genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14683315--14683393	29	2.7	29	82	0	86	22	18	30	27	1.98
14696375--14696567	40	4.8	40	89	4	266	29	26	21	22	1.99
14704555--14704731	40	4.4	41	85	7	202	25	27	23	23	2.00
14716758--14716946	40	4.7	40	92	3	274	22	21	26	29	1.99
14716758--14716984	120	1.9	119	80	8	264	20	22	28	29	1.98
14729932--14729998	29	2.3	29	84	0	80	26	31	17	23	1.97
14737661--14737784	29	4.4	28	73	8	88	29	27	15	28	1.96
14738000--14738056	16	3.6	16	82	0	60	10	24	21	43	1.83
14739279--14739311	16	2.1	16	94	0	57	21	6	24	48	1.72
14741337--14741474	43	3.2	42	76	6	125	27	15	23	33	1.95
14746339--14746382	22	1.9	24	90	9	74	70	15	13	0	1.17
14750546--14750888	27	12.7	27	80	5	266	39	19	9	30	1.85
14750681--14750941	27	9.6	27	78	7	163	39	20	9	31	1.84
14750926--14751065	27	5.2	27	92	0	208	36	17	18	27	1.93
14750924--14751094	81	2.1	81	84	2	218	36	18	18	26	1.94
14750924--14751089	54	3.1	54	87	0	233	36	16	19	27	1.93
14754219--14754374	43	3.7	43	81	2	172	34	25	14	26	1.94
14762054--14762162	37	2.9	37	93	2	175	27	31	18	22	1.97
14762309--14762568	48	5.7	48	74	14	237	28	30	8	33	1.87
14762327--14762406	39	2.1	39	97	0	151	30	26	6	37	1.81
14762396--14762610	45	4.7	46	76	12	219	26	31	10	32	1.89
14770676--14770777	33	3.1	32	81	2	105	33	13	22	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14771278--14771344	26	2.6	26	93	6	111	67	25	2	4	1.24
14771278--14771354	26	3.0	27	88	7	99	67	25	2	3	1.21
14773669--14773704	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
14787507--14787734	40	5.7	40	88	3	343	25	27	22	24	2.00
14788146--14788675	262	2.0	263	99	0	1044	33	21	11	33	1.90
14793331--14793473	57	2.5	58	80	4	173	29	17	22	30	1.97
14804776--14804960	40	4.6	39	83	6	212	23	22	28	25	1.99
14804776--14804958	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
14804829--14804993	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
14806872--14806923	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
14814343--14814394	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
14814326--14814518	71	2.8	70	90	3	293	18	25	22	33	1.97
14815852--14816009	44	3.7	43	82	8	189	30	24	19	25	1.98
14824235--14824308	32	2.3	32	79	6	87	31	8	24	36	1.84
14828117--14828169	23	2.3	23	93	0	88	24	3	33	37	1.74
14829965--14830374	101	4.1	101	99	0	802	36	9	24	30	1.86
14831884--14832107	40	5.6	40	84	6	283	25	26	23	24	2.00
14831884--14832107	83	2.8	80	86	5	283	25	26	23	24	2.00
14838070--14838322	104	2.4	104	100	0	506	38	12	20	27	1.89
14839910--14839972	13	4.5	13	74	14	63	17	33	38	11	1.85
14846582--14846642	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
14860820--14860977	43	3.7	42	83	5	183	31	25	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14881631--14881791	43	3.7	43	78	9	168	31	26	17	25	1.97
14884708--14884865	24	6.5	24	70	7	113	31	31	13	23	1.94
14892050--14892112	24	2.6	24	84	0	81	28	34	15	20	1.94
14892138--14892212	24	3.1	25	82	5	73	34	28	12	25	1.91
14911324--14911428	52	2.0	52	98	0	201	46	21	3	27	1.69
14922282--14922430	49	3.1	49	87	1	212	31	9	31	27	1.88
14922549--14922627	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14924833--14924931	46	2.2	46	80	8	112	34	17	20	28	1.95
14924833--14924907	22	3.3	22	83	5	78	32	17	21	29	1.96
14924854--14924940	45	1.9	45	83	6	113	31	19	22	26	1.98
14930532--14930591	16	3.7	16	80	4	75	25	16	15	43	1.86
14930550--14930596	16	2.8	17	77	6	60	23	17	10	48	1.77
14930525--14930608	33	2.5	33	88	0	132	23	14	13	48	1.78
14938574--14938679	42	2.5	42	75	14	110	31	25	16	26	1.97
14941651--14941826	46	3.8	46	78	10	187	20	20	28	30	1.98
14944749--14944828	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
14944740--14944827	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
14947216--14947389	46	3.8	46	77	10	174	20	20	28	30	1.98
14947212--14947384	93	1.9	93	90	0	274	20	20	30	28	1.98
14950441--14950552	27	4.2	26	79	12	118	17	24	22	35	1.95
14950441--14950545	54	1.9	54	84	7	142	19	23	20	36	1.95
14951882--14951974	45	2.1	45	95	0	168	29	17	41	11	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14957208--14957240	16	2.1	16	94	0	57	6	33	9	51	1.58
14958409--14958510	27	3.7	27	81	10	109	20	24	19	35	1.96
14961112--14961273	43	3.8	42	76	9	159	30	25	17	27	1.97
14963632--14963698	28	2.4	28	97	0	125	13	25	25	35	1.92
14964782--14964830	25	2.0	24	84	4	62	28	18	4	48	1.66
14967796--14968032	48	4.9	48	89	0	348	28	29	17	24	1.97
14967756--14968031	96	2.9	96	86	1	356	28	29	17	23	1.97
14974917--14974948	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
14985315--14985462	48	3.1	48	89	0	224	29	24	8	37	1.84
14987707--14987750	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
14997927--14998035	40	2.7	39	77	8	103	27	20	24	27	1.99
14998316--14998522	104	2.0	104	84	1	272	37	18	13	30	1.90
14998317--14998534	52	4.2	52	81	3	242	36	19	12	30	1.90
15000908--15001085	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
15000929--15001084	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
15008971--15009148	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
15008992--15009147	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
15027527--15027586	29	2.1	29	90	0	93	25	20	11	43	1.85
15028365--15028398	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
15028458--15028489	15	2.1	15	100	0	64	53	0	6	40	1.26
15031749--15031813	24	2.7	24	76	9	60	35	4	33	26	1.77
15033048--15033225	27	6.6	27	79	9	175	37	24	11	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15033048--15033226	55	3.3	54	82	6	193	37	24	11	26	1.89
15033657--15033746	27	3.4	26	74	6	83	24	20	15	40	1.91
15033715--15033803	32	2.8	32	78	11	94	25	20	20	33	1.97
15047239--15047333	27	3.5	26	83	7	100	35	18	22	23	1.96
15047287--15047352	28	2.4	28	87	2	89	36	27	18	18	1.94
15060150--15060323	55	3.2	55	76	11	142	33	17	25	22	1.96
15069310--15069493	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
15069310--15069493	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
15069362--15069526	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
15070869--15071058	55	3.5	52	77	11	177	35	17	24	22	1.95
15071263--15071293	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
15074869--15075046	27	6.6	27	81	3	178	26	15	29	28	1.96
15074870--15075019	82	1.8	81	85	4	212	26	16	30	28	1.96
15074866--15075046	82	2.2	81	80	4	204	26	15	29	28	1.96
15078589--15078616	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
15093213--15093289	37	2.1	37	90	0	118	25	32	19	22	1.97
15093410--15093895	47	10.6	47	88	5	654	29	31	9	30	1.88
15097180--15097299	39	3.1	39	83	0	150	25	29	20	24	1.99
15104756--15104918	39	4.2	39	84	3	202	28	26	19	25	1.99
15105140--15105236	39	2.5	39	91	0	140	29	27	19	22	1.98
15110297--15110327	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
15110406--15110450	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15110519--15110769	55	4.7	54	79	7	239	21	25	17	36	1.94
15110566--15110766	108	1.8	110	86	4	291	22	25	16	35	1.95
15115493--15115695	43	4.7	44	63	22	106	28	26	15	29	1.96
15115160--15115617	220	2.1	220	88	0	666	28	23	16	31	1.96
15115464--15115748	131	2.2	131	96	0	525	26	25	17	30	1.97
15115613--15115994	200	1.9	200	88	0	575	26	23	15	34	1.95
15123771--15123840	7	9.9	7	80	11	63	2	14	0	82	0.77
15123778--15123843	9	6.7	9	73	23	53	3	13	0	83	0.76
15123771--15123840	13	4.9	15	73	16	67	2	14	0	82	0.77
15123771--15123843	11	6.4	12	75	17	59	2	13	0	83	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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