genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59991441--59991517	38	2.0	38	100	0	154	45	5	12	36	1.65
60001999--60002032	17	1.9	17	88	5	50	35	2	8	52	1.47
60009105--60009148	24	1.9	22	90	9	70	40	2	0	56	1.11
60020908--60021094	40	4.7	40	88	4	281	24	22	27	25	2.00
60020912--60021117	40	5.2	40	87	5	278	23	22	27	25	2.00
60020908--60021127	79	2.8	79	82	8	288	25	22	27	25	2.00
60020912--60021117	39	5.2	39	87	5	265	23	22	27	25	2.00
60023298--60023325	5	5.6	5	100	0	56	78	21	0	0	0.75
60031201--60031282	40	2.0	40	81	9	96	34	1	2	62	1.16
60032944--60033252	106	2.9	106	94	0	512	28	14	13	43	1.83
60055527--60055580	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
60061701--60061793	47	2.0	47	91	4	152	40	19	24	15	1.90
60063011--60063106	43	2.2	45	83	3	124	32	15	23	28	1.95
60062964--60063375	176	2.3	174	82	4	495	28	18	23	28	1.98
60064882--60065024	72	2.0	72	98	0	277	26	14	6	52	1.65
60069602--60070481	27	32.6	27	99	0	1706	26	14	29	29	1.95
60072106--60072136	15	2.1	15	93	0	53	16	6	32	45	1.72
60078644--60078680	16	2.3	16	100	0	74	27	43	8	21	1.80
60081793--60081831	13	3.2	13	85	7	55	56	5	0	38	1.22
60082611--60082635	4	6.2	4	100	0	50	48	28	0	24	1.52
60085041--60085091	18	2.5	20	81	15	61	56	0	1	41	1.10
60085014--60085113	42	2.4	42	81	9	107	54	0	2	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60086032--60086061	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
60088082--60088124	21	2.0	21	86	0	59	46	18	20	13	1.83
60090228--60090258	14	2.2	14	94	0	53	16	3	0	80	0.83
60094680--60094712	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
60096430--60096461	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
60099001--60099191	95	2.0	95	97	0	364	15	24	28	31	1.96
60099873--60099911	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
60103122--60103170	21	2.3	21	89	0	71	38	22	30	8	1.83
60105063--60105250	18	10.1	18	67	13	85	37	14	12	35	1.83
60105434--60105526	45	2.1	44	97	2	177	40	21	20	17	1.91
60107085--60107146	5	12.2	5	98	1	115	58	0	0	41	0.98
60107169--60107197	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
60107428--60107547	60	2.0	60	95	0	213	36	19	15	29	1.92
60107436--60107531	30	3.2	30	63	16	72	36	18	13	31	1.90
60107448--60107539	30	3.1	30	64	17	82	35	20	17	26	1.95
60111317--60111504	18	10.1	18	68	13	94	38	14	11	35	1.83
60111688--60111778	42	2.1	44	89	6	141	40	21	19	17	1.91
60113328--60113373	5	9.2	5	100	0	92	60	0	0	39	0.97
60113393--60113429	8	4.6	8	100	0	74	62	0	0	37	0.96
60119019--60119063	22	2.0	22	82	0	54	40	4	4	51	1.42
60132763--60132842	42	1.9	42	97	0	151	42	32	8	16	1.79
60132779--60132842	21	3.0	21	63	24	53	43	29	9	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60141550--60141594	22	2.0	22	82	0	54	40	4	4	51	1.42
60142619--60142646	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
60152570--60152785	54	4.0	54	79	6	163	33	10	17	38	1.84
60152596--60152803	27	7.7	27	81	5	197	33	9	17	39	1.82
60152598--60152795	80	2.5	79	83	4	245	33	9	17	39	1.82
60155609--60155703	48	2.0	48	91	0	154	30	9	14	45	1.77
60157644--60157679	18	2.1	18	89	5	56	55	2	0	41	1.14
60157729--60157777	19	2.4	21	86	10	66	75	6	12	6	1.17
60163700--60163786	18	4.8	18	89	0	129	26	24	17	32	1.97
60163694--60163786	36	2.6	36	94	0	159	26	23	17	32	1.96
60170883--60170922	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
60180718--60181210	248	2.0	248	90	2	776	27	14	20	37	1.91
60189398--60189455	23	2.5	22	81	13	64	1	29	3	65	1.19
60195231--60195354	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
60195317--60195486	37	4.8	37	81	11	201	26	22	13	37	1.91
60195303--60195437	68	2.0	68	98	0	261	27	22	14	35	1.93
60204462--60204500	19	2.1	19	100	0	78	28	15	20	35	1.93
60206378--60206544	40	4.2	40	88	0	253	20	28	18	31	1.97
60211400--60211540	69	2.0	69	97	0	264	38	16	10	34	1.83
60218627--60218755	64	2.0	64	100	0	258	33	17	20	29	1.95
60219150--60219217	33	2.1	33	100	0	136	39	23	17	19	1.92
60221708--60221751	3	15.0	3	95	4	81	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60232495--60232716	111	2.0	111	99	0	435	40	11	19	27	1.86
60233456--60233481	13	2.0	13	100	0	52	7	46	30	15	1.74
60235383--60235412	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
60237020--60237084	30	2.1	31	94	2	114	24	24	4	46	1.72
60239901--60239953	25	2.2	24	86	3	70	13	28	32	26	1.93
60240822--60240949	41	3.1	41	85	0	175	32	20	27	19	1.97
60247438--60247492	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
60247705--60247740	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
60255048--60255224	89	2.0	89	94	2	311	28	19	24	27	1.98
60256263--60256389	63	2.0	63	95	0	227	37	23	11	26	1.90
60256873--60257072	99	2.0	99	96	0	364	32	31	16	20	1.94
60257074--60257191	59	2.0	59	96	0	218	33	24	12	29	1.92
60259345--60259396	21	2.5	21	87	0	68	19	26	30	23	1.98
60261012--60261090	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
60261071--60261181	58	1.9	58	92	0	186	30	21	24	23	1.99
60261282--60262109	47	17.6	47	98	0	1566	29	32	8	29	1.87
60261282--60262634	141	9.1	141	84	11	1734	29	30	9	30	1.89
60262047--60262182	71	1.9	71	92	0	227	28	27	13	30	1.94
60262094--60262145	24	2.2	24	86	6	72	26	23	19	30	1.98
60262117--60262229	47	2.4	47	93	0	199	29	27	10	32	1.90
60262000--60262464	118	3.9	118	96	0	842	29	27	11	31	1.92
60262212--60262263	24	2.2	24	86	6	72	26	23	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60262164--60262299	70	1.9	71	93	1	238	28	27	13	30	1.94
60262236--60262634	47	8.0	47	78	14	370	29	29	9	31	1.89
60262282--60262417	71	1.9	71	93	0	236	28	26	13	31	1.94
60262329--60262380	24	2.2	24	86	6	72	26	23	19	30	1.98
60262353--60262634	94	3.0	94	94	1	483	30	30	8	31	1.87
60289953--60290077	43	2.9	42	90	3	187	21	18	29	30	1.97
60294397--60294565	40	4.2	40	92	2	261	26	28	20	24	1.99
60294399--60294614	119	1.8	120	82	8	280	25	26	21	25	1.99
60294397--60294621	80	2.8	79	82	7	233	25	27	21	25	2.00
60297119--60297189	23	3.0	24	78	12	83	16	19	21	42	1.89
60297225--60297284	24	2.5	24	86	2	86	23	25	20	31	1.98
60299781--60299929	74	2.0	74	97	0	280	34	20	10	34	1.87
60312879--60312919	22	1.9	22	85	14	59	14	12	14	58	1.63
60314097--60314174	31	2.6	30	79	2	93	34	19	24	21	1.96
60315969--60316008	20	2.0	20	100	0	80	25	0	30	45	1.54
60317615--60317821	85	2.4	85	100	0	414	17	16	19	45	1.85
60327880--60327975	48	2.0	48	97	0	183	29	20	30	19	1.97
60328749--60328773	13	1.9	13	100	0	50	8	24	36	32	1.84
60346054--60346287	116	2.0	117	94	4	411	25	15	26	32	1.95
60347195--60347419	40	5.7	40	83	5	260	24	21	28	25	1.99
60347447--60347598	76	2.0	76	97	0	286	34	15	20	30	1.93
60370014--60370197	91	2.0	91	94	2	325	27	13	16	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60370488--60370670	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
60370489--60370672	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
60370541--60370705	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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