genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78416883--78417653	268	2.9	268	89	3	1121	27	21	21	29	1.99
78419102--78419143	10	4.2	10	78	9	50	4	9	0	85	0.72
78419628--78419680	7	7.6	7	77	8	54	1	7	7	83	0.89
78423100--78423158	22	2.6	23	84	10	68	55	5	5	33	1.43
78423685--78423764	41	2.0	41	97	0	151	27	33	15	23	1.94
78424028--78424080	27	2.0	25	82	7	61	66	7	15	11	1.44
78428655--78428691	17	2.2	17	100	0	74	37	21	18	21	1.94
78429035--78429204	84	2.0	84	87	0	241	21	16	17	44	1.87
78429329--78429379	26	2.0	25	81	11	59	31	3	17	47	1.66
78429515--78429558	19	2.4	19	92	3	72	59	0	2	38	1.10
78433676--78433781	26	4.1	26	93	0	185	33	7	23	35	1.83
78445366--78445405	21	1.9	21	94	0	71	50	12	7	30	1.68
78445900--78445966	31	2.2	31	94	0	116	46	13	19	20	1.83
78448264--78448351	31	2.7	31	87	5	113	45	14	7	31	1.74
78452205--78452959	307	2.5	307	85	2	1011	30	18	14	36	1.91
78454540--78454597	19	3.1	19	80	7	66	56	0	3	39	1.16
78455515--78455705	95	2.0	95	96	0	355	48	9	13	28	1.74
78456581--78456619	7	5.6	7	93	0	69	30	2	41	25	1.69
78456579--78456624	14	3.3	14	90	0	74	26	8	41	23	1.83
78457938--78457981	23	1.9	23	95	0	79	29	2	15	52	1.55
78459825--78459879	24	2.3	24	83	0	74	56	0	0	43	0.99
78471663--78471709	24	2.0	24	86	0	67	44	14	25	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78472860--78472901	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
78472910--78472940	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
78476041--78476082	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
78476091--78476121	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
78481971--78482004	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
78482941--78482966	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
78485349--78485386	9	4.1	9	84	15	51	52	0	0	47	1.00
78485581--78485619	5	7.8	5	97	0	60	41	0	5	53	1.23
78491402--78491441	20	2.0	20	85	9	55	5	20	20	55	1.62
78494983--78495129	63	2.3	63	79	12	154	24	29	15	30	1.96
78497433--78497718	95	3.0	95	80	4	342	33	10	10	45	1.73
78508111--78508183	36	2.0	36	91	0	119	36	9	9	43	1.70
78522979--78523084	43	2.5	43	96	0	194	26	26	28	18	1.98
78524294--78524428	48	2.8	48	93	0	225	34	28	20	17	1.95
78528773--78528919	73	2.0	73	93	0	249	42	10	10	36	1.74
78540840--78540903	29	2.1	31	85	8	87	18	7	6	67	1.38
78543472--78543523	25	2.0	27	85	11	72	28	5	7	57	1.50
78552143--78552190	5	9.0	5	78	13	51	22	4	0	72	1.01
78552143--78552190	11	4.5	10	82	7	51	22	4	0	72	1.01
78552142--78552193	27	1.9	27	96	0	86	25	5	0	69	1.10
78552447--78552501	22	2.4	22	84	9	65	34	5	5	54	1.46
78557777--78558200	135	3.2	135	87	2	561	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78557969--78558173	89	2.3	89	98	0	392	28	23	23	24	2.00
78557777--78558200	44	9.5	45	74	8	337	29	22	22	25	1.99
78560108--78560162	22	2.4	22	78	9	56	32	5	7	54	1.51
78562581--78562666	40	2.2	39	93	6	156	55	2	1	40	1.20
78564246--78564308	32	1.9	33	84	9	85	61	1	9	26	1.36
78564270--78564323	22	2.4	23	76	14	58	68	0	7	24	1.15
78564427--78564492	29	2.3	29	75	15	73	57	0	12	30	1.35
78564502--78564581	3	25.7	3	73	16	65	63	0	7	28	1.21
78564489--78564548	29	2.1	29	83	0	75	58	3	5	33	1.36
78564505--78564575	26	2.9	26	81	12	96	61	0	8	29	1.25
78578521--78578584	18	3.6	18	85	2	85	43	15	4	35	1.68
78579445--78579478	17	2.1	15	89	10	50	0	35	0	64	0.94
78579813--78579856	3	14.7	3	95	0	79	65	2	0	31	1.05
78588590--78588688	33	3.0	33	92	0	162	32	41	8	18	1.79
78599903--78599935	8	4.1	8	92	0	57	84	0	0	15	0.61
78601443--78601504	24	2.6	24	76	0	70	14	35	6	43	1.71
78604232--78604295	32	2.0	32	100	0	128	31	18	15	34	1.93
78607514--78607577	18	3.4	18	77	12	74	39	23	25	12	1.90
78607516--78607592	39	2.0	39	89	0	118	40	22	23	14	1.90
78616490--78616582	33	2.8	36	85	8	94	35	11	0	52	1.38
78616512--78616582	33	2.2	33	94	0	124	38	9	0	52	1.35
78625818--78625860	16	2.6	17	75	20	54	74	16	2	6	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78626971--78627015	21	2.1	21	83	0	54	46	6	2	44	1.42
78627801--78627827	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
78631925--78631958	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
78633161--78633233	28	2.6	28	95	0	128	53	21	2	21	1.59
78633185--78633233	14	3.5	14	72	10	55	55	22	0	22	1.44
78633470--78633513	6	7.7	6	82	7	56	68	29	2	0	1.02
78633470--78633513	11	3.8	12	84	3	56	68	29	2	0	1.02
78633676--78633926	133	1.9	133	94	0	448	45	17	8	28	1.77
78641137--78641894	192	3.9	192	96	0	1318	36	15	27	21	1.93
78644596--78644962	133	2.8	133	93	0	626	44	17	10	27	1.81
78662694--78662718	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
78665947--78666056	54	2.0	56	87	5	161	34	25	12	27	1.92
78673002--78673055	27	2.0	27	96	0	99	24	11	16	48	1.79
78680402--78680463	32	1.9	32	100	0	124	37	27	3	32	1.73
78680900--78680936	17	2.2	17	86	13	51	56	8	5	29	1.51
78683113--78683435	3	107.7	3	71	10	169	28	8	3	60	1.41
78683445--78683478	15	2.2	16	90	10	54	20	5	5	67	1.33
78683483--78683531	12	3.9	12	78	7	53	18	12	6	63	1.48
78688582--78688709	64	2.0	64	92	0	211	30	18	14	35	1.91
78688761--78689601	86	9.7	86	85	2	1004	31	21	24	23	1.98
78688761--78689601	174	4.8	173	84	3	1026	31	21	24	23	1.98
78688761--78689584	260	3.2	259	85	2	1141	31	20	24	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78689636--78689792	85	1.8	85	86	0	224	33	19	19	28	1.96
78689872--78689983	55	2.0	55	92	0	188	33	20	23	22	1.97
78689927--78690064	44	3.2	45	76	6	124	31	17	22	28	1.96
78690113--78690169	28	2.0	28	93	0	96	35	21	29	14	1.92
78691109--78691207	15	6.5	15	83	6	119	31	8	1	59	1.33
78691109--78691210	3	33.7	3	80	5	107	31	7	0	59	1.32
78691220--78691253	15	2.2	16	90	10	54	20	5	5	67	1.33
78691258--78691306	12	3.9	12	76	10	53	18	12	4	65	1.41
78697328--78697358	16	1.9	16	100	0	62	45	3	0	51	1.17
78699404--78699458	20	2.6	21	82	5	67	72	0	5	21	1.04
78699432--78699459	13	2.2	13	100	0	56	78	0	7	14	0.95
78699495--78699588	23	4.1	22	74	16	84	63	1	5	29	1.23
78704890--78704927	20	1.9	20	89	10	60	18	15	15	50	1.79
78705882--78705920	18	2.2	18	85	0	51	46	0	0	53	1.00
78706282--78706321	20	2.0	20	100	0	80	15	30	15	40	1.87
78708587--78708665	40	2.0	40	89	0	122	16	16	32	34	1.91
78710483--78710536	23	2.4	22	85	11	74	22	11	0	66	1.22
78710916--78710970	29	1.9	28	92	3	92	36	5	7	50	1.53
78712262--78712325	32	2.0	32	100	0	128	6	15	25	53	1.65
78718523--78718577	21	2.6	21	91	0	92	25	7	27	40	1.82
78718534--78718577	19	2.2	20	92	8	72	27	9	25	38	1.86
78721822--78721957	51	2.7	51	81	0	164	38	5	12	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78724435--78724605	86	2.0	86	94	0	297	23	17	29	28	1.97
78727110--78727245	51	2.7	51	81	0	164	40	5	11	41	1.66
78727926--78727964	21	2.0	21	85	10	55	61	0	5	33	1.18
78737972--78738031	26	2.3	26	91	0	93	56	0	3	40	1.16
78740914--78740945	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
78741040--78741224	50	3.7	50	99	0	361	26	23	32	16	1.96
78742287--78742405	60	2.0	60	96	0	220	33	10	21	33	1.89
78742551--78742747	101	2.0	101	96	0	367	19	18	29	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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The End!