genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21059660--21059710	25	2.0	25	92	0	84	31	23	19	25	1.98
21059752--21059789	10	3.7	10	86	6	58	28	15	21	34	1.94
21060125--21060208	31	2.7	30	90	5	125	36	17	23	21	1.94
21064444--21064553	55	2.0	55	96	0	202	37	20	7	34	1.81
21076782--21077044	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
21088889--21089066	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21088890--21089045	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21088886--21089066	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21094331--21094463	54	2.5	54	98	0	257	30	26	18	24	1.98
21103645--21103929	40	7.2	40	90	3	389	23	23	26	26	2.00
21103645--21103903	80	3.2	80	93	1	439	23	23	27	26	2.00
21111377--21111566	40	4.8	40	92	1	294	21	22	26	28	1.99
21112941--21112973	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
21114006--21114033	11	2.5	11	100	0	56	0	14	25	60	1.34
21115884--21115948	6	10.8	6	91	6	105	81	0	1	16	0.77
21117927--21118181	39	6.5	39	94	1	395	19	21	29	29	1.97
21124820--21124852	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
21125886--21125911	11	2.4	11	100	0	52	0	15	23	61	1.33
21130782--21130983	42	4.6	42	73	10	172	28	24	17	28	1.98
21132141--21132181	20	2.1	19	86	9	55	29	4	14	51	1.63
21137498--21137526	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
21151800--21151825	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21158168--21158283	61	2.0	59	86	5	155	50	6	4	39	1.47
21158268--21158322	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
21195177--21195304	28	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
21195177--21195304	29	4.5	29	86	4	163	32	25	12	28	1.92
21195176--21195304	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
21197018--21197229	107	2.0	107	95	0	379	33	31	7	27	1.85
21213138--21213193	28	2.0	28	96	0	103	33	14	33	17	1.90
21213963--21214022	30	2.0	30	90	0	93	36	6	23	33	1.81
21229756--21229814	24	2.5	24	100	0	118	55	6	5	32	1.48
21230964--21231033	28	2.4	30	81	11	85	51	2	20	25	1.61
21231110--21231180	20	3.3	20	68	21	63	49	4	5	40	1.46
21231110--21231179	22	3.2	22	66	22	65	50	4	5	40	1.46
21231092--21231181	44	2.0	44	97	0	171	45	4	10	40	1.58
21232473--21232527	29	1.9	28	85	3	74	20	20	25	34	1.96
21232426--21232570	77	1.9	77	84	5	195	22	16	24	36	1.94
21235246--21235284	18	2.2	18	95	0	69	48	5	15	30	1.66
21241633--21241703	23	3.0	23	77	2	70	46	15	8	29	1.75
21241734--21241763	4	7.5	4	100	0	60	50	23	0	26	1.50
21241914--21241948	12	2.9	12	91	0	52	54	20	14	11	1.70
21244674--21244858	40	4.7	40	82	6	216	26	28	21	23	1.99
21244674--21244858	79	2.3	80	80	8	198	26	28	21	23	1.99
21252277--21252420	40	3.6	40	75	12	127	25	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21252329--21252420	39	2.3	39	85	5	123	23	22	29	23	1.99
21252643--21253899	47	26.6	47	96	0	2271	32	8	29	29	1.87
21254018--21254096	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21262691--21262788	49	2.0	49	97	0	187	26	15	16	41	1.88
21267434--21267604	86	2.0	86	98	0	333	34	18	23	23	1.96
21270524--21270724	47	4.3	47	90	0	294	27	29	8	33	1.86
21276643--21276759	60	2.0	60	94	3	209	25	12	18	42	1.86
21279056--21279163	54	2.0	54	98	0	207	23	11	14	50	1.74
21285092--21285188	27	3.5	28	92	2	153	31	29	12	25	1.92
21285092--21285213	27	4.4	27	83	12	108	32	29	12	25	1.92
21285093--21285348	128	2.0	128	94	3	453	32	29	13	25	1.93
21285221--21285316	27	3.5	27	91	7	158	30	28	14	27	1.95
21296088--21296143	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
21297740--21297879	27	5.2	27	76	13	146	18	22	22	36	1.95
21297737--21297879	54	2.7	54	89	3	209	18	23	22	36	1.95
21300884--21300921	14	2.8	14	80	4	51	36	21	0	42	1.53
21301331--21301406	38	2.0	37	97	2	143	21	35	5	36	1.76
21311350--21311381	16	2.0	17	88	11	50	56	12	0	31	1.37
21315208--21315363	77	2.0	77	100	0	312	37	7	21	33	1.82
21317310--21317343	18	1.9	17	94	5	59	79	0	14	5	0.91
21326784--21326900	42	2.8	42	79	7	121	18	24	15	41	1.89
21327751--21327897	53	2.8	53	88	2	217	16	28	31	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21329385--21329410	8	3.2	8	100	0	52	23	34	11	30	1.90
21330056--21330139	28	3.2	28	64	25	74	25	16	28	29	1.97
21330001--21330246	49	5.0	49	85	2	303	25	17	27	29	1.97
21332762--21333376	306	2.0	306	99	0	1221	39	15	16	27	1.89
21334288--21334426	69	2.0	69	98	0	269	47	10	10	32	1.70
21335310--21335406	48	2.0	48	83	0	122	34	5	18	42	1.73
21339731--21339778	25	1.9	25	82	0	60	50	0	4	45	1.21
21340565--21340612	21	2.4	20	86	6	62	68	0	0	31	0.90
21353041--21353079	20	2.0	20	84	0	51	74	5	2	17	1.12
21353393--21353533	63	2.3	62	85	6	187	20	20	31	27	1.98
21353851--21353891	20	2.0	20	90	0	64	29	17	12	41	1.85
21355901--21355993	15	5.7	16	70	19	59	36	3	1	59	1.21
21355901--21355965	34	1.9	34	84	6	87	36	1	0	61	1.05
21355971--21356038	23	3.1	21	80	14	68	36	2	5	54	1.40
21356082--21356142	24	2.6	23	82	10	70	40	4	4	49	1.46
21356116--21356219	15	7.6	14	67	18	67	37	4	1	55	1.32
21356107--21356218	17	6.4	17	70	19	61	37	4	2	55	1.34
21356180--21356265	29	2.9	32	75	19	89	36	4	3	55	1.37
21356177--21356269	27	3.2	27	77	14	89	35	4	5	54	1.43
21356177--21356289	26	4.0	29	76	17	114	34	4	6	54	1.45
21356159--21356365	25	8.3	25	72	19	157	33	6	4	55	1.46
21356232--21356365	72	1.9	69	81	7	162	32	6	5	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21356259--21356365	46	2.3	44	81	10	115	31	7	6	54	1.54
21360010--21360054	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
21360037--21360142	42	2.5	42	90	1	167	41	13	11	33	1.80
21360047--21360113	20	3.2	20	67	22	57	41	8	13	35	1.76
21370030--21370412	77	5.1	74	82	7	432	28	18	19	34	1.95
21370522--21370616	44	2.1	45	92	1	156	24	23	27	25	2.00
21370555--21370699	44	3.3	43	79	8	150	26	18	26	28	1.98
21372253--21372343	3	30.0	3	68	14	53	35	3	0	61	1.12
21372254--21372318	34	1.9	34	84	6	87	36	1	0	61	1.05
21372263--21372343	9	9.1	9	73	11	60	34	3	0	61	1.14
21372344--21372396	23	2.5	22	85	11	74	33	1	7	56	1.38
21372518--21372717	25	8.3	25	73	15	163	33	7	5	54	1.49
21372632--21372672	20	2.0	21	90	4	66	34	9	4	51	1.56
21387566--21387639	30	2.5	30	93	0	121	41	9	21	27	1.84
21388724--21388810	44	2.0	44	100	0	174	29	2	10	57	1.44
21392321--21392419	50	2.0	50	97	0	189	31	8	25	35	1.85
21392405--21392465	32	1.9	32	100	0	122	32	4	22	39	1.76
21395604--21395634	12	2.6	12	89	0	53	9	22	51	16	1.73
21405184--21405208	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
21411179--21411351	46	3.7	46	77	4	186	21	20	29	28	1.98
21411173--21411344	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
21420465--21420550	34	2.5	34	77	3	102	26	22	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21422057--21422100	21	2.1	21	83	8	54	22	25	15	36	1.94
21422167--21422209	22	1.9	23	90	4	70	25	2	48	23	1.62
21422321--21422643	172	1.9	173	96	0	594	21	18	23	36	1.95
21424976--21425012	17	2.2	17	100	0	74	32	29	18	18	1.96
21428154--21428205	25	2.1	25	82	7	61	26	9	11	51	1.68
21428262--21428360	27	3.7	27	80	4	128	41	23	7	28	1.80
21428229--21428360	54	2.4	54	79	10	137	39	21	9	29	1.84
21428262--21428442	54	3.3	55	79	9	158	41	20	7	30	1.80
21428262--21428448	27	6.9	27	76	7	108	40	19	8	31	1.82
21429350--21429418	25	2.8	25	81	0	75	27	24	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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