genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8509395--8509556	30	5.2	30	68	17	125	41	8	17	32	1.78
8509373--8509557	62	3.0	62	99	0	361	42	7	16	33	1.77
8525850--8527028	47	25.1	47	91	0	1899	31	8	30	30	1.86
8525850--8526977	94	12.0	94	98	0	2112	31	7	29	30	1.86
8527147--8527225	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
8532499--8532671	46	3.8	45	73	15	147	30	27	19	23	1.98
8537618--8537710	46	2.0	46	93	0	159	20	32	18	29	1.96
8540130--8540304	46	3.8	45	75	13	167	29	28	20	22	1.98
8540137--8540307	93	1.8	93	88	0	261	29	28	20	22	1.98
8544156--8544217	28	2.2	28	91	0	97	30	29	8	32	1.86
8544323--8544385	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
8544333--8544396	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
8545471--8545504	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
8551478--8551511	11	3.2	11	87	8	52	14	26	2	55	1.53
8551929--8552010	33	2.4	34	75	4	85	40	36	9	13	1.78
8556991--8557058	29	2.3	29	80	5	75	29	29	11	29	1.92
8557165--8557232	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
8557334--8557412	29	2.7	30	78	13	101	30	30	15	24	1.95
8556880--8557381	174	2.9	174	96	0	914	31	24	13	29	1.94
8562422--8562479	30	1.9	30	86	6	82	22	34	25	17	1.96
8566858--8566892	12	2.9	12	100	0	70	34	0	25	40	1.56
8566925--8567118	39	5.0	39	91	0	307	21	24	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8576954--8576983	15	2.0	15	93	0	51	13	23	6	56	1.60
8590493--8590531	19	2.1	19	95	0	69	41	23	5	30	1.76
8593647--8593679	5	6.6	5	100	0	66	21	0	0	78	0.75
8596286--8597151	98	8.8	98	99	0	1678	28	18	29	23	1.98
8601258--8601699	40	11.1	40	96	0	780	26	27	22	23	1.99
8604544--8605539	40	24.9	40	98	0	1857	25	27	22	24	2.00
8605843--8605921	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
8607813--8607891	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
8608010--8608516	47	10.7	47	99	0	978	29	29	7	32	1.86
8609655--8609696	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
8619489--8619616	46	2.7	48	83	4	145	28	19	26	25	1.99
8619650--8619766	49	2.4	49	79	2	137	33	23	21	22	1.97
8621145--8621205	27	2.3	27	97	0	113	19	19	26	34	1.96
8623140--8623195	24	2.3	24	96	0	103	37	14	3	44	1.62
8632785--8632819	9	3.9	9	85	14	54	68	0	0	31	0.90
8634072--8634102	16	1.9	16	93	0	53	70	3	3	22	1.16
8636014--8636167	43	3.6	42	76	10	125	27	16	25	30	1.97
8642612--8642681	28	2.5	28	81	4	70	35	11	22	30	1.90
8642849--8642912	34	1.9	33	87	3	92	20	28	34	17	1.95
8650711--8650762	26	2.0	26	100	0	104	42	11	0	46	1.40
8650712--8650777	26	2.6	26	87	2	71	39	12	1	46	1.50
8654346--8654379	11	3.2	11	87	8	52	17	26	0	55	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8654781--8654862	33	2.4	34	75	4	85	39	37	8	14	1.77
8659638--8659749	27	4.2	26	83	7	116	38	21	22	17	1.93
8659640--8659746	54	2.0	54	83	3	135	39	19	22	18	1.93
8662777--8662860	40	2.1	40	91	2	134	21	29	13	35	1.91
8667476--8667582	27	3.9	27	80	9	119	36	21	24	17	1.95
8667475--8667582	54	2.0	54	83	3	137	37	21	24	17	1.94
8670535--8670592	30	1.9	30	86	6	82	24	34	25	15	1.95
8671404--8671539	71	1.9	71	89	0	209	27	20	28	22	1.99
8674823--8674951	49	2.6	49	80	6	145	27	20	26	25	1.99
8681389--8681566	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
8681410--8681565	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
8689437--8689614	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
8689458--8689613	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
8695276--8695537	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
8701603--8701629	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
8708942--8708993	20	2.5	21	87	3	70	15	23	36	25	1.93
8715738--8715766	6	4.8	6	100	0	58	34	17	17	31	1.93
8717854--8717920	20	3.3	20	85	0	98	31	14	20	32	1.93
8718211--8718274	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
8720394--8720562	43	3.9	43	75	3	160	27	15	23	32	1.96
8725902--8726083	40	4.6	40	81	6	176	25	22	27	24	2.00
8725974--8726118	79	1.8	78	82	1	182	26	21	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8731659--8731702	19	2.3	19	84	7	54	40	4	18	36	1.71
8732242--8732320	27	2.9	27	98	0	149	37	22	21	17	1.94
8732490--8732541	26	2.0	26	92	0	86	23	19	21	36	1.95
8736949--8736982	11	3.2	11	83	8	52	14	26	5	52	1.64
8737401--8737481	32	2.4	34	75	6	85	40	37	9	12	1.76
8738414--8738452	21	1.9	21	94	5	71	17	10	5	66	1.39
8744106--8744538	215	2.0	214	95	0	785	31	16	18	33	1.94
8751885--8751929	21	2.2	20	84	4	54	40	22	31	6	1.80
8752173--8752213	19	2.1	20	86	4	57	2	21	0	75	0.92
8752178--8752221	19	2.2	20	80	8	54	2	25	0	72	0.96
8754210--8754243	6	5.8	6	89	6	52	11	2	0	85	0.71
8754210--8754243	11	2.9	12	86	8	52	11	2	0	85	0.71
8754210--8754242	17	1.9	17	93	0	57	12	3	0	84	0.72
8758874--8758949	31	2.5	31	88	0	116	17	27	31	23	1.97
8766652--8766756	55	1.9	55	84	7	142	20	35	22	20	1.96
8769198--8769232	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
8771044--8771069	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
8772621--8772937	49	6.6	49	71	14	205	26	19	31	23	1.98
8772625--8772893	142	1.9	142	85	6	375	25	19	31	24	1.98
8772726--8772989	98	2.7	98	87	2	358	26	17	30	25	1.98
8776086--8776289	107	1.9	105	81	5	241	25	20	28	25	1.99
8777542--8777581	21	2.0	21	85	5	55	20	40	20	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8781577--8781801	40	5.6	40	83	2	263	23	27	24	25	2.00
8781541--8781801	80	3.3	79	80	5	267	24	26	23	26	2.00
8789714--8789898	40	4.6	40	76	3	183	25	27	23	24	2.00
8792933--8793110	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
8792954--8793109	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
8802288--8802375	43	2.0	43	100	0	176	23	11	22	42	1.86
8802522--8802558	16	2.3	16	100	0	74	21	0	35	43	1.53
8803368--8803649	48	5.9	48	82	1	296	31	18	23	26	1.97
8803380--8803735	96	3.8	96	81	2	328	30	18	24	26	1.98
8805453--8805524	31	2.3	31	97	0	135	20	37	29	12	1.90
8807748--8808448	138	5.1	138	91	2	1093	40	7	5	46	1.58
8808085--8808310	67	3.3	67	67	20	180	41	9	4	43	1.59
8807748--8808448	278	2.5	276	91	1	1134	40	7	5	46	1.58
8809518--8809570	20	2.6	21	82	11	65	41	11	9	37	1.73
8813665--8813705	21	2.0	21	95	0	73	31	9	12	46	1.74
8819681--8819941	138	1.9	138	89	1	407	22	22	23	32	1.98
8849139--8849253	44	2.6	44	87	6	155	28	24	20	26	1.99
8850989--8851044	6	9.3	6	84	0	76	55	16	0	28	1.41
8850989--8851044	18	3.1	18	89	0	85	55	16	0	28	1.41
8853091--8853315	47	4.8	48	79	6	230	21	29	20	28	1.98
8853091--8853356	47	5.7	46	75	10	186	22	28	19	29	1.98
8853093--8853354	140	1.9	141	83	5	343	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8854782--8854808	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8854785--8854840	15	3.9	13	78	21	51	44	5	5	44	1.49
8854782--8854840	21	3.2	19	86	11	70	45	5	5	44	1.47
8855619--8855680	21	3.0	19	75	13	61	38	19	17	24	1.93
8857561--8857719	83	1.9	83	90	0	255	33	27	11	27	1.91
8858336--8858375	21	2.0	20	85	5	53	50	17	0	32	1.47
8862127--8862205	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
8862324--8862752	47	9.1	47	93	2	682	27	30	8	32	1.87
8862324--8862752	190	2.3	188	92	3	702	27	30	8	32	1.87
8865892--8865938	24	2.0	24	100	0	94	34	17	10	38	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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