genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18489021--18489056	18	1.9	18	88	5	54	44	8	5	41	1.58
18490211--18490261	26	2.0	26	88	0	75	25	15	19	39	1.91
18490211--18490267	26	2.2	26	83	3	69	26	19	17	36	1.94
18492849--18492898	23	2.2	23	96	0	91	46	6	28	20	1.74
18496670--18496703	16	2.1	17	88	5	52	11	0	11	76	1.02
18499161--18499521	46	7.8	46	83	10	468	21	20	29	29	1.98
18499299--18499467	47	3.6	47	81	13	240	21	20	28	28	1.98
18499157--18499514	93	3.9	93	93	4	591	21	20	29	28	1.98
18499157--18499521	139	2.6	140	81	12	489	21	20	29	29	1.98
18502465--18502506	15	2.8	15	92	0	66	11	19	14	54	1.70
18502464--18502512	15	3.3	15	83	8	55	10	20	14	55	1.68
18504457--18504632	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
18504454--18504624	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
18511928--18511970	22	2.0	21	86	4	59	27	4	25	41	1.75
18516456--18516611	40	3.9	40	89	0	240	23	25	28	23	2.00
18516460--18516623	80	2.0	80	94	2	285	22	25	28	23	1.99
18521944--18521974	15	2.1	15	100	0	62	22	0	32	45	1.53
18522503--18522640	44	3.2	44	80	11	110	28	16	23	30	1.96
18535696--18535735	15	2.6	15	84	4	53	77	2	5	15	1.04
18543505--18543601	41	2.4	41	87	0	131	21	17	27	32	1.96
18552473--18552697	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
18552473--18552733	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18552473--18552733	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
18557026--18557237	27	7.9	27	87	0	280	34	17	22	25	1.96
18566063--18566091	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
18593854--18594038	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
18593821--18594038	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
18600826--18600911	40	2.2	40	91	0	136	23	20	27	27	1.99
18610470--18610653	79	2.3	81	81	11	213	25	26	22	26	2.00
18610470--18610653	40	4.6	41	82	12	190	25	26	22	26	2.00
18614767--18614944	27	6.6	27	82	3	178	30	26	14	27	1.95
18622823--18623000	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
18622844--18622999	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
18623642--18623787	73	2.0	73	98	0	283	25	27	9	37	1.87
18633071--18633254	40	4.7	40	81	11	195	25	26	22	26	2.00
18633071--18633254	79	2.3	81	81	11	213	25	26	22	26	2.00
18641015--18641356	40	8.6	40	82	6	405	24	27	22	26	2.00
18641015--18641356	79	4.3	79	91	4	464	24	27	22	26	2.00
18645165--18645190	12	2.2	12	100	0	52	26	34	23	15	1.94
18653667--18653824	43	3.7	44	74	5	144	25	17	24	32	1.97
18660815--18661002	49	3.8	49	82	2	250	27	18	25	28	1.98
18660810--18660997	100	1.9	100	92	0	313	26	19	25	28	1.99
18663147--18663318	46	3.7	46	78	13	199	28	27	21	22	1.99
18663152--18663322	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18680100--18680192	46	2.0	46	97	0	177	30	21	20	27	1.98
18681685--18681808	40	3.1	40	79	4	151	24	22	27	25	2.00
18688051--18688075	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
18706323--18706473	28	5.4	28	89	1	205	27	11	27	33	1.92
18711510--18711556	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
18711520--18711582	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
18719305--18719351	24	2.0	24	86	0	67	31	31	12	23	1.92
18719315--18719401	24	3.6	24	90	0	129	31	36	13	18	1.90
18725337--18725453	42	2.8	42	81	12	150	31	23	17	26	1.97
18727449--18727506	30	1.9	31	82	3	73	44	6	25	22	1.77
18727726--18727772	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
18729331--18729543	47	4.6	45	73	11	157	23	29	20	26	1.99
18730250--18730275	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
18740460--18740527	19	3.7	19	92	7	122	36	14	11	36	1.83
18740460--18740527	36	2.0	34	91	8	111	36	14	11	36	1.83
18744210--18744403	100	1.9	100	95	0	352	28	2	11	58	1.44
18744589--18744619	9	3.3	9	95	4	53	54	0	0	45	0.99
18748747--18748779	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
18749254--18749473	45	5.0	45	87	2	313	26	28	21	23	1.99
18752782--18753004	39	5.7	40	83	8	239	24	26	21	26	1.99
18753596--18753994	195	2.1	195	97	0	746	35	24	13	26	1.92
18754769--18754926	79	2.0	79	97	0	298	24	32	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18760593--18760697	29	3.7	29	81	6	115	26	28	17	27	1.97
18764731--18764785	8	6.9	8	78	0	56	12	25	20	41	1.87
18764731--18764793	24	2.7	24	85	2	74	12	23	19	44	1.85
18768643--18768728	28	3.0	28	83	3	100	29	26	16	27	1.97
18768787--18768827	17	2.4	17	100	0	82	17	46	26	9	1.79
18771016--18771297	48	5.9	48	74	8	200	23	28	20	28	1.99
18771017--18771248	96	2.4	96	84	4	281	22	28	20	29	1.98
18771067--18771299	96	2.4	96	81	4	263	23	29	19	27	1.98
18772113--18772156	17	2.5	17	82	10	54	31	15	2	50	1.57
18772361--18772623	137	1.9	138	86	3	379	20	24	15	39	1.92
18772366--18772637	91	3.0	91	86	3	377	20	24	15	39	1.91
18772366--18772638	46	6.0	46	87	3	336	20	24	15	39	1.91
18774802--18774838	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
18790046--18790168	65	1.9	64	85	8	171	36	15	6	41	1.73
18799297--18799443	42	3.4	43	78	8	156	25	19	25	29	1.98
18799899--18799930	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
18802923--18803063	64	2.2	64	97	1	266	22	19	21	35	1.96
18802923--18803090	64	2.6	63	88	4	205	23	20	22	34	1.97
18806192--18806254	31	2.0	31	100	0	126	33	15	12	38	1.86
18814640--18814799	43	3.7	43	74	15	152	30	28	16	25	1.97
18820089--18820263	45	4.0	45	84	6	216	25	27	22	24	2.00
18822338--18822440	30	3.4	30	84	5	136	36	9	23	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18822421--18822630	30	7.1	30	72	6	167	41	15	22	20	1.90
18822431--18822499	29	2.3	30	85	2	86	44	14	26	14	1.83
18822398--18822630	89	2.6	88	86	1	322	40	15	22	21	1.90
18822335--18822618	119	2.4	119	75	9	265	40	13	22	23	1.90
18828861--18829032	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
18828861--18829032	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
18828888--18829065	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
18831211--18832102	27	33.0	27	87	2	1035	27	21	9	41	1.83
18832118--18832386	81	3.3	81	88	0	387	36	18	19	24	1.94
18832111--18832368	27	9.6	27	86	0	345	37	19	18	24	1.94
18832967--18833067	27	3.7	27	84	5	123	19	23	20	35	1.96
18833204--18833280	31	2.5	31	84	0	109	19	19	14	46	1.83
18833204--18833280	6	12.5	6	71	15	59	19	19	14	46	1.83
18838871--18839055	48	3.9	48	85	0	217	25	23	17	32	1.97
18838829--18839008	96	1.9	96	81	2	218	26	23	18	31	1.97
18843753--18844316	138	4.1	138	88	3	794	44	6	8	40	1.60
18850415--18850471	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
18850413--18850477	20	3.2	20	95	0	121	35	12	20	32	1.89
18850424--18850477	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
18850528--18850657	24	5.4	24	93	2	217	27	21	21	29	1.99
18850864--18850927	32	2.0	32	87	3	94	34	17	23	25	1.96
18851743--18851838	25	3.8	25	73	5	86	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18851735--18851848	50	2.3	50	90	0	174	32	19	21	26	1.97
18851768--18851847	25	3.2	25	72	19	85	33	20	22	23	1.97
18855528--18855573	23	2.0	23	83	12	58	41	26	19	13	1.88
18876347--18876386	21	1.9	21	89	0	62	20	50	15	15	1.79
18877444--18877499	28	2.0	28	100	0	112	28	21	14	35	1.92
18884678--18884739	25	2.4	25	81	2	70	38	16	3	41	1.64
18886812--18886967	79	2.0	79	92	0	258	33	24	6	35	1.81
18892574--18892612	21	1.9	21	89	5	62	25	28	33	12	1.93
18895953--18895997	21	2.0	23	83	8	58	20	28	20	31	1.97
18898923--18899150	40	5.7	40	75	6	149	28	24	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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