genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77570701--77570774	21	3.7	20	77	10	71	29	4	4	62	1.32
77571511--77571653	72	2.0	72	95	0	259	27	18	18	35	1.94
77585771--77585806	19	1.9	18	88	5	54	58	5	8	27	1.50
77586027--77586067	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
77586227--77586264	3	12.3	3	88	5	58	60	0	2	36	1.11
77586227--77586264	16	2.4	16	91	4	60	60	0	2	36	1.11
77586360--77586391	3	10.7	3	93	0	55	68	3	0	28	1.04
77588428--77588456	14	2.1	14	100	0	58	34	13	20	31	1.92
77588525--77588564	20	2.0	21	85	9	57	40	20	12	27	1.88
77590465--77590512	4	12.0	4	86	0	60	25	6	0	68	1.12
77591877--77591914	17	2.2	17	100	0	76	15	13	15	55	1.70
77598240--77598385	75	2.0	74	81	6	170	30	6	19	42	1.78
77598704--77598818	41	2.8	41	91	0	176	26	19	22	31	1.98
77600588--77600889	44	6.9	44	83	1	261	32	16	21	28	1.95
77602419--77602496	3	25.7	3	86	2	111	33	3	1	61	1.22
77605293--77605363	32	2.2	32	85	7	92	63	0	0	36	0.95
77607472--77607504	16	2.1	16	100	0	66	18	0	12	69	1.18
77607478--77607544	15	4.8	14	71	15	50	26	0	7	65	1.19
77607478--77607551	27	2.6	28	72	20	73	25	0	8	66	1.19
77607573--77607613	20	2.0	20	90	0	64	21	7	4	65	1.37
77607670--77607710	19	2.2	19	90	0	64	21	4	7	65	1.37
77607941--77607980	16	2.5	16	91	0	62	55	7	0	37	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77608050--77608091	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
77608065--77608115	23	2.3	23	82	3	59	43	3	1	50	1.31
77608536--77608621	32	2.7	31	80	3	100	43	8	9	39	1.67
77611327--77611359	3	11.3	3	93	6	59	66	0	33	0	0.92
77612289--77612348	17	3.3	19	77	15	65	38	3	6	51	1.45
77613147--77613181	15	2.3	15	100	0	70	31	11	17	40	1.85
77618739--77618794	19	3.3	19	67	27	61	50	3	33	12	1.58
77618739--77618802	32	2.0	32	96	0	119	51	3	32	12	1.55
77633982--77634029	25	1.9	25	95	0	87	31	27	12	29	1.93
77638112--77638153	11	3.8	11	81	9	50	69	0	0	30	0.89
77638120--77638156	17	2.1	18	95	5	67	64	0	0	35	0.94
77638207--77638261	24	2.4	24	88	8	80	38	0	0	61	0.96
77638207--77638277	29	2.6	25	80	20	81	39	0	0	60	0.97
77641403--77641452	25	2.0	25	96	0	91	26	20	24	30	1.98
77648072--77648310	50	4.7	51	78	7	211	23	26	21	29	1.99
77653044--77653068	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
77657610--77657639	15	2.0	15	93	0	51	23	40	23	13	1.90
77659960--77659999	15	2.7	15	96	3	73	70	0	5	25	1.08
77659970--77660048	26	3.0	26	78	12	81	65	2	5	26	1.26
77660709--77660742	17	1.9	18	88	5	52	79	2	11	5	1.02
77662675--77662718	6	7.3	6	92	0	70	20	18	47	13	1.82
77662832--77662871	16	2.4	17	83	8	55	77	0	15	7	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77663757--77663832	38	2.0	38	97	0	143	22	18	25	34	1.96
77663903--77663930	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
77664566--77664797	104	2.2	104	80	6	238	25	23	31	18	1.98
77672556--77672581	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
77672868--77672924	10	5.5	11	76	14	50	70	1	0	28	0.98
77672852--77672984	72	1.9	71	92	4	223	64	3	3	29	1.23
77673433--77673457	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
77673412--77673449	20	1.9	20	84	10	51	31	2	0	65	1.06
77679276--77679319	16	2.7	15	83	13	52	59	2	0	38	1.10
77680680--77680704	11	2.3	11	100	0	50	0	0	12	88	0.53
77685125--77685167	22	1.9	23	90	4	70	9	20	25	44	1.81
77685249--77685404	43	3.6	43	92	0	276	33	31	17	17	1.94
77685895--77685939	21	2.1	22	87	4	65	37	44	0	17	1.49
77686197--77686975	114	6.9	112	88	2	1112	25	27	21	25	1.99
77686197--77686976	339	2.3	341	89	2	1176	25	27	21	25	1.99
77701195--77701306	58	1.9	58	90	1	179	18	12	17	50	1.77
77711617--77711982	124	2.9	125	91	1	590	28	15	22	33	1.95
77714996--77715584	23	24.0	23	85	9	667	26	2	18	51	1.59
77714993--77715606	73	8.3	73	90	7	968	26	2	18	51	1.60
77715552--77715602	23	2.2	24	83	13	54	25	5	17	50	1.68
77715642--77715764	25	5.1	25	76	15	141	43	14	0	42	1.45
77715615--77715783	71	2.4	67	87	10	250	46	13	0	39	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77715886--77715934	21	2.3	21	86	13	66	2	24	36	36	1.67
77716190--77716229	18	2.2	18	90	0	62	40	5	30	25	1.77
77716872--77716896	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
77720555--77720664	54	2.0	54	98	0	211	37	17	25	20	1.94
77724706--77724786	40	2.0	40	97	0	153	39	8	24	27	1.84
77727189--77727220	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
77727400--77727551	43	3.6	43	80	12	172	30	26	19	23	1.98
77727381--77727538	84	1.9	84	85	7	223	29	29	19	21	1.98
77733139--77733476	50	6.8	50	78	4	326	26	13	27	33	1.93
77733179--77733456	100	2.8	99	86	4	398	26	13	26	33	1.94
77733143--77733476	150	2.2	148	83	4	404	25	13	27	33	1.93
77739425--77739460	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
77743752--77743912	83	1.9	83	92	0	268	44	6	10	38	1.66
77746899--77746963	32	2.0	32	100	0	130	27	21	21	29	1.99
77750434--77750472	6	6.5	6	87	0	51	0	23	0	76	0.78
77750829--77750946	59	2.0	59	100	0	236	42	20	8	28	1.81
77751596--77751637	15	2.7	16	79	13	52	57	0	2	40	1.12
77755123--77755216	37	2.5	38	78	15	97	48	1	13	36	1.50
77757157--77758015	44	19.5	45	72	11	276	30	27	15	26	1.96
77757213--77758031	351	2.3	353	90	1	1290	29	27	15	27	1.96
77757213--77758365	132	8.7	132	91	1	1410	29	26	16	27	1.97
77768335--77768376	15	2.7	16	77	7	50	52	0	9	38	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77769577--77769670	37	2.5	38	78	15	97	48	1	13	36	1.50
77771100--77771151	14	3.8	13	82	14	61	69	0	1	28	0.99
77771108--77771151	3	14.3	3	84	13	54	68	0	2	29	1.02
77771108--77771151	23	1.9	23	86	9	63	68	0	2	29	1.02
77775438--77775911	41	11.6	41	97	1	864	31	22	19	26	1.98
77783361--77783506	41	3.6	41	92	5	226	29	25	19	26	1.98
77785455--77785598	60	2.4	60	80	12	145	54	8	3	33	1.47
77785713--77785785	29	2.7	26	77	12	69	57	6	4	31	1.44
77785972--77786021	22	2.3	22	74	19	52	56	2	8	34	1.40
77790234--77790263	6	5.0	6	100	0	60	0	16	66	16	1.25
77794270--77794294	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
77794802--77794866	30	2.2	31	83	5	80	46	0	4	49	1.22
77794799--77794867	29	2.3	30	76	11	70	46	0	4	49	1.21
77796610--77796640	5	6.2	5	100	0	62	38	19	19	22	1.93
77797554--77797584	9	3.4	9	90	0	53	32	9	12	45	1.75
77800382--77800411	14	2.1	15	93	6	53	3	23	0	73	0.98
77800431--77800463	16	2.1	16	94	0	57	3	15	6	75	1.11
77800489--77800544	3	18.7	3	78	14	62	62	0	0	37	0.95
77800489--77800545	17	3.4	17	92	7	89	61	0	0	38	0.96
77800495--77800556	17	3.5	17	73	16	54	58	1	0	40	1.08
77802607--77802715	26	4.2	26	93	0	191	33	7	23	35	1.83
77806369--77806432	33	1.9	33	83	0	83	23	1	23	51	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77806428--77806592	19	8.5	19	73	6	71	27	10	20	41	1.84
77806441--77806527	39	2.3	38	84	6	104	27	6	20	44	1.77
77807070--77807384	87	3.6	86	83	8	374	38	17	8	35	1.81
77809222--77809278	19	2.9	20	78	5	71	64	0	8	26	1.22
77811170--77811406	92	2.6	90	82	4	276	36	12	16	34	1.86
77811143--77811406	91	2.8	91	80	5	287	37	12	16	34	1.86
77811566--77811603	20	1.9	19	89	5	58	31	2	13	52	1.54
77812629--77812655	6	4.5	6	100	0	54	33	18	0	48	1.49
77812621--77812655	18	1.9	18	88	0	52	31	20	2	45	1.65
77829164--77829202	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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