genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  154  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51928542--51928804	40	6.6	40	87	3	325	26	27	20	24	1.99
51932322--51932403	26	3.2	25	70	17	78	20	23	23	32	1.98
51950884--51950918	17	2.0	17	88	5	52	17	11	37	34	1.85
51952803--51952934	40	3.3	40	78	13	135	23	12	27	36	1.91
51970601--51970731	40	3.3	40	80	6	122	22	15	29	33	1.94
51970621--51970731	40	2.8	40	79	6	125	23	14	27	34	1.94
51974385--51974411	11	2.5	11	100	0	54	29	0	18	51	1.46
51975625--51975699	21	3.4	21	67	16	53	22	13	24	40	1.90
51978857--51978886	12	2.6	12	94	5	53	6	0	33	60	1.23
51980642--51980668	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
51982344--51982805	153	3.0	153	93	5	774	25	27	17	29	1.97
51986883--51986919	12	3.2	12	96	3	67	16	24	0	59	1.37
51989814--51989985	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
51989807--51989982	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
51994170--51994206	12	3.2	12	96	3	67	16	24	0	59	1.37
51998737--51999718	43	23.3	43	93	3	1549	38	25	19	17	1.93
52006259--52006554	41	7.1	41	87	4	416	35	25	19	19	1.95
52006259--52006555	84	3.6	81	87	5	400	35	25	19	19	1.95
52006542--52006566	12	2.1	12	100	0	50	36	32	16	16	1.90
52006501--52006607	53	2.0	53	94	0	187	35	26	18	19	1.95
52006554--52007476	41	22.5	41	92	0	1415	36	25	18	20	1.95
52006465--52006648	94	2.0	94	92	0	305	34	25	19	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52011426--52011457	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
52012418--52012529	27	4.1	27	81	10	122	38	22	22	16	1.93
52025114--52025256	40	3.6	40	93	3	227	23	23	27	25	2.00
52031776--52031801	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
52033178--52033303	40	3.2	40	92	3	202	23	23	26	26	2.00
52035641--52035701	30	2.0	30	96	0	113	22	29	21	26	1.99
52048371--52048422	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
52056174--52056380	43	4.9	42	84	2	270	30	17	24	27	1.97
52056184--52056380	85	2.3	85	100	0	394	30	18	23	27	1.98
52058805--52058832	14	2.0	14	100	0	56	21	0	14	64	1.29
52063109--52063206	40	2.5	39	83	1	115	34	19	16	29	1.94
52063258--52063396	40	3.5	40	75	5	138	29	23	19	27	1.98
52063784--52063975	7	26.9	7	70	13	79	19	1	34	44	1.58
52063842--52063974	43	3.1	43	75	6	110	19	0	34	45	1.51
52064533--52064681	72	2.1	73	83	5	187	10	34	4	49	1.58
52065158--52065213	28	2.0	28	89	0	85	19	21	10	48	1.79
52065382--52065427	21	2.2	21	96	0	83	23	26	8	41	1.83
52068655--52068758	23	4.5	23	85	0	154	36	2	18	42	1.65
52068655--52068758	46	2.3	46	91	0	172	36	2	18	42	1.65
52069276--52069357	42	2.0	42	82	4	103	29	13	25	31	1.94
52069241--52069529	43	6.8	42	78	6	217	25	12	28	33	1.92
52069325--52069529	86	2.4	86	81	0	248	24	12	27	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52070136--52070201	28	2.4	28	79	5	71	22	28	13	34	1.92
52070284--52070329	19	2.6	18	82	6	58	19	39	21	19	1.93
52070441--52070486	24	1.9	24	90	0	74	10	17	19	52	1.74
52074685--52074768	28	3.0	27	74	10	71	28	28	15	27	1.96
52074826--52074872	18	2.6	18	83	6	60	19	34	21	25	1.96
52076471--52076596	27	4.7	27	81	5	121	19	15	23	42	1.89
52076498--52076602	53	2.0	54	86	1	149	18	16	21	43	1.87
52077577--52077641	28	2.3	27	74	7	67	27	23	23	26	2.00
52077991--52078127	27	5.1	27	84	6	154	20	17	20	41	1.90
52078019--52078121	54	1.9	52	92	3	170	19	17	18	44	1.87
52079587--52079710	23	5.3	23	72	13	83	24	22	18	34	1.96
52079612--52079717	23	4.6	23	71	14	85	25	20	18	34	1.96
52082744--52082783	21	2.0	20	85	14	55	50	12	0	37	1.41
52095327--52095351	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
52096089--52096275	50	3.9	48	77	7	191	27	18	30	23	1.98
52096098--52096274	96	1.8	98	84	6	243	25	18	30	24	1.98
52102355--52102379	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
52103085--52103343	47	5.5	45	75	13	186	26	18	30	24	1.98
52105063--52105431	48	7.8	46	73	10	212	28	19	27	24	1.98
52105066--52105381	49	6.7	48	74	11	222	29	20	26	23	1.99
52105113--52105378	142	1.9	140	84	6	358	28	19	27	24	1.99
52107091--52107136	24	2.0	23	83	8	58	15	30	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52108311--52108368	26	2.2	27	84	9	84	39	10	27	22	1.86
52114108--52114438	181	1.8	181	85	1	466	35	17	7	38	1.79
52116659--52116695	18	2.1	18	100	0	74	16	16	27	40	1.89
52118528--52118863	180	1.9	178	88	3	505	33	21	8	37	1.83
52119413--52119630	50	4.3	50	80	3	258	27	25	19	26	1.99
52120295--52120396	30	3.4	30	86	6	143	50	12	16	20	1.78
52120295--52120396	6	16.8	6	73	17	86	50	12	16	20	1.78
52120355--52120415	25	2.4	25	100	0	122	45	11	22	19	1.82
52120533--52120598	27	2.5	27	76	11	73	37	21	22	18	1.94
52120771--52120829	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
52121170--52121365	27	7.3	27	83	0	221	24	19	19	36	1.95
52121370--52121859	27	18.2	27	82	2	538	41	9	21	27	1.84
52123875--52124018	6	23.8	6	73	17	120	48	14	15	20	1.81
52123901--52124043	67	2.1	67	94	2	252	48	16	14	20	1.81
52124161--52124226	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
52124161--52124234	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
52124185--52124242	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
52124399--52124457	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
52124545--52124627	27	3.1	26	84	5	94	37	22	20	19	1.94
52124828--52125020	54	3.6	54	85	1	253	27	20	16	35	1.94
52124828--52125020	27	7.1	27	82	1	217	27	20	16	35	1.94
52125030--52125485	27	17.1	27	78	9	463	39	9	23	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52125029--52125366	134	2.5	134	82	8	337	40	9	22	28	1.84
52125030--52125485	107	4.3	107	84	9	549	39	9	23	27	1.85
52125323--52125413	47	1.9	47	97	0	173	40	9	25	24	1.85
52125302--52125439	74	1.9	74	86	6	199	39	10	25	24	1.86
52125370--52125514	53	2.7	54	86	5	170	36	9	24	28	1.87
52126357--52126575	50	4.3	50	81	4	244	31	24	17	26	1.97
52150861--52150984	55	2.3	55	81	5	144	20	23	26	29	1.99
52155466--52155497	13	2.5	13	100	0	64	21	31	0	46	1.52
52161323--52161365	22	2.0	22	100	0	86	32	23	6	37	1.82
52162604--52162947	50	6.8	50	75	6	318	29	25	18	26	1.98
52162661--52162939	101	2.8	101	88	2	391	29	24	19	26	1.98
52162604--52162947	151	2.3	150	80	5	390	29	25	18	26	1.98
52164313--52164337	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
52170701--52170725	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
52173159--52173245	11	7.5	11	74	14	61	16	5	2	75	1.09
52173159--52173245	6	15.0	6	75	9	56	16	5	2	75	1.09
52176158--52176182	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
52178041--52178067	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
52195522--52195699	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
52195523--52195678	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
52195519--52195699	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
52204023--52204126	27	3.9	27	78	5	122	42	9	23	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52205704--52205846	69	2.1	69	92	2	234	30	22	11	34	1.90
52207671--52207902	40	5.8	41	86	3	312	24	21	28	25	1.99
52207671--52207922	120	2.1	119	86	2	353	24	21	28	26	1.99
52207671--52207902	80	2.9	80	90	1	358	24	21	28	25	1.99
52214881--52214933	10	5.2	11	78	19	53	69	1	0	28	0.99
52214824--52214912	46	1.9	46	82	8	110	65	2	1	31	1.12
52214881--52214966	20	4.4	20	77	10	81	63	2	2	31	1.19
52214871--52215005	28	4.8	29	71	16	99	63	2	2	31	1.21
52214870--52214987	9	13.2	8	68	23	51	65	1	3	29	1.19
52214898--52214966	19	3.6	18	73	11	66	62	2	2	31	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235