genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65024174--65024298	29	4.3	29	88	1	180	28	29	16	25	1.96
65031864--65031897	18	1.9	18	88	5	52	32	14	11	41	1.82
65033012--65033102	29	3.2	29	84	7	123	27	29	16	26	1.97
65042623--65042700	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
65042653--65042980	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95
65045375--65045429	28	2.0	27	96	0	92	23	47	5	21	1.71
65047335--65047401	29	2.3	28	75	12	64	49	0	5	44	1.27
65049025--65049085	30	2.1	29	93	3	104	36	22	13	27	1.92
65053401--65053435	18	1.9	18	88	11	54	48	2	17	31	1.61
65053963--65054009	23	2.0	22	88	8	67	14	8	36	40	1.77
65055798--65055890	29	3.2	29	90	0	150	30	27	15	26	1.96
65058894--65058929	17	2.1	18	89	5	56	50	0	19	30	1.48
65059545--65059577	14	2.4	14	94	0	57	66	0	3	30	1.06
65062427--65062551	29	4.3	29	88	5	182	29	30	15	24	1.95
65062610--65062643	18	1.9	18	88	5	52	20	44	20	14	1.87
65062770--65062804	16	2.2	16	94	0	61	8	17	20	54	1.68
65064731--65064839	11	9.8	11	71	5	76	58	29	6	5	1.45
65064731--65064857	22	5.7	22	75	6	112	58	30	5	5	1.44
65069536--65069770	45	5.3	44	70	7	145	29	20	24	25	1.99
65069511--65070036	132	4.0	130	85	5	640	29	18	25	26	1.98
65070232--65070591	44	8.2	44	91	1	571	27	15	32	25	1.95
65071584--65071688	54	1.9	54	88	1	156	48	7	20	22	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65073352--65073841	136	3.7	131	80	5	464	27	21	17	34	1.95
65073352--65073846	131	3.7	130	79	6	487	27	20	17	34	1.95
65076083--65076114	16	2.0	16	93	0	55	59	6	6	28	1.46
65076098--65076163	33	1.9	34	85	14	91	62	7	3	27	1.37
65077426--65077475	23	2.4	22	83	12	61	60	6	0	34	1.21
65077541--65077579	15	2.5	16	83	8	53	58	0	5	35	1.20
65078060--65078097	16	2.4	16	95	0	67	44	0	55	0	0.99
65078514--65078614	18	5.7	18	67	15	66	72	18	2	5	1.18
65078551--65078623	36	2.0	36	97	0	137	68	21	1	8	1.23
65081128--65081163	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
65087418--65087657	50	5.2	44	75	13	187	30	19	20	30	1.97
65087462--65087599	50	2.8	50	89	0	195	28	16	22	31	1.96
65087562--65087653	43	2.1	43	85	2	121	32	19	20	27	1.97
65087418--65087722	147	2.1	144	82	4	353	30	19	20	30	1.97
65087700--65087739	18	2.3	18	95	4	73	20	32	15	32	1.93
65087659--65087785	68	1.9	68	86	0	182	26	18	21	33	1.97
65092789--65092843	22	2.5	23	80	8	62	38	0	0	61	0.96
65099320--65099384	21	3.0	21	80	12	76	18	58	10	12	1.62
65099338--65099390	21	2.8	18	81	15	70	15	60	15	9	1.58
65099326--65099411	24	3.6	23	75	17	77	17	56	11	13	1.66
65101937--65101970	17	1.9	18	88	5	52	73	5	2	17	1.16
65102054--65102080	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65102167--65102241	9	7.9	9	72	16	53	32	2	2	62	1.23
65102193--65102239	20	2.4	19	85	3	58	34	0	2	63	1.06
65103968--65104005	19	2.0	20	84	5	51	55	13	10	21	1.67
65107206--65107237	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
65108532--65108581	19	2.6	19	96	0	91	18	34	32	16	1.92
65110116--65110285	55	3.1	53	80	9	157	22	25	17	34	1.96
65117142--65117233	17	5.1	18	75	18	84	29	9	10	50	1.70
65118543--65118830	144	2.0	144	97	0	549	34	22	18	24	1.96
65136274--65136314	21	1.9	21	90	5	64	75	2	12	9	1.13
65140664--65140764	48	2.1	48	96	0	184	55	11	9	22	1.65
65142132--65142231	47	2.1	47	87	5	141	34	25	7	34	1.83
65145001--65145083	31	2.7	31	81	7	80	34	24	19	21	1.96
65146936--65146962	11	2.5	11	100	0	54	22	7	7	62	1.46
65165237--65165279	1	43.0	1	100	0	86	100	0	0	0	0.00
65176184--65176289	51	2.1	51	98	0	203	31	7	13	48	1.70
65177787--65177913	50	2.5	52	85	5	168	62	11	8	17	1.53
65177897--65177996	50	2.0	50	94	0	173	45	17	8	30	1.77
65180802--65180849	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
65183824--65184069	3	81.3	3	65	15	80	27	8	2	61	1.38
65183818--65183936	47	2.6	44	80	13	143	31	7	3	57	1.43
65188754--65188801	23	2.1	23	96	0	87	37	18	8	35	1.81
65193480--65193518	20	2.0	20	85	10	53	51	5	5	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65193596--65193620	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
65193800--65193897	33	2.9	35	70	19	82	47	1	4	46	1.28
65198426--65198663	41	5.8	41	97	0	395	29	21	22	27	1.99
65198878--65198941	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
65198885--65198958	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
65206122--65206360	41	5.8	41	88	6	299	27	20	24	28	1.99
65210412--65210444	14	2.3	15	89	5	50	78	0	18	3	0.87
65211968--65212061	27	3.5	26	73	15	84	59	4	7	28	1.43
65212331--65212437	25	4.3	24	71	14	67	63	6	2	27	1.33
65212374--65212432	27	2.2	26	77	13	66	62	5	1	30	1.26
65212376--65212436	28	2.2	28	82	2	79	63	4	1	29	1.24
65218338--65218433	46	2.1	46	86	5	133	25	31	27	16	1.97
65226273--65226358	43	2.0	43	100	0	172	46	13	16	23	1.83
65235399--65235424	10	2.6	10	100	0	52	30	15	7	46	1.74
65257162--65257215	20	2.7	20	94	2	90	35	7	3	53	1.47
65257726--65257764	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
65258228--65258297	27	2.5	28	86	4	88	37	21	22	18	1.94
65258424--65258516	28	3.3	28	92	0	150	29	6	26	37	1.81
65261642--65261696	22	2.5	22	82	5	58	30	21	29	18	1.97
65261847--65262008	41	4.0	41	89	0	216	25	27	23	22	2.00
65262275--65262570	108	2.7	108	87	2	425	33	10	17	38	1.84
65262287--65262680	27	14.6	26	77	10	276	31	9	18	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65262287--65262616	54	6.1	54	80	6	332	32	10	17	39	1.83
65262287--65262643	81	4.4	80	83	5	321	32	9	18	39	1.83
65262579--65262705	54	2.4	54	78	2	148	29	6	22	41	1.78
65262579--65262705	27	4.7	27	79	7	123	29	6	22	41	1.78
65262687--65262742	27	2.1	27	86	0	76	32	21	16	30	1.95
65265600--65265658	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
65265811--65265926	41	2.8	41	88	0	169	25	27	23	23	2.00
65266199--65266484	54	5.3	54	75	10	246	31	10	19	38	1.86
65266190--65266423	81	2.9	81	77	5	240	31	11	18	38	1.87
65266199--65266476	27	10.3	26	71	11	170	30	10	19	38	1.86
65266309--65266458	81	1.9	81	88	2	230	32	8	18	40	1.80
65269439--65269497	22	2.7	22	73	5	57	32	18	25	23	1.97
65269645--65269806	41	4.0	41	91	3	254	26	29	22	20	1.99
65270065--65270131	27	2.5	27	80	9	91	32	7	13	46	1.71
65270111--65270399	27	10.7	27	75	8	203	32	8	18	41	1.80
65270083--65270424	27	12.6	27	73	15	183	32	8	17	41	1.79
65270084--65270450	54	6.8	54	73	12	211	32	9	17	40	1.81
65270139--65270390	81	3.1	80	83	6	303	32	9	17	40	1.82
65270139--65270424	81	3.5	78	80	10	299	32	9	17	40	1.81
65270407--65270462	27	2.1	27	89	0	85	35	19	14	30	1.91
65273048--65273072	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
65273778--65273948	46	3.7	46	75	6	157	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65275711--65275761	16	3.1	16	70	25	52	19	19	31	29	1.97
65284904--65284938	18	1.9	18	88	0	52	51	28	0	20	1.47
65289042--65289146	52	2.0	52	100	0	210	30	1	22	44	1.64
65289245--65289361	46	2.5	46	88	2	164	27	18	29	24	1.98
65291387--65291444	27	2.1	27	93	0	98	29	17	17	36	1.92
65297651--65297710	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
65298355--65298536	96	1.9	97	89	1	285	30	26	15	27	1.96
65301119--65301210	5	17.4	5	75	15	71	72	1	2	23	1.02
65301147--65301207	21	2.8	20	83	11	68	70	0	3	26	1.02
65306279--65306455	78	2.3	78	100	0	354	23	20	17	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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