genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75735673--75735734	30	2.1	30	93	0	106	11	27	38	22	1.88
75735678--75735754	30	2.6	30	87	8	104	11	29	36	22	1.89
75736572--75736598	10	2.7	10	100	0	54	7	0	0	92	0.38
75737592--75737643	18	2.9	18	80	2	61	76	3	11	7	1.12
75737603--75737642	6	6.7	6	91	0	53	75	2	15	7	1.14
75737591--75737643	6	8.8	6	89	0	52	77	3	11	7	1.10
75737750--75737851	10	9.7	10	71	25	54	73	1	2	21	1.06
75737744--75737842	25	4.0	22	73	20	81	73	2	3	21	1.07
75737799--75737851	5	10.6	5	80	15	65	77	1	1	18	0.96
75737676--75737847	23	7.4	23	69	17	74	69	3	4	22	1.20
75737744--75737856	30	3.9	29	74	13	92	74	1	3	20	1.06
75745472--75745522	13	3.9	13	81	0	66	37	23	5	33	1.79
75746780--75746886	53	2.0	53	94	0	187	42	17	7	31	1.77
75748814--75748864	26	2.0	26	84	3	68	47	1	1	49	1.24
75749007--75749039	15	2.2	15	94	0	57	57	0	0	42	0.98
75749305--75749344	21	1.9	21	84	0	53	17	10	0	72	1.11
75750461--75750514	16	3.3	15	76	19	54	27	3	3	64	1.27
75750461--75750517	17	3.4	16	80	9	69	29	3	3	63	1.28
75752430--75752520	26	3.5	26	75	3	85	28	6	5	59	1.45
75771255--75771430	88	2.0	87	88	8	259	43	17	3	35	1.67
75788972--75789040	34	2.0	34	94	0	120	56	17	10	15	1.66
75793908--75794302	26	15.2	26	69	14	183	28	6	4	60	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75794020--75794178	58	2.9	54	77	13	162	28	4	4	62	1.34
75794024--75794178	27	5.6	28	71	15	81	29	4	4	61	1.35
75794152--75794200	21	2.3	21	82	10	55	30	4	4	61	1.33
75794095--75794275	99	1.8	97	82	9	231	28	4	4	61	1.36
75794095--75794302	50	4.1	50	73	13	135	28	5	4	60	1.40
75800277--75800938	44	14.6	44	71	10	341	30	17	21	30	1.96
75800363--75800812	92	4.9	91	71	13	320	30	16	20	31	1.95
75800263--75800938	181	3.7	181	86	2	845	30	17	21	30	1.96
75801176--75801224	25	1.9	26	83	4	64	51	32	2	14	1.54
75803876--75804165	46	6.6	45	83	8	359	33	14	22	28	1.94
75803958--75804030	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
75803912--75804165	82	3.0	81	82	10	305	33	15	22	28	1.95
75803876--75804122	128	1.9	128	89	0	386	34	14	21	29	1.93
75804763--75805114	17	19.8	17	70	14	196	44	10	14	30	1.79
75804717--75805106	17	22.0	18	69	17	162	45	10	14	30	1.78
75819689--75819802	35	3.4	33	79	12	108	30	9	12	47	1.73
75819746--75819797	16	3.2	16	72	5	50	30	5	9	53	1.57
75819689--75819802	33	3.4	33	80	10	99	30	9	12	47	1.73
75821218--75821606	26	15.1	25	69	16	165	28	7	4	60	1.42
75821218--75821281	29	2.4	28	87	10	89	28	4	0	67	1.11
75821318--75821377	18	3.1	19	74	18	52	35	5	1	58	1.30
75821460--75821508	21	2.3	21	85	3	62	28	4	4	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75825414--75825458	22	2.0	22	100	0	90	35	8	0	55	1.31
75825528--75825591	27	2.4	27	92	5	103	23	28	34	14	1.93
75825676--75825715	11	3.7	11	86	6	64	70	0	30	0	0.88
75825675--75825713	21	1.9	20	94	5	69	69	0	30	0	0.89
75825841--75825875	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
75826029--75826080	27	1.9	27	96	0	95	36	15	26	21	1.93
75829068--75829101	17	2.0	17	88	11	52	0	23	0	76	0.79
75829485--75829513	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
75831868--75831926	29	2.0	29	86	0	82	23	6	32	37	1.81
75833082--75833154	21	3.4	21	80	12	69	30	2	4	63	1.27
75833599--75833660	31	2.0	30	84	3	79	30	9	12	46	1.74
75834720--75834762	17	2.5	17	88	7	61	67	0	25	6	1.15
75835685--75835714	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
75837023--75837053	16	2.0	15	93	6	53	25	0	9	64	1.24
75842173--75842197	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
75851671--75851843	41	4.2	41	75	2	161	21	17	26	35	1.95
75852633--75853049	69	6.0	69	90	0	566	26	8	18	46	1.78
75852787--75853084	24	12.9	23	68	10	81	27	7	19	45	1.77
75853024--75853088	23	2.8	23	81	4	69	33	10	18	36	1.86
75854209--75854236	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
75866212--75866270	30	1.9	31	86	3	84	47	1	22	28	1.61
75868526--75868671	45	3.2	45	92	0	238	19	17	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75868658--75868703	6	7.3	6	85	2	56	17	19	17	45	1.85
75869024--75869049	13	2.0	13	100	0	52	38	0	30	30	1.58
75873520--75873603	43	1.9	43	80	7	98	57	2	1	39	1.20
75873578--75873638	19	3.1	19	77	11	59	59	3	8	29	1.43
75876804--75877104	107	2.8	108	91	2	466	34	17	16	31	1.93
75879295--75879592	44	6.7	43	69	13	149	26	21	21	31	1.98
75882003--75882202	45	4.4	45	88	0	274	31	23	15	29	1.95
75882183--75882614	132	3.3	132	92	0	675	25	25	18	30	1.98
75899467--75899569	54	1.9	54	97	0	197	52	12	5	29	1.62
75899594--75899655	30	2.1	30	90	0	97	56	12	4	25	1.56
75899686--75899715	14	2.1	14	93	0	51	53	13	13	20	1.72
75899895--75899937	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
75901127--75901168	21	2.0	21	90	0	66	30	11	26	30	1.92
75902126--75902328	107	1.9	106	82	4	255	29	20	14	34	1.93
75918273--75918305	16	2.1	16	88	5	50	24	3	6	66	1.28
75920028--75920338	106	3.0	106	79	6	355	21	12	19	45	1.84
75922393--75922468	31	2.5	30	79	8	82	38	6	10	44	1.65
75923244--75923282	14	2.8	14	92	0	60	38	10	20	30	1.86
75923854--75923889	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
75923880--75923918	20	2.0	20	84	0	51	56	0	0	43	0.99
75924693--75924812	54	2.2	54	88	2	179	19	30	26	24	1.98
75925558--75925623	20	3.3	20	66	8	62	31	15	34	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75925530--75925639	40	2.8	40	92	1	186	32	16	29	21	1.95
75931529--75931560	16	2.0	16	100	0	64	31	6	6	56	1.49
75931999--75932035	19	1.9	19	88	0	56	29	8	2	59	1.40
75932032--75932091	17	3.6	17	72	17	63	45	0	0	55	0.99
75932030--75932090	32	1.9	32	93	3	106	47	0	0	52	1.00
75932041--75932087	8	5.9	8	75	9	51	44	0	0	55	0.99
75933752--75933784	17	2.0	17	88	5	50	21	15	3	60	1.48
75935162--75935300	73	1.9	73	89	2	217	36	19	11	32	1.88
75936061--75936265	88	2.3	89	79	14	210	35	16	10	37	1.83
75936427--75936468	19	2.3	19	80	12	52	57	0	2	40	1.12
75936446--75936529	10	8.1	10	68	10	53	63	1	3	32	1.19
75936712--75936762	19	2.7	20	78	9	61	25	5	1	66	1.24
75936712--75936766	20	2.8	20	81	10	69	23	7	1	67	1.26
75936823--75936887	23	2.9	23	78	19	75	30	4	1	63	1.24
75936843--75936909	10	6.7	10	76	6	64	28	4	1	65	1.21
75936841--75936899	30	1.9	30	86	3	82	28	5	0	66	1.13
75936842--75936897	20	2.8	21	89	5	80	28	5	0	66	1.14
75938755--75938795	20	2.1	19	86	13	57	73	4	0	21	1.02
75938897--75938950	20	2.7	20	80	11	58	35	1	7	55	1.39
75940437--75940503	9	7.4	9	82	0	80	41	22	8	26	1.83
75940599--75940644	13	3.8	13	86	11	62	13	0	47	39	1.42
75944039--75944138	42	2.4	42	94	0	173	26	28	10	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75946155--75946858	94	7.5	95	78	4	635	30	18	17	33	1.94
75946155--75946877	375	1.9	375	82	3	893	30	18	17	33	1.94
75946727--75947035	167	1.9	167	84	2	424	29	15	18	35	1.92
75946895--75947203	94	3.3	94	84	2	397	28	17	19	34	1.95
75946958--75947208	44	5.5	44	71	18	179	28	17	19	33	1.95
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75965452--75965554	41	2.5	41	85	3	127	27	21	25	26	1.99
75966688--75966717	13	2.2	14	94	5	53	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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