genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21429638--21429720	31	2.7	31	92	3	134	27	18	25	28	1.98
21432063--21432154	27	3.4	27	84	0	112	28	20	7	43	1.79
21432189--21432284	27	3.6	27	77	9	115	42	21	7	28	1.79
21432206--21432310	54	1.9	54	84	3	140	43	19	7	29	1.78
21432294--21432372	27	2.9	27	83	11	81	39	15	10	35	1.81
21433298--21433367	25	2.8	25	91	0	104	27	24	24	24	2.00
21433298--21433394	25	4.0	24	81	10	83	28	22	22	25	1.99
21433587--21433670	31	2.8	31	87	3	127	28	16	26	28	1.97
21439429--21439712	96	2.9	94	79	5	255	31	18	23	26	1.98
21439429--21439669	48	5.0	47	76	9	209	31	19	23	26	1.98
21439436--21439712	144	1.9	144	79	8	314	31	19	23	25	1.98
21444111--21444162	25	2.1	25	100	0	104	42	19	19	19	1.90
21444111--21444171	25	2.4	25	91	5	88	40	19	21	18	1.91
21445169--21445287	55	2.2	55	84	0	148	28	28	25	17	1.98
21451352--21451405	27	2.0	27	85	7	74	38	9	14	37	1.79
21451638--21451818	49	3.7	49	80	4	229	26	18	25	29	1.98
21451640--21451833	99	2.0	100	90	1	309	27	19	23	28	1.98
21454326--21454368	22	1.9	23	90	4	70	23	48	2	25	1.62
21454435--21454478	21	2.1	21	83	8	54	36	15	25	22	1.94
21465188--21465360	46	3.8	45	78	7	177	28	29	20	21	1.98
21465195--21465366	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.99
21465196--21465382	46	4.0	45	71	19	134	28	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21471331--21471355	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
21476383--21476640	27	9.6	27	96	0	446	29	29	15	25	1.96
21483744--21483891	57	2.6	58	73	7	140	31	18	18	31	1.95
21496149--21496192	20	2.2	20	87	0	61	36	31	4	27	1.77
21496278--21496398	43	2.9	42	83	8	149	28	25	16	29	1.97
21499704--21499836	70	1.9	70	87	0	194	27	13	24	35	1.93
21505978--21506148	92	1.8	94	83	5	231	22	30	19	26	1.98
21510177--21510326	41	3.6	41	75	10	144	22	21	27	28	1.99
21515346--21515450	53	2.0	53	86	3	149	20	26	14	38	1.91
21521639--21521961	163	2.0	163	91	1	531	32	28	13	25	1.93
21526550--21526659	31	3.5	31	93	0	184	29	26	16	28	1.97
21526683--21526774	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
21526919--21527015	26	3.8	26	93	1	162	25	23	24	25	2.00
21526919--21527015	51	1.9	51	95	4	178	25	23	24	25	2.00
21527065--21527139	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
21527065--21527120	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
21527082--21527138	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
21527838--21527915	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
21527956--21528007	27	1.9	27	88	7	79	34	13	13	38	1.84
21530071--21530115	20	2.2	20	84	0	54	46	2	13	37	1.55
21534127--21534157	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
21534124--21534163	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21534236--21534280	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
21534447--21534594	55	2.7	56	81	6	178	21	25	16	36	1.94
21541110--21541222	43	2.7	42	76	4	102	29	25	15	29	1.96
21547023--21547060	19	2.0	20	89	5	60	21	23	36	18	1.95
21548047--21548167	42	2.9	42	76	7	120	31	23	15	29	1.95
21548047--21548163	43	2.8	41	76	7	108	31	23	15	29	1.95
21558831--21558910	23	3.5	23	94	0	142	12	28	33	25	1.92
21563598--21563677	23	3.5	23	94	0	142	12	28	33	25	1.92
21579478--21579538	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
21584703--21584759	27	2.1	27	100	0	114	19	15	17	47	1.83
21605399--21605576	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21605420--21605575	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21616684--21616723	20	2.0	21	95	5	73	37	5	0	57	1.21
21616687--21616732	20	2.2	21	84	3	58	47	4	0	47	1.21
21623375--21623552	27	6.6	26	83	6	187	26	15	28	29	1.96
21623376--21623531	82	1.9	81	88	3	233	26	16	28	29	1.96
21623372--21623552	82	2.2	81	83	2	229	26	16	27	29	1.96
21623457--21623563	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
21631411--21631587	27	6.5	26	81	6	158	25	16	28	29	1.97
21631411--21631566	82	1.9	81	85	3	215	25	16	28	28	1.97
21631407--21631587	82	2.2	81	81	2	211	25	16	28	29	1.97
21647781--21647968	49	3.8	49	79	2	223	26	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21647778--21647963	100	1.9	100	93	0	318	25	20	25	27	1.99
21664675--21665746	536	2.0	536	98	0	2072	33	12	22	30	1.92
21666333--21667589	629	2.0	629	99	0	2478	32	10	23	32	1.90
21668744--21668929	47	4.0	47	89	0	264	33	11	29	25	1.91
21670549--21670582	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
21672124--21672191	24	2.8	24	75	2	64	19	26	13	41	1.88
21673441--21673521	12	6.8	12	81	5	92	29	25	35	8	1.86
21690436--21690470	18	1.9	18	94	0	61	17	22	17	42	1.88
21690439--21690482	18	2.4	18	84	0	52	20	22	20	36	1.95
21697571--21697649	38	2.1	38	100	0	158	39	12	16	31	1.86
21698834--21698880	19	2.5	19	92	0	76	44	10	19	25	1.82
21701291--21701478	49	3.8	48	80	6	223	28	26	18	26	1.98
21701296--21701483	100	1.9	100	94	2	333	28	26	19	25	1.99
21712875--21712935	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
21714106--21714140	18	2.0	17	94	0	52	45	2	34	14	1.59
21722094--21722277	40	4.6	39	80	9	194	25	22	27	24	2.00
21722146--21722310	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
21729240--21729295	28	2.0	28	82	6	69	55	3	7	33	1.45
21729266--21729398	53	2.6	52	89	4	198	45	1	9	44	1.44
21729266--21729398	18	7.6	18	71	9	105	45	1	9	44	1.44
21729480--21729534	22	2.6	22	80	8	71	63	5	3	27	1.33
21745704--21745867	42	3.8	42	75	3	139	28	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21763635--21763965	48	6.9	48	75	5	260	27	18	28	25	1.98
21763645--21763965	144	2.2	143	79	3	333	28	19	28	24	1.98
21778680--21778800	1	121.0	1	100	0	242	0	0	0	100	0.00
21788695--21788946	48	5.2	48	76	7	208	26	17	30	24	1.97
21788695--21788946	96	2.6	96	80	3	267	26	17	30	24	1.97
21794667--21794965	147	2.0	147	90	2	467	38	11	14	34	1.83
21821655--21821838	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
21821655--21821838	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
21821707--21821871	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
21830944--21831097	40	3.8	40	98	0	290	20	24	29	25	1.99
21842241--21842382	40	3.6	40	88	2	198	27	26	22	23	1.99
21842270--21842396	40	3.2	40	93	2	202	28	27	22	21	1.99
21848561--21848818	40	6.5	40	90	2	378	24	27	22	24	2.00
21861954--21862098	43	3.4	42	81	10	152	33	28	16	21	1.95
21862740--21862779	17	2.3	18	91	4	64	62	7	5	25	1.42
21865199--21865264	27	2.4	27	84	0	87	22	16	19	40	1.91
21865213--21865272	27	2.2	27	81	0	66	23	18	18	40	1.92
21868454--21868497	16	2.8	15	79	6	52	56	15	20	6	1.62
21869065--21869123	27	2.2	27	90	0	91	16	18	23	40	1.91
21875492--21875699	67	3.2	64	74	10	170	32	16	27	23	1.96
21883900--21884157	40	6.5	39	86	4	263	26	20	27	24	1.99
21883906--21884157	80	3.2	80	87	2	339	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21885684--21885885	100	2.0	100	100	0	404	33	14	18	33	1.92
21895021--21895066	23	2.0	23	84	16	60	43	19	13	23	1.86
21895101--21895217	27	4.3	26	82	10	121	21	18	19	40	1.92
21895128--21895257	27	4.8	27	75	8	86	26	16	19	36	1.93
21895128--21895257	54	2.4	53	78	6	136	26	16	19	36	1.93
21895209--21895273	27	2.4	27	89	0	94	35	13	12	38	1.83
21896605--21896648	12	3.7	11	80	14	52	20	50	0	29	1.49
21899119--21899159	21	1.9	23	85	14	61	51	12	24	12	1.73
21900050--21900109	15	4.1	15	77	12	61	78	3	5	13	1.04
21900050--21900099	16	3.1	17	83	11	61	76	2	6	16	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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