genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33187993--33188093	42	2.2	44	81	10	116	27	16	25	29	1.97
33188083--33188201	37	3.4	37	85	6	124	30	15	26	27	1.96
33188142--33188208	33	2.0	33	100	0	134	29	11	26	31	1.92
33188821--33188917	43	2.3	42	89	1	140	29	13	22	34	1.92
33188853--33188962	42	2.6	42	77	7	116	30	12	21	35	1.91
33191119--33191233	59	1.9	59	96	0	212	33	1	18	46	1.59
33191885--33192060	46	3.8	46	77	12	198	20	21	30	28	1.98
33191882--33192053	93	1.8	93	96	0	317	20	21	30	27	1.98
33199461--33199636	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
33199458--33199629	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
33207040--33207167	46	2.8	46	91	0	211	18	19	30	31	1.96
33209268--33209316	20	2.5	20	80	3	64	40	18	10	30	1.84
33214031--33214279	54	4.6	54	88	0	354	29	22	7	40	1.80
33214031--33214285	81	3.1	81	85	0	366	29	21	7	41	1.80
33214031--33214285	27	9.4	27	88	0	321	29	21	7	41	1.80
33214074--33214318	27	9.0	27	82	9	72	29	20	8	41	1.81
33214543--33214590	25	2.0	24	87	4	69	18	27	22	31	1.97
33214629--33214688	27	2.3	26	88	2	84	21	25	20	33	1.97
33216140--33216177	15	2.5	15	84	16	51	52	18	10	18	1.73
33224573--33224632	20	3.0	20	100	0	120	30	30	30	10	1.90
33233130--33233163	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
33234090--33234183	28	3.3	28	83	2	116	27	30	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33234107--33234184	29	2.8	28	88	3	111	26	30	15	26	1.96
33238620--33238664	23	2.0	23	90	0	72	44	26	20	8	1.80
33239117--33239248	50	2.6	51	80	2	158	41	12	6	40	1.67
33244317--33244449	51	2.6	51	81	0	158	42	12	6	39	1.67
33255383--33255644	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
33269783--33269940	54	2.9	54	79	1	129	34	19	8	37	1.82
33269810--33269903	27	3.5	27	92	0	143	26	20	9	43	1.82
33269891--33270143	27	9.3	27	74	9	165	41	19	8	30	1.82
33270203--33270286	27	3.1	27	81	5	91	35	19	25	20	1.95
33271092--33271175	25	3.4	25	83	6	109	29	20	23	26	1.99
33271381--33271459	31	2.5	31	93	0	140	31	18	22	26	1.97
33271381--33271491	31	3.7	30	85	6	100	33	19	21	25	1.97
33283040--33283091	19	2.7	19	90	0	77	26	25	32	15	1.95
33291522--33291711	96	2.0	95	84	3	247	37	13	33	14	1.86
33296461--33297011	47	11.6	47	92	2	868	32	8	29	29	1.87
33296461--33297011	96	5.8	96	93	2	898	32	8	29	29	1.87
33298566--33298624	25	2.4	25	91	5	93	23	23	20	32	1.98
33299434--33299498	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
33299529--33299781	27	9.3	27	78	5	170	32	9	19	39	1.83
33299760--33299916	27	5.8	27	88	0	215	40	7	22	29	1.81
33299732--33299907	81	2.2	81	82	0	199	40	7	21	31	1.80
33299760--33299916	81	1.9	81	89	0	242	40	7	22	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33299760--33299943	81	2.3	81	84	0	197	39	7	22	30	1.82
33301305--33301368	24	2.7	24	100	0	128	32	0	39	28	1.57
33301305--33301402	48	2.0	48	80	9	110	34	4	36	24	1.75
33302349--33302378	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
33302795--33302906	27	4.2	26	78	7	116	17	23	21	37	1.94
33302795--33302906	54	2.1	54	84	3	145	17	23	21	37	1.94
33303962--33303995	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
33307030--33307207	40	4.5	40	88	2	243	23	27	23	25	2.00
33307458--33307570	57	2.0	57	94	0	199	30	18	9	41	1.83
33309574--33309601	13	2.2	13	100	0	56	35	17	35	10	1.85
33310513--33310675	40	4.1	40	92	3	247	24	28	19	26	1.99
33320104--33320775	40	16.8	40	96	0	1134	25	27	19	27	1.99
33329218--33329635	40	10.5	40	88	4	596	24	27	23	23	2.00
33329218--33329635	80	5.2	80	96	1	734	24	27	23	23	2.00
33336484--33336595	27	4.2	26	80	7	125	16	23	22	38	1.93
33341817--33341932	39	3.0	39	89	0	187	26	30	19	23	1.98
33347670--33348097	214	2.0	214	98	0	829	31	10	25	32	1.89
33348776--33348859	43	2.0	42	92	2	141	40	16	16	26	1.90
33349315--33350259	40	23.7	40	98	0	1745	31	20	25	22	1.98
33351047--33351395	174	2.0	174	97	0	662	36	14	21	28	1.93
33352191--33352240	25	2.0	25	96	0	91	46	22	20	12	1.83
33361865--33362049	93	2.0	94	96	1	345	28	7	25	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33363003--33363080	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
33363033--33363360	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
33368674--33368849	46	3.8	44	78	11	176	20	19	30	30	1.97
33368671--33368842	93	1.8	93	91	2	283	20	19	30	29	1.97
33380679--33380924	49	4.9	50	82	4	291	28	26	18	26	1.98
33380692--33380923	100	2.3	99	85	4	306	29	26	18	25	1.98
33383885--33384663	132	5.9	131	80	4	618	31	15	15	36	1.89
33388070--33388128	26	2.3	25	85	8	82	28	16	11	42	1.84
33389503--33389562	30	2.0	30	83	0	75	28	25	20	26	1.99
33395630--33395677	22	2.2	22	85	10	64	29	16	4	50	1.64
33396803--33396828	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
33402142--33402292	53	2.8	54	88	6	209	30	27	15	25	1.96
33409661--33409811	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
33411270--33411735	126	3.7	126	88	1	666	29	17	15	37	1.91
33411797--33411853	24	2.4	24	91	8	91	54	33	0	12	1.38
33411789--33412092	144	2.1	144	91	4	499	41	23	2	32	1.68
33412234--33412293	29	2.1	28	84	3	75	46	16	8	28	1.76
33413840--33413864	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
33414148--33414309	55	2.9	55	85	0	225	50	15	8	25	1.71
33417429--33417491	20	3.0	21	79	9	58	63	3	0	33	1.10
33417566--33417598	13	2.3	15	90	10	52	63	6	0	30	1.18
33417636--33417685	20	2.5	20	76	3	55	58	6	0	36	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33420039--33420324	137	2.1	136	94	0	491	32	23	17	25	1.97
33420572--33420624	26	2.0	27	85	7	74	26	11	22	39	1.88
33422110--33422167	26	2.2	26	90	6	91	37	22	5	34	1.76
33423992--33424030	2	19.5	2	94	0	69	48	48	0	2	1.15
33426551--33426590	21	1.9	21	89	0	62	22	15	0	62	1.32
33426559--33426601	21	2.2	20	83	8	52	23	16	0	60	1.35
33434219--33434260	22	1.9	22	85	0	57	35	4	28	30	1.78
33437511--33437542	6	5.7	6	92	7	50	90	0	9	0	0.45
33440428--33440637	43	4.9	43	76	9	178	26	14	26	33	1.94
33440432--33440633	86	2.4	86	81	4	230	26	14	26	32	1.95
33441029--33441075	20	2.3	20	96	0	85	29	8	14	46	1.74
33444500--33444532	16	2.1	16	100	0	66	45	12	18	24	1.83
33445568--33445672	53	2.0	53	88	0	156	38	20	23	17	1.93
33448854--33449012	43	3.7	43	76	8	153	25	14	25	34	1.94
33451751--33451896	47	3.1	47	85	3	177	23	16	27	32	1.96
33455764--33455819	27	2.1	27	100	0	112	21	21	17	39	1.93
33458321--33458356	18	2.0	18	88	0	54	58	8	2	30	1.42
33458750--33458801	11	4.9	11	83	9	72	28	28	0	42	1.56
33458744--33458801	20	2.7	21	86	10	82	31	27	0	41	1.56
33458828--33458858	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
33460522--33460819	54	5.2	54	69	20	212	40	3	9	46	1.51
33460502--33460855	116	3.1	116	94	0	618	40	3	9	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33463818--33464342	126	4.2	125	88	2	757	26	21	17	34	1.96
33465810--33465909	29	3.5	29	84	4	123	28	30	16	26	1.96
33466137--33466175	16	2.4	16	91	0	60	7	17	20	53	1.68
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33496412--33496450	15	2.5	16	84	15	55	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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