genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21903639--21903729	45	2.0	45	100	0	182	28	6	6	58	1.49
21903882--21903929	21	2.2	21	85	7	60	60	0	0	39	0.97
21921138--21921232	46	2.1	46	100	0	190	30	10	42	16	1.82
21922919--21923422	47	10.8	47	74	11	341	23	28	20	28	1.99
21922969--21923464	94	5.3	94	75	13	443	23	28	20	28	1.99
21922921--21923463	140	3.9	141	80	5	663	23	28	20	27	1.99
21922908--21923465	279	2.0	279	100	0	1116	23	27	20	27	1.99
21922969--21923468	46	10.7	45	70	17	265	23	28	20	28	1.99
21926695--21926754	30	2.0	30	100	0	120	50	10	20	20	1.76
21936384--21936538	77	2.0	77	82	5	186	32	14	21	30	1.93
21940566--21940623	26	2.2	26	81	6	64	34	3	5	56	1.38
21949467--21949518	17	3.1	17	91	0	86	50	1	9	38	1.46
21949849--21950242	187	2.1	188	90	3	627	30	9	8	50	1.65
21953016--21953046	10	3.1	10	90	0	53	25	9	16	48	1.76
21953875--21954003	46	2.7	48	82	7	149	23	28	21	26	1.99
21966857--21966902	7	6.6	7	92	0	74	15	36	0	47	1.45
21968136--21968161	10	2.6	10	100	0	52	30	19	7	42	1.79
21968164--21968235	25	3.0	25	86	6	87	38	19	22	19	1.93
21969549--21969591	15	2.9	15	86	6	52	11	9	2	76	1.10
21969588--21969626	16	2.4	16	91	4	60	48	2	0	48	1.15
21969736--21969764	13	2.1	14	93	6	51	20	3	0	75	0.94
21969768--21969805	16	2.4	16	91	8	60	63	2	0	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21969764--21969804	11	3.9	11	84	6	50	63	2	0	34	1.08
21973692--21973748	18	3.2	18	82	5	71	31	12	17	38	1.87
21984355--21984418	18	3.6	18	73	0	65	39	10	12	37	1.78
21989913--21989958	24	1.9	24	90	0	74	34	2	6	56	1.37
21996193--21996249	25	2.1	25	84	12	69	26	10	0	63	1.27
21997022--21997047	5	5.2	5	100	0	52	38	0	61	0	0.96
22001141--22001211	16	4.4	16	67	13	56	43	1	1	53	1.18
22001160--22001245	39	2.3	37	80	8	93	43	2	3	51	1.31
22005697--22005807	27	4.2	26	88	5	150	36	22	24	16	1.94
22010375--22010400	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
22010884--22011061	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22010885--22011040	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22010881--22011061	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22015433--22015543	27	4.2	26	88	5	150	36	22	24	16	1.94
22017419--22017502	27	3.2	26	88	5	114	36	22	23	16	1.94
22018913--22019013	24	4.2	24	94	0	157	24	40	1	32	1.67
22023091--22023170	6	13.3	6	94	0	115	78	0	6	15	0.93
22025064--22025102	15	2.5	15	87	8	51	64	2	33	0	1.08
22028047--22028150	52	2.0	52	98	0	199	21	18	13	47	1.82
22031520--22031564	22	2.0	22	86	0	63	71	4	2	22	1.15
22036029--22036238	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
22035976--22036238	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22035977--22036273	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
22057901--22058165	47	5.6	48	73	16	184	28	18	29	23	1.98
22057901--22058160	46	5.6	46	75	13	194	28	18	29	23	1.98
22065026--22065198	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
22065023--22065193	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
22073639--22073672	16	2.1	16	89	10	52	61	0	14	23	1.33
22079275--22079368	17	5.5	17	68	20	63	53	3	4	39	1.37
22087300--22087502	46	4.3	46	74	11	171	27	19	30	23	1.98
22097132--22097243	37	2.9	39	73	8	111	22	20	27	29	1.98
22097920--22097970	17	3.0	17	88	0	75	37	13	15	33	1.87
22104337--22104700	181	2.0	181	100	0	728	27	18	25	29	1.98
22106202--22106367	46	3.6	47	76	10	171	28	18	30	23	1.97
22107983--22108041	27	2.2	27	84	3	75	35	15	6	42	1.73
22110425--22110478	20	2.7	19	75	11	54	14	25	20	38	1.91
22112089--22112149	31	2.0	31	83	3	79	36	11	21	31	1.89
22112654--22112762	50	2.2	50	91	0	173	29	16	29	24	1.97
22115515--22115578	32	2.0	32	100	0	128	43	9	25	21	1.82
22124299--22124341	21	2.0	21	100	0	86	13	27	20	37	1.91
22125392--22125511	55	2.2	55	87	1	170	28	35	22	14	1.93
22128990--22129167	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22128991--22129146	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22128987--22129167	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22133164--22133335	46	3.7	46	80	7	170	29	20	27	22	1.98
22133261--22133380	46	2.6	44	80	7	116	29	18	27	25	1.98
22133742--22133791	25	2.0	25	96	0	91	34	12	14	40	1.82
22133878--22134049	86	2.0	86	98	0	335	24	29	13	31	1.94
22136217--22136409	103	1.9	103	90	0	305	29	11	33	25	1.91
22136669--22136737	12	5.8	11	70	20	50	72	1	7	18	1.15
22152563--22152617	7	7.9	7	86	8	76	60	0	10	29	1.31
22152563--22152615	21	2.5	21	93	6	90	60	0	9	30	1.28
22155340--22155432	45	2.1	45	97	0	177	24	10	16	48	1.78
22155460--22155514	25	2.2	25	93	3	94	32	14	3	49	1.61
22161241--22161285	22	2.0	23	82	4	56	20	13	6	60	1.55
22161391--22161441	25	2.1	24	85	10	68	35	1	5	56	1.35
22162945--22162999	18	3.1	18	84	7	60	67	0	0	32	0.91
22168968--22169135	47	3.6	45	70	19	132	45	2	3	47	1.35
22168894--22169101	91	2.3	91	89	0	317	46	3	3	46	1.37
22168915--22169076	44	3.6	43	69	19	116	45	1	3	48	1.30
22168914--22168990	28	2.8	28	73	9	52	42	1	3	51	1.28
22169251--22169306	24	2.3	25	84	9	71	44	0	1	53	1.11
22169515--22169552	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
22175060--22175120	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
22179507--22179567	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
22184537--22184835	149	2.0	150	98	0	582	42	9	24	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22185883--22186145	40	6.6	40	88	3	307	24	20	28	27	1.99
22189136--22189165	15	2.0	15	93	0	51	26	50	6	16	1.70
22189800--22189867	28	2.3	29	90	5	111	16	35	33	14	1.89
22190278--22190321	20	2.1	21	84	12	56	25	11	6	56	1.58
22190287--22190326	21	2.0	20	90	5	62	20	12	7	60	1.56
22196884--22196948	20	3.2	20	61	8	51	38	15	29	16	1.90
22196866--22197004	40	3.5	40	85	0	188	33	13	29	23	1.93
22204848--22204992	41	3.5	41	75	7	134	28	15	24	31	1.96
22206923--22207006	43	2.0	43	87	0	123	30	28	19	21	1.97
22207443--22207501	30	2.0	30	83	6	75	32	22	3	42	1.70
22221079--22221412	50	6.8	50	79	8	366	28	19	28	24	1.98
22225183--22225428	55	4.6	53	79	11	247	36	18	24	20	1.95
22225191--22225391	108	1.8	110	87	4	300	35	17	25	21	1.95
22231094--22231152	29	2.0	29	86	0	82	27	8	18	45	1.78
22231509--22231548	21	1.9	21	85	10	55	35	5	15	45	1.68
22260918--22260950	17	2.0	17	88	5	50	66	6	6	21	1.35
22265065--22265098	17	2.0	17	100	0	68	23	17	5	52	1.66
22267896--22267933	20	1.9	20	100	0	76	44	21	26	7	1.79
22270494--22270557	26	2.6	25	75	7	69	7	28	0	64	1.21
22271669--22271744	27	2.7	29	87	6	102	21	23	22	32	1.98
22277036--22277083	24	1.9	26	91	8	82	54	0	6	39	1.26
22277047--22277083	11	3.0	13	76	15	51	51	0	5	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22284188--22284280	43	2.1	44	80	9	111	23	17	26	32	1.96
22287292--22288293	501	2.0	501	99	0	1995	27	20	15	36	1.93
22289576--22289652	37	2.1	36	92	2	127	24	19	12	42	1.86
22290422--22290609	95	2.0	96	89	1	288	52	11	18	17	1.74
22292910--22293055	41	3.6	41	85	3	177	20	18	23	37	1.94
22294059--22294129	22	3.4	22	67	15	69	23	1	25	49	1.59
22294053--22294134	40	2.0	40	100	0	164	25	2	26	45	1.66
22296213--22296266	25	2.2	25	96	0	99	46	1	29	22	1.62
22298609--22298722	62	1.9	59	85	5	156	50	5	4	39	1.45
22298705--22298753	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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