genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70499444--70499754	122	2.5	121	82	7	369	23	17	26	32	1.96
70507323--70507369	8	5.9	8	84	0	67	40	17	23	19	1.91
70507318--70507373	24	2.3	23	85	8	76	42	17	21	17	1.89
70507601--70507702	29	3.6	29	86	1	134	25	16	28	29	1.97
70507601--70507711	57	1.9	57	88	1	168	26	16	28	28	1.97
70512058--70512186	46	2.8	45	88	4	188	19	19	30	31	1.96
70516467--70516738	40	6.8	39	88	1	276	26	29	21	23	1.99
70516474--70516737	80	3.3	80	86	3	338	26	29	21	23	1.99
70516511--70516735	120	1.9	119	88	6	339	26	30	21	21	1.99
70523913--70524097	40	4.7	39	89	4	239	25	27	22	24	2.00
70523905--70524100	79	2.5	80	83	6	263	25	27	21	25	2.00
70530880--70531057	27	6.6	27	81	3	187	26	15	28	29	1.96
70530881--70531036	82	1.9	81	85	3	215	26	15	28	29	1.96
70530877--70531057	82	2.2	81	81	2	211	27	15	27	29	1.96
70542811--70542909	29	3.4	29	87	1	137	26	17	28	28	1.97
70550279--70550336	30	1.9	30	89	0	89	41	6	22	29	1.80
70553182--70553241	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
70553983--70554074	27	3.4	27	92	0	139	23	21	20	33	1.97
70559524--70559631	56	1.9	56	84	3	146	24	13	27	34	1.93
70565314--70565448	45	3.0	45	90	0	216	31	24	16	27	1.96
70565230--70565448	90	2.5	88	83	7	250	31	25	17	26	1.97
70566411--70566471	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70569770--70569798	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
70586280--70586319	20	2.0	20	95	0	71	47	15	2	35	1.58
70587006--70587203	45	4.4	44	84	3	234	34	26	14	25	1.94
70587006--70587203	90	2.2	90	86	0	261	34	26	14	25	1.94
70588475--70588642	45	3.9	45	79	6	154	25	28	19	26	1.99
70593290--70593501	106	2.0	106	100	0	424	28	18	21	31	1.97
70594652--70594760	53	2.1	53	92	0	182	32	26	18	22	1.97
70595528--70595609	41	2.0	41	92	0	137	21	23	29	25	1.99
70596369--70596538	45	3.8	45	84	3	195	26	26	21	25	2.00
70598765--70598989	79	2.8	80	79	7	233	25	20	28	25	1.99
70598765--70598989	40	5.7	40	84	5	235	25	20	28	25	1.99
70598858--70599022	79	2.1	79	80	6	183	26	19	27	26	1.99
70601304--70601400	40	2.4	40	86	3	106	28	16	27	26	1.97
70606780--70606899	48	2.5	48	98	0	231	37	20	0	42	1.52
70612516--70612554	20	1.9	21	89	5	62	28	25	12	33	1.93
70612634--70612663	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
70614493--70614536	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
70621338--70621362	13	1.9	13	100	0	50	24	4	32	40	1.73
70619928--70621751	911	2.0	912	97	0	3425	31	12	19	37	1.88
70628848--70628918	34	2.1	34	97	0	133	36	12	23	26	1.91
70631300--70631338	20	2.0	20	100	0	78	25	12	20	41	1.88
70633816--70633875	30	2.0	30	93	0	102	18	25	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70633819--70633884	30	2.2	30	86	0	87	19	19	31	28	1.97
70642958--70643149	50	3.9	49	76	6	172	28	28	18	25	1.98
70648396--70648475	26	3.2	26	64	25	62	30	33	13	22	1.93
70657320--70657492	46	3.7	46	77	13	201	29	30	19	20	1.97
70657327--70657498	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
70664444--70664522	39	2.0	39	97	0	149	34	18	17	29	1.95
70664935--70665157	47	4.8	48	86	9	245	28	29	20	21	1.98
70665013--70665091	27	3.2	27	60	29	66	26	29	20	24	1.99
70664989--70665160	47	3.7	47	88	9	246	28	29	20	22	1.98
70667025--70667202	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
70667026--70667181	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
70667022--70667202	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
70681536--70681580	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
70686377--70686545	48	3.6	48	79	3	207	30	18	28	23	1.97
70691778--70691865	24	3.7	24	90	0	131	37	30	13	18	1.89
70694699--70694965	46	5.8	46	89	1	374	38	15	25	21	1.92
70704934--70705089	43	3.6	44	77	13	155	24	16	25	33	1.96
70706928--70706996	27	2.6	27	97	0	129	28	18	17	34	1.94
70707113--70707157	20	2.3	19	81	11	54	35	13	4	46	1.63
70715540--70715617	28	2.9	27	86	5	104	15	24	16	43	1.86
70720282--70720351	35	2.0	35	100	0	140	37	22	17	22	1.94
70727360--70727407	24	2.0	24	95	0	87	33	10	4	52	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70727844--70727897	22	2.5	22	81	3	56	18	35	31	14	1.91
70735703--70735767	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
70735876--70735978	27	3.8	27	80	12	104	19	25	19	35	1.95
70735934--70735986	27	2.0	27	88	7	81	18	24	16	39	1.91
70735870--70735979	54	2.0	54	82	3	132	18	25	20	36	1.94
70739529--70739751	40	5.6	40	84	5	299	26	25	23	25	2.00
70739493--70739751	79	3.3	79	83	5	301	26	25	22	25	2.00
70739529--70739751	119	1.9	120	89	4	353	26	25	23	25	2.00
70747704--70747914	40	5.3	40	84	3	266	25	26	23	24	2.00
70754379--70754409	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
70754657--70754721	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
70754827--70754938	27	4.2	26	81	11	127	16	24	23	36	1.94
70754827--70754938	54	2.1	54	84	3	145	16	24	23	36	1.94
70756240--70756270	16	1.9	16	93	0	53	38	9	6	45	1.63
70759498--70759593	42	2.3	43	81	5	115	27	18	23	30	1.98
70760939--70760979	22	1.9	22	85	14	59	31	7	19	41	1.79
70762803--70763060	48	5.4	48	72	10	199	28	24	20	26	1.99
70763954--70764095	74	1.9	74	100	0	284	54	13	7	25	1.64
70770461--70770512	27	2.0	26	84	3	68	34	23	25	17	1.96
70770263--70770500	90	2.6	90	98	1	460	31	19	27	21	1.98
70779245--70779476	48	4.9	48	72	12	201	29	25	18	25	1.98
70779247--70779511	48	5.6	48	73	10	195	30	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70788028--70788332	40	7.6	40	76	9	205	26	22	25	24	2.00
70788028--70788332	80	3.8	80	83	5	339	26	22	25	24	2.00
70788028--70788368	120	2.8	120	80	6	386	26	22	25	24	2.00
70791521--70791651	48	2.7	48	80	3	136	32	20	15	32	1.94
70796124--70796160	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
70800128--70800186	30	2.0	30	93	0	100	57	13	1	27	1.46
70801741--70801853	51	2.2	51	88	0	163	33	28	14	23	1.94
70801812--70801920	43	2.6	43	83	1	148	33	30	15	21	1.94
70801812--70801913	42	2.4	42	86	1	141	34	30	14	20	1.93
70804933--70804984	25	2.1	24	85	3	68	42	21	21	15	1.89
70806486--70806622	50	2.8	48	84	4	184	29	18	27	24	1.98
70809553--70809582	14	2.1	14	93	0	51	46	13	6	33	1.69
70809646--70809708	30	2.1	30	90	0	99	41	1	20	36	1.62
70826158--70826412	50	5.2	48	75	10	187	23	30	18	27	1.98
70826184--70826409	95	2.3	98	84	5	289	23	30	19	27	1.98
70826184--70826420	50	4.8	50	78	8	263	23	29	18	28	1.98
70827516--70827547	15	2.1	15	94	0	55	21	40	12	25	1.88
70837291--70837371	41	2.0	41	90	0	126	38	12	17	32	1.87
70845291--70845470	50	3.6	50	84	4	247	22	30	20	27	1.98
70845289--70845470	100	1.8	100	90	2	294	21	29	20	27	1.98
70849824--70849861	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
70856913--70856950	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70868328--70868432	41	2.5	42	82	3	122	20	22	13	43	1.86
70868330--70868512	21	8.9	21	76	4	131	16	23	15	44	1.86
70868332--70868512	63	2.9	62	79	5	186	16	23	16	44	1.86
70869840--70869890	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
70873268--70873326	31	1.9	31	82	6	75	33	13	8	44	1.74
70876557--70876581	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
70876544--70876644	18	5.3	19	72	12	82	56	7	1	33	1.40
70876705--70876752	14	3.5	15	78	16	50	60	6	0	33	1.22
70876741--70876786	24	1.9	24	86	8	67	58	6	4	30	1.43
70876748--70876822	30	2.5	29	81	10	80	56	4	4	36	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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