genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74640476--74640536	21	2.9	21	75	20	63	73	3	19	3	1.11
74640879--74640916	20	1.9	20	84	10	51	52	0	15	31	1.43
74641412--74641522	36	2.8	38	72	12	100	24	15	23	36	1.93
74642880--74643048	32	5.3	32	78	0	158	21	21	21	35	1.96
74642943--74643062	64	1.9	64	83	0	159	23	20	20	35	1.96
74659656--74659757	44	2.3	43	91	3	159	31	24	20	23	1.98
74664768--74664816	24	2.0	24	84	0	62	59	4	2	34	1.28
74666832--74667292	169	2.7	169	91	0	771	27	27	16	28	1.97
74667312--74667489	44	4.0	44	93	1	268	31	26	16	25	1.96
74677762--74677836	19	3.8	19	91	6	114	36	18	10	34	1.86
74679298--74679369	28	2.5	28	90	2	108	38	19	26	15	1.91
74679326--74679497	45	3.9	45	79	3	186	36	18	27	17	1.94
74679326--74679498	88	2.0	89	87	1	249	35	18	28	17	1.93
74679458--74679585	28	4.6	28	79	3	150	35	17	30	17	1.93
74679458--74679609	56	2.7	56	81	2	162	36	17	28	17	1.93
74679458--74679609	28	5.4	28	77	4	137	36	17	28	17	1.93
74681040--74681132	23	4.0	22	77	15	82	19	16	19	45	1.86
74681040--74681138	46	2.2	46	85	3	128	20	15	18	46	1.84
74683139--74683271	49	2.7	49	80	4	135	24	15	31	28	1.96
74688016--74688108	28	3.3	28	87	0	132	45	19	20	15	1.86
74688044--74688219	72	2.4	72	78	3	183	42	17	23	16	1.88
74688443--74688500	29	2.0	29	100	0	116	31	17	10	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74690692--74690720	15	1.9	15	100	0	58	31	0	13	55	1.39
74697603--74697652	24	2.0	26	84	7	68	34	10	12	44	1.75
74699436--74699467	17	1.9	17	93	6	57	34	18	34	12	1.89
74699319--74699496	44	4.0	44	83	0	194	37	19	27	15	1.92
74699453--74699589	28	4.9	28	80	1	139	35	18	29	16	1.93
74699452--74699580	56	2.3	57	87	1	179	34	17	31	17	1.92
74699452--74699623	28	6.1	28	81	1	137	37	18	29	15	1.91
74700559--74700617	31	1.9	31	82	0	73	40	6	5	47	1.52
74706548--74706572	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
74709557--74709608	17	2.8	20	71	17	56	42	13	13	30	1.83
74710126--74710264	28	4.9	28	84	2	188	12	20	23	43	1.86
74710127--74710264	57	2.4	57	87	1	197	13	21	23	42	1.87
74714700--74714803	51	2.0	51	88	3	156	26	13	12	47	1.79
74715507--74715552	21	2.2	21	84	7	58	58	2	2	36	1.22
74723452--74724284	416	2.0	416	99	0	1657	27	17	23	31	1.97
74725555--74725642	24	3.7	24	79	0	86	20	17	14	47	1.82
74725550--74725671	48	2.5	48	81	0	136	18	16	17	47	1.83
74725630--74725686	24	2.4	24	75	0	60	14	12	24	49	1.77
74727756--74727840	42	2.0	42	93	0	143	50	11	10	27	1.71
74729218--74729257	19	2.0	20	90	4	64	40	25	0	35	1.56
74733208--74733389	88	2.0	88	88	3	265	41	9	20	28	1.83
74733869--74733936	29	2.4	29	82	7	77	14	22	19	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74737721--74737746	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
74741047--74741114	35	1.9	35	90	0	109	14	8	32	44	1.76
74741058--74741151	35	2.7	34	83	5	107	14	9	30	44	1.78
74743066--74743098	16	2.1	16	100	0	66	33	6	12	48	1.65
74749550--74749575	12	2.2	12	100	0	52	42	19	7	30	1.79
74751019--74751059	21	2.0	21	90	4	66	36	0	12	51	1.40
74751228--74751264	11	3.2	12	81	11	51	59	0	5	35	1.20
74754400--74754466	33	2.0	33	100	0	134	17	19	8	53	1.70
74760596--74760630	17	2.1	17	100	0	70	48	22	11	17	1.79
74763771--74763813	17	2.4	18	80	3	52	18	2	6	72	1.19
74768479--74768663	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
74768480--74768663	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
74768532--74768696	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
74786180--74786207	6	4.7	6	100	0	56	32	50	0	17	1.47
74789162--74789218	28	2.0	28	80	12	64	47	17	0	35	1.48
74810028--74810070	21	2.0	21	86	9	59	46	4	0	48	1.22
74812050--74812088	20	1.9	21	84	5	53	25	0	28	46	1.53
74813692--74813962	86	3.2	86	82	1	283	21	16	24	37	1.93
74813682--74813962	43	6.5	43	76	3	215	21	16	24	38	1.92
74813725--74813961	129	1.8	129	80	3	280	21	15	24	38	1.92
74816006--74816089	41	2.0	41	97	0	159	19	32	32	16	1.94
74816276--74816464	27	7.0	27	81	9	181	42	21	14	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74816276--74816454	54	3.3	53	80	3	205	42	22	13	21	1.88
74816276--74816464	81	2.3	81	80	3	236	42	21	14	21	1.88
74832849--74832901	24	2.2	24	82	0	70	50	32	1	15	1.54
74836785--74837571	27	29.3	27	84	1	864	43	20	16	19	1.88
74837996--74838158	84	1.9	84	97	0	308	22	23	25	28	1.99
74837986--74838165	28	6.5	28	87	6	269	22	23	24	29	1.99
74837986--74838193	28	7.2	30	84	6	128	23	23	25	27	2.00
74847138--74847178	21	2.0	21	90	9	66	43	0	2	53	1.13
74847925--74847983	25	2.4	25	78	13	68	33	5	1	59	1.29
74865833--74865878	16	2.5	19	86	13	62	69	6	4	19	1.28
74866227--74866287	27	2.3	27	85	0	77	22	14	26	36	1.93
74872348--74872400	27	2.0	27	100	0	106	32	11	22	33	1.90
74872352--74872406	27	2.3	22	82	17	58	29	10	23	36	1.89
74874471--74874510	17	2.4	17	87	8	55	62	5	2	30	1.29
74874488--74874828	103	3.4	100	89	4	524	54	14	0	30	1.44
74874735--74874912	88	2.1	85	88	7	261	52	14	0	33	1.41
74874506--74875053	185	2.8	197	83	11	692	54	14	0	30	1.43
74874820--74875065	92	2.6	95	85	5	295	54	14	0	30	1.43
74874608--74875077	99	5.0	93	75	10	264	54	14	0	30	1.44
74875204--74875249	9	4.5	11	89	10	55	0	30	0	69	0.89
74875224--74875252	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
74875310--74875356	24	1.9	25	86	4	69	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74877671--74877758	44	2.0	44	86	0	122	39	11	3	45	1.57
74880648--74880672	13	1.9	13	100	0	50	32	12	16	40	1.84
74885489--74885758	89	3.0	89	96	0	477	35	16	12	35	1.86
74885863--74885954	29	3.2	29	76	9	89	66	3	2	28	1.19
74885872--74885945	38	2.0	37	81	7	87	67	2	2	27	1.17
74886547--74886591	20	2.1	21	84	8	56	42	2	2	53	1.25
74887185--74887229	11	4.2	11	83	13	58	17	33	0	48	1.48
74887187--74887229	20	2.1	21	91	4	70	18	32	0	48	1.48
74887209--74887317	51	2.1	51	84	3	139	34	22	0	42	1.54
74888445--74888476	7	4.6	7	96	0	55	25	0	12	62	1.30
74888448--74888482	14	2.5	13	86	13	52	25	0	14	60	1.35
74889101--74889135	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
74889537--74889650	25	4.7	25	67	20	89	38	2	14	43	1.60
74889643--74889685	23	1.9	23	95	4	70	51	23	0	25	1.49
74889650--74890125	29	16.5	29	90	2	717	47	30	0	21	1.53
74894105--74894454	124	2.8	124	91	0	567	32	20	16	30	1.95
74897661--74897689	12	2.3	13	94	5	51	34	10	0	55	1.34
74901432--74901477	19	2.4	18	82	10	56	23	23	13	39	1.90
74910748--74910776	12	2.3	13	94	5	51	34	10	0	55	1.34
74916009--74916119	37	3.0	37	88	2	152	22	13	27	36	1.92
74917141--74917245	48	2.2	49	87	1	158	21	27	20	29	1.98
74934002--74934101	42	2.4	42	93	0	164	24	27	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74935923--74936009	29	3.0	29	81	1	93	41	20	14	22	1.89
74936927--74936962	8	4.9	7	93	6	54	83	0	16	0	0.65
74936926--74936963	15	2.5	15	86	4	58	84	0	15	0	0.63
74937320--74937359	20	2.0	20	90	4	64	37	12	12	37	1.81
74937913--74937968	18	2.9	19	73	26	55	51	0	0	48	1.00
74938312--74938338	13	2.1	13	100	0	54	37	7	14	40	1.74
74941241--74941275	15	2.2	16	90	5	54	57	2	0	40	1.14
74941253--74941278	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
74941287--74941343	15	3.5	15	71	17	51	50	1	1	45	1.22
74950478--74950527	20	2.5	20	90	0	73	24	22	24	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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