genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6318758--6318935	27	6.6	27	83	5	189	28	28	15	26	1.96
6318779--6318934	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
6321788--6321979	50	3.9	49	83	4	206	30	25	17	27	1.97
6321788--6321988	101	2.0	99	82	3	242	29	25	16	27	1.97
6322793--6322853	30	2.0	30	83	0	77	29	22	6	40	1.79
6324185--6324363	47	3.8	47	79	9	213	21	31	20	26	1.97
6324185--6324410	94	2.4	92	84	8	278	22	31	19	26	1.98
6324183--6324410	47	4.9	47	77	16	206	22	31	19	26	1.98
6330334--6330369	19	1.9	18	88	5	54	38	0	16	44	1.48
6330772--6330954	66	2.9	63	77	6	188	29	17	30	22	1.97
6335349--6335382	16	2.0	18	88	11	54	11	29	38	20	1.88
6337447--6337531	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
6337602--6337710	47	2.3	47	86	7	143	26	29	10	33	1.89
6338162--6338201	16	2.5	16	91	0	62	30	0	37	32	1.58
6342003--6342093	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
6342074--6342142	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
6342074--6342142	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
6345507--6345671	46	3.6	45	73	11	145	21	18	29	30	1.97
6345502--6345671	93	1.8	93	89	0	268	21	18	29	31	1.97
6352994--6353104	54	2.1	54	98	0	213	40	31	11	16	1.84
6359602--6359683	29	2.8	29	96	0	146	35	15	25	23	1.94
6359639--6359939	71	4.2	71	99	0	593	33	15	23	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6375320--6375345	6	4.3	6	100	0	52	15	69	15	0	1.20
6377080--6377126	19	2.4	20	89	10	71	23	27	0	48	1.51
6377027--6377189	74	2.3	72	87	8	226	25	33	0	41	1.60
6384537--6384764	35	6.6	35	87	1	244	31	24	14	29	1.95
6388025--6388131	47	2.2	48	81	6	128	33	28	14	23	1.94
6389986--6390985	35	28.6	35	97	0	1723	31	25	16	26	1.97
6391010--6391036	12	2.2	12	100	0	54	25	33	7	33	1.84
6395646--6395677	15	2.1	15	94	0	55	34	37	6	21	1.79
6408247--6408276	15	2.0	15	100	0	60	26	13	6	53	1.64
6418541--6418667	45	2.8	45	90	0	191	26	29	22	22	1.99
6421272--6421533	39	6.7	39	91	1	391	19	22	28	29	1.98
6434738--6434907	46	3.7	46	81	13	197	27	20	30	21	1.98
6436171--6436204	12	2.8	12	95	0	59	23	14	0	61	1.33
6438963--6439009	17	2.7	17	86	3	67	21	2	0	76	0.89
6439724--6439905	99	1.8	99	89	4	287	24	14	29	30	1.95
6440579--6440626	20	2.5	20	86	10	64	25	10	2	62	1.38
6441508--6441541	12	2.8	12	95	0	59	23	14	0	61	1.33
6443944--6444063	24	5.0	24	87	7	172	28	22	20	29	1.98
6443944--6444063	49	2.5	47	87	6	170	28	22	20	29	1.98
6444112--6444178	20	3.3	20	91	0	107	31	20	13	34	1.92
6455811--6456144	84	4.0	84	98	0	643	26	24	24	24	2.00
6466838--6467025	80	2.3	80	83	7	256	23	17	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6466838--6467062	40	5.7	40	85	2	222	23	19	26	30	1.98
6466834--6467062	80	2.9	80	78	8	252	22	19	27	30	1.98
6472608--6472666	30	1.9	31	86	3	84	35	13	23	27	1.92
6473789--6474613	64	12.9	64	100	0	1650	37	18	12	31	1.88
6475826--6475883	15	3.9	15	78	17	75	62	13	13	10	1.55
6483345--6483389	23	2.0	23	90	0	72	17	24	13	44	1.85
6489358--6489533	46	3.8	45	78	10	194	21	21	28	28	1.98
6489639--6489682	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
6492906--6492987	42	2.0	42	82	0	101	30	21	14	32	1.94
6492959--6493067	47	2.3	47	82	3	121	30	24	13	31	1.94
6493079--6493111	7	4.7	7	100	0	66	12	27	15	45	1.81
6493117--6494124	31	32.5	31	98	0	1926	25	25	19	28	1.98
6494102--6494278	50	3.5	50	88	2	257	26	21	16	35	1.94
6505774--6505825	27	1.9	27	96	0	95	38	23	5	32	1.78
6505777--6505837	27	2.3	27	85	5	79	44	19	8	27	1.79
6506406--6506459	23	2.3	23	93	0	90	20	16	20	42	1.89
6519292--6519339	23	2.1	23	92	0	78	20	22	16	39	1.92
6520397--6520435	16	2.4	16	100	0	78	30	5	17	46	1.70
6528441--6528920	245	2.0	245	100	0	960	30	12	20	36	1.90
6537659--6537731	23	3.2	22	74	12	76	28	21	26	23	1.99
6539279--6539368	29	3.1	29	91	1	137	30	26	12	31	1.92
6543462--6543628	86	1.9	86	98	0	325	26	22	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6544801--6544969	39	4.3	39	87	3	216	25	20	27	27	1.99
6544801--6544928	39	3.3	39	94	1	220	25	20	28	25	1.99
6544746--6544969	79	2.8	80	81	10	253	25	21	26	26	1.99
6544801--6544992	79	2.4	78	83	9	196	26	19	27	26	1.99
6552378--6552602	40	5.7	40	86	5	287	24	21	27	26	2.00
6552378--6552635	119	2.2	119	81	8	285	25	21	27	25	1.99
6555703--6555827	56	2.2	56	84	2	162	36	20	15	28	1.93
6560089--6560120	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
6562962--6563098	40	3.5	40	82	6	172	25	27	23	24	2.00
6571111--6571247	40	3.5	40	81	6	163	26	27	22	24	2.00
6572870--6573011	70	2.0	70	97	0	266	29	22	8	39	1.83
6587229--6587272	16	2.8	15	80	10	52	75	0	6	18	1.02
6588264--6588424	24	6.6	24	73	6	135	23	11	31	33	1.91
6588272--6588411	74	1.9	75	83	7	187	23	10	31	34	1.89
6604212--6604346	23	5.7	23	74	11	107	31	16	23	28	1.96
6604223--6604346	46	2.6	47	75	13	121	33	15	24	27	1.95
6615393--6615497	27	3.9	26	80	12	113	19	22	20	37	1.95
6615392--6615503	54	2.1	54	84	3	145	17	23	21	37	1.94
6621653--6621875	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
6621728--6621910	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
6624120--6625500	47	29.4	47	96	0	2456	27	30	10	31	1.89
6628608--6628689	42	2.0	42	90	0	128	24	12	39	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6631696--6631807	27	4.2	26	83	7	134	16	22	23	38	1.93
6631696--6631807	54	2.1	54	89	3	172	16	22	23	38	1.93
6632921--6633091	43	4.0	43	78	6	193	25	16	26	31	1.96
6643142--6643310	43	4.0	42	73	7	135	24	17	26	32	1.96
6643142--6643294	42	3.6	41	72	11	130	26	16	24	32	1.96
6664820--6664847	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6665599--6665776	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
6665600--6665755	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
6665596--6665776	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
6673662--6673839	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
6673663--6673818	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
6673659--6673839	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
6682085--6682185	40	2.5	41	82	6	118	32	17	28	20	1.96
6689339--6689486	51	2.9	51	80	3	183	27	19	23	29	1.98
6696337--6696392	27	2.1	27	100	0	112	30	14	21	33	1.93
6696345--6696403	27	2.2	27	87	6	84	28	15	23	32	1.95
6701282--6701453	27	6.4	27	86	0	236	46	18	11	24	1.81
6703514--6703631	59	2.0	59	96	0	218	33	16	19	30	1.94
6703528--6703650	59	2.1	59	82	0	147	35	17	18	28	1.93
6705085--6705109	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
6707223--6707286	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
6718229--6718434	112	1.8	112	86	2	297	26	14	23	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6718227--6718413	56	3.3	56	90	1	295	25	15	23	35	1.94
6718229--6718468	112	2.1	111	81	6	270	26	15	23	35	1.94
6723186--6723238	26	2.0	26	100	0	106	39	7	11	41	1.69
6731688--6731871	40	4.6	40	80	10	207	25	27	22	24	2.00
6731688--6731872	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
6739556--6739635	27	3.0	26	82	7	106	38	25	7	28	1.83
6739645--6739733	27	3.3	27	91	0	142	32	22	7	37	1.83
6739754--6739827	27	2.7	27	85	6	105	40	24	6	28	1.80
6739809--6740005	27	7.3	27	84	0	241	34	18	20	26	1.96
6739784--6740003	54	4.1	53	84	4	185	34	19	19	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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