genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57634532--57634695	43	3.8	42	77	7	152	31	27	17	23	1.97
57634532--57634693	86	1.9	85	82	6	202	32	27	16	24	1.96
57636060--57636175	43	2.7	43	83	2	135	24	13	29	32	1.94
57637661--57637747	34	2.6	34	83	3	95	22	24	26	26	2.00
57649469--57649543	27	2.8	27	87	0	114	29	14	26	29	1.95
57655357--57655433	39	2.0	39	92	0	127	27	29	20	22	1.98
57666717--57666764	15	3.1	15	82	11	62	0	12	2	85	0.69
57666720--57666759	14	2.8	14	88	3	62	0	10	0	90	0.47
57666719--57666764	20	2.4	19	88	3	65	0	10	2	86	0.64
57673061--57673146	42	2.0	42	95	0	154	29	16	13	40	1.87
57672603--57674147	500	3.1	500	99	0	3045	31	17	14	36	1.90
57673561--57673646	42	2.0	42	95	0	154	29	16	13	40	1.87
57674062--57674189	42	3.0	42	98	0	247	30	16	13	39	1.87
57678218--57678330	49	2.3	49	80	7	122	49	7	14	29	1.69
57684099--57684901	40	20.1	40	97	0	1454	31	20	25	23	1.98
57688080--57688237	78	2.0	78	92	0	262	34	17	29	19	1.94
57688548--57688658	58	1.9	58	84	0	150	27	19	21	30	1.98
57692457--57692483	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
57692965--57693142	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57692966--57693121	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57692962--57693142	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57701071--57701364	50	5.8	50	78	5	281	30	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57701132--57701313	101	1.8	101	92	0	310	29	24	19	26	1.98
57702906--57702930	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57707945--57707982	20	1.9	20	88	0	58	36	10	5	47	1.61
57719484--57719573	46	2.0	46	93	0	153	37	14	23	24	1.92
57719622--57719839	46	4.7	46	87	1	258	38	16	24	21	1.93
57727030--57727060	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
57727027--57727066	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57727252--57727499	53	4.8	53	76	9	194	20	24	17	36	1.94
57727299--57727489	108	1.8	103	86	5	274	22	24	17	35	1.96
57730129--57730179	21	2.4	21	86	0	75	39	35	1	23	1.66
57730598--57730663	31	2.1	31	94	0	96	39	3	12	45	1.57
57732424--57732462	19	2.1	19	100	0	78	48	5	10	35	1.59
57732716--57732746	3	10.3	3	92	0	53	35	0	3	61	1.12
57733637--57733673	19	2.0	19	89	5	58	43	0	18	37	1.51
57735752--57735777	12	2.2	12	100	0	52	50	7	15	26	1.71
57738822--57738979	68	2.3	65	80	11	167	32	15	29	22	1.95
57758551--57758628	38	2.1	38	97	0	147	33	15	8	42	1.78
57765703--57765740	17	2.2	18	85	4	51	34	0	10	55	1.34
57765728--57765766	18	2.2	18	90	0	60	25	2	10	61	1.41
57772896--57772977	30	2.7	30	92	0	137	28	8	29	34	1.87
57782020--57782060	6	6.8	6	94	0	55	0	12	12	75	1.05
57783994--57784060	29	2.3	30	84	7	93	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57784168--57784234	29	2.3	29	84	5	91	28	29	13	28	1.94
57784340--57784407	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
57783882--57784559	174	3.9	174	93	1	1171	31	24	14	30	1.94
57784512--57784590	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
57785889--57785975	43	2.0	44	95	2	158	19	20	29	29	1.97
57786784--57787083	150	2.0	150	99	0	591	24	25	16	33	1.95
57792872--57792947	27	2.8	27	93	0	125	30	28	14	26	1.95
57805515--57805559	22	2.0	22	83	8	56	17	13	0	68	1.20
57808052--57808089	19	2.0	19	94	0	67	26	7	15	50	1.72
57811665--57811927	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
57811665--57811927	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
57811859--57811936	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
57822419--57822459	19	2.2	19	100	0	82	53	14	4	26	1.61
57822429--57822470	11	4.1	11	76	17	54	50	16	2	30	1.58
57824766--57824895	71	1.9	70	82	7	167	33	16	29	20	1.95
57832016--57832071	28	2.0	28	100	0	112	21	28	21	28	1.99
57858278--57858388	56	2.0	55	84	7	143	33	25	13	27	1.93
57858998--57859028	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
57874892--57874930	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
57875396--57875465	27	2.5	28	83	4	79	34	20	24	21	1.97
57875396--57875485	27	3.2	27	76	7	74	32	21	24	22	1.98
57875591--57875655	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57883711--57883744	8	4.1	8	96	3	59	14	0	23	61	1.33
57888837--57888924	40	2.2	40	95	0	158	19	29	19	31	1.96
57888850--57889335	243	2.0	243	94	4	856	32	25	11	30	1.90
57893315--57893355	20	2.0	20	100	0	82	17	43	0	39	1.49
57903690--57903724	17	2.0	18	88	5	54	14	37	0	48	1.44
57905032--57905161	47	2.8	46	78	6	136	30	17	28	23	1.97
57907140--57907482	40	8.6	40	91	2	467	24	20	28	27	1.99
57914647--57914685	20	1.9	21	89	5	62	53	2	5	38	1.37
57915348--57915405	26	2.2	26	78	0	71	18	24	18	37	1.94
57915489--57915597	25	4.4	25	76	3	114	19	23	21	35	1.96
57918807--57918980	46	3.8	46	77	10	183	21	20	29	28	1.98
57918801--57918973	93	1.9	93	88	0	265	21	20	29	28	1.98
57922744--57922835	40	2.3	39	79	7	96	19	25	18	36	1.94
57922810--57922883	20	3.8	20	75	18	75	12	31	20	36	1.89
57922809--57922898	20	4.6	18	72	16	65	12	28	20	38	1.88
57922803--57922888	38	2.2	39	80	12	97	13	30	18	37	1.90
57926691--57926784	48	2.0	48	100	0	188	40	11	25	22	1.88
57928385--57928424	21	2.0	20	90	5	62	42	20	0	37	1.52
57938821--57938868	5	10.4	5	74	17	50	79	0	2	18	0.84
57938816--57938845	14	2.1	14	93	0	51	70	3	0	26	1.03
57938821--57938868	17	2.7	18	87	6	62	79	0	2	18	0.84
57945919--57946096	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57945919--57946096	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
57950667--57950849	40	4.6	40	91	1	278	22	23	27	26	1.99
57973310--57973795	54	9.0	54	87	1	559	28	22	8	40	1.83
57973310--57973795	27	18.0	26	83	7	505	28	22	8	40	1.83
57973812--57973945	27	5.0	27	86	0	169	35	19	20	24	1.95
57974145--57974226	27	3.1	26	85	5	101	18	24	19	37	1.94
57974314--57974372	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
57974537--57974610	27	2.8	27	87	6	98	18	24	20	36	1.95
57974728--57975133	6	66.8	6	72	16	295	20	17	13	48	1.81
57974813--57975104	49	5.8	45	73	19	151	19	18	14	47	1.82
57974728--57975133	73	5.2	78	82	11	428	20	17	13	48	1.81
57974728--57975133	128	3.1	128	82	7	430	20	17	13	48	1.81
57975069--57975154	30	2.9	30	84	6	104	19	15	13	51	1.77
57974756--57975000	79	3.3	73	84	6	226	19	18	14	47	1.83
57974756--57975133	24	14.8	24	76	15	334	20	17	14	48	1.81
57974828--57975140	85	3.8	84	84	10	323	19	17	14	48	1.81
57977000--57977024	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57977064--57977128	34	2.0	32	84	6	85	30	4	21	43	1.73
57984327--57984459	27	4.9	27	82	3	160	37	19	9	33	1.85
57984327--57984461	54	2.5	53	85	5	182	37	19	9	33	1.84
57984444--57984495	27	1.9	27	92	0	86	36	17	19	26	1.94
57984358--57984486	54	2.4	54	84	5	163	37	17	13	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57986277--57986310	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
57987552--57987582	15	2.1	15	100	0	62	25	12	12	48	1.77
57997499--57997530	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
57998685--57998724	19	2.1	19	86	9	55	55	5	5	35	1.44
58003569--58003593	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
58005571--58005628	26	2.2	26	84	9	73	37	27	8	25	1.85
58005681--58005796	28	4.2	28	83	2	146	21	22	20	35	1.96
58011651--58011871	46	4.8	46	97	0	406	31	28	18	20	1.97
58012294--58012353	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
58014906--58015250	40	8.6	40	92	1	566	24	28	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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