
5895782--5895839	23	2.5	23	80	0	80	24	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5900561--5900722	42	3.8	42	79	1	171	30	16	23	30	1.96
5906786--5906831	21	2.1	21	81	18	51	47	6	0	45	1.28
5906920--5906977	23	2.3	26	82	8	68	46	5	0	48	1.24
5915819--5915876	28	2.1	28	100	0	116	31	3	29	36	1.74
5922703--5922743	18	2.2	20	86	8	59	31	17	4	46	1.69
5922978--5923110	40	3.2	40	77	10	169	33	26	15	24	1.95
5922929--5923153	83	2.7	83	97	0	423	32	26	16	24	1.96
5922928--5923173	43	5.9	43	77	9	274	33	26	15	24	1.95
5926514--5926684	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
5926506--5926681	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
5929072--5929160	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
5929072--5929154	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
5929083--5929160	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
5932083--5932253	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
5932075--5932250	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
5937276--5937542	43	6.3	43	79	8	246	31	26	16	25	1.96
5943660--5943830	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
5943655--5943827	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
5944250--5944309	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
5945136--5945177	20	2.1	20	100	0	84	35	4	19	40	1.72
5945523--5945633	29	3.9	28	78	2	105	28	14	28	27	1.95
5945536--5945646	57	1.9	58	85	1	152	28	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5950784--5951993	605	2.0	605	97	0	2294	28	24	15	31	1.96
5958688--5958810	43	2.9	43	86	1	158	29	31	20	18	1.96
5958699--5958810	42	2.6	43	85	1	145	29	32	21	16	1.96
5958927--5959049	43	2.9	43	86	1	158	29	31	20	18	1.96
5958588--5959066	239	2.0	239	100	0	958	30	30	18	21	1.97
5958938--5959049	42	2.6	43	85	1	145	29	32	21	16	1.96
5961261--5961307	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
5964044--5964194	81	1.9	81	83	5	198	46	21	9	22	1.80
5965903--5965936	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
5966756--5966790	15	2.4	15	90	4	54	45	28	0	25	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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