genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13380860--13380912	21	2.5	21	93	0	88	45	30	3	20	1.69
13387107--13387163	21	2.6	22	75	2	62	15	29	29	24	1.96
13387107--13387181	22	3.4	22	77	3	71	14	32	28	25	1.95
13394157--13394204	21	2.3	21	86	13	64	12	20	20	45	1.83
13396251--13396281	8	3.9	8	91	0	53	35	0	0	64	0.94
13396440--13396519	25	3.3	23	76	19	74	67	5	26	1	1.18
13397382--13397498	40	2.9	41	91	3	175	38	10	15	35	1.81
13397382--13397522	40	3.5	38	84	8	156	36	9	18	35	1.83
13399183--13399399	3	70.0	3	66	17	79	58	2	8	30	1.41
13408981--13409091	35	3.0	36	87	12	172	35	0	17	47	1.48
13408981--13409081	40	2.7	38	92	7	163	33	0	17	48	1.48
13411711--13411895	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
13411692--13411895	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
13419254--13419345	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
13419235--13419398	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
13421820--13421876	21	2.7	21	88	0	87	17	31	33	17	1.93
13424768--13424944	47	3.7	49	83	6	227	33	9	29	27	1.88
13425063--13425141	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
13427056--13427095	20	2.0	20	100	0	80	20	30	0	50	1.49
13427916--13428137	46	4.7	46	79	6	223	27	16	30	25	1.96
13427918--13428137	94	2.3	94	85	7	279	27	16	30	25	1.97
13432223--13432278	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13432229--13432291	17	3.5	17	87	8	90	36	12	14	36	1.84
13432202--13432299	35	2.7	37	83	12	123	36	9	18	35	1.83
13432202--13432299	19	5.4	19	86	9	134	36	9	18	35	1.83
13432202--13432318	19	6.0	22	79	17	86	35	8	17	37	1.81
13432585--13432618	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
13440637--13440808	46	3.7	46	89	3	265	30	27	20	21	1.98
13445614--13445901	78	3.7	78	88	1	398	33	19	21	24	1.97
13445841--13446114	45	6.1	45	77	6	277	30	15	28	25	1.96
13445918--13446114	89	2.2	90	86	3	281	31	15	28	23	1.95
13446461--13446533	19	3.9	19	89	7	114	36	10	17	34	1.85
13446482--13446519	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
13446628--13446662	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
13450198--13450241	21	2.0	22	91	4	72	31	6	29	31	1.84
13450886--13451100	46	4.6	44	76	10	171	28	17	28	25	1.98
13453096--13453310	46	4.6	47	80	11	210	24	27	19	28	1.98
13453002--13453310	94	3.3	94	78	9	276	25	28	19	26	1.99
13453002--13453310	48	6.6	45	74	14	200	25	28	19	26	1.99
13456726--13456762	19	1.9	19	94	0	65	32	10	18	37	1.86
13462700--13462798	46	2.1	47	79	3	112	42	23	7	27	1.80
13463271--13463328	31	1.9	31	92	3	100	36	25	15	22	1.94
13471712--13471745	17	2.0	17	88	0	50	41	11	2	44	1.56
13472938--13472975	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13472996--13473058	10	6.3	10	85	7	65	23	11	1	63	1.36
13472996--13473058	20	3.2	20	81	0	72	23	11	1	63	1.36
13476645--13476748	22	4.7	22	77	17	85	22	3	0	73	1.06
13476645--13476741	5	18.6	5	72	25	69	21	4	1	73	1.07
13476658--13476748	25	4.0	23	80	16	102	23	3	0	73	0.98
13476658--13476758	30	3.3	30	82	9	123	22	3	0	73	1.00
13482548--13482668	39	3.1	39	91	4	199	23	30	23	22	1.99
13485325--13485368	20	2.2	20	95	0	79	47	9	18	25	1.77
13487534--13487583	18	2.7	19	78	6	66	50	8	8	34	1.61
13487707--13487827	53	2.3	53	92	0	197	42	22	17	17	1.88
13487701--13487837	53	2.4	58	80	14	185	43	21	18	17	1.89
13492050--13492098	21	2.3	22	78	3	55	36	2	2	59	1.21
13492108--13492150	18	2.4	17	85	11	59	44	0	0	55	0.99
13493635--13493659	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
13499381--13499543	43	3.8	42	79	8	132	36	25	15	22	1.94
13500776--13500942	90	1.9	90	89	2	264	42	7	10	39	1.67
13500932--13501003	33	2.2	33	85	2	92	48	18	9	23	1.77
13508940--13508983	15	2.9	15	75	0	52	20	13	11	54	1.69
13511517--13511591	23	3.3	23	68	20	75	29	8	21	41	1.81
13514369--13514405	19	1.9	19	89	10	58	35	16	16	32	1.91
13514855--13514888	18	1.9	17	88	5	50	23	17	29	29	1.97
13515010--13515044	18	2.0	18	88	5	54	28	14	22	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13517715--13517757	17	2.5	17	92	0	68	30	16	41	11	1.83
13530699--13530801	52	2.0	52	98	0	197	42	10	25	21	1.85
13531169--13531337	47	3.6	47	74	13	177	29	30	18	21	1.97
13531123--13531387	93	2.8	93	94	0	458	28	30	20	21	1.98
13531115--13531383	46	5.8	46	74	16	259	29	29	19	21	1.98
13533783--13533862	30	2.7	30	80	7	90	55	15	18	11	1.69
13533783--13533853	15	4.7	15	79	6	81	56	12	19	11	1.66
13533785--13533862	15	5.2	15	77	9	70	55	15	17	11	1.69
13536821--13536995	46	3.8	46	74	13	169	28	28	20	22	1.99
13536830--13537000	93	1.8	93	88	2	263	28	28	20	22	1.99
13541233--13541595	180	2.0	181	96	1	665	29	22	13	34	1.93
13551710--13551795	45	1.9	45	92	0	145	29	18	16	36	1.93
13566699--13566774	37	2.1	36	83	16	95	57	2	1	38	1.21
13571616--13571793	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
13571617--13571772	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
13571613--13571793	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
13603206--13603236	16	1.9	16	93	0	53	38	16	3	41	1.64
13610189--13610304	24	4.9	23	79	11	112	22	22	19	35	1.96
13610189--13610310	46	2.6	48	83	12	153	22	22	19	35	1.96
13610224--13610304	22	3.5	23	77	16	87	20	20	20	37	1.95
13617177--13617255	39	2.0	39	97	0	149	25	17	21	35	1.95
13628530--13628618	19	4.8	19	86	8	130	35	12	14	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13628551--13628606	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
13628538--13628618	35	2.2	37	89	6	121	35	13	13	37	1.84
13634617--13634655	8	4.6	8	81	12	51	84	0	15	0	0.62
13634617--13634666	11	4.7	10	87	7	64	84	0	16	0	0.63
13634617--13634666	18	2.7	18	84	3	73	84	0	16	0	0.63
13634617--13634665	21	2.3	20	83	16	64	83	0	16	0	0.64
13646135--13646255	39	3.1	39	74	16	108	66	1	2	29	1.15
13646120--13646255	20	7.1	19	72	16	102	67	1	2	28	1.11
13646181--13646256	17	4.1	17	71	23	64	64	2	1	31	1.15
13646118--13646262	19	7.7	19	72	17	90	66	1	2	30	1.12
13646120--13646256	57	2.4	61	85	8	189	67	1	2	29	1.11
13668475--13668526	19	2.6	19	87	6	68	73	7	17	1	1.16
13671086--13671222	23	5.8	24	68	16	72	24	18	19	37	1.94
13671086--13671160	23	3.3	22	78	10	80	20	21	21	37	1.95
13682189--13682225	15	2.5	15	86	0	56	56	29	0	13	1.37
13684299--13684350	21	2.5	21	87	0	68	36	26	7	28	1.84
13684757--13684789	15	2.1	16	88	5	50	42	3	3	51	1.32
13685413--13685481	35	2.0	35	91	0	111	42	27	14	15	1.86
13685473--13685694	42	5.3	43	82	4	256	33	28	15	22	1.94
13685474--13685695	85	2.6	83	85	4	284	33	29	14	22	1.94
13687509--13687549	21	2.0	21	85	0	55	9	26	9	53	1.65
13692681--13692740	31	2.0	30	83	9	77	53	1	0	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13693536--13693565	5	6.2	5	92	7	53	40	0	60	0	0.97
13693610--13693640	5	6.2	5	100	0	62	19	19	41	19	1.90
13705619--13705660	22	1.9	22	100	0	84	45	11	14	28	1.80
13720674--13720896	40	5.6	39	82	5	216	27	27	20	24	1.99
13720672--13720896	80	2.8	79	82	6	240	27	28	20	24	1.99
13720674--13720896	120	1.9	119	83	4	288	27	27	20	24	1.99
13723503--13723605	50	2.1	50	96	0	188	33	14	24	28	1.94
13729070--13729114	22	2.0	22	86	0	63	51	11	4	33	1.58
13732859--13732959	50	2.0	50	96	0	184	57	6	6	28	1.51
13734346--13734388	22	1.9	23	86	13	63	16	6	11	65	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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