genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76480869--76480910	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
76484572--76484600	6	4.8	6	100	0	58	31	0	68	0	0.89
76488195--76488224	12	2.6	12	94	5	53	50	0	0	50	1.00
76497255--76497306	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
76497130--76497781	120	5.4	120	97	0	1200	41	2	5	50	1.38
76497374--76497425	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
76497494--76497545	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
76497130--76497781	239	2.7	240	97	0	1200	41	2	5	50	1.38
76497605--76497646	16	2.6	17	81	7	52	40	0	0	59	0.97
76497911--76498015	44	2.5	40	76	18	115	32	29	3	34	1.76
76497909--76498017	45	2.6	44	81	11	131	32	29	4	33	1.78
76497997--76498045	16	3.1	16	90	0	80	24	36	4	34	1.75
76498516--76498579	24	2.7	24	85	9	87	32	21	31	14	1.93
76500628--76500668	20	2.0	21	85	4	57	53	0	0	46	1.00
76508053--76508096	22	2.0	22	86	8	63	70	9	4	15	1.30
76514624--76514692	34	2.0	34	94	0	120	46	8	5	39	1.59
76514709--76514863	13	11.8	13	82	6	179	53	7	5	34	1.50
76514709--76514847	40	3.5	40	88	3	185	51	7	5	35	1.53
76514661--76514863	53	3.9	52	82	5	212	50	7	6	35	1.56
76516921--76516969	26	1.9	25	84	12	64	57	6	4	32	1.42
76519652--76519749	25	4.0	24	80	11	108	31	22	23	22	1.98
76526015--76526075	31	2.0	31	96	0	113	34	11	22	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76533164--76533203	9	4.4	9	81	12	55	65	0	2	32	1.06
76533467--76533502	18	2.1	17	89	5	54	27	16	11	44	1.82
76535170--76535285	46	2.6	45	93	4	191	32	14	23	29	1.94
76535963--76536057	9	11.2	9	72	24	57	37	3	0	58	1.14
76535959--76536029	26	2.6	28	76	17	78	42	2	0	54	1.14
76535892--76536058	75	2.2	76	80	5	187	36	1	2	59	1.21
76536180--76536217	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
76536268--76536307	21	1.9	21	84	0	53	42	0	0	57	0.98
76536266--76536325	21	2.9	21	75	7	52	41	0	1	56	1.09
76546417--76546452	5	7.2	5	93	0	63	38	22	0	38	1.54
76561071--76561367	50	5.8	50	81	3	301	28	21	27	23	1.99
76563414--76563474	30	2.0	31	87	3	88	42	0	37	19	1.52
76563573--76563634	30	2.0	31	87	3	90	32	0	46	20	1.51
76564813--76564941	66	2.0	66	98	0	249	27	36	17	18	1.94
76565060--76565207	57	2.5	60	86	9	214	21	26	22	29	1.99
76576537--76576582	20	2.3	20	85	3	58	41	4	0	54	1.20
76576613--76576645	15	2.2	15	89	10	50	60	9	0	30	1.27
76581177--76581227	26	2.0	26	96	0	93	27	9	11	50	1.70
76590179--76590203	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
76596584--76596661	38	2.1	38	95	0	120	48	8	8	33	1.66
76600688--76600723	9	4.0	9	92	0	63	47	0	22	30	1.52
76604599--76604638	20	2.0	19	85	9	53	62	2	0	35	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76611288--76611321	6	5.7	6	89	0	50	38	8	20	32	1.84
76636427--76636473	19	2.4	19	85	7	58	31	2	4	61	1.27
76636423--76636474	20	2.5	21	81	12	63	34	1	3	59	1.27
76638447--76638484	20	1.9	20	84	10	51	71	7	10	10	1.32
76653123--76653189	27	2.5	27	87	0	89	22	28	10	38	1.87
76653144--76653208	27	2.4	27	84	5	78	26	29	10	33	1.90
76653286--76653423	27	5.2	26	72	3	96	20	25	13	40	1.89
76653296--76653423	53	2.4	53	85	3	159	20	25	14	39	1.90
76656368--76656409	20	2.2	20	86	4	59	80	4	2	11	0.95
76657992--76658045	22	2.5	23	77	19	62	25	7	1	64	1.30
76662864--76662902	18	2.2	18	95	0	69	43	0	2	53	1.14
76662888--76662939	18	2.8	18	77	14	52	38	1	0	59	1.08
76663002--76663057	29	2.0	30	82	10	73	32	5	7	55	1.50
76674676--76674700	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
76678689--76678753	28	2.3	29	75	17	73	36	1	9	52	1.43
76683470--76683605	49	2.8	47	79	7	137	26	13	33	27	1.93
76688877--76688920	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
76689068--76689208	43	3.3	43	77	0	111	27	28	22	21	1.99
76689129--76689229	43	2.3	43	81	0	112	28	32	17	20	1.96
76689556--76689648	21	4.4	21	86	0	123	9	45	12	32	1.75
76689654--76689779	66	1.9	66	84	9	168	18	24	16	40	1.90
76691949--76691981	16	2.1	16	94	0	57	30	0	21	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76691950--76692220	9	31.2	9	65	16	117	29	3	21	45	1.68
76692032--76692105	34	2.2	34	85	0	94	33	1	20	44	1.60
76691966--76692109	25	5.7	26	74	10	93	31	2	22	43	1.65
76692068--76692198	63	2.1	62	92	4	219	27	3	22	45	1.69
76692044--76692191	34	4.5	33	73	13	144	29	3	22	45	1.68
76692732--76692758	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
76695997--76696084	7	11.9	7	68	11	50	29	45	1	23	1.60
76696005--76696077	16	4.8	16	75	14	82	30	43	1	24	1.63
76695989--76696085	22	4.3	22	71	14	90	30	44	1	23	1.60
76696004--76696084	30	2.7	30	80	5	101	29	44	1	24	1.62
76695985--76696102	45	2.6	46	77	7	109	32	42	0	24	1.61
76697064--76697158	41	2.3	42	80	7	115	36	26	13	23	1.92
76697510--76697625	43	2.7	43	90	0	178	25	34	16	23	1.95
76707322--76707360	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
76707874--76707910	15	2.3	16	86	13	58	24	10	5	59	1.52
76707879--76707910	15	2.1	15	100	0	64	25	6	6	62	1.42
76707883--76707918	15	2.5	15	90	4	56	27	5	11	55	1.57
76710776--76710802	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
76711927--76712121	44	4.4	45	80	2	223	27	27	15	29	1.96
76711925--76712121	89	2.2	89	90	0	313	27	26	15	29	1.96
76712104--76712757	132	5.0	130	89	2	948	27	23	18	30	1.98
76712016--76712901	396	2.2	399	76	11	1013	27	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76712017--76712892	264	3.3	261	77	10	758	27	23	18	30	1.97
76712808--76713202	44	8.9	44	73	6	312	27	24	17	31	1.97
76712808--76713251	89	5.0	89	91	1	656	27	23	16	31	1.97
76713357--76713524	44	3.8	45	67	13	107	28	21	17	32	1.96
76713269--76713598	132	2.5	131	85	2	455	28	22	18	30	1.97
76715769--76715809	20	2.0	20	90	9	66	65	4	14	14	1.42
76717793--76717832	19	2.0	20	85	4	55	47	10	20	22	1.79
76718280--76718315	17	2.1	17	89	0	54	44	22	16	16	1.86
76720258--76720302	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
76721083--76721127	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
76720104--76721754	825	2.0	825	100	0	3302	38	17	17	27	1.92
76729755--76729809	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
76729947--76730041	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
76730022--76730073	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
76730931--76731056	19	6.7	19	64	18	66	63	1	1	33	1.13
76730968--76731037	26	2.6	27	82	17	83	67	2	0	30	1.05
76730926--76731048	37	3.3	38	74	18	98	62	1	1	34	1.15
76731031--76731099	30	2.4	28	76	9	75	57	7	0	34	1.26
76731080--76731195	8	13.0	8	67	22	54	65	2	2	29	1.19
76731135--76731198	10	6.7	10	77	12	64	70	1	1	26	1.05
76731135--76731196	19	3.3	19	78	14	67	70	1	1	25	1.05
76731132--76731198	28	2.4	28	82	12	84	68	1	1	28	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76731073--76731198	18	6.9	17	70	16	58	65	3	2	29	1.21
76731773--76731848	10	7.9	10	74	10	61	35	2	3	57	1.31
76731773--76731947	9	18.7	9	68	14	88	35	2	3	58	1.30
76731772--76731847	29	2.7	29	80	12	86	34	3	3	57	1.35
76731953--76731993	18	2.3	19	80	20	52	31	0	0	68	0.90
76735451--76735488	11	3.4	11	96	3	67	15	36	0	47	1.46
76736680--76736704	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
76737801--76737899	44	2.2	44	83	3	119	40	0	12	47	1.41
76737813--76737899	44	2.0	45	86	2	122	39	0	12	48	1.41
76737907--76738061	23	6.5	23	74	17	93	45	27	0	26	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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