genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   

This is table  194  of  235  ( 28198 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66031064--66031168	53	2.0	53	88	0	156	38	19	21	20	1.94
66032913--66033036	47	2.6	48	82	7	146	23	28	18	29	1.98
66040751--66040980	40	5.7	41	92	2	353	26	27	22	23	1.99
66042759--66042785	12	2.2	12	100	0	54	14	18	33	33	1.92
66063595--66063654	25	2.4	25	88	2	95	38	5	10	46	1.59
66063898--66063941	23	1.9	23	85	0	61	45	18	11	25	1.82
66064583--66064612	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
66066543--66066615	31	2.4	31	90	2	112	46	6	19	27	1.75
66069032--66069080	23	2.1	23	88	0	71	20	24	24	30	1.98
66072705--66072971	48	5.6	48	78	4	252	26	18	30	24	1.98
66076642--66076687	19	2.4	19	100	0	92	34	17	15	32	1.91
66079289--66079542	40	6.3	41	86	1	277	25	20	25	28	1.99
66079303--66079578	120	2.3	119	83	4	326	24	20	26	28	1.99
66084782--66084818	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
66101385--66101489	29	3.7	29	91	3	151	31	33	13	21	1.92
66101495--66101616	40	3.1	40	89	3	176	27	28	21	22	1.99
66101689--66101764	29	2.7	29	85	6	93	31	32	14	21	1.93
66101770--66101886	40	3.0	40	87	3	166	26	27	22	23	2.00
66103374--66103448	25	3.1	25	65	18	59	32	28	5	34	1.80
66113287--66113510	40	5.7	40	85	8	266	25	22	27	25	2.00
66113287--66113510	79	2.8	80	84	9	287	25	22	27	25	2.00
66113287--66113543	79	3.3	79	81	10	217	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66120967--66121083	59	2.0	59	86	0	162	35	8	18	37	1.82
66122135--66122400	46	5.7	46	71	16	208	22	19	26	30	1.98
66122132--66122395	93	2.8	93	89	1	413	22	19	27	30	1.98
66122181--66122349	47	3.6	47	74	10	184	23	18	27	30	1.98
66131721--66131984	132	2.0	132	99	0	519	33	21	15	29	1.94
66132824--66133029	40	5.2	40	91	1	308	27	25	22	24	2.00
66134391--66134416	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
66139194--66139220	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
66139703--66139853	27	5.6	27	82	1	167	26	16	27	29	1.97
66139702--66139850	55	2.7	55	83	2	167	26	16	26	30	1.97
66141504--66141615	56	2.0	56	98	0	215	36	14	7	41	1.73
66146338--66146432	43	2.2	43	80	10	106	35	22	13	28	1.92
66150041--66150148	54	2.0	54	92	0	180	25	36	16	21	1.94
66155032--66155122	29	3.2	27	76	7	83	31	28	12	27	1.92
66158324--66158387	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
66158580--66158987	24	17.0	24	96	2	741	28	21	21	29	1.98
66159046--66159102	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
66159042--66159104	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
66165800--66165863	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
66166056--66166487	24	18.0	24	96	2	780	28	21	20	29	1.98
66166546--66166622	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
66166542--66166624	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66166542--66166613	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
66166661--66166708	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
66170763--66170841	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
66173277--66173339	31	2.0	31	93	0	108	23	31	15	28	1.96
66173323--66173349	13	2.1	13	100	0	54	29	22	7	40	1.81
66195430--66195589	77	2.1	75	81	4	178	18	19	29	33	1.95
66203567--66203599	8	4.1	8	96	0	57	27	21	0	51	1.48
66210408--66210574	24	7.0	24	86	3	221	29	22	21	26	1.99
66210768--66210831	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
66218375--66218422	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
66218459--66218525	20	3.3	20	91	0	107	32	11	19	35	1.88
66218575--66218703	24	5.4	24	90	2	188	30	21	22	25	1.99
66218574--66218696	47	2.6	47	89	1	192	30	21	21	26	1.98
66218911--66218974	31	2.1	31	87	0	92	35	15	21	26	1.94
66220947--66220992	19	2.4	19	81	0	56	8	19	0	71	1.11
66221448--66221671	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
66221409--66221671	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
66221409--66221671	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
66229461--66229551	40	2.3	40	92	3	148	24	19	27	28	1.99
66241249--66241458	47	4.6	45	73	13	169	22	30	20	26	1.98
66255963--66256005	20	2.2	20	95	0	77	41	25	4	27	1.75
66257005--66257169	56	2.9	56	85	1	215	32	23	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66257497--66257526	15	2.0	15	93	0	51	56	6	0	36	1.26
66266836--66266945	56	2.0	56	92	0	184	33	24	13	28	1.93
66273253--66273309	23	2.5	22	78	18	71	50	12	7	29	1.66
66281778--66281992	48	4.5	47	77	9	204	26	26	19	27	1.99
66292336--66292581	49	4.9	50	81	2	262	26	17	26	30	1.97
66292339--66292580	100	2.4	98	81	2	277	26	17	25	30	1.97
66292336--66292614	150	1.9	150	85	3	391	26	17	25	30	1.97
66296190--66296339	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
66296162--66296339	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
66296163--66296318	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
66300824--66301000	47	3.6	48	77	8	180	24	32	17	25	1.97
66300822--66301094	46	5.8	46	73	12	157	26	32	16	24	1.96
66303479--66303653	40	4.4	40	88	0	260	23	20	28	28	1.99
66303479--66303677	80	2.5	80	85	1	202	24	21	26	27	1.99
66319286--66319326	13	3.2	13	82	0	55	17	31	29	21	1.96
66321987--66322017	14	2.2	14	100	0	62	22	12	45	19	1.84
66323707--66323771	32	2.0	32	93	0	112	29	23	10	36	1.88
66325829--66326006	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
66325829--66326006	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
66329587--66329831	49	4.9	49	81	3	274	30	26	17	26	1.97
66329598--66329831	100	2.4	98	81	2	270	30	26	17	25	1.97
66340179--66340390	48	4.4	48	76	12	195	28	19	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66348859--66348915	23	2.5	22	78	18	71	29	7	12	50	1.66
66354277--66354328	27	1.9	27	84	7	70	51	0	9	38	1.35
66355223--66355332	56	2.0	56	92	0	184	28	13	24	33	1.93
66364053--66364104	27	1.9	27	84	7	70	51	0	9	38	1.35
66364108--66364294	94	2.0	94	92	2	313	45	10	18	25	1.81
66364736--66364765	15	2.0	15	93	0	51	36	0	6	56	1.26
66365092--66365261	56	3.0	57	84	2	227	30	14	22	32	1.93
66366257--66366299	20	2.2	20	95	0	77	27	4	25	41	1.75
66367543--66367697	41	3.7	41	78	9	161	30	24	19	25	1.98
66372450--66372625	46	3.8	46	79	12	207	21	21	29	28	1.98
66372447--66372618	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
66374802--66374913	56	2.0	56	96	3	208	27	12	28	31	1.93
66379754--66379929	46	3.8	46	78	12	207	20	21	28	29	1.98
66379751--66379922	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	28	1.98
66382503--66382534	6	5.3	6	92	0	55	37	34	12	15	1.85
66385874--66385926	27	2.0	27	88	0	79	33	16	18	30	1.94
66385872--66385941	27	2.6	27	81	4	70	34	17	20	28	1.95
66390551--66390726	23	7.7	23	71	5	88	44	18	18	18	1.87
66390551--66390706	68	2.3	68	80	2	161	44	17	17	19	1.87
66390636--66390721	45	1.9	45	83	4	111	41	20	16	20	1.90
66392540--66392705	42	3.9	42	79	7	156	23	18	25	33	1.97
66393432--66393476	22	2.0	24	82	8	58	33	4	24	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66408300--66408328	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
66411048--66411108	25	2.4	25	81	8	70	40	22	13	22	1.89
66415282--66415462	49	3.7	49	76	6	179	29	25	18	26	1.98
66415269--66415455	100	1.9	100	87	2	277	29	25	18	26	1.98
66418765--66418816	27	2.0	26	85	11	70	30	11	19	38	1.87
66421947--66422122	49	3.5	49	78	9	185	32	26	15	25	1.96
66425905--66426080	46	3.8	46	77	7	194	21	20	28	29	1.98
66425902--66426073	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
66430951--66431175	40	5.6	40	83	2	272	24	27	23	25	2.00
66430915--66431175	80	3.3	79	81	5	276	24	26	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235