genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78745976

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77405900--77406092	97	2.0	97	96	0	359	25	3	21	49	1.64
77406137--77406260	25	5.1	25	74	14	134	41	15	0	42	1.46
77406114--77406273	71	2.3	68	85	10	227	47	13	0	38	1.43
77406687--77406723	18	2.1	18	94	0	65	37	8	29	24	1.84
77407375--77407399	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
77407570--77407607	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
77409470--77409569	42	2.4	42	91	0	164	24	27	12	37	1.90
77413674--77413713	11	3.7	11	86	3	55	0	27	0	72	0.85
77416688--77416800	25	4.5	25	84	8	115	24	25	17	31	1.97
77416725--77416797	25	2.9	25	93	2	119	23	27	19	30	1.98
77418570--77418613	21	2.2	20	87	4	61	34	27	0	38	1.57
77421061--77421125	3	21.0	3	72	12	51	61	1	7	29	1.33
77421207--77421366	79	2.0	78	80	9	180	63	2	5	28	1.28
77430470--77430588	45	2.7	45	84	1	159	42	15	24	16	1.88
77432729--77432761	12	2.8	12	86	4	50	66	0	3	30	1.06
77434534--77435022	40	11.8	40	68	13	190	24	20	22	32	1.98
77434448--77435067	250	2.5	251	89	2	933	24	20	23	31	1.98
77434448--77435075	127	5.0	127	87	4	889	24	20	22	32	1.98
77435097--77435740	50	12.9	50	69	5	370	25	20	21	32	1.98
77435086--77435740	100	6.6	100	82	0	794	25	20	21	32	1.98
77435086--77435739	200	3.3	200	90	0	988	25	20	21	32	1.98
77436060--77436105	24	1.9	24	90	0	74	30	19	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77436061--77436113	24	2.2	24	86	0	70	32	16	15	35	1.90
77437117--77437158	8	5.2	8	80	11	50	0	14	2	83	0.75
77437120--77437158	12	3.2	13	85	10	55	0	12	2	84	0.72
77437109--77437159	12	4.2	12	75	9	50	0	13	3	82	0.81
77437588--77437658	12	5.9	11	73	16	61	1	2	12	83	0.83
77437589--77437657	9	7.7	9	82	4	77	1	2	11	84	0.81
77437589--77437657	28	2.6	27	88	4	95	1	2	11	84	0.81
77437606--77437655	26	1.9	26	91	0	82	2	2	12	84	0.80
77440390--77440442	24	2.2	25	86	3	72	43	7	22	26	1.80
77440427--77441758	674	2.0	674	97	0	2529	31	19	16	31	1.95
77441852--77441884	12	2.8	12	86	4	50	66	0	3	30	1.06
77443646--77443678	12	2.8	12	86	4	50	66	0	3	30	1.06
77447866--77447962	27	3.5	27	80	4	104	38	4	7	50	1.49
77468420--77468469	7	6.7	7	88	11	73	14	0	38	48	1.44
77468420--77468469	15	3.4	14	91	8	73	14	0	38	48	1.44
77479910--77479957	5	9.0	5	80	11	51	20	6	0	72	1.05
77479752--77479940	97	2.0	97	89	3	292	27	19	15	37	1.92
77480970--77480994	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
77486142--77486245	40	2.6	40	81	6	104	45	7	5	41	1.57
77486145--77486247	20	5.2	20	69	13	61	43	8	5	41	1.59
77486452--77486553	20	5.0	19	77	13	89	42	15	5	36	1.72
77486699--77486767	20	3.5	20	75	11	61	34	13	7	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77486654--77486767	60	1.9	60	83	3	149	36	14	8	40	1.76
77486882--77486975	40	2.3	40	80	3	100	36	8	15	39	1.79
77486972--77487022	20	2.5	20	87	0	75	45	5	9	39	1.62
77498058--77498089	16	2.0	16	93	0	55	40	12	0	46	1.42
77501077--77501139	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
77504260--77504620	96	3.7	97	75	13	314	27	16	17	38	1.91
77504265--77504629	198	1.9	191	84	7	493	29	15	17	37	1.91
77506314--77506360	18	2.6	19	73	10	53	8	14	0	76	1.01
77507012--77507051	3	13.0	3	89	5	62	35	2	0	62	1.09
77510502--77510721	22	9.4	21	69	23	104	65	0	12	21	1.31
77510523--77510689	25	6.5	26	71	17	136	65	0	13	20	1.30
77510523--77510689	27	6.5	27	69	22	110	65	0	13	20	1.30
77510496--77510674	47	3.7	48	87	8	256	63	1	12	22	1.35
77510643--77510705	16	3.9	16	73	8	56	71	0	11	17	1.14
77510502--77510721	21	9.4	22	70	21	128	65	0	12	21	1.31
77510714--77510785	5	13.6	5	73	13	56	56	2	23	16	1.53
77510545--77510723	47	3.9	48	79	13	132	64	0	12	21	1.31
77510714--77510785	11	6.7	11	80	13	80	56	2	23	16	1.53
77510714--77510785	23	3.4	22	78	21	82	56	2	23	16	1.53
77510714--77510771	6	10.3	6	73	12	52	55	3	24	17	1.57
77511072--77511102	15	2.1	15	100	0	62	67	0	12	19	1.22
77511222--77511270	21	2.3	22	79	13	57	63	0	14	22	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77511269--77511469	47	4.3	46	86	5	262	63	0	12	22	1.35
77511326--77511452	21	5.6	21	68	21	78	63	0	14	22	1.29
77511269--77511469	93	2.2	92	88	0	303	63	0	12	22	1.35
77511226--77511444	26	9.0	26	66	21	118	63	0	13	22	1.36
77511316--77511469	21	6.7	22	67	18	73	62	0	12	24	1.35
77511459--77511595	5	25.6	5	76	10	105	59	1	21	17	1.45
77511459--77511595	22	6.4	21	78	7	125	59	1	21	17	1.45
77511475--77511595	38	3.1	38	92	3	188	58	1	22	17	1.47
77511548--77511606	17	3.4	17	81	6	66	69	0	16	13	1.19
77511625--77511689	29	2.2	29	80	0	76	24	24	32	18	1.97
77512016--77512102	5	16.4	5	72	19	61	50	0	19	29	1.48
77512016--77512081	11	6.0	11	77	16	50	51	0	18	30	1.46
77512016--77512081	28	2.4	28	87	5	98	51	0	18	30	1.46
77512062--77512100	19	2.1	19	90	0	60	48	0	23	28	1.51
77512159--77512215	21	2.8	20	75	19	64	61	0	14	24	1.33
77515978--77516141	43	3.9	42	79	7	188	28	15	25	30	1.96
77522129--77522162	6	5.8	6	93	6	61	82	0	0	17	0.67
77522129--77522162	17	1.9	17	94	5	59	82	0	0	17	0.67
77525690--77525736	24	1.9	24	86	4	67	4	12	4	78	1.04
77532105--77532282	98	1.8	98	100	0	356	36	24	10	28	1.88
77532285--77532309	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
77534327--77534604	127	2.2	127	94	0	484	27	23	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77534035--77534604	44	13.3	43	72	11	309	28	23	20	27	1.99
77534406--77534635	44	5.4	44	73	12	176	26	24	20	27	1.99
77534662--77535120	44	10.4	44	64	16	137	28	23	18	29	1.98
77534599--77535207	132	4.6	131	95	1	1040	29	23	18	28	1.98
77540517--77540706	97	2.0	97	100	0	380	40	22	8	29	1.83
77540899--77540923	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
77543477--77543506	14	2.1	14	100	0	60	60	6	13	20	1.55
77549165--77549198	12	2.8	12	95	0	59	8	20	50	20	1.75
77551025--77551057	17	1.9	17	100	0	66	24	9	0	66	1.20
77551044--77551087	19	2.2	20	88	11	65	31	2	4	61	1.28
77553994--77554057	27	2.4	26	84	10	76	84	6	1	7	0.84
77554003--77554058	21	2.6	21	86	13	71	83	7	1	7	0.86
77553994--77554058	18	3.4	18	77	12	60	84	6	1	7	0.83
77554491--77554533	17	2.5	17	92	3	68	79	2	18	0	0.85
77554493--77554531	5	7.4	5	83	11	51	79	2	17	0	0.84
77555790--77556003	107	2.0	106	87	2	304	33	17	16	32	1.93
77556572--77556597	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
77558613--77558724	44	2.5	45	81	4	120	30	25	16	27	1.96
77558777--77560107	100	13.3	100	85	1	1646	24	19	22	33	1.97
77560386--77560444	24	2.5	24	75	5	66	32	22	11	33	1.90
77561342--77561409	29	2.4	28	83	11	84	0	19	1	79	0.81
77561357--77561419	17	3.2	19	78	19	58	0	20	1	77	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77561345--77561418	23	3.2	23	81	12	73	0	20	1	78	0.83
77561338--77561409	30	2.5	28	81	14	85	0	20	1	77	0.84
77561340--77561419	40	2.0	39	83	11	101	0	20	1	78	0.81
77561338--77561419	12	7.1	12	72	23	61	0	20	1	78	0.83
77561342--77561421	20	4.3	18	71	21	58	0	18	1	80	0.79
77565122--77565335	107	2.0	106	88	2	322	33	17	18	30	1.94
77567966--77568212	89	2.8	87	76	3	253	27	17	22	31	1.97
77568356--77568866	220	2.3	220	87	1	693	29	19	24	26	1.98
77568993--77569150	44	3.7	44	78	9	128	29	20	21	28	1.98
77570712--77570744	17	1.9	17	100	0	66	24	9	0	66	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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