genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23674407--23674716	54	5.7	53	71	13	168	40	19	8	31	1.82
23674421--23674627	80	2.6	80	83	5	238	41	20	9	28	1.83
23674421--23674629	81	2.6	81	82	6	239	41	20	9	29	1.83
23674380--23674716	27	12.4	27	75	9	141	39	19	8	32	1.83
23675606--23675729	52	2.4	50	93	6	214	25	24	22	27	2.00
23675607--23675729	26	4.8	26	89	5	180	26	23	22	27	2.00
23675947--23676051	31	3.4	31	97	0	192	26	18	26	28	1.98
23678509--23678659	39	3.9	39	93	0	248	25	20	26	27	1.99
23686721--23686846	39	3.2	39	89	0	189	24	19	27	27	1.99
23686721--23686864	39	3.7	39	87	1	128	25	20	27	27	1.99
23686721--23686864	78	1.8	78	82	2	182	25	20	27	27	1.99
23692552--23692612	29	2.3	27	83	13	74	44	1	0	54	1.10
23692555--23692644	12	7.5	11	70	22	65	43	3	1	52	1.25
23692571--23692649	6	13.2	6	75	19	60	44	3	1	50	1.28
23692553--23692649	17	5.4	17	72	19	72	42	3	1	53	1.23
23696101--23696130	13	2.3	13	94	0	51	10	3	6	80	1.01
23702308--23702451	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
23702360--23702458	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
23702307--23702457	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
23711488--23711518	16	1.9	16	93	0	53	51	25	6	16	1.68
23712732--23712783	24	2.2	24	85	0	68	57	19	15	7	1.62
23712993--23713111	29	4.2	29	81	2	143	28	14	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23715980--23716012	16	2.1	16	94	0	57	48	24	6	21	1.72
23722000--23722071	29	2.5	29	86	0	99	31	13	29	25	1.94
23725285--23725354	35	2.0	35	91	0	113	14	21	28	35	1.92
23730788--23730961	46	3.8	48	76	11	159	24	28	20	26	1.99
23747915--23747985	29	2.5	28	88	6	99	28	12	26	32	1.93
23747915--23747985	28	2.5	29	88	6	101	28	12	26	32	1.93
23752641--23753072	40	10.8	40	84	3	548	26	28	21	24	1.99
23752621--23753068	80	5.6	80	94	1	747	26	28	20	23	1.99
23754672--23754817	44	3.3	44	65	9	127	21	25	10	42	1.84
23754715--23754887	43	4.0	43	70	7	170	20	28	15	35	1.93
23754672--23754860	87	2.2	87	97	0	351	21	26	12	39	1.88
23756446--23756476	16	1.9	16	93	0	53	51	25	6	16	1.68
23757690--23757741	24	2.2	24	85	0	68	57	19	15	7	1.62
23757951--23758069	29	4.2	29	81	2	143	28	14	30	26	1.95
23760938--23760970	16	2.1	16	94	0	57	48	24	6	21	1.72
23766958--23767029	29	2.5	29	86	0	99	31	13	29	25	1.94
23775752--23775925	46	3.8	48	76	11	159	24	28	20	26	1.99
23792879--23792949	29	2.5	28	88	6	99	28	12	26	32	1.93
23792879--23792949	28	2.5	29	88	6	101	28	12	26	32	1.93
23797559--23797830	40	6.8	40	86	2	368	26	28	20	24	1.99
23797539--23797826	80	3.6	80	90	2	427	26	28	20	23	1.99
23804960--23805088	49	2.6	50	85	3	154	22	24	22	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23805002--23805199	50	3.8	51	81	9	197	23	26	22	27	2.00
23812001--23812084	42	2.0	43	90	2	134	21	30	15	32	1.94
23812092--23812560	236	2.0	238	93	0	807	30	18	16	33	1.94
23813116--23813213	49	2.0	49	97	0	187	37	27	0	34	1.57
23813394--23813598	40	5.1	40	82	7	238	25	26	22	25	2.00
23814727--23814958	56	4.1	56	97	0	437	22	22	9	45	1.81
23816064--23816135	37	1.9	37	94	0	126	31	13	12	41	1.82
23816568--23816717	75	2.0	75	98	0	291	34	12	17	35	1.88
23817790--23817829	20	2.0	20	100	0	80	35	0	40	25	1.56
23820173--23820216	22	2.0	21	83	12	54	38	6	0	54	1.27
23820880--23820937	25	2.3	27	76	11	68	36	3	1	58	1.25
23831830--23831875	20	2.3	20	85	3	58	23	0	13	63	1.30
23834766--23834801	18	2.0	19	89	10	58	27	8	27	36	1.86
23836780--23836952	93	1.9	93	92	0	292	26	30	22	20	1.98
23836773--23836948	46	3.8	46	79	10	196	27	30	22	19	1.98
23836824--23836967	46	3.1	45	73	11	130	28	29	21	20	1.98
23837358--23837390	16	2.0	17	88	5	50	36	15	3	45	1.61
23852922--23853071	38	3.9	38	92	0	219	22	22	25	29	1.99
23853064--23853192	46	3.0	44	87	7	167	22	24	30	23	1.99
23855646--23855703	30	1.9	30	100	0	116	12	34	3	50	1.57
23856450--23856630	75	2.3	75	83	8	229	56	12	6	25	1.58
23857633--23857661	10	2.7	11	89	10	51	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23858729--23858763	17	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
23861594--23861765	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
23861587--23861762	46	3.8	46	77	14	200	29	28	20	21	1.98
23864087--23864130	13	3.0	15	84	15	65	59	0	0	40	0.98
23864090--23864124	8	4.4	8	92	0	61	60	0	0	40	0.97
23865049--23865135	44	2.0	44	84	4	113	21	20	25	32	1.98
23874368--23874421	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
23882146--23882179	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
23882143--23882179	12	3.1	12	96	0	65	27	0	5	67	1.12
23892370--23892411	13	3.2	13	81	18	59	35	4	2	57	1.33
23893101--23893145	21	2.0	21	83	8	54	35	4	2	57	1.31
23898020--23898074	21	2.6	21	94	0	101	29	32	0	38	1.58
23901329--23901437	50	2.2	50	88	3	157	25	11	20	42	1.86
23903244--23903291	24	2.0	24	83	0	60	58	4	6	31	1.42
23903997--23904056	29	2.1	29	81	6	68	50	11	10	28	1.71
23915115--23915142	14	2.0	14	100	0	56	14	14	35	35	1.86
23915626--23915862	40	5.9	40	93	0	384	25	23	27	24	2.00
23915547--23915862	80	3.9	79	86	4	368	25	23	27	24	2.00
23918917--23919180	40	6.6	40	87	6	349	25	22	27	24	2.00
23918917--23919213	159	1.9	159	82	6	379	26	22	26	24	2.00
23923637--23923705	37	1.9	35	82	11	86	42	1	2	53	1.24
23923717--23923839	53	2.3	55	76	10	130	46	3	3	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23923758--23923836	26	3.0	26	75	8	79	45	2	3	48	1.34
23928064--23928344	140	2.0	140	92	0	472	43	12	24	19	1.86
23934916--23935221	46	6.6	45	71	12	203	23	27	19	29	1.98
23934862--23935221	94	3.9	94	80	8	387	22	28	20	29	1.98
23935565--23935622	30	1.9	30	85	0	80	31	24	12	32	1.91
23949680--23949750	21	3.2	22	80	8	81	46	19	5	28	1.72
23951576--23951631	29	2.0	27	86	10	78	19	5	5	69	1.28
23951812--23951867	27	2.1	27	83	6	69	51	0	7	41	1.29
23962141--23962182	5	8.4	5	100	0	84	38	21	0	40	1.53
23966516--23966613	43	2.3	43	89	3	144	31	6	13	48	1.66
23971259--23971351	43	2.2	42	88	5	141	29	5	13	51	1.63
23984485--23984563	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23984682--23985304	47	13.1	47	92	1	886	28	29	8	32	1.87
23989330--23989514	80	2.3	80	84	4	232	22	19	28	29	1.98
23989330--23989512	40	4.6	39	85	3	204	22	19	28	28	1.98
23989330--23989547	79	2.8	80	80	4	219	24	19	28	27	1.99
23990424--23990591	83	2.0	83	98	0	327	25	19	23	30	1.98
23993463--23993608	72	2.0	72	95	0	265	26	18	28	26	1.98
23997430--23997652	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
23997505--23997687	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
24009616--24009642	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
24013606--24013671	26	2.5	26	74	13	64	60	1	6	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24014944--24015077	46	2.9	45	82	3	169	23	3	21	51	1.64
24017925--24017965	16	2.5	17	92	4	66	56	0	7	36	1.27
24025886--24026104	47	4.7	46	79	13	234	28	19	30	22	1.98
24025883--24026101	94	2.3	94	100	0	438	28	19	29	22	1.98
24025886--24026342	47	9.7	47	69	15	216	27	18	29	24	1.98
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24039848--24040058	80	2.6	80	79	10	209	25	28	20	26	1.99
24040347--24040425	29	2.7	29	82	5	97	27	31	17	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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