genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  178  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60397576--60397606	2	15.5	2	93	0	53	51	0	48	0	1.00
60400426--60400461	18	2.0	18	100	0	72	16	16	16	50	1.79
60413281--60413444	40	4.1	39	76	14	97	36	14	29	18	1.91
60413305--60413444	20	7.1	20	69	21	98	39	12	30	17	1.87
60413305--60413466	40	4.1	40	81	7	152	38	13	29	18	1.89
60418523--60418680	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
60435614--60435801	40	4.7	40	88	4	252	20	14	26	37	1.92
60435864--60435913	24	2.1	24	96	0	91	36	12	14	38	1.83
60440746--60441010	40	6.6	40	83	4	309	23	17	25	33	1.96
60441071--60441146	33	2.3	33	95	2	136	40	5	15	38	1.70
60442226--60442260	12	2.9	12	95	0	61	34	42	14	8	1.76
60445776--60445825	26	1.9	26	100	0	100	28	12	36	24	1.91
60453536--60453603	16	4.2	16	92	0	109	29	0	35	35	1.58
60453584--60453674	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
60453839--60453873	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60453959--60453993	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60453825--60454044	120	1.8	119	93	0	377	48	5	3	41	1.45
60454417--60454441	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
60457474--60457525	15	3.2	15	75	19	59	44	0	0	55	0.99
60457477--60457531	17	3.2	16	72	27	51	45	0	0	54	0.99
60460117--60460266	37	3.9	37	86	11	187	26	21	14	37	1.92
60460189--60460457	46	5.6	46	87	6	331	28	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60460232--60460451	52	4.3	52	85	8	299	27	22	13	36	1.92
60460189--60460457	98	2.8	94	80	12	321	28	22	13	35	1.92
60462468--60462617	68	2.2	68	84	4	187	23	23	20	33	1.97
60462721--60462831	35	3.0	39	67	22	101	22	27	24	25	2.00
60462694--60462831	73	1.9	73	89	0	213	22	27	25	24	2.00
60469225--60469276	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
60469257--60469351	45	2.1	44	84	1	118	35	5	25	33	1.78
60469513--60469547	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60469471--60469543	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
60475840--60475899	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
60476641--60476812	27	6.4	27	81	3	186	25	19	19	36	1.94
60482776--60482959	71	2.7	67	87	3	251	32	18	26	22	1.97
60483591--60483790	27	7.4	27	88	1	276	25	20	20	34	1.96
60486154--60486210	28	2.0	28	100	0	114	47	7	3	42	1.47
60489944--60490000	27	2.1	27	100	0	114	57	10	3	28	1.48
60490767--60490883	41	2.9	40	84	2	144	35	25	14	24	1.94
60501706--60501849	72	2.0	72	98	0	279	30	7	22	39	1.82
60503080--60503136	29	2.0	28	89	0	78	43	8	10	35	1.70
60508546--60508624	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60513985--60514112	44	3.0	44	75	15	115	30	23	17	28	1.97
60517971--60518002	15	2.1	15	94	0	55	25	9	6	59	1.52
60522145--60522322	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60522166--60522321	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60525748--60525925	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60525769--60525924	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60537798--60537913	41	2.7	43	77	10	148	25	17	30	27	1.97
60540720--60540834	29	4.0	29	84	6	137	26	14	29	28	1.95
60540733--60540843	57	1.9	58	87	1	161	27	15	29	27	1.96
60545131--60545328	53	3.8	52	78	7	179	37	18	23	20	1.94
60545533--60545563	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
60555344--60555384	22	1.9	21	85	5	55	24	26	36	12	1.91
60556499--60556865	48	7.7	47	73	12	227	22	27	20	29	1.99
60556692--60556870	94	1.9	94	86	2	252	22	28	20	27	1.99
60557488--60557512	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
60558322--60558427	53	2.0	53	90	0	167	28	27	20	23	1.99
60571477--60571630	40	3.9	40	88	4	206	25	23	27	23	2.00
60579631--60579775	40	3.7	40	86	5	197	24	22	28	25	1.99
60579644--60579808	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
60599686--60599805	27	4.4	27	89	2	152	34	24	10	31	1.88
60599687--60599805	54	2.2	54	89	0	175	33	24	10	31	1.88
60600601--60600656	23	2.4	24	87	3	78	35	12	30	21	1.90
60602424--60602729	47	6.6	45	72	12	183	22	30	19	27	1.98
60602508--60602729	94	2.4	94	83	3	286	22	29	19	27	1.98
60613748--60613888	40	3.6	39	84	8	180	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60613748--60613907	39	4.1	40	89	4	220	25	26	21	26	1.99
60613748--60613907	79	2.0	79	85	7	218	25	26	21	26	1.99
60618718--60618895	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60618719--60618874	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60618715--60618895	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60628149--60628333	79	2.3	81	82	10	222	24	26	23	25	2.00
60628149--60628333	40	4.7	39	78	14	191	24	26	23	25	2.00
60635505--60635601	27	3.6	27	90	2	140	27	13	28	29	1.94
60650584--60650699	23	5.4	23	64	22	81	40	6	16	36	1.75
60650579--60650709	42	3.1	42	100	0	262	40	6	16	35	1.76
60653179--60653241	33	1.9	33	86	0	90	23	26	23	25	2.00
60653396--60653447	28	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
60655325--60655386	31	2.0	32	84	9	83	35	19	22	22	1.96
60656107--60656327	27	8.2	27	86	0	316	26	18	17	37	1.93
60658288--60658349	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
60659000--60659191	27	7.2	27	85	3	273	26	19	18	35	1.95
60659000--60659191	53	3.6	54	90	2	300	26	19	18	35	1.95
60663752--60663777	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
60666598--60666663	33	2.0	33	84	0	87	27	24	21	27	1.99
60675267--60675300	15	2.3	15	94	0	59	38	0	26	35	1.57
60685934--60686161	48	4.8	48	97	0	420	33	7	27	32	1.84
60686311--60686456	37	3.9	37	87	0	202	21	18	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60686505--60686997	263	1.9	263	98	0	950	32	13	19	33	1.91
60687769--60687793	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
60688511--60688829	47	6.8	46	77	10	238	26	20	30	23	1.98
60690160--60692657	833	3.0	829	86	2	3425	24	20	11	43	1.84
60714559--60714736	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60714560--60714715	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60714556--60714736	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60718566--60718591	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
60721704--60721733	12	2.5	12	94	0	51	33	40	20	6	1.78
60722551--60722626	23	3.4	22	82	7	82	14	10	27	47	1.77
60724157--60724198	21	2.0	21	85	0	57	38	11	7	42	1.69
60726554--60726811	40	6.5	40	95	1	439	25	28	23	22	1.99
60728378--60728531	50	3.1	50	96	1	285	40	22	7	30	1.80
60730322--60730358	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
60731086--60731135	25	2.0	25	84	7	66	44	4	14	38	1.63
60731306--60731359	20	2.6	21	88	5	74	35	9	7	48	1.63
60731276--60731351	30	2.5	30	80	2	89	35	7	9	47	1.65
60731647--60731698	15	3.6	14	76	12	52	26	1	1	69	1.10
60734228--60734268	22	1.9	21	90	5	64	56	19	0	24	1.42
60740223--60740260	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
60747512--60747607	28	3.3	27	73	19	86	26	25	19	29	1.99
60747506--60747654	60	2.5	61	82	7	171	26	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60747644--60747689	20	2.3	20	81	3	58	30	30	15	23	1.95
60752139--60752176	15	2.5	15	84	12	51	0	21	0	78	0.74
60760215--60760293	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
60760412--60760757	49	7.2	49	91	3	542	29	30	8	31	1.86
60760412--60760757	96	3.6	96	92	2	561	29	30	8	31	1.86
60762389--60762466	39	2.0	39	94	0	138	37	29	10	23	1.88
60765879--60766054	58	3.0	58	94	0	316	36	16	14	32	1.89
60767691--60767720	15	2.0	15	93	0	51	40	10	16	33	1.82
60769964--60770196	115	2.0	115	96	1	432	38	14	12	34	1.83
60771852--60771981	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235