genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14376969--14377000	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
14383295--14383378	43	2.0	43	90	0	132	21	17	32	28	1.96
14391246--14391303	30	2.0	30	82	3	73	44	10	8	36	1.69
14401125--14401325	53	3.7	53	78	4	206	19	24	18	37	1.94
14411277--14411350	27	2.8	26	79	6	76	36	18	24	20	1.95
14411515--14411573	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
14411661--14411743	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
14411899--14411962	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
14411943--14412137	27	7.2	27	80	2	212	26	18	17	36	1.93
14411941--14412137	54	3.6	54	86	2	288	26	18	18	37	1.93
14411945--14412137	81	2.4	81	81	1	235	26	18	17	36	1.93
14412142--14412712	27	21.1	27	84	3	720	40	9	22	27	1.85
14412132--14412712	108	5.4	108	95	0	986	40	10	21	27	1.86
14416604--14416659	15	3.7	15	79	13	69	42	8	7	41	1.63
14416599--14416659	31	2.0	31	100	0	122	42	9	6	40	1.64
14429711--14430310	47	12.6	47	90	3	869	33	8	29	29	1.87
14429711--14430310	96	6.3	96	89	4	899	33	8	29	29	1.87
14429711--14430305	143	4.1	143	94	1	1014	32	8	29	29	1.87
14433381--14433597	47	4.6	48	77	12	184	24	29	17	29	1.97
14433437--14433549	46	2.4	46	84	7	131	25	30	15	28	1.96
14435204--14435404	108	1.8	110	87	4	300	23	25	16	33	1.96
14435157--14435408	55	4.7	54	78	8	232	22	25	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14444459--14444505	22	2.1	22	96	0	85	23	23	19	34	1.97
14446527--14446782	55	4.8	54	79	7	240	22	25	16	35	1.94
14446575--14446775	108	1.8	110	87	4	300	24	25	16	33	1.96
14448234--14448323	29	3.1	28	84	7	119	28	15	27	27	1.96
14451682--14451853	43	4.0	43	77	10	181	30	26	18	24	1.97
14454532--14454613	30	2.7	30	94	0	146	34	29	9	26	1.88
14457125--14457310	40	4.7	40	87	6	236	26	26	21	25	1.99
14464454--14464546	30	3.2	30	74	7	86	26	13	32	26	1.94
14465203--14465367	54	3.1	54	67	18	155	20	27	14	37	1.92
14465180--14465388	105	2.0	105	99	0	409	22	25	13	38	1.91
14476464--14476635	86	2.0	86	97	0	326	19	26	23	30	1.98
14477569--14477705	72	1.9	72	89	3	213	28	21	18	31	1.97
14478580--14478758	40	4.5	40	90	3	247	25	27	22	24	2.00
14483503--14483731	40	5.8	40	84	5	243	25	28	22	24	1.99
14483491--14483731	80	3.1	79	82	7	285	25	28	22	24	1.99
14492222--14492396	46	3.8	45	76	7	181	29	29	19	21	1.97
14492230--14492401	93	1.8	93	91	0	281	29	30	19	20	1.97
14494792--14494847	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
14499690--14499730	22	1.9	22	90	5	66	19	26	41	12	1.87
14500813--14501034	47	4.7	47	75	9	143	24	29	17	28	1.97
14500818--14500981	47	3.5	46	79	12	149	23	29	18	28	1.98
14507036--14507088	26	2.0	26	100	0	106	43	7	3	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14514819--14514905	43	2.0	43	84	4	113	27	24	20	27	1.99
14519731--14520248	41	12.6	41	98	0	984	29	24	24	22	1.99
14521922--14522107	41	4.6	41	88	4	245	26	24	25	23	2.00
14521922--14522143	81	2.8	79	83	5	243	26	24	25	23	2.00
14523876--14523969	27	3.5	27	83	0	116	36	18	13	31	1.90
14523960--14524025	27	2.4	27	87	0	87	22	24	15	37	1.92
14523986--14524099	27	4.2	27	85	0	111	19	20	22	37	1.94
14523984--14524103	54	2.2	54	79	2	143	20	20	21	37	1.94
14532138--14532320	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
14532139--14532322	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
14532191--14532355	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
14539618--14539722	40	2.6	41	77	8	117	23	22	27	25	2.00
14540872--14541330	229	2.0	229	100	0	918	34	13	22	29	1.92
14551256--14551346	47	1.9	47	95	0	164	31	10	23	34	1.89
14554192--14554229	20	1.9	20	89	10	60	42	2	34	21	1.67
14554282--14554351	29	2.4	29	83	2	79	17	0	70	12	1.18
14555383--14555420	3	12.7	3	94	0	67	65	0	34	0	0.93
14563095--14563185	45	2.0	45	93	0	155	51	5	9	32	1.58
14563158--14563235	40	2.0	40	97	0	147	48	10	7	33	1.66
14564313--14564442	64	2.0	65	96	1	244	18	6	13	60	1.55
14578125--14578248	8	15.8	8	66	28	54	33	4	0	61	1.23
14578176--14578304	47	2.8	45	76	19	108	31	3	2	63	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14578176--14578256	23	3.4	23	73	18	69	32	3	0	64	1.11
14578262--14578289	11	2.5	11	100	0	56	28	0	7	64	1.20
14578178--14578324	43	3.3	42	76	16	118	30	2	3	63	1.25
14578274--14578322	17	2.9	17	79	11	57	32	0	8	59	1.27
14578317--14578387	33	2.2	33	85	5	92	50	0	5	43	1.25
14583277--14583316	17	2.4	16	84	12	53	40	5	12	42	1.64
14591049--14591164	6	18.8	6	71	15	85	48	12	19	18	1.81
14591049--14591155	37	2.9	37	83	4	135	47	13	20	18	1.81
14591100--14591164	25	2.6	25	90	0	103	46	13	20	20	1.84
14591061--14591164	31	3.4	31	73	15	106	47	13	20	19	1.82
14591282--14591417	27	5.0	26	83	7	155	37	22	22	18	1.94
14591306--14591417	55	2.1	54	88	5	163	36	23	22	17	1.95
14591575--14591633	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
14591962--14592391	27	15.9	27	86	1	549	26	19	17	36	1.94
14593309--14593369	24	2.5	25	84	12	83	19	26	19	34	1.96
14596363--14596387	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
14597065--14597375	47	6.5	47	72	9	177	28	21	28	20	1.98
14597064--14597375	94	3.3	94	78	8	292	28	21	28	20	1.98
14597106--14597379	47	5.7	49	73	12	228	28	21	29	20	1.98
14604017--14604041	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
14604756--14605029	96	2.8	99	78	9	266	27	18	29	24	1.98
14604856--14605029	49	3.6	49	81	6	169	28	17	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14604753--14605029	47	5.7	50	74	13	188	27	18	29	24	1.98
14607488--14607524	14	2.6	14	95	4	65	48	18	0	32	1.49
14607696--14607941	38	6.0	38	70	15	168	31	26	13	29	1.94
14607703--14607938	85	2.8	85	90	0	382	30	26	13	28	1.94
14607741--14607904	47	3.7	47	73	14	184	31	25	14	29	1.94
14610186--14610227	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
14613478--14613693	38	5.2	38	72	18	189	29	24	16	29	1.96
14613523--14613734	47	4.7	47	80	10	262	29	24	16	30	1.96
14613485--14613691	85	2.4	85	99	0	405	28	25	16	29	1.97
14613603--14613741	48	2.9	48	85	1	190	28	23	16	31	1.96
14613523--14613768	133	1.9	132	86	0	357	29	24	15	30	1.96
14616116--14616206	46	2.0	45	89	2	137	17	34	2	46	1.61
14619036--14619186	43	3.5	42	79	12	130	20	19	27	31	1.97
14619731--14619781	24	2.1	25	82	13	63	33	0	23	43	1.54
14626316--14626373	30	1.9	31	82	3	73	37	10	24	27	1.88
14627136--14627257	47	2.6	47	90	0	190	36	14	23	24	1.93
14627244--14627432	55	3.5	54	81	3	202	34	19	23	22	1.96
14627236--14627443	53	3.9	54	80	1	211	35	17	23	23	1.95
14636666--14636930	135	2.0	135	86	4	374	30	15	22	31	1.95
14657315--14657357	14	2.9	15	75	10	52	74	6	6	11	1.21
14658940--14659106	43	3.9	43	81	2	176	26	14	24	34	1.94
14662249--14662399	27	5.6	27	85	6	189	27	18	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14662220--14662386	54	3.1	54	81	1	138	27	19	20	32	1.97
14662247--14662399	54	2.8	54	88	0	225	28	18	18	35	1.94
14662384--14662644	27	9.6	27	78	7	163	31	9	20	39	1.84
14662437--14662779	27	12.7	27	81	5	266	30	9	19	39	1.85
14666943--14666986	22	1.9	24	90	9	74	0	13	15	70	1.17
14671843--14671988	43	3.4	43	76	3	125	33	24	14	27	1.94
14674014--14674046	16	2.1	16	94	0	57	48	24	6	21	1.72
14675283--14675325	16	2.7	16	92	0	68	46	18	23	11	1.82
14675541--14675602	29	2.2	28	88	2	88	29	16	27	27	1.97
14683305--14683365	29	2.2	28	82	5	70	27	14	26	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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