genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24040407--24040595	43	4.4	43	97	0	351	27	34	14	23	1.94
24047176--24047553	189	2.0	189	98	0	729	27	22	20	29	1.98
24047640--24047747	54	2.0	54	96	0	198	25	15	17	41	1.89
24048257--24048317	12	4.7	12	75	16	59	18	8	3	70	1.26
24048246--24048292	24	2.0	24	83	8	60	10	10	6	72	1.28
24051199--24051345	74	2.0	74	95	0	267	34	18	16	30	1.93
24052168--24052236	34	2.0	34	97	0	129	33	26	2	37	1.71
24052537--24052714	27	6.6	27	81	5	180	29	28	15	26	1.96
24052557--24052710	82	1.9	81	86	4	220	30	27	15	25	1.96
24055686--24055761	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
24055605--24055789	47	3.9	47	78	12	200	30	9	29	29	1.89
24067225--24067716	46	10.7	46	87	8	669	21	19	29	29	1.98
24075789--24075974	93	2.0	93	97	0	354	34	23	23	17	1.96
24076233--24076390	78	2.0	78	98	0	307	26	29	17	25	1.98
24076899--24077037	70	2.0	70	98	0	269	28	24	16	30	1.96
24080167--24080325	43	3.7	43	77	7	153	24	16	26	32	1.97
24083382--24083496	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
24083407--24083496	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
24083602--24083666	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
24084733--24084765	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
24086204--24086626	212	2.0	211	96	0	765	32	26	19	21	1.97
24091441--24091503	28	2.2	29	86	8	85	33	23	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24091609--24091669	28	2.2	28	88	5	88	29	9	29	31	1.89
24097374--24097406	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
24110010--24110069	28	2.1	28	81	6	68	31	18	18	31	1.95
24117946--24117972	14	1.9	14	100	0	54	37	22	0	40	1.54
24118137--24118328	24	8.0	24	89	1	269	29	21	20	27	1.98
24119013--24119059	24	2.0	24	95	0	85	40	14	23	21	1.90
24123230--24123446	109	2.0	109	100	0	434	30	15	26	26	1.96
24126511--24126577	20	3.3	20	89	0	107	35	10	20	32	1.87
24126628--24126700	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
24126627--24126721	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
24134853--24135020	24	7.0	24	85	6	198	30	20	20	27	1.98
24134854--24135020	71	2.3	72	85	5	221	31	20	20	27	1.98
24135089--24135939	447	1.9	447	99	0	1684	23	17	25	33	1.96
24142431--24142478	4	11.8	4	87	12	55	0	20	0	79	0.74
24142431--24142478	5	10.4	5	89	10	52	0	20	0	79	0.74
24142431--24142478	10	5.3	9	88	11	64	0	20	0	79	0.74
24146022--24146353	166	2.0	166	100	0	664	25	15	28	30	1.96
24146734--24146794	27	2.3	27	85	0	86	37	13	19	29	1.90
24146990--24147104	27	4.3	26	91	5	158	18	23	22	35	1.95
24151184--24151242	27	2.2	27	96	0	109	37	13	20	28	1.91
24151466--24151580	27	4.3	27	79	6	108	18	23	21	36	1.95
24152789--24152834	23	2.0	23	95	0	83	30	19	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24153133--24153208	28	2.7	28	95	0	134	25	6	15	52	1.67
24157424--24157501	32	2.5	32	91	2	122	34	12	10	42	1.77
24158261--24158306	17	2.7	18	76	10	51	23	15	17	43	1.87
24165506--24165668	32	5.2	32	89	0	240	36	21	19	22	1.95
24165685--24165745	22	2.8	22	79	0	68	40	24	16	18	1.90
24166109--24166218	27	4.1	27	85	0	139	28	10	23	37	1.89
24176639--24176899	47	5.5	47	91	1	351	33	8	30	28	1.86
24180907--24181068	32	5.1	32	80	0	184	36	21	19	22	1.95
24181506--24181620	27	4.3	26	76	5	104	27	10	24	37	1.88
24191368--24191428	27	2.3	27	85	0	86	39	22	6	31	1.80
24191432--24191591	27	5.9	27	92	0	248	40	19	16	24	1.91
24191432--24191620	27	7.0	27	90	0	243	38	19	17	24	1.93
24191599--24191662	27	2.4	27	74	10	67	18	20	25	35	1.95
24191815--24191929	54	2.1	53	83	3	140	21	22	19	36	1.95
24191815--24191929	27	4.3	27	83	4	117	21	22	19	36	1.95
24192165--24192229	34	2.0	32	85	8	87	23	18	26	32	1.97
24200104--24200146	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
24200623--24200800	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
24200624--24200779	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
24200620--24200800	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
24209406--24209461	22	2.5	22	75	11	60	28	26	28	16	1.97
24210830--24210997	46	3.6	46	79	4	194	19	20	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24210826--24210998	93	1.9	93	92	0	292	19	20	31	28	1.97
24213293--24213376	44	1.9	44	97	0	159	30	32	19	17	1.95
24217629--24217785	26	6.5	24	78	10	126	23	22	21	32	1.98
24217654--24217771	46	2.5	45	82	9	130	21	24	20	33	1.97
24217900--24217938	20	2.0	20	89	0	60	38	10	12	38	1.78
24219564--24219736	47	3.7	46	80	13	183	24	29	17	27	1.98
24222667--24222713	8	5.6	8	87	9	67	42	21	23	12	1.87
24222661--24222739	24	3.2	25	77	8	83	46	17	21	13	1.83
24222661--24222733	16	4.4	16	75	5	65	45	19	21	13	1.85
24222930--24223046	29	4.1	28	79	5	103	27	15	30	26	1.96
24224087--24224121	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
24235549--24235605	30	1.9	30	92	0	96	33	14	26	26	1.94
24235930--24236804	94	9.3	94	96	1	1566	29	19	28	23	1.98
24235933--24236803	47	18.6	44	72	18	428	29	19	28	23	1.98
24244345--24244501	47	3.3	48	78	9	153	26	28	16	28	1.97
24257765--24257834	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
24265235--24265335	37	2.7	37	82	0	112	48	10	18	21	1.79
24265236--24265301	6	10.8	6	76	9	62	51	10	18	19	1.75
24265236--24265357	37	3.5	35	73	13	108	49	10	18	21	1.78
24265798--24266332	27	19.2	27	80	6	532	41	7	21	29	1.80
24265798--24266332	54	10.1	54	85	5	698	41	7	21	29	1.80
24265798--24266332	81	6.7	81	82	6	637	41	7	21	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24265936--24266080	43	3.1	43	74	10	119	43	6	20	29	1.77
24266310--24266371	27	2.3	27	85	0	79	27	6	24	41	1.79
24268178--24268292	29	4.0	28	80	8	115	29	14	26	28	1.95
24268190--24268292	29	3.6	29	83	6	129	27	16	28	28	1.97
24268190--24268299	58	1.9	57	86	1	157	29	16	27	27	1.97
24269010--24269090	27	3.0	26	82	5	108	19	22	19	38	1.94
24269209--24269395	6	30.3	6	68	17	98	19	18	14	47	1.83
24269212--24269274	25	2.5	25	81	0	72	19	20	17	42	1.89
24269268--24269337	25	2.8	25	82	0	77	21	20	11	47	1.81
24269259--24269387	37	3.5	37	83	6	138	20	18	12	48	1.80
24269209--24269374	62	2.7	62	88	0	242	19	19	14	46	1.84
24271265--24271450	68	2.8	66	80	10	211	25	27	16	30	1.96
24274814--24274937	29	4.3	29	79	2	117	28	14	27	29	1.95
24285790--24285974	40	4.7	40	82	6	198	24	27	22	25	2.00
24285794--24285974	79	2.3	81	81	7	210	23	27	23	25	2.00
24287668--24287708	20	2.0	20	100	0	82	14	36	9	39	1.79
24293677--24293805	46	2.7	47	82	8	156	23	29	20	27	1.99
24293777--24293898	47	2.7	46	88	2	183	25	26	19	28	1.99
24300527--24300559	16	2.0	17	94	5	59	24	6	30	39	1.79
24304065--24304099	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
24305788--24305851	20	3.2	20	88	0	92	9	34	21	34	1.86
24307925--24307981	29	2.0	29	96	0	105	42	10	12	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24308470--24308676	46	4.4	45	72	12	141	28	19	30	21	1.98
24309586--24309786	101	2.0	101	96	0	366	33	23	16	26	1.96
24309818--24310374	279	2.0	279	95	0	1008	29	19	15	35	1.93
24320227--24320324	27	3.5	28	87	2	126	31	29	13	25	1.93
24320960--24321283	163	2.0	163	99	0	639	38	24	8	29	1.84
24332896--24332955	30	2.0	30	86	0	84	33	23	5	38	1.76
24341597--24341765	45	3.6	46	81	10	166	26	19	30	23	1.98
24361667--24361860	55	3.6	53	76	2	163	19	24	18	38	1.93
24361960--24361993	13	2.6	13	95	0	59	58	5	5	29	1.45
24376882--24376999	48	2.5	48	82	0	137	27	17	28	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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