genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  7  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1761022--1761049	14	2.0	14	100	0	56	57	7	21	14	1.61
1761289--1761463	74	2.3	76	86	2	246	34	17	15	33	1.91
1761457--1761609	73	2.1	73	89	6	238	32	19	17	30	1.95
1761293--1762571	158	8.0	158	77	13	892	33	19	16	30	1.94
1761457--1762563	77	14.1	74	70	16	519	33	19	16	30	1.94
1761289--1762571	558	2.3	557	97	1	2457	33	19	16	31	1.94
1762335--1762562	74	3.0	75	88	3	332	32	18	15	33	1.92
1761290--1762554	237	5.3	224	78	13	854	33	19	16	30	1.94
1773300--1773330	12	2.6	12	94	0	53	38	6	29	25	1.81
1780462--1780487	12	2.2	12	100	0	52	7	7	30	53	1.57
1800819--1800883	30	2.2	29	91	2	103	24	13	24	36	1.92
1801623--1801704	37	2.2	37	100	0	164	37	2	24	35	1.69
1808919--1809099	49	3.7	48	82	7	229	28	23	19	28	1.98
1808911--1809097	99	1.9	100	92	1	313	28	22	20	27	1.99
1811157--1811213	26	2.2	26	96	0	105	22	7	35	35	1.82
1822688--1822781	47	2.0	48	95	2	172	42	6	17	34	1.74
1824718--1824770	26	2.0	26	96	0	97	33	11	13	41	1.80
1846126--1846158	14	2.5	13	90	9	50	33	27	0	39	1.57
1857489--1857545	30	1.9	30	85	0	78	26	29	29	14	1.95
1873519--1873570	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1875490--1875541	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1884877--1884996	60	2.0	60	100	0	240	23	8	26	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1886940--1886986	22	2.1	23	84	4	60	68	4	0	27	1.08
1888622--1888690	31	2.2	31	85	10	88	47	2	5	43	1.42
1889773--1889817	22	2.0	24	83	12	60	64	20	4	11	1.42
1890007--1890058	24	2.2	24	85	0	68	51	9	5	32	1.58
1898490--1898651	43	3.8	43	78	5	166	30	23	16	29	1.96
1898743--1898785	21	2.0	21	100	0	86	23	13	9	53	1.69
1911647--1911693	3	15.7	3	89	8	69	63	0	0	36	0.94
1911647--1911707	9	7.2	8	82	15	54	63	0	1	34	1.04
1919604--1919665	14	4.2	14	74	15	54	51	0	6	41	1.27
1924714--1924804	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
1924785--1924820	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
1926017--1926080	24	2.6	25	87	5	85	28	1	3	67	1.15
1927091--1927137	23	2.0	23	100	0	94	19	29	25	25	1.98
1929830--1929882	9	5.6	9	80	6	52	33	0	1	64	1.05
1929844--1929882	10	3.9	10	83	9	53	33	0	2	64	1.08
1929842--1929906	21	3.1	21	78	8	69	30	1	1	66	1.10
1934661--1934700	15	2.7	15	92	3	64	20	0	35	45	1.51
1934822--1935243	126	3.4	126	85	3	564	39	17	16	27	1.91
1937829--1937875	24	2.0	24	83	8	60	23	17	29	29	1.97
1939841--1939891	11	4.8	10	81	11	57	45	0	27	27	1.54
1939841--1939891	21	2.4	20	83	9	57	45	0	27	27	1.54
1943049--1943112	27	2.2	30	81	8	80	45	0	3	51	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1946871--1946915	13	3.1	15	81	15	58	57	0	0	42	0.98
1948258--1948531	46	6.0	46	92	0	397	22	24	14	38	1.92
1955084--1955122	16	2.5	17	88	12	57	25	0	0	74	0.82
1955085--1955140	16	3.4	17	78	11	55	26	0	3	69	1.04
1961728--1961784	19	2.9	19	78	2	51	47	36	1	14	1.54
1965179--1965226	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
1966153--1966177	7	3.6	7	100	0	50	12	12	0	76	1.04
1966117--1966156	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
1977415--1977470	28	2.0	28	96	0	103	41	28	5	25	1.77
1986831--1986856	10	2.6	10	100	0	52	30	26	11	30	1.92
1989743--1989854	40	2.8	39	80	14	122	26	22	16	33	1.96
1991929--1991986	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1992198--1992229	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1992324--1992559	50	4.7	50	96	1	411	27	24	31	16	1.97
1992482--1992559	26	3.0	26	61	17	63	28	25	26	19	1.99
1999517--1999574	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1999786--1999817	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1999912--2000096	50	3.7	50	99	0	361	26	23	32	16	1.96
2008583--2008923	126	2.7	126	88	2	488	35	16	17	30	1.92
2014116--2014189	36	2.1	36	100	0	148	16	13	16	54	1.72
2014131--2014188	18	3.2	18	65	0	53	17	15	13	53	1.73
2019673--2019756	42	2.0	42	100	0	168	33	21	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021011--2021056	18	2.6	18	86	3	67	32	4	4	58	1.37
2021611--2021686	27	2.6	30	76	14	70	52	10	1	35	1.44
2022439--2022494	24	2.3	26	81	12	73	57	5	1	35	1.32
2024401--2024520	60	2.0	60	96	0	222	38	8	5	48	1.55
2025238--2025269	13	2.5	13	94	0	55	59	0	0	40	0.97
2029128--2029152	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2029986--2030030	21	2.2	21	84	11	58	66	6	2	24	1.27
2032049--2032084	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
2032036--2032076	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
2032199--2032333	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
2032573--2032611	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
2033927--2033983	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
2033926--2033981	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
2037096--2037147	24	2.2	24	100	0	104	11	25	15	48	1.78
2045831--2045881	19	2.6	19	81	12	59	60	0	3	35	1.15
2049909--2049987	28	2.9	27	79	5	88	26	6	7	59	1.49
2049908--2050108	26	7.9	26	70	12	130	26	7	7	58	1.52
2050056--2050106	24	2.2	23	86	10	68	29	9	3	56	1.49
2062159--2062556	45	8.6	45	69	11	180	31	20	21	26	1.98
2062137--2062503	142	2.6	142	81	6	413	31	21	21	25	1.98
2064094--2064154	28	2.2	28	80	5	72	27	6	6	59	1.48
2064241--2064291	24	2.2	23	86	10	68	29	13	3	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065566--2065621	28	2.0	28	92	0	94	44	19	10	25	1.83
2066862--2066906	21	2.1	21	87	0	63	20	11	35	33	1.88
2066876--2066935	21	2.9	21	82	5	68	18	11	36	33	1.87
2066895--2066943	21	2.6	18	76	17	53	16	10	40	32	1.82
2067764--2067919	85	1.8	85	83	5	208	51	19	7	21	1.71
2067878--2068049	63	2.6	66	84	7	235	47	24	6	21	1.75
2070684--2070892	39	5.4	39	90	0	337	23	27	20	29	1.99
2070692--2070892	78	2.6	78	99	0	393	23	27	19	29	1.98
2073202--2073245	10	4.6	9	88	11	61	20	2	0	77	0.88
2073204--2073246	5	8.6	5	80	19	54	18	2	0	79	0.85
2075037--2075088	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
2077577--2077714	63	2.2	62	88	2	206	47	21	8	23	1.78
2078029--2078062	6	5.7	6	100	0	68	67	14	0	17	1.23
2078023--2078084	18	3.4	18	78	8	72	59	12	6	20	1.55
2078088--2078118	16	1.9	16	93	0	53	51	16	6	25	1.68
2084086--2084173	44	2.0	44	100	0	176	31	20	15	31	1.94
2089280--2089324	22	2.0	23	86	4	65	26	2	0	71	0.98
2089500--2089541	18	2.3	18	84	8	59	50	2	0	47	1.14
2092157--2092280	38	3.2	38	89	2	167	27	27	23	21	1.99
2098033--2098145	48	2.3	48	82	7	122	17	30	22	29	1.97
2099770--2099881	43	2.6	43	100	0	224	29	33	26	9	1.89
2099874--2099997	38	3.2	38	89	2	167	27	27	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2105242--2105307	33	2.0	33	96	0	123	34	9	6	50	1.59
2105801--2105856	22	2.5	22	97	0	103	46	12	3	37	1.59
2107217--2107257	18	2.2	18	86	4	55	26	0	0	73	0.84
2108383--2108461	16	4.9	16	79	10	90	50	1	0	48	1.08
2108358--2108402	24	1.9	23	86	13	65	46	2	0	51	1.13
2108381--2108432	19	2.7	19	80	13	63	51	0	0	48	1.00
2108316--2108495	64	2.9	62	77	10	190	52	1	1	44	1.18
2120531--2120609	28	2.9	27	79	5	88	26	6	7	59	1.49
2120530--2120730	26	7.9	26	70	12	130	26	7	7	58	1.52
2120678--2120728	24	2.2	23	86	10	68	29	9	3	56	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235