genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26477778--26477821	23	1.9	23	81	9	54	34	4	13	47	1.63
26481529--26481728	40	5.0	40	91	0	319	20	24	29	26	1.99
26481910--26482008	28	3.5	28	74	10	112	22	19	28	30	1.98
26481911--26482035	56	2.2	56	94	0	214	20	20	31	28	1.97
26481938--26482035	28	3.5	28	69	5	90	18	20	34	26	1.95
26484435--26484612	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26484456--26484611	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26503904--26504036	27	4.9	27	90	0	176	39	18	15	26	1.90
26503904--26504036	54	2.5	54	88	0	194	39	18	15	26	1.90
26509673--26509729	29	2.0	29	92	0	96	24	0	29	45	1.53
26509925--26510040	56	2.1	56	98	0	223	41	13	21	23	1.89
26513486--26513511	6	4.3	6	100	0	52	0	19	0	80	0.71
26513636--26513672	13	2.7	14	91	4	58	5	18	0	75	0.99
26536579--26536712	54	2.5	52	84	7	160	31	8	15	44	1.76
26538799--26538886	27	3.3	26	84	9	115	30	7	21	39	1.82
26538772--26538887	27	4.3	26	73	15	94	30	7	23	38	1.83
26542531--26542587	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
26548200--26548332	27	4.9	27	90	0	185	26	15	18	39	1.90
26561424--26561520	27	3.6	27	90	2	140	27	14	27	29	1.95
26561544--26561619	27	2.8	27	90	4	109	27	13	27	31	1.94
26561453--26561664	99	2.1	99	98	0	406	29	14	23	32	1.94
26563234--26563416	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26563235--26563418	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	25	2.00
26563287--26563451	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
26565798--26565893	24	4.0	24	74	12	88	23	21	22	31	1.99
26569918--26570185	47	5.7	46	77	10	190	27	18	30	23	1.98
26569918--26570185	94	2.9	94	79	9	271	27	18	30	23	1.98
26569923--26570185	140	1.9	141	84	5	354	27	18	30	23	1.98
26570715--26570739	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
26575478--26575516	17	2.3	17	95	0	69	17	25	33	23	1.96
26579555--26579735	98	1.9	98	84	1	247	28	19	27	24	1.99
26579555--26579735	49	3.7	49	80	7	199	28	19	27	24	1.99
26579719--26579781	33	1.9	33	90	0	99	26	14	26	31	1.95
26582996--26583168	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
26582993--26583163	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
26586432--26587239	92	8.8	92	80	2	811	35	2	16	45	1.61
26586939--26587152	23	9.3	23	66	7	92	37	1	14	45	1.57
26586939--26587305	186	2.0	185	90	0	581	38	1	14	45	1.56
26589489--26589593	54	1.9	54	86	0	147	31	20	21	25	1.98
26591869--26592035	45	3.7	45	90	0	244	38	19	20	21	1.94
26591864--26592059	90	2.2	90	83	0	239	40	19	18	20	1.91
26597413--26597553	71	2.0	71	80	0	156	29	19	21	30	1.97
26602951--26603150	41	4.9	41	84	6	235	29	26	17	26	1.98
26602951--26603169	82	2.7	82	82	3	271	29	26	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26612832--26612961	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
26619058--26619181	27	4.6	27	93	2	140	30	28	13	27	1.94
26619058--26619181	55	2.3	54	90	1	185	30	28	13	27	1.94
26621374--26621431	30	1.9	31	82	3	73	29	22	6	41	1.80
26624801--26624851	20	2.5	20	87	0	75	13	31	39	15	1.87
26629605--26629882	48	5.7	48	83	2	304	23	26	21	27	1.99
26633511--26633572	31	2.0	31	93	0	106	35	6	25	32	1.82
26635005--26635069	34	1.9	34	96	0	121	41	10	6	41	1.65
26637045--26637148	27	3.9	27	93	0	154	44	14	14	26	1.84
26639887--26640064	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26639908--26640063	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26647949--26648126	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
26647949--26648126	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
26650350--26650374	9	2.8	9	100	0	50	28	24	36	12	1.91
26654113--26654198	27	3.2	26	80	4	75	39	18	16	25	1.91
26654123--26654200	27	2.9	27	84	0	102	38	17	16	26	1.92
26670510--26670934	27	15.6	27	96	1	724	26	14	28	30	1.95
26679011--26679188	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26679012--26679167	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26679008--26679188	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26684133--26684242	56	2.0	56	96	0	202	39	12	12	35	1.82
26691627--26691739	56	2.0	56	94	0	199	38	12	13	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26695164--26695207	23	1.9	24	81	9	56	31	0	29	38	1.58
26705108--26705209	6	16.8	6	73	17	86	49	13	16	20	1.80
26705108--26705209	30	3.4	29	87	6	141	49	13	16	20	1.80
26705565--26705623	22	2.7	22	83	0	73	33	22	23	20	1.97
26705711--26705793	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
26705992--26706179	27	7.0	27	87	0	259	24	20	19	35	1.96
26706196--26706665	27	17.7	27	75	11	355	40	8	21	28	1.83
26706192--26706628	80	5.5	79	76	11	313	41	8	21	28	1.82
26706196--26706665	54	8.9	54	79	8	423	40	8	21	28	1.83
26706251--26706652	208	1.9	207	85	6	537	40	8	22	28	1.83
26706351--26706642	101	2.8	100	76	11	250	39	7	22	29	1.82
26706452--26706665	80	2.7	81	81	7	256	41	8	21	28	1.82
26712289--26712327	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
26713632--26713667	18	2.0	18	94	0	63	38	0	30	30	1.58
26717778--26717999	40	5.6	40	94	1	376	22	22	26	27	1.99
26718058--26718480	212	2.0	211	97	0	801	29	13	20	37	1.90
26719863--26719902	20	2.0	20	90	0	62	72	12	5	10	1.26
26744717--26744746	12	2.5	12	94	0	51	26	40	23	10	1.86
26746750--26746873	27	4.6	27	93	2	140	30	28	13	27	1.94
26746750--26746873	55	2.3	54	90	1	185	30	28	13	27	1.94
26757645--26757794	46	3.2	46	69	18	130	22	17	28	31	1.96
26763349--26763465	56	2.1	56	90	3	182	29	12	20	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26767233--26767395	43	3.8	43	78	4	143	30	14	22	31	1.94
26770407--26770459	26	2.0	27	85	7	74	28	15	18	37	1.91
26771946--26772027	26	3.2	26	92	0	146	35	24	7	32	1.83
26774035--26774102	28	2.4	28	95	0	118	23	17	32	26	1.97
26775994--26776268	48	5.7	48	86	1	338	24	17	31	26	1.97
26775987--26776268	144	2.0	144	84	4	372	24	17	31	27	1.97
26780454--26780642	55	3.5	54	83	5	229	22	23	16	36	1.94
26780832--26780918	44	2.0	44	86	4	122	24	26	13	35	1.93
26784442--26784620	48	3.7	48	87	0	259	24	16	30	27	1.97
26790552--26790664	44	2.6	44	88	2	165	31	20	23	24	1.98
26793454--26793534	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
26793454--26793547	32	2.9	30	73	12	71	26	20	25	27	1.99
26802435--26803026	296	2.0	296	100	0	1184	26	23	26	23	2.00
26804572--26804619	24	2.0	24	91	0	78	20	29	20	29	1.98
26806391--26806469	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26806588--26806734	47	3.1	47	85	3	204	27	31	8	31	1.87
26810008--26810162	40	3.9	40	81	3	159	25	29	21	23	1.99
26810139--26810282	40	3.6	40	78	8	150	22	27	24	25	2.00
26810094--26810282	40	4.7	40	77	8	145	24	27	23	24	2.00
26810587--26810665	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26820971--26821097	44	2.9	43	88	3	164	35	25	14	23	1.94
26833343--26833588	120	2.1	119	90	3	388	25	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26833290--26833555	40	6.7	40	92	3	403	24	21	27	26	1.99
26861315--26861630	40	7.9	40	93	0	524	22	22	28	25	1.99
26865693--26867603	47	40.3	47	98	0	3597	32	8	29	29	1.87
26869488--26869551	26	2.4	27	89	2	94	37	25	10	26	1.89
26869659--26869767	27	4.0	27	89	3	150	20	23	22	33	1.97
26869653--26869767	55	2.1	54	85	7	162	20	23	21	34	1.96
26877502--26877614	27	4.2	27	87	3	149	20	24	20	34	1.96
26877500--26877614	55	2.1	54	85	7	162	20	24	20	34	1.96
26887543--26887573	10	3.1	10	95	0	53	12	19	25	41	1.87
26891811--26892028	40	5.5	40	85	2	262	25	27	23	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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