genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15959021--15959063	6	7.0	6	81	5	50	2	27	2	67	1.15
15959029--15959075	18	2.5	19	89	3	69	6	23	2	68	1.24
15959060--15959110	21	2.4	21	87	9	68	13	21	0	64	1.28
15959042--15959110	18	3.4	20	83	15	72	11	21	1	65	1.33
15960943--15960980	18	2.1	18	95	0	67	42	18	18	21	1.90
15961255--15961292	18	2.1	18	95	0	67	42	18	18	21	1.90
15960772--15961395	312	2.0	312	100	0	1248	34	25	17	21	1.95
15961638--15961754	27	4.3	27	78	6	112	21	18	19	40	1.92
15961708--15961793	27	3.2	27	81	3	75	25	12	22	39	1.89
15964918--15964956	20	1.9	21	89	5	62	33	17	28	20	1.96
15966470--15966654	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
15966470--15966652	79	2.3	81	83	7	223	25	27	21	24	1.99
15970079--15970159	18	4.4	18	71	15	58	7	20	4	66	1.36
15970374--15970550	41	4.3	41	84	7	218	38	20	21	19	1.94
15970485--15970610	67	1.9	67	93	0	216	38	20	20	19	1.93
15970444--15971365	108	8.5	108	98	0	1760	37	20	22	20	1.94
15970552--15970651	41	2.4	41	93	0	164	36	21	22	21	1.96
15970593--15970718	67	1.9	67	93	0	216	38	20	20	19	1.93
15970660--15970759	41	2.4	41	93	0	164	36	21	22	21	1.96
15970701--15970826	67	1.9	67	93	0	216	38	20	20	19	1.93
15970768--15970867	41	2.4	41	93	0	164	36	21	22	21	1.96
15970809--15970934	67	1.9	67	93	0	216	38	20	20	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15970876--15970975	41	2.4	41	93	0	164	36	21	22	21	1.96
15970917--15971042	67	1.9	67	93	0	216	38	20	20	19	1.93
15970984--15971083	41	2.4	41	93	0	164	36	21	22	21	1.96
15971025--15971150	67	1.9	67	88	3	191	39	19	20	19	1.92
15971072--15971127	26	2.2	25	90	6	87	39	21	23	16	1.92
15971092--15971201	41	2.7	41	84	5	159	38	19	21	20	1.94
15971133--15971258	67	1.9	67	93	0	216	38	20	20	19	1.93
15971200--15971299	41	2.4	41	93	0	164	36	21	22	21	1.96
15971288--15971343	26	2.2	25	90	6	87	39	21	23	16	1.92
15971439--15971482	21	2.0	22	91	4	72	18	0	38	43	1.50
15971719--15971762	21	2.1	21	91	0	70	29	2	34	34	1.70
15972074--15972121	11	4.0	11	75	19	51	22	45	0	31	1.53
15972077--15972137	26	2.3	26	94	0	113	21	49	0	29	1.50
15972088--15972136	15	3.5	15	68	21	52	18	51	0	30	1.47
15975661--15975794	64	2.1	64	94	0	232	38	11	4	44	1.62
15975842--15975912	24	3.0	24	85	8	108	28	19	7	45	1.76
15976086--15976141	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
15976247--15976498	9	28.4	9	75	10	135	47	13	1	37	1.52
15976246--15976498	18	14.3	18	73	10	173	47	13	1	37	1.52
15976317--15976522	43	5.1	42	71	17	143	47	13	0	38	1.50
15976417--15976498	17	4.6	17	74	6	65	47	13	1	37	1.51
15976215--15976498	150	1.9	150	88	1	426	47	13	1	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15981705--15981733	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
15982153--15982195	21	2.0	21	95	0	77	27	20	51	0	1.48
15982159--15982202	21	2.1	21	95	0	79	27	22	50	0	1.50
15982445--15982511	31	2.2	31	86	0	89	16	7	19	56	1.63
15985874--15986004	66	2.0	66	92	0	217	29	19	12	38	1.88
15986405--15986571	44	3.8	44	71	7	151	35	20	23	20	1.96
15986415--15986574	87	1.8	87	91	0	266	36	20	23	20	1.95
15987671--15987838	84	2.0	83	96	1	309	41	9	25	24	1.85
15989629--15989812	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
15989629--15989812	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
15989681--15989835	79	2.0	79	82	10	192	26	21	27	25	1.99
15992489--15992659	43	4.0	43	74	8	150	34	25	15	24	1.95
15994553--15994782	95	2.4	94	90	2	343	26	27	18	27	1.98
15994558--15994731	48	3.6	48	84	1	251	24	27	19	28	1.99
15994553--15994779	48	4.8	48	79	4	226	26	27	17	28	1.98
15995242--15995335	39	2.4	40	87	1	129	20	30	26	22	1.98
15995261--15995349	39	2.3	39	92	0	142	20	28	24	26	1.99
16002954--16003047	39	2.4	40	85	1	111	21	29	27	21	1.98
16002984--16003061	39	2.0	39	94	0	138	20	30	25	23	1.98
16006440--16006504	28	2.3	28	94	0	112	35	26	7	30	1.84
16006610--16006699	28	3.2	27	81	7	92	20	25	23	31	1.98
16006621--16006699	27	2.8	28	79	9	90	21	26	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16007143--16007183	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
16013743--16013791	23	2.0	25	88	7	75	24	14	18	42	1.87
16015851--16016164	46	6.6	49	73	11	176	27	20	28	23	1.99
16020253--16020439	48	3.9	48	88	0	239	26	27	18	27	1.98
16020250--16020439	96	2.0	96	86	2	265	27	27	17	27	1.98
16020812--16020857	24	1.9	24	100	0	92	43	23	13	19	1.86
16023791--16023976	55	3.4	54	80	11	195	24	23	17	34	1.95
16030335--16030520	55	3.4	53	74	14	139	35	14	24	25	1.93
16030342--16030543	108	1.9	110	82	6	259	34	14	24	25	1.94
16069789--16069859	24	3.0	24	91	0	115	33	1	38	26	1.65
16069789--16069882	48	1.9	48	81	10	111	34	4	37	24	1.75
16071277--16071388	27	4.2	26	77	7	116	16	23	22	37	1.94
16082108--16082280	74	2.3	74	100	0	346	26	21	19	31	1.98
16082108--16082318	74	2.9	74	89	0	206	26	23	21	28	1.99
16086420--16086490	24	3.0	24	91	0	115	33	1	38	26	1.65
16086420--16086513	48	1.9	48	81	10	111	34	4	37	24	1.75
16087908--16088020	27	4.2	26	81	7	118	18	23	21	36	1.95
16090310--16090358	25	2.0	25	100	0	98	26	24	12	36	1.91
16090312--16090372	25	2.4	25	88	0	86	24	26	11	37	1.89
16094723--16094761	20	2.0	20	85	10	53	23	2	20	53	1.57
16098899--16099083	93	2.0	93	93	0	316	31	15	18	34	1.92
16099970--16099996	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16100735--16100848	40	2.8	40	87	7	169	25	23	28	22	2.00
16103880--16103945	33	2.0	33	96	0	123	40	15	22	21	1.90
16130073--16130215	37	3.9	37	94	0	232	26	31	17	24	1.97
16130364--16130549	100	1.9	96	89	6	284	30	26	6	36	1.82
16130364--16130550	48	3.8	48	88	5	277	31	26	6	36	1.82
16130520--16130713	47	4.1	47	90	0	280	26	29	10	33	1.90
16134835--16134967	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
16136736--16136975	48	5.0	48	92	2	390	34	6	28	30	1.82
16136736--16136975	98	2.5	96	90	2	390	34	6	28	30	1.82
16137111--16137225	37	3.1	37	92	2	178	26	18	28	26	1.98
16142652--16142701	23	2.2	23	81	0	55	68	16	6	10	1.38
16142664--16142705	12	3.6	12	77	6	50	69	16	2	11	1.29
16142841--16142875	3	11.7	3	93	0	61	31	31	2	34	1.73
16148983--16149038	29	2.0	28	92	3	94	48	12	7	32	1.68
16151049--16151127	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
16151246--16151671	47	9.1	47	93	0	665	28	29	8	32	1.88
16154410--16154450	13	3.2	13	82	0	55	17	29	31	21	1.96
16163680--16163704	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
16169615--16169736	55	2.2	55	85	2	165	23	23	30	22	1.99
16177790--16177828	20	1.9	21	89	5	62	38	28	17	15	1.91
16180163--16180223	31	2.0	30	84	12	81	19	27	22	27	1.98
16182436--16182548	57	2.0	57	96	0	208	30	19	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16189141--16189311	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	22	1.99
16189132--16189308	46	3.8	46	76	12	200	28	27	21	22	1.99
16217475--16217535	26	2.3	26	91	0	95	24	3	24	47	1.67
16221176--16221555	105	3.6	105	98	0	733	31	25	12	30	1.93
16232487--16232567	41	2.0	41	92	4	137	34	12	28	24	1.92
16245746--16245823	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
16245776--16246799	174	5.9	174	98	0	1985	29	14	25	30	1.95
16254514--16254665	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
16254514--16254665	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
16259005--16259047	10	3.7	11	80	20	52	72	2	6	18	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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