genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17051683--17051720	13	2.9	14	84	7	53	26	10	13	50	1.73
17053031--17053121	44	2.1	44	82	0	110	31	13	10	43	1.78
17055385--17055486	42	2.4	42	86	0	141	28	21	20	29	1.98
17058499--17058552	27	2.0	27	85	0	72	38	11	12	37	1.79
17068852--17068891	21	2.0	20	85	5	53	10	32	25	32	1.89
17071740--17071786	22	2.1	22	84	7	60	61	14	12	10	1.56
17072616--17072655	21	1.9	21	85	10	55	20	7	2	70	1.24
17072679--17072733	3	18.3	3	77	7	58	34	3	1	60	1.25
17083551--17083656	53	2.0	53	96	0	194	18	30	20	30	1.97
17084437--17084614	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
17084438--17084593	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
17084434--17084614	82	2.2	81	82	2	220	27	16	28	28	1.97
17084519--17084625	27	3.9	27	81	1	79	26	15	28	28	1.96
17092579--17092756	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
17092580--17092735	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
17092576--17092756	82	2.2	81	82	2	220	27	16	28	28	1.97
17092661--17092767	27	3.9	27	81	1	79	26	15	28	28	1.96
17096058--17096121	20	3.2	20	63	20	53	40	1	12	45	1.51
17096053--17096131	39	2.0	40	97	2	151	36	2	12	48	1.55
17096114--17096192	38	2.1	38	100	0	158	30	7	16	45	1.75
17098977--17099051	34	2.2	34	86	9	109	26	20	25	28	1.99
17102834--17102884	18	2.8	18	77	16	61	17	17	39	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17102844--17102875	9	3.7	9	95	4	57	18	21	37	21	1.94
17103204--17103257	27	2.0	27	96	0	99	40	22	9	27	1.84
17103878--17103937	31	1.9	31	86	6	86	13	16	28	41	1.86
17107563--17107721	27	5.9	27	73	5	115	30	10	20	37	1.87
17107563--17107728	54	3.1	54	77	0	170	30	10	22	37	1.87
17116703--17116774	33	2.2	33	100	0	144	33	19	5	41	1.75
17121340--17121393	28	1.9	28	88	0	81	37	24	12	25	1.91
17124568--17124623	28	2.0	28	85	0	76	37	19	12	30	1.89
17124873--17124915	22	2.0	22	90	0	68	11	23	30	34	1.90
17126549--17126685	40	3.5	40	82	5	154	27	19	26	27	1.99
17127451--17127605	83	1.9	83	91	0	256	40	12	18	29	1.87
17134495--17134756	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
17139340--17139466	43	3.0	43	83	2	150	23	30	19	25	1.98
17141162--17141191	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
17154549--17154671	42	2.9	41	78	7	122	29	15	26	29	1.96
17156509--17156547	21	1.9	20	85	15	53	28	15	15	41	1.87
17158652--17158680	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
17163107--17163168	12	4.9	13	74	21	69	33	0	1	64	1.03
17163106--17163168	25	2.5	25	94	0	108	34	0	1	63	1.04
17163148--17163200	22	2.5	22	75	9	56	33	0	7	58	1.26
17169799--17169835	19	2.0	18	89	5	56	43	16	5	35	1.71
17170231--17170270	21	2.0	21	95	5	73	17	25	42	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17171853--17172164	47	6.6	45	72	11	128	24	29	18	27	1.98
17177023--17177927	27	33.5	27	87	0	1076	37	17	19	25	1.93
17178311--17178375	22	3.0	22	80	8	78	18	24	23	33	1.96
17178516--17178610	27	3.6	27	81	12	83	20	23	17	38	1.93
17178533--17178611	27	2.9	27	86	0	104	18	22	18	39	1.93
17178732--17178850	6	19.3	6	71	17	84	19	18	13	48	1.80
17178732--17178829	31	3.4	31	78	10	109	19	19	13	47	1.81
17178732--17178829	25	3.7	25	77	15	106	19	19	13	47	1.81
17182739--17183053	47	6.6	48	72	13	208	23	28	19	28	1.98
17182739--17183053	94	3.3	94	76	9	286	23	28	19	28	1.98
17195553--17195652	3	34.0	3	72	4	69	30	9	2	59	1.40
17195638--17195705	25	2.7	24	77	11	64	36	8	1	52	1.42
17195864--17195910	3	15.7	3	95	0	85	31	0	2	65	1.04
17196063--17196119	22	2.5	23	86	11	73	22	12	1	63	1.38
17197284--17197321	20	1.9	20	88	0	58	47	2	7	42	1.46
17201846--17201904	11	5.4	11	73	26	54	72	3	23	0	0.99
17201848--17201903	3	18.7	3	80	10	53	73	3	23	0	0.99
17201859--17201897	17	2.3	17	90	0	60	71	5	23	0	1.05
17205698--17205749	28	1.9	28	81	14	65	50	3	0	46	1.20
17210223--17210365	38	3.7	38	79	5	135	30	23	20	25	1.99
17210209--17210365	78	2.0	80	81	7	189	33	24	19	23	1.97
17216061--17216253	50	3.9	50	78	2	201	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17216075--17216286	101	2.1	99	80	4	237	26	17	25	29	1.98
17221708--17221737	15	2.0	15	93	0	51	56	33	6	3	1.42
17222389--17222791	202	2.0	202	96	0	743	28	18	26	27	1.98
17238831--17239093	40	6.6	40	83	6	275	25	21	27	25	1.99
17238945--17239128	79	2.3	80	83	3	230	26	21	27	25	1.99
17238832--17239128	120	2.5	120	79	6	284	26	21	27	24	1.99
17251192--17251289	50	2.0	49	97	2	187	46	13	16	23	1.82
17251421--17251447	12	2.2	12	100	0	54	51	14	0	33	1.43
17266917--17267028	40	2.8	39	76	6	109	36	15	26	21	1.93
17269932--17270043	27	4.2	26	86	7	143	36	23	23	16	1.94
17269932--17270043	54	2.1	54	88	3	163	36	23	23	16	1.94
17273094--17273134	18	2.3	18	100	0	82	46	24	7	21	1.77
17277328--17277432	27	3.9	27	82	9	124	37	20	24	17	1.94
17277340--17277432	27	3.4	28	85	10	129	36	23	24	15	1.93
17278313--17278455	24	6.0	24	98	0	268	27	37	0	34	1.62
17282856--17283033	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17282877--17283032	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17290919--17291096	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17290940--17291095	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17295015--17295133	29	4.1	29	86	1	159	30	29	13	26	1.94
17303282--17303331	19	2.6	19	84	9	66	28	20	8	44	1.79
17306424--17306573	37	4.1	37	93	0	237	27	30	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17306778--17306962	47	3.9	47	90	0	280	27	28	11	33	1.91
17306871--17306946	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
17310367--17310454	6	14.3	6	68	17	56	48	13	17	20	1.80
17310378--17310454	31	2.5	31	84	0	100	49	12	16	20	1.79
17310875--17311341	27	17.3	27	91	2	769	24	22	20	32	1.97
17311324--17311467	27	5.4	27	83	5	139	28	6	23	40	1.80
17311324--17311476	54	2.9	53	79	3	155	29	7	22	41	1.80
17311479--17311785	27	11.4	27	89	0	443	41	8	22	28	1.82
17311471--17311829	27	13.3	27	87	1	396	38	7	22	31	1.82
17311479--17311785	81	3.8	81	93	0	515	41	8	22	28	1.82
17313670--17313841	40	4.3	40	87	2	213	25	27	21	25	1.99
17313672--17313894	40	5.6	39	82	5	207	25	27	21	26	1.99
17313826--17313903	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17314536--17314630	46	2.1	46	95	0	172	32	25	10	31	1.90
17315204--17315455	125	2.0	125	96	2	461	30	23	15	30	1.95
17316154--17316316	82	2.0	82	91	0	263	26	26	13	33	1.94
17321951--17322128	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17321972--17322127	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17322612--17322638	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
17326191--17326381	43	4.5	41	78	12	165	26	15	25	32	1.96
17326189--17326382	86	2.2	89	79	11	224	26	15	25	32	1.96
17330518--17330558	20	2.0	20	90	0	64	46	2	12	39	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17333051--17333215	58	2.8	58	94	1	287	23	27	10	38	1.88
17333053--17333219	29	5.8	29	86	1	237	22	28	11	38	1.88
17334132--17334170	19	2.0	20	90	5	62	25	0	5	69	1.09
17334128--17334186	20	2.7	23	77	20	72	25	0	6	67	1.15
17334151--17334196	25	1.9	23	86	8	65	30	0	6	63	1.20
17345191--17345336	43	3.4	43	76	4	125	32	28	17	22	1.96
17345194--17345350	86	1.8	85	84	4	217	31	28	17	22	1.97
17347339--17347522	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
17353515--17353574	30	2.0	30	83	0	75	31	23	6	38	1.81
17360506--17360676	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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