genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42021364--42021439	39	1.9	39	91	0	125	39	22	23	14	1.91
42034756--42034785	14	2.1	14	93	0	51	43	6	3	46	1.46
42036343--42036411	30	2.2	30	84	7	84	23	33	15	27	1.95
42052396--42052703	154	2.0	154	100	0	616	31	16	20	31	1.95
42054674--42054711	20	1.9	20	94	0	67	26	0	18	55	1.43
42055743--42055949	72	2.9	72	99	0	405	42	14	8	34	1.77
42066017--42066064	20	2.5	20	76	10	55	35	2	10	52	1.48
42068408--42068474	25	2.8	22	75	18	62	11	11	4	71	1.28
42068463--42068497	10	3.7	9	88	11	52	22	0	0	77	0.78
42068509--42068551	13	3.3	13	78	12	52	48	0	0	51	1.00
42068485--42068551	22	2.8	25	76	21	72	47	1	0	50	1.10
42068501--42068572	21	3.1	22	78	16	74	48	0	0	51	1.00
42068537--42068579	21	2.0	22	90	4	70	41	0	2	55	1.12
42068549--42068611	33	2.0	31	93	6	108	39	1	1	57	1.18
42068695--42068779	9	9.9	9	70	6	61	20	3	2	74	1.08
42068697--42068730	10	3.5	10	88	8	52	17	0	0	82	0.67
42068697--42068775	42	1.9	41	84	7	106	18	3	2	74	1.08
42068827--42068903	23	3.3	23	73	5	75	46	0	2	50	1.15
42068896--42068954	20	2.8	20	76	18	59	40	1	1	55	1.20
42068899--42068957	21	2.9	21	75	12	59	42	1	1	54	1.20
42069022--42069061	21	1.9	21	85	10	55	35	0	2	62	1.09
42069005--42069068	31	2.1	30	85	5	83	32	0	4	62	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42069359--42069402	19	2.2	20	92	4	72	43	0	9	47	1.35
42069879--42069954	20	3.8	20	72	14	68	38	5	2	53	1.37
42069881--42069961	40	2.0	40	90	0	126	37	4	3	54	1.40
42069890--42069976	40	2.2	40	83	4	104	37	4	4	52	1.43
42070035--42070175	70	2.0	72	85	2	196	47	2	5	43	1.41
42072370--42072446	30	2.6	30	89	0	109	28	25	19	25	1.99
42075692--42075721	7	4.1	7	95	4	51	56	0	0	43	0.99
42075868--42075928	31	1.9	32	83	3	79	57	0	1	40	1.08
42075891--42075937	22	2.1	21	81	14	51	63	0	0	36	0.94
42075897--42076079	57	3.2	56	68	23	146	55	4	2	37	1.36
42076137--42076191	12	4.9	11	72	18	51	60	1	1	36	1.18
42076111--42076213	33	3.1	32	89	8	145	59	0	1	37	1.15
42076180--42076225	22	2.1	23	92	8	78	60	0	0	39	0.97
42076254--42076317	18	3.7	17	81	8	67	76	0	3	20	0.92
42076273--42076321	4	11.8	4	81	16	55	77	0	4	18	0.92
42076350--42076410	13	4.6	13	80	10	61	77	1	1	19	0.95
42076350--42076397	14	3.5	13	88	5	60	77	2	0	20	0.88
42076416--42076469	19	2.7	20	75	16	58	75	0	9	14	1.03
42076488--42076532	18	2.6	17	90	10	74	57	0	4	37	1.19
42076555--42076590	7	5.3	7	86	6	56	30	2	0	66	1.06
42076561--42076585	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
42076550--42076602	20	2.7	20	82	11	81	33	1	0	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42076601--42076639	19	1.9	19	90	10	60	43	7	0	48	1.31
42076831--42076890	20	3.1	19	80	11	68	58	0	0	41	0.98
42076846--42076903	21	2.8	22	87	7	77	62	1	0	36	1.06
42086580--42086619	19	2.0	20	85	4	55	72	0	5	22	1.04
42086609--42086634	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
42090048--42090103	28	2.1	28	83	12	73	39	7	1	51	1.40
42090046--42090104	26	2.3	25	80	13	66	40	8	1	49	1.43
42103609--42103664	27	2.1	27	100	0	112	39	17	14	28	1.89
42106152--42106177	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
42109224--42109291	16	4.2	16	92	0	109	27	0	35	36	1.58
42109224--42109291	32	2.1	32	97	0	127	27	0	35	36	1.58
42109272--42109362	45	2.0	44	82	2	110	30	5	27	36	1.80
42109515--42109556	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
42109815--42109867	27	2.1	27	82	10	67	43	0	0	56	0.99
42119928--42119971	17	2.6	17	82	10	54	70	2	27	0	0.99
42119925--42119976	18	2.7	19	77	19	63	73	1	25	0	0.94
42120691--42120725	18	2.1	17	89	10	54	54	0	17	28	1.43
42123022--42123089	32	2.1	32	91	0	109	29	32	4	33	1.77
42123953--42124348	197	2.0	197	92	1	659	36	16	12	34	1.86
42126252--42126320	25	2.7	25	81	4	75	27	26	20	26	1.99
42134695--42134730	6	6.0	6	96	0	54	0	61	0	38	0.96
42135922--42135950	13	2.2	13	100	0	58	13	17	13	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42138350--42138393	16	2.8	16	78	0	52	47	4	29	18	1.68
42138350--42138526	78	2.3	78	98	0	345	42	5	23	28	1.77
42138428--42138471	16	2.8	16	82	0	61	47	2	29	20	1.62
42138625--42138775	58	2.6	59	82	8	184	52	2	1	43	1.26
42138617--42138784	58	2.9	58	77	13	168	52	2	2	42	1.27
42140814--42141037	40	5.6	40	90	3	326	25	27	23	23	2.00
42140814--42141038	81	2.8	81	91	2	348	25	27	23	23	2.00
42146050--42146273	40	5.6	40	89	3	308	27	27	21	23	1.99
42146050--42146274	81	2.8	80	89	4	328	27	27	21	23	1.99
42156338--42156657	46	7.0	46	94	0	516	38	15	24	22	1.92
42156918--42156964	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
42165765--42165789	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
42167058--42167115	18	3.4	18	63	18	52	43	15	6	34	1.74
42167321--42167405	44	1.9	44	80	4	100	30	25	18	24	1.98
42168587--42168628	19	2.2	20	91	4	68	50	2	0	47	1.14
42168608--42168657	16	3.2	16	78	13	59	58	0	6	36	1.23
42168764--42168818	16	3.6	16	71	28	57	45	0	0	54	0.99
42168754--42168811	28	2.2	26	87	12	82	44	0	0	55	0.99
42168781--42168835	23	2.4	22	84	9	65	45	1	1	50	1.22
42169365--42169412	24	2.0	24	100	0	96	20	0	33	45	1.52
42171328--42171484	75	2.1	75	100	0	314	30	5	8	55	1.52
42172650--42172718	22	3.0	23	77	8	70	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42175744--42175808	28	2.3	28	89	0	103	40	9	21	29	1.84
42175886--42176109	39	5.7	40	82	4	190	23	22	26	27	1.99
42176034--42176110	40	1.9	40	91	0	127	28	22	25	23	1.99
42182272--42182553	39	7.0	39	85	7	393	23	25	28	23	1.99
42182386--42182480	49	1.9	49	91	0	154	28	22	25	24	1.99
42182347--42182519	88	2.0	88	91	0	283	25	24	27	22	2.00
42182308--42182546	127	1.9	127	95	0	433	23	25	28	23	2.00
42184838--42184880	20	2.2	20	87	8	61	46	0	0	53	1.00
42184843--42184888	19	2.6	18	83	13	51	47	0	0	52	1.00
42184841--42184898	18	3.3	18	76	7	57	48	0	0	51	1.00
42198485--42198532	20	2.5	20	80	6	55	54	2	0	43	1.12
42201977--42202008	16	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
42205410--42205473	21	3.2	21	65	17	64	28	21	7	42	1.81
42205402--42205476	38	2.0	38	100	0	150	28	24	8	40	1.83
42205674--42205698	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
42206885--42206966	27	2.9	28	78	7	69	58	4	2	34	1.32
42212216--42212593	205	1.8	205	89	1	596	25	15	19	39	1.91
42212424--42212925	166	3.0	166	99	0	977	26	15	17	40	1.89
42214272--42214923	216	3.0	216	96	0	1214	33	13	12	40	1.82
42220597--42220666	35	2.0	35	100	0	140	25	22	5	45	1.74
42237685--42237798	55	2.1	55	83	3	140	26	26	22	24	2.00
42245511--42245537	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42246760--42246803	14	3.4	14	73	23	51	61	0	0	38	0.96
42246764--42246809	24	2.0	23	83	8	58	58	0	2	39	1.10
42251348--42251394	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
42256739--42256773	18	1.9	18	94	0	61	0	34	22	42	1.54
42257952--42257984	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
42263284--42263383	49	2.0	49	90	0	155	39	8	8	45	1.63
42275028--42275098	24	3.1	23	78	12	65	56	4	1	38	1.28
42276113--42276151	12	3.3	12	78	7	53	28	0	0	71	0.86
42276096--42276166	23	2.9	24	81	8	90	35	0	1	63	1.03
42276288--42276313	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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