genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11337146--11337213	31	2.2	31	84	7	84	64	1	0	33	1.02
11337394--11337440	9	5.2	9	86	0	67	70	0	6	23	1.10
11337387--11337440	18	3.0	18	81	5	65	72	0	5	22	1.05
11337447--11337481	15	2.4	15	85	4	54	74	2	0	22	0.95
11337360--11337558	101	2.0	103	86	6	280	70	2	7	19	1.21
11337493--11337528	18	1.9	18	94	5	63	77	0	5	16	0.94
11342891--11342926	18	1.9	18	88	5	54	33	2	0	63	1.08
11348079--11348130	22	2.3	22	78	15	52	59	3	3	32	1.33
11348650--11348700	24	2.1	25	85	10	70	60	7	5	25	1.47
11349899--11349949	17	3.1	16	78	13	59	15	0	43	41	1.47
11349906--11349939	18	1.9	17	88	5	50	17	0	44	38	1.49
11358632--11358702	30	2.4	30	90	0	106	19	32	11	36	1.87
11361130--11361161	16	2.0	16	93	0	55	0	34	0	65	0.93
11361626--11361687	28	2.3	27	83	5	81	59	6	0	33	1.23
11362067--11362292	117	1.9	117	90	0	362	39	9	13	37	1.77
11378396--11378553	43	3.7	43	78	8	160	31	27	17	22	1.97
11378457--11378553	44	2.3	42	83	5	122	32	27	17	21	1.96
11386453--11386484	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
11386453--11386483	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
11400369--11400438	35	2.0	35	91	0	113	25	24	12	37	1.91
11404112--11404150	20	2.0	19	85	5	51	64	7	10	17	1.48
11408548--11408626	33	2.4	34	79	12	83	65	18	8	6	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11411337--11411381	22	2.0	24	86	8	67	42	8	2	46	1.47
11414277--11414466	93	2.0	93	94	0	335	22	17	28	31	1.96
11414411--11414708	56	6.0	56	70	24	222	25	17	26	30	1.97
11414467--11414783	93	3.4	92	92	2	510	24	18	26	29	1.98
11414318--11414620	149	2.0	149	94	1	529	24	17	27	30	1.97
11422265--11422292	13	2.2	13	100	0	56	67	17	7	7	1.37
11427634--11427691	21	2.8	21	81	5	73	44	0	0	55	0.99
11427658--11427715	8	7.4	8	81	11	66	46	1	1	50	1.22
11427632--11427710	16	4.9	16	75	14	65	44	1	1	53	1.16
11431353--11431431	16	4.5	18	69	29	55	63	2	0	34	1.08
11431354--11431410	16	3.5	16	80	2	69	64	0	0	35	0.93
11431319--11431410	23	3.9	22	74	14	76	64	2	1	32	1.13
11431363--11431417	21	2.8	20	72	27	55	63	1	0	34	1.05
11431361--11431463	33	3.1	32	76	14	91	59	4	0	35	1.19
11433760--11433901	43	3.3	43	80	3	151	35	26	14	24	1.93
11441469--11441576	33	3.3	32	75	3	99	35	22	10	32	1.87
11444229--11444398	43	4.0	42	79	9	155	22	17	26	33	1.96
11444229--11444398	86	2.0	85	81	7	202	22	17	26	33	1.96
11444276--11444398	42	2.9	42	82	9	142	22	18	26	32	1.97
11445121--11445376	131	2.0	131	85	3	354	35	19	17	26	1.94
11449626--11449680	13	4.0	13	75	13	56	61	7	16	14	1.54
11449620--11449679	29	2.1	29	93	0	102	60	8	16	15	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11454805--11454859	24	2.3	24	84	6	67	58	3	5	32	1.38
11457945--11458149	53	3.9	52	82	6	232	24	24	17	33	1.96
11472143--11472397	127	2.0	127	100	0	510	34	17	14	33	1.90
11472981--11473069	44	2.0	44	97	0	169	31	19	24	24	1.98
11475007--11475078	19	3.7	19	70	15	58	26	2	4	66	1.23
11475009--11475060	18	2.8	17	75	13	50	26	3	3	65	1.27
11475489--11475656	85	2.0	86	85	3	232	38	22	9	30	1.86
11476025--11476125	10	10.4	10	68	12	50	30	3	1	63	1.24
11481868--11482077	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
11481815--11482077	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
11481816--11482112	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
11491855--11491886	10	3.2	10	90	0	55	87	0	12	0	0.54
11492142--11492198	28	2.0	29	93	6	98	56	5	7	31	1.49
11493937--11493966	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
11494237--11494285	21	2.3	22	75	3	55	63	2	0	34	1.06
11495033--11495059	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
11502698--11502814	35	3.3	35	82	1	144	15	12	31	40	1.85
11508166--11508216	19	2.7	20	82	11	63	31	0	3	64	1.11
11508349--11508390	7	5.6	8	78	16	54	21	0	0	78	0.75
11508341--11508389	15	3.3	15	85	8	64	22	0	2	75	0.90
11508348--11508382	16	2.2	16	90	10	54	20	0	0	80	0.72
11508650--11508685	3	12.0	3	93	0	63	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11509982--11510031	12	3.8	13	79	12	50	6	70	14	10	1.33
11509989--11510031	12	3.6	12	80	20	54	4	72	13	9	1.26
11511094--11511131	17	2.2	18	85	4	51	55	2	2	39	1.28
11511854--11511906	25	2.0	25	82	7	61	32	1	9	56	1.42
11513065--11513130	27	2.4	27	82	0	87	33	16	40	9	1.80
11516274--11516304	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
11516271--11516310	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11516497--11516696	53	3.8	54	81	7	216	21	25	17	36	1.95
11520634--11520664	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
11520631--11520670	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11520857--11521112	55	4.8	54	77	9	208	22	24	16	37	1.93
11523882--11524205	165	2.0	165	93	0	549	26	22	25	26	2.00
11528774--11528995	44	4.9	44	76	12	177	26	18	30	25	1.98
11531952--11532013	20	3.1	20	65	9	54	17	24	22	35	1.95
11537491--11537529	16	2.4	16	100	0	78	51	17	7	23	1.71
11539208--11539253	25	1.9	25	82	8	60	30	15	0	54	1.41
11539515--11539742	46	5.0	47	91	2	322	21	24	14	39	1.91
11545797--11545822	11	2.4	11	100	0	52	42	7	7	42	1.62
11558029--11558063	11	3.3	11	88	4	54	65	11	17	5	1.43
11559656--11559741	41	2.1	41	100	0	172	41	11	6	39	1.68
11560120--11560167	24	2.0	25	84	12	64	62	8	0	29	1.24
11560395--11560512	11	10.9	11	80	6	89	56	26	11	5	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11560406--11560512	33	3.3	31	79	7	106	57	25	10	6	1.55
11560395--11560522	44	2.9	44	83	6	145	56	25	10	7	1.59
11572153--11572192	21	2.0	21	95	5	73	32	10	17	40	1.83
11572225--11572259	18	1.9	18	88	0	52	42	8	20	28	1.81
11573912--11573994	41	2.0	41	90	0	130	37	24	12	26	1.90
11586468--11586591	50	2.4	51	86	4	187	33	14	12	38	1.84
11591025--11591059	15	2.3	15	90	0	52	65	0	2	31	1.07
11597954--11597991	15	2.4	16	82	8	51	18	5	18	57	1.58
11598316--11598381	33	2.0	33	100	0	132	51	12	15	21	1.75
11606772--11606809	19	2.0	19	90	10	60	21	7	0	71	1.11
11611203--11611229	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
11613814--11613864	11	4.9	11	79	11	54	41	0	1	56	1.10
11613460--11613888	233	1.8	233	91	3	720	35	10	3	49	1.55
11616079--11616133	23	2.4	21	72	18	56	50	0	9	40	1.34
11617960--11617996	15	2.5	15	100	0	74	56	8	5	29	1.51
11622563--11622624	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
11626749--11626792	22	2.0	22	100	0	88	54	4	22	18	1.61
11630373--11630424	25	2.1	25	96	0	95	25	11	44	19	1.84
11653980--11654046	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
11658257--11658391	38	3.6	37	81	6	119	20	17	25	36	1.94
11660318--11660351	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
11665799--11665839	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11671830--11671920	28	3.3	28	78	1	85	13	34	21	30	1.92
11676803--11676836	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
11677566--11677625	20	3.0	19	80	9	75	66	1	8	23	1.28
11677567--11677625	10	5.9	10	77	13	50	66	1	8	23	1.29
11678247--11678280	11	3.1	11	86	0	50	0	11	0	88	0.52
11679237--11679287	6	7.8	6	76	23	50	74	0	1	23	0.92
11682259--11682292	18	1.9	18	88	5	52	55	5	14	23	1.61
11682912--11682971	10	6.2	10	84	11	72	68	0	6	25	1.14
11682912--11682954	14	3.1	14	77	12	52	69	0	4	25	1.07
11683495--11683659	9	17.0	9	66	22	50	29	4	3	62	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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