genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78179853--78179915	29	2.2	29	88	0	90	25	20	9	44	1.82
78179853--78179927	29	2.6	29	84	0	78	29	18	12	40	1.87
78180681--78180730	20	2.5	19	75	9	55	62	4	0	34	1.14
78180822--78180880	31	1.9	31	83	10	77	44	28	3	23	1.70
78184297--78184360	27	2.4	27	89	7	96	50	6	3	40	1.43
78184523--78184563	18	2.3	18	83	8	57	24	2	0	73	0.96
78189561--78189599	12	3.3	12	85	7	62	46	12	0	41	1.42
78189554--78189599	23	2.0	23	100	0	92	47	13	0	39	1.42
78189554--78189590	11	3.3	11	85	7	56	51	10	0	37	1.37
78192050--78192083	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
78198365--78198864	3	169.0	3	67	11	210	29	8	2	60	1.37
78198678--78198740	8	6.8	10	82	13	50	30	6	0	63	1.19
78204810--78204924	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
78204810--78204943	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
78207854--78208029	61	2.8	62	86	2	246	44	13	28	13	1.81
78209979--78210011	16	2.1	16	88	5	50	48	0	3	48	1.17
78210340--78210390	23	2.2	23	82	0	66	17	9	37	35	1.83
78210931--78210957	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
78211087--78211368	98	2.9	98	87	2	415	24	13	14	47	1.80
78212370--78212460	44	2.1	44	89	0	137	46	9	13	30	1.75
78215923--78215971	19	2.6	18	87	9	71	24	24	0	51	1.49
78215946--78216031	43	2.0	43	93	0	145	20	24	1	53	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78221018--78221235	46	4.7	46	87	2	242	22	23	14	40	1.90
78221067--78221235	46	3.7	46	91	0	257	21	23	14	40	1.90
78221164--78221297	62	2.2	62	91	0	214	23	26	13	37	1.91
78221220--78221251	16	2.0	16	100	0	64	18	25	12	43	1.85
78221226--78221313	46	1.9	46	97	0	167	22	27	13	36	1.92
78221118--78221313	108	1.8	108	94	0	347	24	25	13	36	1.92
78241416--78241531	43	2.7	43	85	6	155	43	18	6	31	1.76
78252323--78252378	24	2.3	24	79	14	71	57	3	3	35	1.34
78252521--78252565	23	2.0	23	86	0	63	71	13	8	6	1.31
78253258--78253459	100	2.0	101	97	0	379	28	6	12	52	1.63
78255802--78255867	31	2.2	30	86	2	87	59	13	6	21	1.56
78262956--78263028	31	2.2	32	81	13	87	61	4	1	32	1.23
78263448--78263521	36	2.1	36	100	0	148	37	16	13	32	1.87
78265851--78265880	3	10.0	3	92	0	51	30	0	36	33	1.58
78265851--78265889	9	4.3	9	90	0	51	25	0	41	33	1.56
78272524--78272555	13	2.4	14	90	10	50	25	0	6	68	1.12
78277016--78277191	90	2.0	90	91	0	289	34	13	17	35	1.89
78285563--78285652	31	2.9	30	76	11	92	38	3	7	50	1.48
78285742--78285800	30	1.9	31	89	3	93	49	1	8	40	1.43
78285738--78285798	16	4.0	16	75	10	56	52	1	6	39	1.37
78287675--78287727	24	2.2	24	96	0	97	24	0	41	33	1.55
78288685--78288727	18	2.6	16	79	13	50	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78288690--78288732	18	2.4	18	88	0	68	48	0	2	48	1.14
78288808--78288854	19	2.4	20	89	3	69	44	17	14	23	1.85
78294393--78294467	5	15.0	5	100	0	150	20	40	0	40	1.52
78299342--78299368	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
78299402--78299603	41	5.0	39	85	7	201	33	24	23	18	1.97
78299423--78299603	41	4.4	41	90	2	258	33	24	23	18	1.97
78299645--78299717	37	2.0	37	91	5	121	50	28	0	20	1.48
78299840--78299890	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
78300418--78300488	8	9.4	8	86	9	96	67	0	0	32	0.91
78300412--78300488	15	5.1	15	84	12	104	70	0	0	29	0.88
78300412--78300485	7	10.0	7	87	11	87	70	0	0	29	0.88
78300497--78300537	21	1.9	22	90	5	66	53	4	2	39	1.35
78300619--78300696	41	1.9	41	86	5	113	41	14	16	28	1.87
78311028--78311072	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
78311088--78311173	41	2.1	40	82	2	100	23	2	8	66	1.30
78311942--78311977	12	2.9	12	91	4	54	55	0	19	25	1.43
78312358--78312390	9	3.7	9	91	0	57	30	18	12	39	1.87
78312356--78312390	18	1.9	18	100	0	70	31	17	11	40	1.85
78312396--78312420	7	3.6	7	100	0	50	44	12	12	32	1.78
78313743--78313866	62	2.0	62	100	0	248	22	9	25	41	1.84
78314168--78314220	24	2.2	24	96	0	97	24	0	41	33	1.55
78314186--78314396	104	2.0	104	97	0	395	27	12	26	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78314546--78314739	94	2.0	95	97	2	363	23	21	9	45	1.81
78315381--78315423	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
78315499--78315545	19	2.4	19	76	13	51	48	14	12	23	1.78
78316738--78316778	14	2.8	15	79	13	50	65	0	2	31	1.05
78325439--78325498	18	3.2	18	79	9	59	33	0	1	65	1.03
78325455--78325503	18	2.5	20	83	12	66	38	0	0	61	0.96
78325456--78325503	9	5.0	9	76	14	51	39	0	0	60	0.97
78332859--78332922	21	3.2	20	77	22	80	57	1	3	37	1.24
78332876--78332938	22	3.0	22	72	22	64	55	3	3	38	1.32
78334488--78334513	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
78334764--78334898	39	3.4	39	74	11	116	27	27	20	24	1.99
78337253--78337443	18	10.6	18	74	12	151	37	15	11	35	1.84
78337265--78337455	54	3.5	54	76	9	167	37	15	11	35	1.83
78337267--78337455	72	2.6	71	82	5	211	37	15	11	35	1.83
78337560--78337590	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
78337629--78337868	45	5.3	45	91	0	363	40	22	18	17	1.91
78338278--78338316	5	7.8	5	97	0	60	25	33	0	41	1.56
78338732--78338766	9	4.0	9	88	7	54	20	8	0	71	1.11
78338732--78338774	13	3.3	13	83	9	52	18	9	0	72	1.11
78338738--78338774	17	2.2	17	95	0	65	18	8	0	72	1.08
78342756--78342899	45	3.2	45	90	0	225	41	20	18	19	1.90
78342915--78342973	22	2.6	22	89	2	82	38	23	18	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78344014--78344053	5	8.8	5	79	20	52	17	15	0	67	1.23
78344018--78344052	9	4.0	9	92	7	63	20	11	0	68	1.20
78344018--78344052	17	2.0	18	94	5	63	20	11	0	68	1.20
78344018--78344060	13	3.3	13	87	9	61	18	11	0	69	1.17
78346013--78346044	15	2.1	16	94	5	57	59	28	6	6	1.46
78346031--78346149	57	2.1	57	100	0	238	57	20	15	6	1.61
78346333--78346375	23	1.9	22	85	4	59	41	13	4	39	1.66
78353506--78353550	23	2.0	23	86	4	65	46	15	6	31	1.72
78353503--78353558	22	2.5	22	83	8	69	44	16	5	33	1.70
78353516--78353573	19	2.8	20	84	10	64	39	15	8	36	1.78
78354597--78354654	20	2.9	20	71	5	55	10	27	18	43	1.83
78357228--78357356	61	2.1	60	84	5	170	25	28	20	24	1.99
78360226--78360297	34	2.3	30	78	19	92	43	15	16	25	1.87
78360235--78360303	34	2.0	34	100	0	138	40	14	14	30	1.86
78361969--78362087	25	4.8	25	84	0	148	32	22	18	26	1.97
78361954--78362069	50	2.3	50	84	0	151	34	20	17	27	1.95
78362698--78362820	45	2.7	46	86	2	160	38	20	19	21	1.94
78372776--78372813	18	2.1	18	95	0	67	42	15	13	28	1.85
78372792--78372848	30	1.9	29	82	3	69	35	14	21	29	1.92
78375020--78375061	19	2.3	19	84	12	52	26	9	23	40	1.85
78378752--78378813	3	20.7	3	82	15	60	69	0	3	27	1.04
78381740--78382190	231	2.0	231	93	0	778	27	18	15	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78388205--78388333	68	1.9	68	83	3	170	39	17	16	26	1.91
78389117--78389169	22	2.4	22	81	6	63	28	16	24	30	1.97
78390613--78390671	21	2.8	21	100	0	118	38	23	10	27	1.87
78393406--78393608	101	2.0	101	90	0	316	22	17	14	45	1.85
78395312--78395345	17	2.0	17	94	0	59	17	20	0	61	1.34
78406389--78406445	27	2.1	27	96	0	105	21	28	8	42	1.82
78415656--78415708	27	2.0	25	82	7	61	66	7	15	11	1.44
78416665--78416985	133	2.4	133	91	0	518	29	20	18	30	1.97
78416885--78416981	45	2.2	43	83	9	115	31	21	21	24	1.98
78416974--78417653	133	5.1	132	87	2	950	27	21	21	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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