genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27244521--27244741	49	4.5	50	85	2	252	23	28	19	28	1.98
27244759--27244876	46	2.5	48	90	2	177	24	30	16	27	1.97
27252364--27252489	49	2.6	49	84	2	146	21	26	19	31	1.97
27254099--27254278	41	4.4	41	77	9	170	22	27	13	37	1.91
27259818--27260062	61	4.0	61	99	0	481	27	9	27	35	1.88
27261677--27261714	19	1.9	21	89	10	62	15	15	0	68	1.22
27262925--27262949	13	1.9	13	100	0	50	0	32	16	52	1.44
27280604--27280768	23	7.3	23	77	8	142	38	20	19	21	1.93
27280616--27280768	44	3.4	44	87	4	191	39	20	20	19	1.93
27281138--27281216	38	2.1	38	100	0	158	40	21	2	35	1.67
27285324--27285448	29	4.3	29	83	3	146	31	32	12	24	1.92
27285506--27285540	17	2.0	18	88	5	54	25	42	22	8	1.82
27289727--27289851	29	4.3	29	85	3	155	29	31	14	24	1.95
27297556--27297624	25	2.7	25	93	2	111	26	26	23	24	2.00
27297555--27297639	25	3.4	25	81	13	79	28	24	22	24	1.99
27297847--27297990	30	4.7	31	87	3	213	32	20	25	20	1.97
27297847--27297990	61	2.4	61	96	1	263	32	20	25	20	1.97
27307223--27307372	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
27307195--27307372	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
27307196--27307351	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
27310728--27310802	33	2.2	34	85	4	107	42	13	5	38	1.67
27314632--27314676	6	7.5	6	79	0	54	73	2	20	4	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27316449--27316520	33	2.1	34	87	2	101	37	5	13	43	1.68
27325258--27325296	10	3.7	10	89	6	51	76	7	0	15	0.99
27325254--27325297	23	2.0	21	91	8	70	72	9	0	18	1.10
27325254--27325297	11	4.0	11	94	5	72	72	9	0	18	1.10
27325338--27325395	15	3.6	16	90	9	91	62	5	12	20	1.49
27325340--27325395	18	3.3	18	85	9	73	64	5	10	19	1.44
27330109--27330228	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
27333717--27333972	49	5.3	49	92	2	403	33	8	28	28	1.87
27351502--27351538	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
27352527--27352553	7	3.9	7	100	0	54	44	0	55	0	0.99
27352631--27352660	15	2.0	15	93	0	51	50	20	23	6	1.71
27352993--27353023	16	1.9	16	93	0	53	80	3	0	16	0.83
27353023--27353130	29	3.8	29	81	2	112	33	20	3	42	1.70
27353072--27353147	29	2.6	29	81	8	84	34	17	2	46	1.62
27353382--27353427	22	2.1	22	84	8	58	63	0	36	0	0.95
27353492--27353523	15	2.1	15	94	0	55	84	0	15	0	0.63
27353495--27353531	18	2.0	18	89	5	56	86	0	10	2	0.67
27353594--27353629	6	6.5	6	87	12	51	88	11	0	0	0.50
27353594--27353629	17	2.2	17	90	9	58	88	11	0	0	0.50
27353789--27353840	22	2.5	21	82	11	63	76	0	23	0	0.78
27353790--27353847	31	2.0	28	83	10	71	77	0	22	0	0.77
27353793--27353847	29	1.9	28	85	10	76	78	0	21	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27353794--27353853	7	8.1	7	73	15	50	78	0	21	0	0.75
27353792--27353844	9	5.7	9	73	8	52	79	0	20	0	0.74
27354002--27354045	16	2.8	16	86	3	63	29	2	0	68	1.02
27354170--27354202	16	2.1	16	88	5	50	24	15	9	51	1.72
27354526--27354728	102	2.0	102	99	0	397	21	28	22	28	1.99
27356755--27356794	4	10.0	4	88	0	62	27	20	0	52	1.46
27360766--27360796	10	3.2	10	95	4	55	83	16	0	0	0.64
27362535--27362560	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
27362539--27362579	18	2.4	17	87	4	55	51	0	0	48	1.00
27362737--27362815	39	2.0	40	85	5	106	24	26	24	25	2.00
27367815--27369638	83	22.3	82	96	1	3036	28	17	19	34	1.94
27369785--27369815	8	3.9	8	95	0	53	77	6	0	16	0.97
27369815--27369880	29	2.3	29	91	0	114	30	19	6	43	1.75
27372486--27372642	78	2.0	78	92	0	260	22	19	21	36	1.95
27374337--27374496	79	2.0	80	97	1	304	32	13	25	28	1.94
27386186--27386269	27	3.1	27	78	13	100	39	22	21	16	1.92
27391543--27391601	29	2.0	29	86	0	91	28	32	13	25	1.94
27393662--27393814	39	3.9	39	83	0	162	31	26	22	18	1.98
27393683--27393866	78	2.3	79	81	1	208	29	25	22	22	1.99
27393710--27393874	39	4.2	39	85	2	179	29	24	23	22	1.99
27393744--27393896	40	3.9	40	85	4	177	27	24	24	23	2.00
27395857--27396016	53	3.0	53	99	0	311	23	25	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27397160--27397217	29	2.0	29	100	0	116	34	31	10	24	1.89
27397504--27397537	15	2.2	15	89	5	50	14	5	26	52	1.64
27403622--27403708	29	3.1	28	75	9	88	27	33	13	25	1.94
27403926--27403968	16	2.7	16	88	0	68	13	23	11	51	1.74
27408550--27408675	26	5.0	26	75	10	102	19	19	19	41	1.91
27413778--27414045	40	6.7	40	96	0	473	29	20	28	22	1.98
27421763--27421986	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
27421724--27421986	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
27421724--27421986	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
27434410--27434487	24	3.2	24	83	5	86	23	24	19	33	1.97
27441479--27441882	202	2.0	203	97	0	765	27	25	12	33	1.92
27444288--27444329	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
27457254--27457378	29	4.3	29	85	1	162	29	30	15	24	1.95
27464035--27464070	18	2.0	18	94	0	63	41	0	30	27	1.56
27465245--27465309	25	2.6	25	72	11	62	32	23	20	24	1.98
27465441--27465495	20	2.8	19	78	5	65	32	5	21	40	1.76
27465441--27465484	19	2.3	19	88	4	61	34	4	25	36	1.76
27472432--27472508	27	2.8	26	80	5	73	40	15	11	32	1.84
27472464--27472547	27	3.1	27	81	3	98	36	19	10	33	1.86
27472525--27472583	27	2.2	27	87	0	82	33	27	10	28	1.89
27472536--27472745	27	7.8	27	87	5	255	28	21	9	40	1.84
27472536--27472745	81	2.6	81	88	0	303	28	21	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27472617--27472922	27	11.3	27	77	8	120	35	19	9	35	1.84
27472971--27473039	27	2.6	27	88	4	95	34	23	24	17	1.96
27472980--27473066	27	3.2	27	86	3	104	34	20	27	17	1.95
27473705--27473752	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
27473866--27474010	24	6.1	23	88	2	191	28	21	22	28	1.99
27473866--27474010	47	3.1	46	83	5	191	28	21	22	28	1.99
27473866--27474010	71	2.0	71	90	0	227	28	21	22	28	1.99
27475854--27475924	24	2.9	24	82	4	88	23	14	32	29	1.94
27475863--27475935	24	3.0	22	79	15	74	21	15	32	30	1.94
27478586--27478624	19	2.0	20	95	5	71	23	0	5	71	1.05
27478586--27478660	19	3.4	23	82	13	70	25	0	6	68	1.14
27478944--27478989	24	1.9	24	90	0	74	28	4	4	63	1.33
27484472--27484523	26	2.0	26	100	0	104	30	15	15	38	1.88
27490474--27490539	23	2.9	23	84	4	71	45	19	13	21	1.85
27490483--27490639	46	3.4	46	82	4	192	45	21	14	19	1.85
27490498--27490693	23	8.6	23	73	3	135	46	20	12	19	1.83
27493321--27493355	15	2.3	15	85	0	52	22	11	11	54	1.68
27499611--27499823	46	4.5	46	78	11	177	24	30	19	25	1.98
27503778--27503936	35	4.5	35	80	0	165	30	10	18	41	1.83
27523157--27523374	46	4.7	44	75	10	170	22	30	19	27	1.98
27529018--27529056	20	1.9	21	85	15	55	30	17	2	48	1.61
27539455--27539664	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27539402--27539664	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
27539403--27539699	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
27541457--27541545	42	2.1	43	82	2	108	31	12	25	30	1.92
27541465--27541584	43	2.8	41	75	7	114	30	12	25	32	1.92
27543995--27544164	46	3.7	46	78	10	186	21	28	21	28	1.99
27543998--27544167	93	1.8	91	86	7	245	21	28	21	28	1.99
27546083--27546167	27	3.3	26	82	8	102	27	25	7	40	1.81
27546056--27546167	54	2.1	51	81	4	125	29	25	8	36	1.85
27546083--27546181	27	3.8	26	79	14	98	32	23	6	38	1.79
27546223--27546309	27	3.1	28	69	12	72	39	14	8	37	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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