genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72094837--72094920	5	15.6	5	75	14	69	21	19	0	59	1.38
72094913--72094997	20	4.1	21	78	15	88	30	5	0	63	1.18
72094924--72095017	44	2.2	42	85	7	127	28	8	0	62	1.24
72095032--72095188	53	3.0	53	84	0	199	28	21	18	31	1.97
72095052--72095188	53	2.6	53	86	0	202	26	24	21	28	1.99
72095637--72095740	52	2.0	53	83	5	131	31	15	22	30	1.95
72095763--72095853	22	4.2	21	72	17	62	62	0	8	28	1.25
72095734--72095869	43	2.9	47	77	12	145	61	0	8	29	1.32
72095803--72095870	22	3.0	22	77	16	68	64	0	7	27	1.20
72095863--72095946	5	15.6	5	78	9	60	61	0	19	19	1.34
72095885--72095937	16	3.2	16	83	5	61	64	0	15	20	1.29
72095885--72095947	27	2.3	27	83	0	81	66	0	14	19	1.25
72095863--72095947	6	15.5	6	76	15	51	62	0	18	18	1.33
72099322--72099478	59	2.8	57	73	12	153	33	8	30	27	1.87
72106974--72107186	107	2.0	107	90	0	336	34	18	15	30	1.93
72114044--72114171	39	3.3	39	86	0	184	21	25	20	32	1.98
72118547--72118616	29	2.3	30	78	11	72	40	1	12	45	1.51
72121810--72122132	169	2.0	165	85	5	447	36	13	14	35	1.85
72123030--72123074	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
72125693--72127015	662	2.0	662	100	0	2646	34	17	22	26	1.95
72127467--72127511	22	2.0	22	91	0	72	37	2	11	48	1.51
72131881--72131920	16	2.5	16	95	0	71	57	0	5	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72135248--72135312	30	2.2	30	88	0	94	43	7	7	41	1.62
72140719--72140761	18	2.4	19	80	11	54	34	6	11	46	1.67
72142036--72142073	20	2.1	19	85	14	53	26	5	15	52	1.64
72143295--72143329	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
72143520--72143577	28	2.1	28	96	0	107	25	27	20	25	1.99
72143529--72143588	28	2.1	28	81	6	68	23	25	28	23	2.00
72143667--72143697	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
72144538--72144695	43	3.7	42	82	2	163	44	21	14	18	1.86
72144539--72144695	85	1.8	85	82	5	201	45	21	14	19	1.85
72144522--72144720	43	4.6	43	79	7	122	43	21	16	18	1.87
72148442--72148468	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
72148612--72148656	6	7.3	6	87	2	63	2	57	2	37	1.23
72148688--72148726	20	1.9	21	89	5	62	33	15	20	30	1.94
72153982--72154038	30	1.9	30	92	0	96	21	17	24	36	1.94
72160210--72160278	26	2.7	26	90	0	102	24	28	23	23	1.99
72164620--72164645	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
72164937--72164993	24	2.4	24	93	0	96	36	5	17	40	1.72
72166269--72166354	45	1.9	45	90	0	136	17	24	22	36	1.95
72166511--72166616	18	5.9	18	79	3	106	35	16	13	34	1.87
72171109--72171218	35	3.1	35	73	10	107	24	22	26	26	2.00
72171076--72171194	36	3.3	35	76	6	114	23	26	25	25	2.00
72171076--72171218	71	2.0	71	84	2	189	24	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72174273--72174340	19	3.4	19	74	18	75	55	29	4	10	1.52
72174267--72174350	41	2.0	41	100	0	168	54	26	4	14	1.59
72174288--72174350	19	3.0	23	71	22	73	57	25	4	12	1.55
72182722--72182799	41	1.9	41	89	0	120	47	16	7	28	1.74
72186003--72186109	49	2.2	49	94	0	187	35	17	23	23	1.95
72186032--72186109	24	3.2	24	70	10	77	35	16	25	21	1.94
72186007--72186087	25	3.3	25	71	13	78	34	18	22	24	1.96
72186113--72186169	23	2.4	23	77	8	62	45	24	15	14	1.83
72191372--72191403	8	4.0	8	100	0	64	50	0	12	37	1.41
72194420--72194879	228	2.0	229	87	1	672	23	16	19	40	1.91
72195405--72196180	387	2.0	387	95	0	1381	29	15	17	38	1.90
72202032--72202088	24	2.4	25	79	8	73	47	1	0	50	1.11
72202129--72202176	20	2.4	20	77	19	55	41	2	2	54	1.24
72208866--72208969	52	2.0	50	88	3	154	35	12	13	38	1.83
72211596--72211668	36	2.0	36	100	0	146	50	19	2	27	1.61
72214611--72214658	21	2.3	20	79	10	51	16	2	14	66	1.34
72215340--72215375	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
72223761--72224720	480	2.0	480	99	0	1902	25	12	16	45	1.82
72225765--72225792	6	4.7	6	100	0	56	17	0	82	0	0.68
72225895--72225925	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
72228875--72228916	20	2.1	20	86	0	57	30	2	0	66	1.04
72241610--72241641	10	3.3	10	95	4	57	75	0	15	9	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72251283--72251422	39	3.6	39	89	0	190	40	22	22	13	1.89
72252968--72253043	40	1.9	40	91	5	127	35	10	7	46	1.68
72253553--72253605	22	2.3	22	81	12	54	52	3	1	41	1.30
72254480--72254523	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
72257150--72257458	91	3.4	91	85	7	442	50	10	9	29	1.69
72257145--72257445	95	3.2	95	84	9	402	50	9	9	29	1.68
72257645--72257679	17	2.1	17	88	0	52	37	8	2	51	1.47
72262359--72262400	21	2.0	21	95	0	75	30	9	16	42	1.80
72262573--72262616	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
72262717--72262806	39	2.3	39	81	9	112	41	10	22	26	1.85
72264072--72264096	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
72265122--72265167	3	15.3	3	95	0	83	65	0	0	34	0.93
72265563--72265589	11	2.5	11	100	0	54	25	0	7	66	1.17
72265573--72265627	16	3.5	15	77	22	51	29	0	3	67	1.08
72273873--72273915	22	2.0	22	85	0	59	9	51	25	13	1.71
72277735--72277797	20	3.2	21	78	13	71	52	1	0	46	1.10
72277744--72277806	20	3.0	21	84	11	76	58	1	0	39	1.07
72277790--72277864	38	2.0	37	82	7	89	58	4	1	36	1.25
72279457--72279574	60	2.0	60	93	0	200	28	11	13	45	1.79
72279454--72279559	29	3.6	29	68	22	85	27	11	14	47	1.78
72279482--72279579	29	3.3	29	71	17	94	26	13	15	44	1.83
72279559--72279588	14	2.1	14	93	0	51	26	13	16	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72279499--72279647	74	2.0	74	96	0	271	28	12	14	44	1.81
72279582--72279663	29	2.7	32	72	18	84	29	13	13	43	1.82
72279817--72279881	22	3.1	21	72	12	62	15	12	4	67	1.37
72280531--72280562	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
72285306--72285366	2	30.0	2	93	3	104	47	0	50	1	1.10
72290371--72290413	20	2.2	20	87	8	61	27	6	11	53	1.63
72290785--72290906	46	2.7	46	93	0	208	43	23	8	24	1.81
72291394--72291515	46	2.7	46	93	0	208	43	23	8	24	1.81
72290572--72291789	609	2.0	609	100	0	2436	41	17	8	33	1.79
72298266--72298322	24	2.4	24	90	0	96	47	17	5	29	1.70
72298782--72298842	23	2.7	23	94	0	113	54	39	3	3	1.33
72299838--72299873	3	12.0	3	88	11	56	63	0	0	36	0.94
72299837--72299866	14	2.1	14	100	0	60	63	0	0	36	0.95
72302744--72302774	11	2.8	11	100	0	62	54	0	0	45	0.99
72303421--72303478	25	2.4	24	83	11	66	70	6	0	22	1.10
72310891--72310946	24	2.3	24	90	6	87	78	3	3	14	1.02
72310891--72310946	6	9.3	6	86	5	69	78	3	3	14	1.02
72312619--72312731	3	37.7	3	78	7	95	64	2	7	25	1.32
72312619--72312750	21	6.2	22	73	7	87	64	2	6	26	1.30
72312674--72312750	23	3.3	23	83	3	84	66	0	5	28	1.13
72312867--72312916	23	2.3	22	83	13	59	60	0	40	0	0.97
72317779--72317837	30	2.0	30	90	6	93	13	23	38	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72318274--72318485	115	1.8	115	94	0	379	37	8	15	38	1.78
72334607--72334640	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
72334700--72334734	13	2.7	13	90	0	61	60	0	2	37	1.12
72334778--72334840	30	2.1	30	93	0	108	58	12	1	26	1.43
72334870--72334912	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
72334877--72334917	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
72340235--72340288	20	2.7	19	77	11	54	35	3	0	61	1.14
72340258--72340306	25	2.0	25	84	8	64	34	0	0	65	0.93
72340296--72340344	25	1.9	26	88	12	75	42	4	0	53	1.20
72340270--72340336	12	5.3	13	72	12	59	43	1	0	55	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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