genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63338890--63338928	15	2.6	16	84	8	55	46	0	12	41	1.42
63339551--63339636	30	2.9	30	94	0	154	24	6	51	17	1.70
63339585--63339635	18	3.2	18	64	30	51	23	7	52	15	1.68
63340163--63340871	86	8.3	86	84	6	739	19	22	21	35	1.96
63340234--63340457	87	2.7	79	82	7	218	19	22	20	37	1.95
63340324--63340871	44	12.7	43	68	14	272	19	22	22	35	1.96
63340323--63340871	259	2.1	261	88	3	813	19	23	22	35	1.96
63340990--63341113	64	1.9	64	88	0	185	37	13	16	32	1.87
63341778--63341891	52	2.2	53	88	1	167	54	9	13	22	1.67
63342013--63342397	197	2.0	197	95	0	689	17	25	16	39	1.91
63345567--63345612	9	4.8	10	77	17	53	50	10	17	21	1.77
63345567--63345612	19	2.4	19	85	7	58	50	10	17	21	1.77
63347767--63347805	15	2.6	16	84	8	55	46	0	12	41	1.42
63352781--63352826	9	4.8	10	77	17	53	50	10	17	21	1.77
63352781--63352826	19	2.4	19	85	7	58	50	10	17	21	1.77
63354988--63355073	30	2.9	30	94	0	154	26	6	50	16	1.70
63356041--63356079	15	2.6	16	84	8	55	46	0	12	41	1.42
63362438--63362596	43	3.7	43	78	7	153	25	18	25	30	1.98
63362435--63362596	86	1.9	85	81	8	195	24	18	24	32	1.97
63370041--63370199	43	3.7	43	79	5	162	24	16	26	32	1.96
63371201--63371326	67	1.9	67	83	6	168	18	25	27	28	1.98
63371180--63371337	66	2.4	63	76	8	156	18	25	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63374321--63374355	18	1.9	18	94	0	61	51	34	2	11	1.53
63377912--63377970	30	2.0	30	93	0	100	30	13	16	38	1.88
63381491--63381647	42	3.6	44	74	9	135	31	22	17	28	1.97
63384445--63384534	27	3.3	27	76	4	101	31	20	26	22	1.98
63384539--63384694	69	2.3	69	82	2	197	38	16	25	19	1.92
63388011--63388412	201	2.0	201	92	0	671	39	6	22	31	1.79
63388597--63388676	41	2.0	41	87	0	115	28	10	23	37	1.87
63390142--63390166	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
63392666--63392692	10	2.7	10	100	0	54	29	18	11	40	1.85
63392984--63393099	44	2.7	42	76	19	125	33	25	12	27	1.93
63402582--63402730	43	3.5	41	76	9	122	30	25	18	24	1.98
63405626--63405704	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
63405823--63406361	49	11.1	49	96	1	960	29	29	8	32	1.87
63419955--63420026	6	11.7	6	75	16	58	75	2	16	5	1.12
63419954--63420032	36	2.2	36	84	8	99	74	2	16	6	1.13
63419963--63420032	30	2.3	29	83	9	79	77	1	15	5	1.03
63423098--63423134	19	2.0	19	94	5	67	21	5	13	59	1.54
63440033--63440076	22	2.0	22	100	0	88	36	13	9	40	1.76
63440477--63440642	83	2.0	83	97	1	316	21	10	18	50	1.76
63440822--63440862	19	2.1	20	86	4	57	26	2	2	68	1.15
63442974--63443088	52	2.2	53	87	4	171	22	26	13	37	1.92
63442974--63443089	24	4.4	27	73	15	118	23	25	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63448774--63448859	36	2.4	37	80	7	106	10	22	2	65	1.35
63448780--63448856	18	4.2	18	78	8	84	10	20	2	66	1.34
63448834--63448883	20	2.4	21	83	9	59	4	18	4	74	1.14
63448849--63448921	21	3.8	20	72	12	55	5	23	1	69	1.17
63450035--63450066	11	2.9	11	95	0	55	25	9	3	62	1.40
63455913--63456110	54	3.7	54	81	4	247	35	18	24	21	1.95
63493462--63493639	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
63493483--63493638	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
63494125--63494150	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
63501493--63501670	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
63501514--63501669	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
63503628--63503658	14	2.2	14	100	0	62	41	6	12	38	1.69
63508302--63508362	30	2.0	30	100	0	122	37	9	13	39	1.77
63509297--63509330	14	2.3	15	95	5	61	26	0	0	73	0.83
63509296--63509333	14	2.5	15	87	12	60	26	0	0	73	0.83
63514080--63514125	18	2.6	18	82	0	56	47	8	32	10	1.69
63516863--63516893	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
63516973--63517003	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
63531567--63531791	73	3.1	73	99	0	441	25	20	20	32	1.97
63532887--63532984	24	4.0	24	87	1	142	37	5	36	20	1.75
63533803--63533842	16	2.3	18	84	16	50	32	0	30	37	1.58
63534539--63534619	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63534539--63534631	32	2.8	31	73	9	78	25	20	25	27	1.99
63537366--63537950	40	14.6	40	90	0	920	28	19	27	24	1.99
63544801--63544874	24	3.0	24	90	2	121	36	5	37	20	1.76
63546406--63546570	83	2.0	83	98	0	321	18	14	31	35	1.91
63546575--63546655	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
63556654--63556803	43	3.5	43	77	8	146	26	26	22	25	2.00
63556646--63556804	85	1.9	85	82	5	205	26	27	22	24	2.00
63558862--63558910	21	2.3	21	78	0	53	32	32	14	20	1.92
63560001--63560074	34	2.1	34	95	2	130	40	12	21	25	1.88
63571281--63571458	40	4.5	40	87	3	236	24	23	28	24	2.00
63573430--63573648	43	5.1	43	93	0	366	31	32	22	13	1.92
63573770--63573881	43	2.6	43	92	0	188	30	31	25	12	1.93
63573874--63573997	38	3.2	38	84	2	122	26	26	23	23	2.00
63575890--63576038	41	3.6	41	74	12	126	22	20	28	28	1.98
63575869--63576029	41	3.9	40	71	18	123	22	21	27	29	1.99
63582870--63582980	41	2.6	43	76	9	111	33	24	16	26	1.96
63586679--63586766	46	1.9	46	92	0	140	27	28	22	21	1.99
63588011--63588092	41	2.0	41	97	0	155	34	23	14	28	1.94
63596002--63596065	27	2.3	27	81	7	67	31	12	9	46	1.73
63596014--63596073	27	2.2	27	79	8	68	31	10	8	50	1.66
63599323--63599382	25	2.4	24	76	15	59	61	1	26	10	1.37
63600997--63601069	28	2.6	28	80	6	78	31	8	9	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63603604--63603772	79	2.1	79	80	3	187	24	20	27	26	1.99
63603548--63603770	40	5.6	39	80	7	189	25	21	27	26	1.99
63603628--63603805	79	2.2	80	80	2	189	25	21	28	24	1.99
63605911--63605949	20	1.9	21	84	5	53	43	12	0	43	1.42
63613780--63613836	26	2.2	26	83	3	69	26	17	19	36	1.94
63615053--63615101	16	3.0	16	74	14	55	67	0	28	4	1.09
63616031--63616096	25	2.6	25	80	9	71	53	7	1	37	1.39
63631323--63631354	16	2.1	16	94	5	57	84	0	15	0	0.63
63631295--63631354	15	4.2	14	73	14	52	73	0	23	3	0.98
63636009--63636175	40	4.2	40	87	4	246	26	27	23	22	2.00
63636010--63636172	81	2.0	81	91	0	263	25	26	23	23	2.00
63646669--63646898	40	5.8	40	89	1	336	26	27	21	24	1.99
63654595--63654897	40	7.6	40	93	0	455	27	26	22	23	1.99
63658157--63658292	46	3.0	46	85	2	184	25	30	8	36	1.86
63658266--63658457	47	4.1	47	90	1	278	25	30	11	32	1.91
63658356--63658430	22	3.3	22	64	29	57	24	30	14	30	1.95
63669704--63669757	25	2.1	26	86	3	74	46	11	7	35	1.67
63671584--63671639	27	2.1	27	96	0	103	42	17	7	32	1.77
63676348--63676401	25	2.1	26	83	10	67	48	11	7	33	1.67
63677457--63677586	65	2.0	65	84	3	172	26	20	19	34	1.96
63700569--63700647	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
63708187--63708235	25	2.0	25	100	0	98	30	8	32	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63708991--63709111	48	2.5	48	86	5	156	28	18	28	24	1.98
63709129--63709253	42	3.0	42	85	0	142	28	18	25	28	1.98
63709173--63709337	90	1.8	90	82	2	215	28	19	26	26	1.99
63712780--63712847	33	2.1	33	91	0	109	29	35	10	25	1.89
63723055--63723100	16	2.9	17	84	15	64	43	6	0	50	1.28
63723857--63724225	184	2.0	184	98	0	720	35	14	13	36	1.85
63731468--63731522	21	2.5	22	79	2	67	34	9	5	50	1.57
63732226--63732277	21	2.5	21	84	3	61	63	3	5	26	1.34
63733029--63733103	37	2.0	37	94	0	132	17	1	53	28	1.52
63733070--63733132	29	2.2	29	85	5	83	17	1	49	31	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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