Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  9  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2449301--2449341
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2.1
20
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2.0
80
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1.82
2457674--2457742
30
2.3
30
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0
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4
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1.61
2458602--2458651
15
3.6
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10
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54
6
20
20
1.65
2458464--2458713
103
2.4
104
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4
315
39
18
15
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1.91
2458782--2458816
14
2.5
14
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20
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33
18
17
30
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2.0
86
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2
275
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2471415--2471482
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3.0
22
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16
22
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2
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2.0
17
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6
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0
50
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0
0
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1.00
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2.0
24
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32
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11
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55
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2
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0
0
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5
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1.25
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25
2.0
25
84
4
64
63
8
0
28
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2518581--2518645
25
2.9
23
80
15
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66
7
0
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1.19
2518607--2518645
19
2.0
20
90
5
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2.2
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23
2.7
24
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4
4
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2532018--2532067
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3
82
38
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6
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1.45
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16
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0
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0
9
3
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2.1
28
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0
109
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8
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1.74
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31
2.3
31
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2.0
15
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20
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1.97
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2.0
46
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31
1.9
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27
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3.1
50
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2.0
92
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15
17
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1.90
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159
1.9
159
85
4
416
38
17
14
29
1.90
2542373--2542559
94
2.0
94
87
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270
37
16
16
29
1.90
2545102--2545143
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2.3
18
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0
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0
9
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19
2.0
19
94
0
67
31
23
10
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25
1.9
25
82
0
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35
16
10
37
1.83
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19
2.8
19
91
5
81
40
0
11
48
1.40
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2.0
32
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3
85
40
12
9
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1.75
2561393--2561514
61
2.0
61
100
0
244
39
16
13
31
1.87
2563557--2563931
3
127.7
3
72
9
193
29
7
2
60
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2563943--2563985
12
3.6
11
84
9
50
18
6
2
72
1.19
2563952--2563990
12
3.2
12
82
13
53
17
5
5
71
1.23
2569632--2569737
48
2.2
48
93
0
176
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5
27
33
1.80
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1.9
37
94
0
126
22
20
34
22
1.97
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1.9
54
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4
136
42
20
24
12
1.86
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44
4.8
43
71
8
159
29
19
23
27
1.98
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44
3.3
44
88
1
202
25
26
24
23
2.00
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1.8
139
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31
20
19
27
1.97
2575127--2575272
44
3.3
42
82
9
150
30
21
23
24
1.99
2576763--2576975
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3
69
13
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8
2
56
1.44
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18
1.9
18
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0
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100
0
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12
51
25
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1.70
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2.8
21
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0
100
32
1
0
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1.02
2586468--2586528
3
20.3
3
80
12
72
32
1
0
65
1.02
2586773--2586851
3
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3
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16
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1
3
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1.17
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15
2.2
16
89
5
52
32
2
0
64
1.08
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11
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0
0
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2
28
1.22
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19
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19
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0
101
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9
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2.0
35
100
0
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22
8
19
1.75
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15
2.6
16
84
4
55
75
20
0
5
0.99
2606968--2607008
21
1.9
22
90
5
66
29
14
7
48
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2608933--2608998
33
2.0
34
85
8
91
37
10
7
43
1.68
2610843--2610873
2
15.5
2
93
0
53
48
0
51
0
1.00
2612706--2612739
16
2.1
16
89
10
52
64
5
14
14
1.46
2613331--2613480
21
7.1
21
70
3
113
16
23
16
43
1.87
2613330--2613507
42
4.2
42
89
0
257
16
23
16
43
1.87
2615104--2615155
18
3.0
18
81
10
56
51
0
1
46
1.12
2617847--2617880
15
2.2
16
89
5
52
32
0
0
67
0.91
2617945--2617988
16
2.9
15
80
12
54
50
0
2
47
1.13
2618785--2618833
3
16.3
3
95
0
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34
10
0
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1.34
2618888--2618939
6
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6
93
0
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15
17
1
1.36
2619331--2619392
22
2.8
22
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4
63
40
16
27
16
1.89
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100
0
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0
0
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20
2.8
20
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10
62
69
3
3
23
1.20
2639120--2639170
21
2.4
21
80
6
50
54
9
1
33
1.44
2639136--2639164
15
1.9
15
100
0
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0
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24
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59
4
2
34
1.29
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16
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15
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0
40
1.12
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64
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63
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4
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3
3
36
1.36
2640219--2640253
14
2.4
15
95
4
63
62
5
2
28
1.32
2644827--2644910
28
3.0
28
89
1
123
19
3
29
47
1.66
2644831--2644924
28
3.6
24
76
18
82
15
4
32
46
1.66
2645115--2645221
21
5.0
23
81
11
111
14
21
26
38
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2646303--2646489
46
3.9
48
75
15
163
25
15
28
29
1.96
2651699--2651775
40
1.9
40
91
0
127
36
35
14
14
1.86
2653425--2653472
19
2.5
19
83
12
62
10
12
0
77
1.00
2653421--2653475
27
2.0
27
86
10
76
10
12
0
76
1.02
2656379--2656417
20
2.0
20
100
0
78
30
7
10
51
1.64
2659432--2659518
21
4.0
23
77
11
83
16
21
24
37
1.93
2659444--2659493
21
2.3
22
93
6
84
12
26
28
34
1.92
2660700--2660724
11
2.3
11
100
0
50
40
8
24
28
1.83
2665719--2665762
21
2.1
21
95
0
79
38
2
22
36
1.67
2671889--2671945
29
1.9
30
89
3
89
29
15
12
42
1.84
2673856--2673961
37
2.8
38
77
16
105
50
0
13
34
1.47
2674316--2674377
20
3.2
20
75
15
58
59
1
4
33
1.28
2674347--2674388
20
2.1
21
86
8
61
61
4
2
30
1.29
2674332--2674442
15
7.9
14
70
19
72
56
1
4
36
1.30
2674768--2674819
3
17.3
3
76
7
52
61
7
0
30
1.24
2674779--2674807
15
1.9
15
100
0
58
55
10
0
34
1.34
2674768--2674810
9
4.7
9
85
2
59
58
9
0
32
1.30
2675284--2675319
11
3.2
12
88
11
58
47
0
52
0
1.00
2675428--2675494
8
8.2
8
74
12
57
17
0
2
79
0.86
2675428--2675458
11
2.8
11
100
0
62
9
0
0
90
0.46
2675427--2675493
19
3.5
19
74
8
73
17
0
2
79
0.86
2675427--2675493
11
5.9
11
73
13
55
17
0
2
79
0.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2675449--2675500
27
1.9
27
84
0
68
23
0
5
71
1.07
2676977--2677032
26
2.2
26
81
9
62
60
1
1
35
1.17
2677504--2677552
24
2.1
23
81
11
55
26
2
8
63
1.34
2677822--2677873
15
3.2
15
73
19
50
44
0
1
53
1.11
2677943--2677988
22
2.1
22
84
8
58
52
0
0
47
1.00
2678056--2678086
10
3.2
10
90
9
55
45
0
0
54
0.99
2678341--2678378
13
2.9
13
85
11
51
39
2
0
57
1.12
2678582--2678627
19
2.5
19
82
3
67
50
10
0
39
1.38
2685905--2685988
42
2.0
42
97
0
159
16
20
11
51
1.76
2691984--2692163
46
3.8
49
76
14
182
28
29
20
21
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235